data_8HG5
#
_model_server_result.job_id            Gg4n0qCpp_xioKwEyRUoxQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-09-05 21:12:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8hg5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"PA","auth_seq_id":318}' 
#
_entry.id    8HG5 
#
_exptl.entry_id    8HG5 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              570.887 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8HG5 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8HG5 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 R N N 
? 6 S N N 
? 6 V N N 
? 6 X N N 
? 6 NA N N 
? 6 OA N N 
? 6 PA N N 
? 6 RA N N 
? 6 UA N N 
? 6 JB N N 
? 6 KB N N 
? 6 NB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 93 P CYS 93 1_555 A SG CYS 98 P CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.823 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 87 Q CYS 114 1_555 B SG CYS 92 Q CYS 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 93 R CYS 93 1_555 C SG CYS 98 R CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
covale ? covale1 B C ACE 1 Q ACE 28 1_555 B N ARG 2 Q ARG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.369 ? 
covale ? covale2 B C ARG 3 Q ARG 30 1_555 B N TPO 4 Q TPO 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale3 B C TPO 4 Q TPO 31 1_555 B N LYS 5 Q LYS 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 37 P GLU 37 1_555 M MG CLA . P CLA 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLU 61 P GLU 61 1_555 D MG CLA . P CLA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 61 P GLU 61 1_555 D MG CLA . P CLA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc4 A O PRO 106 P PRO 106 1_555 Q MG CHL . P CHL 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? 
metalc ? metalc5 A O LEU 112 P LEU 112 1_555 G MG CHL . P CHL 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 137 P GLU 137 1_555 K MG KC2 . P KC2 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 181 P GLU 181 1_555 L MG CLA . P CLA 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLN 198 P GLN 198 1_555 O MG CLA . P CLA 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc9 B OE1 GLU 31 Q GLU 58 1_555 HA MG CLA . Q CLA 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc10 B OE2 GLU 55 Q GLU 82 1_555 Z MG CLA . Q CLA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc11 B O PRO 100 Q PRO 127 1_555 LA MG CHL . Q CHL 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc12 B O LEU 106 Q LEU 133 1_555 CA MG CHL . Q CHL 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
metalc ? metalc13 B OE1 GLU 123 Q GLU 150 1_555 DA MG CHL . Q CHL 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.9 ? 
metalc ? metalc14 B OE1 GLU 131 Q GLU 158 1_555 FA MG KC2 . Q KC2 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? 
metalc ? metalc15 B OE2 GLU 131 Q GLU 158 1_555 FA MG KC2 . Q KC2 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 174 Q GLU 201 1_555 GA MG CLA . Q CLA 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLN 191 Q GLN 218 1_555 JA MG CLA . Q CLA 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc18 C OE2 GLU 37 R GLU 37 1_555 EB MG CLA . R CLA 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc19 C OE1 GLU 61 R GLU 61 1_555 VA MG CLA . R CLA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc20 C O PRO 106 R PRO 106 1_555 IB MG CHL . R CHL 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc21 C O LEU 112 R LEU 112 1_555 YA MG CHL . R CHL 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc22 C OE1 GLU 137 R GLU 137 1_555 CB MG KC2 . R KC2 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc23 C OE2 GLU 137 R GLU 137 1_555 CB MG KC2 . R KC2 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? 
metalc ? metalc24 C OE1 GLU 181 R GLU 181 1_555 DB MG CLA . R CLA 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc25 C OE2 GLU 181 R GLU 181 1_555 DB MG CLA . R CLA 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLN 198 R GLN 198 1_555 GB MG CLA . R CLA 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
