data_8HIR # _model_server_result.job_id 8e6opGEBlP5EZ4f4t96n5w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-07 13:33:57' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8hir # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":1302}' # _entry.id 8HIR # _exptl.entry_id 8HIR _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8HIR _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8HIR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 M N N ? 2 P N N ? 2 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O THR 314 A THR 314 1_555 G K K . A K 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? metalc ? metalc2 A OG1 THR 314 A THR 314 1_555 G K K . A K 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? metalc ? metalc3 A O THR 314 A THR 314 1_555 H K K . A K 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? metalc ? metalc4 A O VAL 315 A VAL 315 1_555 H K K . A K 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.828 ? metalc ? metalc5 A O VAL 315 A VAL 315 1_555 I K K . A K 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.678 ? metalc ? metalc6 A O GLY 316 A GLY 316 1_555 I K K . A K 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? metalc ? metalc7 A O LEU 532 A LEU 532 1_555 E NA NA . A NA 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc8 A O HIS 535 A HIS 535 1_555 E NA NA . A NA 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc9 A O SER 557 A SER 557 1_555 E NA NA . A NA 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.825 ? metalc ? metalc10 A OE1 GLU 560 A GLU 560 1_555 E NA NA . A NA 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 560 A GLU 560 1_555 E NA NA . A NA 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc ? metalc12 A SG CYS 777 A CYS 777 1_555 K ZN ZN . A ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc13 A SG CYS 778 A CYS 778 1_555 K ZN ZN . A ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? metalc ? metalc14 A SG CYS 785 A CYS 785 1_555 K ZN ZN . A ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc15 A ND1 HIS 787 A HIS 787 1_555 K ZN ZN . A ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.859 ? metalc ? metalc16 G K K . A K 1303 1_555 B O THR 314 B THR 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? metalc ? metalc17 G K K . A K 1303 1_555 B OG1 THR 314 B THR 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.153 ? metalc ? metalc18 G K K . A K 1303 1_555 C O THR 314 C THR 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? metalc ? metalc19 G K K . A K 1303 1_555 C OG1 THR 314 C THR 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.16 ? metalc ? metalc20 G K K . A K 1303 1_555 D O THR 314 D THR 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc21 G K K . A K 1303 1_555 D OG1 THR 314 D THR 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.15 ? metalc ? metalc22 H K K . A K 1304 1_555 B O THR 314 B THR 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc23 H K K . A K 1304 1_555 B O VAL 315 B VAL 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.822 ? metalc ? metalc24 H K K . A K 1304 1_555 C O THR 314 C THR 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? metalc ? metalc25 H K K . A K 1304 1_555 C O VAL 315 C VAL 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.822 ? metalc ? metalc26 H K K . A K 1304 1_555 D O THR 314 D THR 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? metalc ? metalc27 H K K . A K 1304 1_555 D O VAL 315 D VAL 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? metalc ? metalc28 I K K . A K 1305 1_555 B O VAL 315 B VAL 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? metalc ? metalc29 I K K . A K 1305 1_555 B O GLY 316 B GLY 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.845 ? metalc ? metalc30 I K K . A K 1305 1_555 C O VAL 315 C VAL 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc31 I K K . A K 1305 1_555 C O GLY 316 C GLY 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc32 I K K . A K 1305 1_555 D O VAL 315 D VAL 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? metalc ? metalc33 I K K . A K 1305 1_555 D O GLY 316 D GLY 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc34 B O LEU 532 B LEU 532 1_555 M NA NA . B NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc35 B O HIS 535 B HIS 535 1_555 M NA NA . B NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc36 B O SER 557 B SER 557 1_555 M NA NA . B NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? metalc ? metalc37 B OE1 GLU 560 B GLU 560 1_555 M NA NA . B NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc38 B OE2 GLU 560 B GLU 560 1_555 M NA NA . B NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc39 B SG CYS 777 B CYS 777 1_555 N ZN ZN . B ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc40 B SG CYS 778 B CYS 778 1_555 N ZN ZN . B ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc41 B SG CYS 785 B CYS 785 1_555 N ZN ZN . B ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc42 B ND1 HIS 787 B HIS 787 1_555 N ZN ZN . B ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.795 ? metalc ? metalc43 C O LEU 532 C LEU 532 1_555 P NA NA . C NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc44 C O HIS 535 C HIS 535 1_555 P NA NA . C NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? metalc ? metalc45 C O SER 557 C SER 557 1_555 P NA NA . C NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? metalc ? metalc46 C OE1 GLU 560 C GLU 560 1_555 P NA NA . C NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc47 C OE2 GLU 560 C GLU 560 1_555 P NA NA . C NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc48 C SG CYS 777 C CYS 777 1_555 Q ZN ZN . C ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? metalc ? metalc49 C SG CYS 778 C CYS 778 1_555 Q ZN ZN . C ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc50 C SG CYS 785 C CYS 785 1_555 Q ZN ZN . C ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc ? metalc51 D O LEU 532 D LEU 532 1_555 S NA NA . D NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc52 D O HIS 535 D HIS 535 1_555 S NA NA . D NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? metalc ? metalc53 D O SER 557 D SER 557 1_555 S NA NA . D NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? metalc ? metalc54 D OE1 GLU 560 D GLU 560 1_555 S NA NA . D NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc55 D OE2 GLU 560 D GLU 560 1_555 S NA NA . D NA 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? metalc ? metalc56 D SG CYS 777 D CYS 777 1_555 T ZN ZN . D ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc57 D SG CYS 778 D CYS 778 1_555 T ZN ZN . D ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc58 D SG CYS 785 D CYS 785 1_555 T ZN ZN . D ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? metalc ? metalc59 D ND1 HIS 787 D HIS 787 1_555 T ZN ZN . D ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.8 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8HIR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 NA A 1 1301 1212 NA NA . F 3 K A 1 1302 1 K K . G 3 K A 1 1303 2 K K . H 3 K A 1 1304 3 K K . I 3 K A 1 1305 4 K K . J 4 6OU A 1 1306 1202 6OU 6OU . K 5 ZN A 1 1307 4 ZN ZN . L 4 6OU B 1 1301 1203 6OU 6OU . M 2 NA B 1 1302 1 NA NA . N 5 ZN B 1 1303 1 ZN ZN . O 4 6OU C 1 1301 1204 6OU 6OU . P 2 NA C 1 1302 2 NA NA . Q 5 ZN C 1 1303 2 ZN ZN . R 4 6OU D 1 1301 1201 6OU 6OU . S 2 NA D 1 1302 3 NA NA . T 5 ZN D 1 1303 3 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id S _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 93.604 _atom_site.Cartn_y 153.917 _atom_site.Cartn_z 117.551 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 59.23 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 1302 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 36 _model_server_stats.parse_time_ms 27 _model_server_stats.create_model_time_ms 120 _model_server_stats.query_time_ms 610 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #