data_8HB8 # _model_server_result.job_id rLTG-USvvBkPBdxr_UhgnA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-02 03:26:29' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8hb8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":103}' # _entry.id 8HB8 # _exptl.entry_id 8HB8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 137.327 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'BARIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 7 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8HB8 _cell.length_a 121.362 _cell.length_b 121.362 _cell.length_c 109.055 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8HB8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 98 _symmetry.space_group_name_Hall 'I 4bw 2bw' _symmetry.space_group_name_H-M 'I 41 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O3' G 6 A G 6 1_555 D BA BA . A BA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.188 ? metalc ? metalc2 A OP2 U 7 A U 7 1_555 D BA BA . A BA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? metalc ? metalc3 A O6 G 15 A G 15 1_555 D BA BA . A BA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.464 ? metalc ? metalc4 C O1P NMN . A NMN 102 1_555 G BA BA . A BA 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 G 1 A G 1 1_555 A N3 C 38 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 G 1 A G 1 1_555 A O2 C 38 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 G 1 A G 1 1_555 A N4 C 38 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog4 A N2 G 1 A G 1 1_555 A O4 U 39 A U 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N3 C 2 A C 2 1_555 A N1 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N4 C 2 A C 2 1_555 A O6 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A O2 C 2 A C 2 1_555 A N2 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N1 G 3 A G 3 1_555 A N3 C 36 A C 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N2 G 3 A G 3 1_555 A O2 C 36 A C 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O6 G 3 A G 3 1_555 A N4 C 36 A C 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 G 4 A G 4 1_555 A N3 C 35 A C 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N2 G 4 A G 4 1_555 A O2 C 35 A C 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O6 G 4 A G 4 1_555 A N4 C 35 A C 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N3 C 5 A C 5 1_555 A N1 G 34 A G 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N4 C 5 A C 5 1_555 A O6 G 34 A G 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A O2 C 5 A C 5 1_555 A N2 G 34 A G 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog17 A O2 C 5 A C 5 1_555 A N6 A 45 A A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog18 A N2 G 6 A G 6 1_555 A O4 U 8 A U 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N1 G 6 A G 6 1_555 A N3 C 32 A C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N2 G 6 A G 6 1_555 A O2 C 32 A C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A O6 G 6 A G 6 1_555 A N4 C 32 A C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog22 A N3 U 7 A U 7 1_555 A N7 A 47 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog23 A O4 U 7 A U 7 1_555 A N6 A 47 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog24 A O4 U 8 A U 8 1_555 A N1 G 15 A G 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog25 A N3 U 8 A U 8 1_555 A N1 A 50 A A 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog26 A O2 U 8 A U 8 1_555 A N6 A 50 A A 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N3 C 10 A C 10 1_555 A N1 G 54 A G 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N4 C 10 A C 10 1_555 A O6 G 54 A G 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O2 C 10 A C 10 1_555 A N2 G 54 A G 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N3 U 12 A U 12 1_555 A N1 A 53 A A 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A O4 U 12 A U 12 1_555 A N6 A 53 A A 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N3 C 13 A C 13 1_555 A N1 G 52 A G 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N4 C 13 A C 13 1_555 A O6 G 52 A G 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A O2 C 13 A C 13 1_555 A N2 G 52 A G 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N3 C 14 A C 14 1_555 A N1 G 51 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N4 C 14 A C 14 1_555 A O6 G 51 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A O2 C 14 A C 14 1_555 A N2 G 51 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_10_PAIR hydrog38 A N2 G 15 A G 15 1_555 A N1 A 31 A A 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_10_PAIR hydrog39 A N3 G 15 A G 15 1_555 A N6 A 31 A A 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N1 G 19 A G 19 1_555 A N3 C 30 A C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N2 G 19 A G 19 1_555 A O2 C 30 A C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A O6 G 19 A G 19 1_555 A N4 C 30 A C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N3 U 20 A U 20 1_555 A N1 A 29 A A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A O4 U 20 A U 20 1_555 A N6 A 29 A A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N3 C 21 A C 21 1_555 A N1 G 28 A G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N4 C 21 A C 21 1_555 A O6 G 28 A G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A O2 C 21 A C 21 1_555 A N2 G 28 A G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog48 A O2 C 32 A C 32 1_555 A N6 A 47 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog49 A N1 G 33 A G 33 1_555 A O2 C 46 A C 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog50 A N2 G 34 A G 34 1_555 A N1 A 45 A A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog51 A O2 C 35 A C 35 1_555 A N6 A 44 A A 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog52 A N2 G 37 A G 37 1_555 A N3 A 41 A A 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-G MISPAIR' hydrog53 A N6 A 48 A A 48 1_555 A O6 G 51 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Ba 2' _chem_comp.formula_weight 137.327 _chem_comp.id BA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'BARIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8HB8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00824 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00824 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00917 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 NMN A 1 101 101 NMN NMN . C 2 NMN A 1 102 102 NMN NMN . D 3 BA A 1 103 1 BA BA . E 3 BA A 1 104 2 BA BA . F 3 BA A 1 105 3 BA BA . G 3 BA A 1 106 4 BA BA . H 3 BA A 1 107 5 BA BA . I 3 BA A 1 108 6 BA BA . J 3 BA A 1 109 7 BA BA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol BA _atom_site.label_atom_id BA _atom_site.label_comp_id BA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -12.515 _atom_site.Cartn_y -23.66 _atom_site.Cartn_z -11.192 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 198.87 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id BA _atom_site.auth_comp_id BA _atom_site.auth_seq_id 103 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 250 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #