data_8IB9
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_model_server_result.job_id            BFYi5Jbgze-GqoBxB91muA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-22 09:02:45' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          8ib9 
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_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"UB","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    8IB9 
#
_exptl.entry_id    8IB9 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          55 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    66-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      66 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 55 OB N N 
? 55 UB N N 
? 55 VB N N 
? 55 WB N N 
? 55 BC N N 
? 55 CC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 S SG CYS 24 S CYS 24 1_555 S SG CYS 58 S CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf2 X SG CYS 46 X CYS 46 1_555 X SG CYS 56 X CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf3 X SG CYS 88 X CYS 88 1_555 X SG CYS 100 X CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
disulf ? disulf4 Y SG CYS 20 Y CYS 20 1_555 Y SG CYS 77 Y CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
disulf ? disulf5 Y SG CYS 97 Y CYS 97 1_555 Y SG CYS 117 Y CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
disulf ? disulf6 EA SG CYS 33 e CYS 33 1_555 EA SG CYS 66 e CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf7 EA SG CYS 43 e CYS 43 1_555 EA SG CYS 56 e CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf8 OA SG CYS 59 o CYS 59 1_555 OA SG CYS 90 o CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
disulf ? disulf9 OA SG CYS 69 o CYS 69 1_555 OA SG CYS 80 o CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
disulf ? disulf10 PA SG CYS 77 p CYS 77 1_555 PA SG CYS 84 p CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
disulf ? disulf11 PA SG CYS 113 p CYS 113 1_555 PA SG CYS 125 p CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf12 TA SG CYS 338 AA CYS 338 1_555 TA SG CYS 360 AA CYS 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
disulf ? disulf13 XA SG CYS 217 AE CYS 217 1_555 XA SG CYS 236 AE CYS 236 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
disulf ? disulf14 XA SG CYS 222 AE CYS 222 1_555 XA SG CYS 238 AE CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? 
disulf ? disulf15 AB SG CYS 51 AH CYS 51 1_555 AB SG CYS 65 AH CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf16 EB SG CYS 338 Aa CYS 338 1_555 EB SG CYS 360 Aa CYS 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf17 IB SG CYS 222 Ae CYS 222 1_555 IB SG CYS 238 Ae CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
disulf ? disulf18 LB SG CYS 35 Ah CYS 35 1_555 LB SG CYS 79 Ah CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf19 LB SG CYS 51 Ah CYS 51 1_555 LB SG CYS 65 Ah CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
covale ? covale1 OD C33 CDL . Ac CDL 406 1_555 QD OB7 CDL . Ag CDL 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? 
metalc ? metalc1 B SG CYS 99 B CYS 99 1_555 OB FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 194 B CYS 194 1_555 OB FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? 
metalc ? metalc3 E SG CYS 134 E CYS 134 1_555 SB FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.945 ? 
metalc ? metalc4 E SG CYS 175 E CYS 175 1_555 SB FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.661 ? 
metalc ? metalc5 F SG CYS 385 F CYS 385 1_555 UB FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? 
metalc ? metalc6 G O PHE 63 G PHE 63 1_555 XB FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc7 G SG CYS 75 G CYS 75 1_555 XB FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc8 G NE2 HIS 124 G HIS 124 1_555 VB FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? 
metalc ? metalc9 G SG CYS 128 G CYS 128 1_555 VB FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc10 G SG CYS 137 G CYS 137 1_555 VB FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc11 G SG CYS 182 G CYS 182 1_555 WB FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc12 I SG CYS 116 I CYS 116 1_555 CC FE1 SF4 . I SF4 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc13 I SG CYS 119 I CYS 119 1_555 CC FE2 SF4 . I SF4 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc14 I SG CYS 158 I CYS 158 1_555 BC FE3 SF4 . I SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? 
metalc ? metalc15 R SG CYS 79 R CYS 79 1_555 RC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc16 R NE2 HIS 88 R HIS 88 1_555 RC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc17 R SG CYS 104 R CYS 104 1_555 RC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc18 R SG CYS 107 R CYS 107 1_555 RC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc19 VA NE2 HIS 83 AC HIS 83 1_555 CD FE HEM . AC HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc20 VA NE2 HIS 97 AC HIS 97 1_555 DD FE HEM . AC HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? 
metalc ? metalc21 VA NE2 HIS 182 AC HIS 182 1_555 CD FE HEM . AC HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc22 VA NE2 HIS 196 AC HIS 196 1_555 DD FE HEM . AC HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc23 WA NE2 HIS 125 AD HIS 125 1_555 HD FE HEC . AD HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.927 ? 
metalc ? metalc24 WA SD MET 244 AD MET 244 1_555 HD FE HEC . AD HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? 
metalc ? metalc25 GB NE2 HIS 83 Ac HIS 83 1_555 JD FE HEM . Ac HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc26 GB NE2 HIS 97 Ac HIS 97 1_555 KD FE HEM . Ac HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? 
metalc ? metalc27 GB NE2 HIS 182 Ac HIS 182 1_555 JD FE HEM . Ac HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? 
metalc ? metalc28 GB NE2 HIS 196 Ac HIS 196 1_555 KD FE HEM . Ac HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? 
