data_8IAO # _model_server_result.job_id -w0oL_KzGJWuxsscxxiHuw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-22 08:50:24' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8iao # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"YB","auth_seq_id":803}' # _entry.id 8IAO # _exptl.entry_id 8IAO _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 175.82 _entity.id 59 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 67-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 67 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 59 TB N N ? 59 YB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 S SG CYS 24 S CYS 24 1_555 S SG CYS 58 S CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf2 X SG CYS 78 X CYS 78 1_555 X SG CYS 110 X CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf3 X SG CYS 88 X CYS 88 1_555 X SG CYS 100 X CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf4 Y SG CYS 20 Y CYS 20 1_555 Y SG CYS 77 Y CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf ? disulf5 Y SG CYS 97 Y CYS 97 1_555 Y SG CYS 117 Y CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf6 EA SG CYS 33 e CYS 33 1_555 EA SG CYS 66 e CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf7 EA SG CYS 43 e CYS 43 1_555 EA SG CYS 56 e CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? disulf ? disulf8 OA SG CYS 59 o CYS 59 1_555 OA SG CYS 90 o CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf9 OA SG CYS 69 o CYS 69 1_555 OA SG CYS 80 o CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? disulf ? disulf10 PA SG CYS 77 p CYS 77 1_555 PA SG CYS 84 p CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? disulf ? disulf11 PA SG CYS 113 p CYS 113 1_555 PA SG CYS 125 p CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf12 TA SG CYS 338 AA CYS 338 1_555 TA SG CYS 360 AA CYS 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf13 XA SG CYS 222 AE CYS 222 1_555 XA SG CYS 238 AE CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? disulf ? disulf14 AB SG CYS 51 AH CYS 51 1_555 AB SG CYS 65 AH CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf15 EB SG CYS 338 Aa CYS 338 1_555 EB SG CYS 360 Aa CYS 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf16 IB SG CYS 222 Ae CYS 222 1_555 IB SG CYS 238 Ae CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? disulf ? disulf17 LB SG CYS 51 Ah CYS 51 1_555 LB SG CYS 65 Ah CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 WA SG CYS 121 AD CYS 121 1_555 ID CAB HEC . AD HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? covale ? covale2 HB SG CYS 121 Ad CYS 121 1_555 TD CAB HEC . Ad HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 99 B CYS 99 1_555 RB FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 100 B CYS 100 1_555 RB FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? metalc ? metalc3 B O CYS 194 B CYS 194 1_555 RB FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 194 B CYS 194 1_555 RB FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 139 E CYS 139 1_555 TB FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc6 E SG CYS 175 E CYS 175 1_555 TB FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc7 E SG CYS 179 E CYS 179 1_555 TB FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc8 F SG CYS 385 F CYS 385 1_555 VB FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? metalc ? metalc9 G O PHE 63 G PHE 63 1_555 YB FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc10 G SG CYS 64 G CYS 64 1_555 YB FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.909 ? metalc ? metalc11 G SG CYS 92 G CYS 92 1_555 YB FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.678 ? metalc ? metalc12 G NE2 HIS 124 G HIS 124 1_555 WB FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 128 G CYS 128 1_555 WB FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 137 G CYS 137 1_555 WB FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 179 G CYS 179 1_555 XB FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 182 G CYS 182 1_555 XB FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc17 I SG CYS 116 I CYS 116 1_555 DC FE1 SF4 . I SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? metalc ? metalc18 I SG CYS 119 I CYS 119 1_555 DC FE2 SF4 . I SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? metalc ? metalc19 I SG CYS 158 I CYS 158 1_555 CC FE3 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc20 R SG CYS 79 R CYS 