data_8HG5
#
_model_server_result.job_id            H2AZoSpmCt-SGzIEUHMynA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-09-06 03:21:18' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8hg5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    8HG5 
#
_exptl.entry_id    8HG5 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              600.87 
_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8HG5 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8HG5 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 8 U N N 
? 8 W N N 
? 8 Y N N 
? 8 QA N N 
? 8 TA N N 
? 8 MB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 93 P CYS 93 1_555 A SG CYS 98 P CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.823 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 87 Q CYS 114 1_555 B SG CYS 92 Q CYS 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 93 R CYS 93 1_555 C SG CYS 98 R CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
covale ? covale1 B C ACE 1 Q ACE 28 1_555 B N ARG 2 Q ARG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.369 ? 
covale ? covale2 B C ARG 3 Q ARG 30 1_555 B N TPO 4 Q TPO 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale3 B C TPO 4 Q TPO 31 1_555 B N LYS 5 Q LYS 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 37 P GLU 37 1_555 M MG CLA . P CLA 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLU 61 P GLU 61 1_555 D MG CLA . P CLA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 61 P GLU 61 1_555 D MG CLA . P CLA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc4 A O PRO 106 P PRO 106 1_555 Q MG CHL . P CHL 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? 
metalc ? metalc5 A O LEU 112 P LEU 112 1_555 G MG CHL . P CHL 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 137 P GLU 137 1_555 K MG KC2 . P KC2 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 181 P GLU 181 1_555 L MG CLA . P CLA 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLN 198 P GLN 198 1_555 O MG CLA . P CLA 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc9 B OE1 GLU 31 Q GLU 58 1_555 HA MG CLA . Q CLA 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc10 B OE2 GLU 55 Q GLU 82 1_555 Z MG CLA . Q CLA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc11 B O PRO 100 Q PRO 127 1_555 LA MG CHL . Q CHL 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc12 B O LEU 106 Q LEU 133 1_555 CA MG CHL . Q CHL 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
metalc ? metalc13 B OE1 GLU 123 Q GLU 150 1_555 DA MG CHL . Q CHL 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.9 ? 
metalc ? metalc14 B OE1 GLU 131 Q GLU 158 1_555 FA MG KC2 . Q KC2 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? 
metalc ? metalc15 B OE2 GLU 131 Q GLU 158 1_555 FA MG KC2 . Q KC2 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 174 Q GLU 201 1_555 GA MG CLA . Q CLA 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLN 191 Q GLN 218 1_555 JA MG CLA . Q CLA 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc18 C OE2 GLU 37 R GLU 37 1_555 EB MG CLA . R CLA 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc19 C OE1 GLU 61 R GLU 61 1_555 VA MG CLA . R CLA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc20 C O PRO 106 R PRO 106 1_555 IB MG CHL . R CHL 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc21 C O LEU 112 R LEU 112 1_555 YA MG CHL . R CHL 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc22 C OE1 GLU 137 R GLU 137 1_555 CB MG KC2 . R KC2 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc23 C OE2 GLU 137 R GLU 137 1_555 CB MG KC2 . R KC2 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? 
metalc ? metalc24 C OE1 GLU 181 R GLU 181 1_555 DB MG CLA . R CLA 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc25 C OE2 GLU 181 R GLU 181 1_555 DB MG CLA . R CLA 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLN 198 R GLN 198 1_555 GB MG CLA . R CLA 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
#
_chem_comp.formula           'C40 H56 O4' 
