data_8H5A # _model_server_result.job_id 3s2rt9mQSqy5e2MtAvpsZg _model_server_result.datetime_utc '2025-09-07 21:40:42' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8h5a # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":304}' # _entry.id 8H5A # _exptl.entry_id 8H5A _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 16 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 8H5A _cell.length_a 215.745 _cell.length_b 215.745 _cell.length_c 264.158 _cell.Z_PDB 144 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8H5A _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 146 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 5 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 6 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 7 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 8 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,Q,R,S,T,U,V,W,X,EC,FC 1 1 C,D,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,GC,HC 2 1 E,F,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,IC,JC 3 1 G,H,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,KC,LC 4 1 I,J,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,MC,NC 5 1 K,L,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OC,PC 6 1 M,N,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,QC,RC 7 1 O,P,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,SC,TC 8 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 T N N ? 3 X N N ? 3 BA N N ? 3 GA N N ? 3 KA N N ? 3 OA N N ? 3 SA N N ? 3 WA N N ? 3 AB N N ? 3 BB N N ? 3 IB N N ? 3 NB N N ? 3 UB N N ? 3 VB N N ? 3 ZB N N ? 3 DC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG1 THR 18 A THR 109 1_555 T NA NA . A NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 139 A ASP 230 1_555 X NA NA . B NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc3 T NA NA . A NA 304 1_555 B OD2 ASP 139 B ASP 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc4 B OG1 THR 18 B THR 109 1_555 X NA NA . B NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? metalc ? metalc5 B OG1 THR 40 B THR 131 1_555 X NA NA . B NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc6 C OG1 THR 18 C THR 109 1_555 BA NA NA . C NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc7 C OG1 THR 40 C THR 131 1_555 BA NA NA . C NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? metalc ? metalc8 BA NA NA . C NA 304 1_555 D OD2 ASP 139 D ASP 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? metalc ? metalc9 D OG1 THR 18 D THR 109 1_555 GA NA NA . D NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? metalc ? metalc10 D OG1 THR 40 D THR 131 1_555 GA NA NA . D NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.984 ? metalc ? metalc11 E O VAL 16 E VAL 107 1_555 KA NA NA . E NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? metalc ? metalc12 F OG1 THR 12 F THR 103 1_555 OA NA NA . F NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.062 ? metalc ? metalc13 F OG1 THR 18 F THR 109 1_555 OA NA NA . F NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc14 F OG1 THR 40 F THR 131 1_555 OA NA NA . F NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? metalc ? metalc15 G OG1 THR 18 G THR 109 1_555 SA NA NA . G NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.949 ? metalc ? metalc16 G OG1 THR 40 G THR 131 1_555 SA NA NA . G NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc17 G OD2 ASP 139 G ASP 230 1_555 WA NA NA . H NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? metalc ? metalc18 SA NA NA . G NA 304 1_555 H OD2 ASP 139 H ASP 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? metalc ? metalc19 H OG1 THR 18 H THR 109 1_555 WA NA NA . H NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.921 ? metalc ? metalc20 H OG1 THR 40 H THR 131 1_555 WA NA