79 1_555 OC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc21 R SG CYS 104 R CYS 104 1_555 OC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? metalc ? metalc22 R SG CYS 107 R CYS 107 1_555 OC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc23 VA NE2 HIS 83 AC HIS 83 1_555 DD FE HEM . AC HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc24 VA NE2 HIS 97 AC HIS 97 1_555 ED FE HEM . AC HEM 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc25 VA NE2 HIS 182 AC HIS 182 1_555 DD FE HEM . AC HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? metalc ? metalc26 VA NE2 HIS 196 AC HIS 196 1_555 ED FE HEM . AC HEM 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc27 WA NE2 HIS 125 AD HIS 125 1_555 ID FE HEC . AD HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc28 WA SD MET 244 AD MET 244 1_555 ID FE HEC . AD HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc29 GB NE2 HIS 83 Ac HIS 83 1_555 OD FE HEM . Ac HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? metalc ? metalc30 GB NE2 HIS 97 Ac HIS 97 1_555 PD FE HEM . Ac HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc31 GB NE2 HIS 182 Ac HIS 182 1_555 OD FE HEM . Ac HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc32 GB NE2 HIS 196 Ac HIS 196 1_555 PD FE HEM . Ac HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc33 HB NE2 HIS 125 Ad HIS 125 1_555 TD FE HEC . Ad HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc34 HB SD MET 244 Ad MET 244 1_555 TD FE HEC . Ad HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? # _chem_comp.formula 'Fe2 S2' _chem_comp.formula_weight 175.82 _chem_comp.id FES _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S1 FES sing 600 n n FE1 S2 FES sing 601 n n FE2 S1 FES sing 602 n n FE2 S2 FES sing 603 n n # _atom_sites.entry_id 8IAO _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code PB 55 3PE A 1 401 401 3PE 3PE . QB 56 CDL A 1 402 203 CDL CDL . RB 57 SF4 B 1 301 236 SF4 SF4 . SB 58 UQ1 D 1 501 501 UQ1 UQ1 . TB 59 FES E 1 301 332 FES FES . UB 60 FMN F 1 501 521 FMN FMN . VB 57 SF4 F 1 502 522 SF4 SF4 . WB 57 SF4 G 1 801 824 SF4 SF4 . XB 57 SF4 G 1 802 825 SF4 SF4 . YB 59 FES G 1 803 826 FES FES . ZB 61 UQ9 H 1 401 400 UQ9 UQ9 . AC 55 3PE H 1 402 403 3PE 3PE . BC 62 PC1 I 1 301 404 PC1 PC1 . CC 57 SF4 I 1 302 235 SF4 SF4 . DC 57 SF4 I 1 303 236 SF4 SF4 . EC 55 3PE J 1 201 202 3PE 3PE . FC 62 PC1 L 1 701 700 PC1 PC1 . GC 55 3PE L 1 702 701 3PE 3PE . HC 56 CDL L 1 703 704 CDL CDL . IC 55 3PE L 1 704 501 3PE 3PE . JC 55 3PE M 1 501 502 3PE 3PE . KC 55 3PE M 1 502 503 3PE 3PE . LC 56 CDL M 1 503 507 CDL CDL . MC 63 ADP O 1 401 401 ADP ADP . NC 64 NDP P 1 401 536 NDP NDP . OC 65 ZN R 1 201 221 ZN ZN . PC 66 EHZ W 1 201 201 EHZ EHZ . QC 55 3PE Y 1 201 702 3PE 3PE . RC 56 CDL Y 1 202 706 CDL CDL . SC 55 3PE b 1 201 201 3PE 3PE . TC 56 CDL d 1 201 508 CDL CDL . UC 56 CDL h 1 201 705 CDL CDL . VC 55 3PE i 1 201 699 3PE 3PE . WC 62 PC1 l 1 201 709 PC1 PC1 . XC 55 3PE m 1 201 506 3PE 3PE . YC 55 3PE m 1 202 201 3PE 3PE . ZC 66 EHZ n 1 201 201 EHZ EHZ . AD 56 CDL q 1 201 405 CDL CDL . BD 62 PC1 q 1 202 406 PC1 PC1 . CD 55 3PE AC 1 401 535 3PE 3PE . DD 67 HEM AC 1 402 401 HEM HEM . ED 67 HEM AC 1 403 402 HEM HEM . FD 55 3PE AC 1 404 403 3PE 3PE . GD 68 U10 AC 1 405 505 U10 U10 . HD 69 UQ6 AC 1 406 506 UQ6 UQ6 . ID 70 HEC AD 1 401 395 HEC HEC . JD 56 CDL AG 1 101 102 CDL CDL . KD 56 CDL AG 1 102 103 CDL CDL . LD 55 3PE AG 1 103 104 3PE 3PE . MD 55 3PE Aa 1 501 535 3PE 3PE . ND 56 CDL Aa 1 502 536 CDL CDL . OD 67 HEM Ac 1 401 401 HEM HEM . PD 67 HEM Ac 1 402 402 HEM HEM . QD 55 3PE Ac 1 403 403 3PE 3PE . RD 68 U10 Ac 1 404 505 U10 U10 . SD 69 UQ6 Ac 1 405 506 UQ6 UQ6 . TD 70 HEC Ad 1 401 395 HEC HEC . UD 62 PC1 Ae 1 301 102 PC1 PC1 . VD 56 CDL Ag 1 101 102 CDL CDL . WD 56 CDL Ag 1 102 103 CDL CDL . XD 55 3PE Ag 1 103 104 3PE 3PE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 FES . . . YB 59 302.386 203.285 252.864 1 38.41 0 FE1 FES 803 G 1 HETATM 2 FE FE2 FES . . . YB 59 301.998 206.199 253.815 1 38.41 0 FE2 FES 803 G 1 HETATM 3 S S1 FES . . . YB 59 303.601 204.681 254.1 1 38.41 0 S1 FES 803 G 1 HETATM 4 S S2 FES . . . YB 59 300.606 204.584 253.176 1 38.41 0 S2 FES 803 G 1 # _model_server_stats.io_time_ms 45 _model_server_stats.parse_time_ms 29 _model_server_stats.create_model_time_ms 498 _model_server_stats.query_time_ms 320 _model_server_stats.encode_time_ms 11 _model_server_stats.element_count 4 #