_chem_comp.formula_weight    600.87 
_chem_comp.id                IWJ 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     Prasinoxanthin 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C31 C30 IWJ doub 466 n n 
O27 C26 IWJ doub 467 n n 
C32 C30 IWJ sing 468 n n 
C32 C33 IWJ sing 469 n n 
C30 C29 IWJ sing 470 n n 
C25 C24 IWJ sing 471 n n 
O38 C33 IWJ sing 472 n n 
C26 C24 IWJ sing 473 n n 
C26 C28 IWJ sing 474 n n 
C33 C34 IWJ sing 475 n n 
C24 C23 IWJ doub 476 e n 
C29 O39 IWJ sing 477 n n 
C29 C28 IWJ sing 478 n n 
C29 C35 IWJ sing 479 n n 
C34 C35 IWJ sing 480 n n 
C23 C22 IWJ sing 481 n n 
C35 C36 IWJ sing 482 n n 
C35 C37 IWJ sing 483 n n 
C22 C21 IWJ doub 484 e n 
C20 C19 IWJ sing 485 n n 
C21 C19 IWJ sing 486 n n 
C19 C18 IWJ doub 487 e n 
C18 C17 IWJ sing 488 n n 
C17 C16 IWJ doub 489 e n 
C16 C15 IWJ sing 490 n n 
C15 C14 IWJ doub 491 e n 
C14 C13 IWJ sing 492 n n 
C14 C40 IWJ sing 493 n n 
C13 C12 IWJ doub 494 e n 
C12 C11 IWJ sing 495 n n 
C11 C10 IWJ doub 496 e n 
C10 C09 IWJ sing 497 n n 
C10 C41 IWJ sing 498 n n 
C09 C08 IWJ doub 499 e n 
C08 C07 IWJ sing 500 n n 
C42 C06 IWJ sing 501 n n 
C07 C02 IWJ sing 502 n n 
C07 C06 IWJ sing 503 n n 
C02 C01 IWJ sing 504 n n 
C02 C03 IWJ doub 505 n n 
C06 C05 IWJ sing 506 n n 
C06 C43 IWJ sing 507 n n 
C05 C04 IWJ sing 508 n n 
C03 C04 IWJ sing 509 n n 
C04 O44 IWJ sing 510 n n 
C01 H1 IWJ sing 511 n n 
C01 H2 IWJ sing 512 n n 
C01 H3 IWJ sing 513 n n 
C03 H5 IWJ sing 514 n n 
C04 H7 IWJ sing 515 n n 
C05 H8 IWJ sing 516 n n 
C05 H9 IWJ sing 517 n n 
C07 H10 IWJ sing 518 n n 
C08 H11 IWJ sing 519 n n 
C09 H12 IWJ sing 520 n n 
C11 H13 IWJ sing 521 n n 
C12 H14 IWJ sing 522 n n 
C13 H15 IWJ sing 523 n n 
C15 H16 IWJ sing 524 n n 
C16 H17 IWJ sing 525 n n 
C17 H18 IWJ sing 526 n n 
C18 H19 IWJ sing 527 n n 
C20 H20 IWJ sing 528 n n 
C20 H21 IWJ sing 529 n n 
C20 H22 IWJ sing 530 n n 
C21 H23 IWJ sing 531 n n 
C22 H24 IWJ sing 532 n n 
C23 H25 IWJ sing 533 n n 
C25 H26 IWJ sing 534 n n 
C25 H27 IWJ sing 535 n n 
C25 H28 IWJ sing 536 n n 
C28 H29 IWJ sing 537 n n 
C28 H30 IWJ sing 538 n n 
C31 H31 IWJ sing 539 n n 
C31 H32 IWJ sing 540 n n 
C32 H33 IWJ sing 541 n n 
C32 H34 IWJ sing 542 n n 
C33 H35 IWJ sing 543 n n 
C34 H36 IWJ sing 544 n n 
C34 H37 IWJ sing 545 n n 
C36 H38 IWJ sing 546 n n 
C36 H39 IWJ sing 547 n n 
C36 H40 IWJ sing 548 n n 
C37 H41 IWJ sing 549 n n 
C37 H42 IWJ sing 550 n n 
C37 H43 IWJ sing 551 n n 
C40 H44 IWJ sing 552 n n 
C40 H45 IWJ sing 553 n n 
C40 H46 IWJ sing 554 n n 
C41 H47 IWJ sing 555 n n 
C41 H48 IWJ sing 556 n n 
C41 H49 IWJ sing 557 n n 
C42 H50 IWJ sing 558 n n 
C42 H51 IWJ sing 559 n n 
C42 H52 IWJ sing 560 n n 
C43 H53 IWJ sing 561 n n 
C43 H54 IWJ sing 562 n n 
C43 H55 IWJ sing 563 n n 
O38 H56 IWJ sing 564 n n 
O39 H57 IWJ sing 565 n n 
O44 H58 IWJ sing 566 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8HG5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 3 CLA P 1 301 602 CLA CLA . 
E 3 CLA P 1 302 603 CLA CLA . 
F 3 CLA P 1 303 604 CLA CLA . 
G 4 CHL P 1 304 605 CHL CHL . 
H 4 CHL P 1 305 606 CHL CHL . 
I 4 CHL P 1 306 607 CHL CHL . 
J 4 CHL P 1 307 608 CHL CHL . 
K 5 KC2 P 1 308 609 KC2 KC2 . 
L 3 CLA P 1 309 610 CLA CLA . 
M 3 CLA P 1 310 611 CLA CLA . 
N 3 CLA P 1 311 612 CLA CLA . 
O 3 CLA P 1 312 613 CLA CLA . 
P 3 CLA P 1 313 614 CLA CLA . 
Q 4 CHL P 1 314 617 CHL CHL . 
R 6 Q6L P 1 315 715 Q6L DY0 . 
S 6 Q6L P 1 316 716 Q6L DY0 . 
T 7 NEX P 1 317 717 NEX NEX . 
U 8 IWJ P 1 318 718 IWJ IWJ . 
V 6 Q6L P 1 319 721 Q6L DY0 . 
W 8 IWJ P 1 320 719 IWJ IWJ . 
X 6 Q6L P 1 321 721 Q6L DY0 . 
Y 8 IWJ Q 1 301 719 IWJ IWJ . 
Z 3 CLA Q 1 302 602 CLA CLA . 
AA 3 CLA Q 1 303 603 CLA CLA . 
BA 3 CLA Q 1 304 604 CLA CLA . 
CA 4 CHL Q 1 305 605 CHL CHL . 
DA 4 CHL Q 1 306 606 CHL CHL . 
EA 4 CHL Q 1 307 608 CHL CHL . 
FA 5 KC2 Q 1 308 609 KC2 KC2 . 
GA 3 CLA Q 1 309 610 CLA CLA . 
HA 3 CLA Q 1 310 611 CLA CLA . 
IA 3 CLA Q 1 311 612 CLA CLA . 
JA 3 CLA Q 1 312 613 CLA CLA . 
KA 3 CLA Q 1 313 614 CLA CLA . 
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