NA . H NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? metalc ? metalc21 I OG1 THR 12 I THR 103 1_555 BB NA NA . I NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.136 ? metalc ? metalc22 I O GLU 13 I GLU 104 1_555 BB NA NA . I NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? metalc ? metalc23 I O VAL 16 I VAL 107 1_555 BB NA NA . I NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? metalc ? metalc24 I OG1 THR 18 I THR 109 1_555 BB NA NA . I NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.919 ? metalc ? metalc25 I OD2 ASP 139 I ASP 230 1_555 AB NA NA . I NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc26 AB NA NA . I NA 304 1_555 J OG1 THR 18 J THR 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.578 ? metalc ? metalc27 AB NA NA . I NA 304 1_555 J OG1 THR 40 J THR 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc28 K O VAL 16 K VAL 107 1_555 IB NA NA . K NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc29 K OG1 THR 18 K THR 109 1_555 IB NA NA . K NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.171 ? metalc ? metalc30 K OD2 ASP 139 K ASP 230 1_555 NB NA NA . L NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.985 ? metalc ? metalc31 L OG1 THR 18 L THR 109 1_555 NB NA NA . L NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc32 L OG1 THR 40 L THR 131 1_555 NB NA NA . L NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc33 M OG1 THR 18 M THR 109 1_555 VB NA NA . N NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.078 ? metalc ? metalc34 M OG1 THR 40 M THR 131 1_555 VB NA NA . N NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc35 M OD2 ASP 139 M ASP 230 1_555 UB NA NA . N NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc36 N OG1 THR 18 N THR 109 1_555 UB NA NA . N NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc37 N OG1 THR 40 N THR 131 1_555 UB NA NA . N NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc38 N OD1 ASP 139 N ASP 230 1_555 VB NA NA . N NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.062 ? metalc ? metalc39 N OD2 ASP 139 N ASP 230 1_555 VB NA NA . N NA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc40 O OG1 THR 18 O THR 109 1_555 ZB NA NA . O NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc41 O OG1 THR 40 O THR 131 1_555 ZB NA NA . O NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? metalc ? metalc42 P OG1 THR 40 P THR 131 1_555 DC NA NA . P NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.167 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8H5A _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004635 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.002676 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005352 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003786 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Q 2 7DV A 1 301 101 7DV LIG . R 2 7DV A 1 302 102 7DV LIG . S 2 7DV A 1 303 103 7DV LIG . T 3 NA A 1 304 210 NA NA . U 2 7DV B 1 301 104 7DV LIG . V 2 7DV B 1 302 105 7DV LIG . W 2 7DV B 1 303 106 7DV LIG . X 3 NA B 1 304 209 NA NA . Y 2 7DV C 1 301 107 7DV LIG . Z 2 7DV C 1 302 108 7DV LIG . AA 2 7DV C 1 303 109 7DV LIG . BA 3 NA C 1 304 212 NA NA . CA 2 7DV D 1 301 110 7DV LIG . DA 2 7DV D 1 302 111 7DV LIG . EA 2 7DV D 1 303 112 7DV LIG . FA 2 7DV D 1 304 150 7DV LIG . GA 3 NA D 1 305 211 NA NA . HA 2 7DV E 1 301 113 7DV LIG . IA 2 7DV E 1 302 114 7DV LIG . JA 2 7DV E 1 303 115 7DV LIG . KA 3 NA E 1 304 206 NA NA . LA 2 7DV F 1 301 116 7DV LIG . MA 2 7DV F 1 302 117 7DV LIG . NA 2 7DV F 1 303 118 7DV LIG . OA 3 NA F 1 304 205 NA NA . PA 2 7DV G 1 301 119 7DV LIG . QA 2 7DV G 1 302 120 7DV LIG . RA 2 7DV G 1 303 121 7DV LIG . SA 3 NA G 1 304 208 NA NA . TA 2 7DV H 1 301 122 7DV LIG . UA 2 7DV H 1 302 123 7DV LIG . VA 2 7DV