metalc ? metalc29 HB NE2 HIS 125 Ad HIS 125 1_555 PD FE HEC . Ad HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc30 HB SD MET 244 Ad MET 244 1_555 PD FE HEC . Ad HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 1252 n n 
FE1 S3 SF4 sing 1253 n n 
FE1 S4 SF4 sing 1254 n n 
FE2 S1 SF4 sing 1255 n n 
FE2 S3 SF4 sing 1256 n n 
FE2 S4 SF4 sing 1257 n n 
FE3 S1 SF4 sing 1258 n n 
FE3 S2 SF4 sing 1259 n n 
FE3 S4 SF4 sing 1260 n n 
FE4 S1 SF4 sing 1261 n n 
FE4 S2 SF4 sing 1262 n n 
FE4 S3 SF4 sing 1263 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8IB9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
OB 55 SF4 B 1 301 236 SF4 SF4 . 
PB 56 UQ1 B 1 302 501 UQ1 UQ1 . 
QB 57 PC1 B 1 303 406 PC1 PC1 . 
RB 58 3PE D 1 501 501 3PE 3PE . 
SB 59 FES E 1 301 332 FES FES . 
TB 60 FMN F 1 501 521 FMN FMN . 
UB 55 SF4 F 1 502 522 SF4 SF4 . 
VB 55 SF4 G 1 801 824 SF4 SF4 . 
WB 55 SF4 G 1 802 825 SF4 SF4 . 
XB 59 FES G 1 803 826 FES FES . 
YB 61 UQ9 H 1 400 400 UQ9 UQ9 . 
ZB 58 3PE I 1 301 403 3PE 3PE . 
AC 57 PC1 I 1 302 404 PC1 PC1 . 
BC 55 SF4 I 1 303 235 SF4 SF4 . 
CC 55 SF4 I 1 304 236 SF4 SF4 . 
DC 58 3PE J 1 401 401 3PE 3PE . 
EC 58 3PE K 1 101 202 3PE 3PE . 
FC 58 3PE L 1 701 701 3PE 3PE . 
GC 58 3PE L 1 702 702 3PE 3PE . 
HC 58 3PE L 1 703 703 3PE 3PE . 
IC 62 CDL L 1 704 704 CDL CDL . 
JC 62 CDL L 1 705 706 CDL CDL . 
KC 57 PC1 L 1 706 709 PC1 PC1 . 
LC 58 3PE M 1 501 502 3PE 3PE . 
MC 58 3PE M 1 502 503 3PE 3PE . 
NC 58 3PE M 1 503 504 3PE 3PE . 
OC 58 3PE O 1 401 505 3PE 3PE . 
PC 63 ADP O 1 402 401 ADP ADP . 
QC 64 NDP P 1 401 536 NDP NDP . 
RC 65 ZN R 1 201 221 ZN ZN . 
SC 66 EHZ W 1 201 201 EHZ EHZ . 
TC 62 CDL a 1 101 405 CDL CDL . 
UC 58 3PE b 1 201 201 3PE 3PE . 
VC 62 CDL d 1 201 507 CDL CDL . 
WC 62 CDL h 1 201 705 CDL CDL . 
XC 58 3PE i 1 201 699 3PE 3PE . 
YC 58 3PE j 1 700 700 3PE 3PE . 
ZC 58 3PE m 1 201 506 3PE 3PE . 
AD 58 3PE m 1 202 201 3PE 3PE . 
BD 66 EHZ n 1 201 201 EHZ EHZ . 
CD 67 HEM AC 1 401 401 HEM HEM . 
DD 67 HEM AC 1 402 402 HEM HEM . 
ED 58 3PE AC 1 403 403 3PE 3PE . 
FD 68 U10 AC 1 404 505 U10 U10 . 
GD 69 UQ6 AC 1 405 506 UQ6 UQ6 . 
HD 70 HEC AD 1 401 395 HEC HEC . 
ID 62 CDL Aa 1 501 536 CDL CDL . 
JD 67 HEM Ac 1 401 401 HEM HEM . 
KD 67 HEM Ac 1 402 402 HEM HEM . 
LD 58 3PE Ac 1 403 403 3PE 3PE . 
MD 68 U10 Ac 1 404 505 U10 U10 . 
ND 69 UQ6 Ac 1 405 506 UQ6 UQ6 . 
OD 62 CDL Ac 1 406 102 CDL CDL . 
PD 70 HEC Ad 1 401 395 HEC HEC . 
QD 62 CDL Ag 1 101 103 CDL CDL . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
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HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . UB 55 317.05 201.134 253.005 1 43.96 0 FE2 SF4 502 F 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . UB 55 314.245 201.985 253.612 1 43.96 0 FE3 SF4 502 F 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . UB 55 315.479 199.712 255.17 1 43.96 0 FE4 SF4 502 F 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . UB 55 315.17 200.133 253.103 1 43.96 0 S1 SF4 502 F 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . UB 55 314.536 201.557 255.681 1 43.96 0 S2 SF4 502 F 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . UB 55 317.379 200.674 255.063 1 43.96 0 S3 SF4 502 F 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . UB 55 316.13 202.977 253.551 1 43.96 0 S4 SF4 502 F 1 
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