#
_chem_comp.formula           'C40 H58 O2' 
_chem_comp.formula_weight    570.887 
_chem_comp.id                Q6L 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O39 C34 Q6L sing 854 n n 
C34 C33 Q6L sing 855 n n 
C34 C35 Q6L sing 856 n n 
C33 C32 Q6L doub 857 n n 
C40 C32 Q6L sing 858 n n 
C32 C31 Q6L sing 859 n n 
C38 C36 Q6L sing 860 n n 
C35 C36 Q6L sing 861 n n 
C36 C31 Q6L sing 862 n n 
C36 C37 Q6L sing 863 n n 
C31 C30 Q6L sing 864 n n 
C30 C29 Q6L doub 865 e n 
C29 C27 Q6L sing 866 n n 
C28 C27 Q6L sing 867 n n 
C27 C26 Q6L doub 868 e n 
C26 C25 Q6L sing 869 n n 
C25 C24 Q6L doub 870 e n 
C41 C17 Q6L sing 871 n n 
C24 C22 Q6L sing 872 n n 
C21 C22 Q6L doub 873 e n 
C21 C20 Q6L sing 874 n n 
C19 C20 Q6L doub 875 e n 
C19 C18 Q6L sing 876 n n 
C22 C23 Q6L sing 877 n n 
C17 C18 Q6L doub 878 e n 
C17 C16 Q6L sing 879 n n 
C42 C13 Q6L sing 880 n n 
C15 C16 Q6L doub 881 e n 
C15 C14 Q6L sing 882 n n 
C10 C04 Q6L sing 883 n n 
C09 C04 Q6L sing 884 n n 
C13 C14 Q6L doub 885 e n 
C13 C12 Q6L sing 886 n n 
C04 C05 Q6L sing 887 n n 
C04 C03 Q6L sing 888 n n 
C12 C11 Q6L sing 889 n n 
C11 C03 Q6L sing 890 n n 
C05 C06 Q6L sing 891 n n 
C03 C02 Q6L doub 892 n n 
C06 O08 Q6L sing 893 n n 
C06 C07 Q6L sing 894 n n 
C02 C07 Q6L sing 895 n n 
C02 C01 Q6L sing 896 n n 
C18 H1 Q6L sing 897 n n 
C19 H2 Q6L sing 898 n n 
C05 H4 Q6L sing 899 n n 
C05 H5 Q6L sing 900 n n 
C07 H6 Q6L sing 901 n n 
C07 H7 Q6L sing 902 n n 
C09 H8 Q6L sing 903 n n 
C09 H9 Q6L sing 904 n n 
C09 H10 Q6L sing 905 n n 
C10 H11 Q6L sing 906 n n 
C10 H12 Q6L sing 907 n n 
C10 H13 Q6L sing 908 n n 
C11 H14 Q6L sing 909 n n 
C14 H15 Q6L sing 910 n n 
C28 H16 Q6L sing 911 n n 
C28 H17 Q6L sing 912 n n 
C28 H18 Q6L sing 913 n n 
C30 H19 Q6L sing 914 n n 
C31 H20 Q6L sing 915 n n 
C33 H21 Q6L sing 916 n n 
O08 H23 Q6L sing 917 n n 
O39 H24 Q6L sing 918 n n 
C01 H25 Q6L sing 919 n n 
C01 H26 Q6L sing 920 n n 
C01 H27 Q6L sing 921 n n 
C06 H29 Q6L sing 922 n n 
C12 H30 Q6L sing 923 n n 
C15 H31 Q6L sing 924 n n 
C16 H32 Q6L sing 925 n n 
C20 H33 Q6L sing 926 n n 
C21 H34 Q6L sing 927 n n 
C23 H35 Q6L sing 928 n n 
C23 H36 Q6L sing 929 n n 
C23 H37 Q6L sing 930 n n 
C24 H38 Q6L sing 931 n n 
C25 H39 Q6L sing 932 n n 
C26 H40 Q6L sing 933 n n 
C29 H41 Q6L sing 934 n n 
C34 H43 Q6L sing 935 n n 
C35 H44 Q6L sing 936 n n 
C35 H45 Q6L sing 937 n n 
C37 H46 Q6L sing 938 n n 
C37 H47 Q6L sing 939 n n 
C37 H48 Q6L sing 940 n n 
C38 H49 Q6L sing 941 n n 
C38 H50 Q6L sing 942 n n 
C38 H51 Q6L sing 943 n n 
C40 H52 Q6L sing 944 n n 
C40 H53 Q6L sing 945 n n 
C40 H54 Q6L sing 946 n n 
C41 H55 Q6L sing 947 n n 
C41 H56 Q6L sing 948 n n 
C41 H57 Q6L sing 949 n n 
C42 H58 Q6L sing 950 n n 
C42 H59 Q6L sing 951 n n 
C42 H60 Q6L sing 952 n n 
C11 H3 Q6L sing 953 n n 
C12 H22 Q6L sing 954 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8HG5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 3 CLA P 1 301 602 CLA CLA . 
E 3 CLA P 1 302 603 CLA CLA . 
F 3 CLA P 1 303 604 CLA CLA . 
G 4 CHL P 1 304 605 CHL CHL . 
H 4 CHL P 1 305 606 CHL CHL . 
I 4 CHL P 1 306 607 CHL CHL . 
J 4 CHL P 1 307 608 CHL CHL . 
K 5 KC2 P 1 308 609 KC2 KC2 . 
L 3 CLA P 1 309 610 CLA CLA . 
M 3 CLA P 1 310 611 CLA CLA . 
N 3 CLA P 1 311 612 CLA CLA . 
O 3 CLA P 1 312 613 CLA CLA . 
P 3 CLA P 1 313 614 CLA CLA . 
Q 4 CHL P 1 314 617 CHL CHL . 
R 6 Q6L P 1 315 715 Q6L DY0 . 
S 6 Q6L P 1 316 716 Q6L DY0 . 
T 7 NEX P 1 317 717 NEX NEX . 
U 8 IWJ P 1 318 718 IWJ IWJ . 
V 6 Q6L P 1 319 721 Q6L DY0 . 
W 8 IWJ P 1 320 719 IWJ IWJ . 
X 6 Q6L P 1 321 721 Q6L DY0 . 
Y 8 IWJ Q 1 301 719 IWJ IWJ . 
Z 3 CLA Q 1 302 602 CLA CLA . 
AA 3 CLA Q 1 303 603 CLA CLA . 
BA 3 CLA Q 1 304 604 CLA CLA . 
CA 4 CHL Q 1 305 605 CHL CHL . 
DA 4 CHL Q 1 306 606 CHL CHL . 
EA 4 CHL Q 1 307 608 CHL CHL . 
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