H 1 303 124 7DV LIG . WA 3 NA H 1 304 207 NA NA . XA 2 7DV I 1 301 125 7DV LIG . YA 2 7DV I 1 302 126 7DV LIG . ZA 2 7DV I 1 303 127 7DV LIG . AB 3 NA I 1 304 201 NA NA . BB 3 NA I 1 305 202 NA NA . CB 2 7DV J 1 301 128 7DV LIG . DB 2 7DV J 1 302 129 7DV LIG . EB 2 7DV J 1 303 130 7DV LIG . FB 2 7DV K 1 301 131 7DV LIG . GB 2 7DV K 1 302 132 7DV LIG . HB 2 7DV K 1 303 133 7DV LIG . IB 3 NA K 1 304 204 NA NA . JB 2 7DV L 1 301 134 7DV LIG . KB 2 7DV L 1 302 135 7DV LIG . LB 2 7DV L 1 303 136 7DV LIG . MB 2 7DV L 1 304 149 7DV LIG . NB 3 NA L 1 305 203 NA NA . OB 2 7DV M 1 301 137 7DV LIG . PB 2 7DV M 1 302 138 7DV LIG . QB 2 7DV M 1 303 139 7DV LIG . RB 2 7DV N 1 301 140 7DV LIG . SB 2 7DV N 1 302 141 7DV LIG . TB 2 7DV N 1 303 142 7DV LIG . UB 3 NA N 1 304 213 NA NA . VB 3 NA N 1 305 214 NA NA . WB 2 7DV O 1 301 143 7DV LIG . XB 2 7DV O 1 302 144 7DV LIG . YB 2 7DV O 1 303 145 7DV LIG . ZB 3 NA O 1 304 216 NA NA . AC 2 7DV P 1 301 146 7DV LIG . BC 2 7DV P 1 302 147 7DV LIG . CC 2 7DV P 1 303 148 7DV LIG . DC 3 NA P 1 304 215 NA NA . EC 4 HOH A 1 401 150 HOH HOH . EC 4 HOH A 2 402 162 HOH HOH . FC 4 HOH B 1 401 145 HOH HOH . FC 4 HOH B 2 402 152 HOH HOH . FC 4 HOH B 3 403 135 HOH HOH . FC 4 HOH B 4 404 110 HOH HOH . GC 4 HOH C 1 401 124 HOH HOH . GC 4 HOH C 2 402 106 HOH HOH . GC 4 HOH C 3 403 122 HOH HOH . GC 4 HOH C 4 404 164 HOH HOH . GC 4 HOH C 5 405 116 HOH HOH . HC 4 HOH D 1 401 107 HOH HOH . HC 4 HOH D 2 402 157 HOH HOH . HC 4 HOH D 3 403 148 HOH HOH . IC 4 HOH E 1 401 158 HOH HOH . IC 4 HOH E 2 402 114 HOH HOH . IC 4 HOH E 3 403 144 HOH HOH . JC 4 HOH F 1 401 139 HOH HOH . JC 4 HOH F 2 402 155 HOH HOH . JC 4 HOH F 3 403 146 HOH HOH . JC 4 HOH F 4 404 125 HOH HOH . JC 4 HOH F 5 405 113 HOH HOH . KC 4 HOH G 1 401 117 HOH HOH . LC 4 HOH H 1 401 149 HOH HOH . LC 4 HOH H 2 402 101 HOH HOH . LC 4 HOH H 3 403 138 HOH HOH . LC 4 HOH H 4 404 108 HOH HOH . LC 4 HOH H 5 405 147 HOH HOH . LC 4 HOH H 6 406 171 HOH HOH . MC 4 HOH I 1 401 166 HOH HOH . MC 4 HOH I 2 402 120 HOH HOH . MC 4 HOH I 3 403 140 HOH HOH . MC 4 HOH I 4 404 163 HOH HOH . MC 4 HOH I 5 405 165 HOH HOH . MC 4 HOH I 6 406 167 HOH HOH . NC 4 HOH J 1 401 103 HOH HOH . NC 4 HOH J 2 402 136 HOH HOH . NC 4 HOH J 3 403 160 HOH HOH . NC 4 HOH J 4 404 161 HOH HOH . OC 4 HOH K 1 401 126 HOH HOH . PC 4 HOH L 1 401 115 HOH HOH . PC 4 HOH L 2 402 137 HOH HOH . PC 4 HOH L 3 403 121 HOH HOH . PC 4 HOH L 4 404 111 HOH HOH . QC 4 HOH M 1 401 112 HOH HOH . QC 4 HOH M 2 402 118 HOH HOH . QC 4 HOH M 3 403 156 HOH HOH . QC 4 HOH M 4 404 159 HOH HOH . QC 4 HOH M 5 405 128 HOH HOH . QC 4 HOH M 6 406 105 HOH HOH . QC 4 HOH M 7 407 123 HOH HOH . QC 4 HOH M 8 408 153 HOH HOH . QC 4 HOH M 9 409 169 HOH HOH . RC 4 HOH N 1 401 134 HOH HOH . RC 4 HOH N 2 402 143 HOH HOH . RC 4 HOH N 3 403 109 HOH HOH . RC 4 HOH N 4 404 119 HOH HOH . SC 4 HOH O 1 401 142 HOH HOH . SC 4 HOH O 2 402 170 HOH HOH . SC 4 HOH O 3 403 104 HOH HOH . SC 4 HOH O 4 404 102 HOH HOH . SC 4 HOH O 5 405 129 HOH HOH . SC 4 HOH O 6 406 127 HOH HOH . SC 4 HOH O 7 407 131 HOH HOH . SC 4 HOH O 8 408 132 HOH HOH . SC 4 HOH O 9 409 130 HOH HOH . SC 4 HOH O 10 410 168 HOH HOH . SC 4 HOH O 11 411 151 HOH HOH . TC 4 HOH P 1 401 133 HOH HOH . TC 4 HOH P 2 402 141 HOH HOH . TC 4 HOH P 3 403 154 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id X _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 30.006 _atom_site.Cartn_y 14.142 _atom_site.Cartn_z 67.421 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 44.86 _atom_site.pdbx_formal_charge 0 _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 304 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 30 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 83 _model_server_stats.query_time_ms 319 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #