data_8IBD
#
_model_server_result.job_id            IpDGzrIK04Fg0PaPXSGn8A 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-03 01:49:24' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8ibd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"XB","auth_seq_id":801}' 
#
_entry.id    8IBD 
#
_exptl.entry_id    8IBD 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          56 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    67-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      67 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 56 QB N N 
? 56 WB N N 
? 56 XB N N 
? 56 YB N N 
? 56 DC N N 
? 56 EC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 X SG CYS 36 X CYS 36 1_555 X SG CYS 66 X CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf2 X SG CYS 46 X CYS 46 1_555 X SG CYS 56 X CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf3 X SG CYS 78 X CYS 78 1_555 X SG CYS 110 X CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf4 X SG CYS 88 X CYS 88 1_555 X SG CYS 100 X CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf5 Y SG CYS 20 Y CYS 20 1_555 Y SG CYS 77 Y CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
disulf ? disulf6 Y SG CYS 97 Y CYS 97 1_555 Y SG CYS 117 Y CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
disulf ? disulf7 EA SG CYS 33 e CYS 33 1_555 EA SG CYS 66 e CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
disulf ? disulf8 EA SG CYS 43 e CYS 43 1_555 EA SG CYS 56 e CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf9 OA SG CYS 59 o CYS 59 1_555 OA SG CYS 90 o CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
disulf ? disulf10 OA SG CYS 69 o CYS 69 1_555 OA SG CYS 80 o CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
disulf ? disulf11 PA SG CYS 77 p CYS 77 1_555 PA SG CYS 84 p CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
disulf ? disulf12 PA SG CYS 113 p CYS 113 1_555 PA SG CYS 125 p CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf13 TA SG CYS 338 AA CYS 338 1_555 TA SG CYS 360 AA CYS 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? 
disulf ? disulf14 XA SG CYS 222 AE CYS 222 1_555 XA SG CYS 238 AE CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
disulf ? disulf15 AB SG CYS 51 AH CYS 51 1_555 AB SG CYS 65 AH CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf16 EB SG CYS 338 Aa CYS 338 1_555 EB SG CYS 360 Aa CYS 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? 
disulf ? disulf17 IB SG CYS 222 Ae CYS 222 1_555 IB SG CYS 238 Ae CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
disulf ? disulf18 LB SG CYS 35 Ah CYS 35 1_555 LB SG CYS 79 Ah CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.849 ? 
disulf ? disulf19 LB SG CYS 51 Ah CYS 51 1_555 LB SG CYS 65 Ah CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc1 B SG CYS 100 B CYS 100 1_555 QB FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 164 B CYS 164 1_555 QB FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc3 B O CYS 194 B CYS 194 1_555 QB FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? 
metalc ? metalc4 E SG CYS 139 E CYS 139 1_555 UB FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.96 ? 
metalc ? metalc5 E SG CYS 175 E CYS 175 1_555 UB FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc6 E SG CYS 179 E CYS 179 1_555 UB FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc7 F SG CYS 385 F CYS 385 1_555 WB FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? 
metalc ? metalc8 G O PHE 63 G PHE 63 1_555 ZB FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? 
metalc ? metalc9 G SG CYS 64 G CYS 64 1_555 ZB FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc10 G SG CYS 78 G CYS 78 1_555 ZB FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? 
metalc ? metalc11 G SG CYS 92 G CYS 92 1_555 ZB FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? 
metalc ? metalc12 G NE2 HIS 124 G HIS 124 1_555 XB FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? 
metalc ? metalc13 G SG CYS 128 G CYS 128 1_555 XB FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc14 G SG CYS 137 G CYS 137 1_555 XB FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc15 I SG CYS 116 I CYS 116 1_555 EC FE4 SF4 . I SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc16 I SG CYS 119 I CYS 119 1_555 EC FE1 SF4 . I SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
metalc ? metalc17 I SG CYS 158 I CYS 158 1_555 DC FE4 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc18 I SG CYS 162 I CYS 162 1_555 EC FE2 SF4 . I SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc19 R SG CYS 79 R CYS 79 1_555 QC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? 
metalc ? metalc20 R NE2 HIS 88 R HIS 88 1_555 QC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.91 ? 
metalc ? metalc21 R SG CYS 104 R CYS 104 1_555 QC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc22 R SG CYS 107 R CYS 107 1_555 QC ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc23 VA NE2 HIS 83 AC HIS 83 1_555 CD FE HEM . AC HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc24 VA NE2 HIS 97 AC HIS 97 1_555 DD FE HEM . AC HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc25 VA NE2 HIS 182 AC HIS 182 1_555 CD FE HEM . AC HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.872 ? 
metalc ? metalc26 VA NE2 HIS 196 AC HIS 196 1_555 DD FE HEM . AC HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc27 WA NE2 HIS 125 AD HIS 125 1_555 FD FE HEC . AD HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? 
metalc ? metalc28 GB NE2 HIS 83 Ac HIS 83 1_555 HD FE HEM . Ac HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc29 GB NE2 HIS 97 Ac HIS 97 1_555 ID FE HEM . Ac HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? 
metalc ? metalc30 GB NE2 HIS 182 Ac HIS 182 1_555 HD FE HEM . Ac HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc31 GB NE2 HIS 196 Ac HIS 196 1_555 ID FE HEM . Ac HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc32 HB NE2 HIS 125 Ad HIS 125 1_555 MD FE HEC . Ad HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc33 HB SD MET 244 Ad MET 244 1_555 MD FE HEC . Ad HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 1376 n n 
FE1 S3 SF4 sing 1377 n n 
FE1 S4 SF4 sing 1378 n n 
FE2 S1 SF4 sing 1379 n n 
FE2 S3 SF4 sing 1380 n n 
FE2 S4 SF4 sing 1381 n n 
FE3 S1 SF4 sing 1382 n n 
FE3 S2 SF4 sing 1383 n n 
FE3 S4 SF4 sing 1384 n n 
FE4 S1 SF4 sing 1385 n n 
FE4 S2 SF4 sing 1386 n n 
FE4 S3 SF4 sing 1387 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8IBD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
PB 55 3PE A 1 201 201 3PE 3PE . 
QB 56 SF4 B 1 301 236 SF4 SF4 . 
RB 57 UQ1 B 1 302 502 UQ1 UQ1 . 
SB 58 PC1 B 1 303 406 PC1 PC1 . 
TB 58 PC1 B 1 304 436 PC1 PC1 . 
UB 59 FES E 1 301 332 FES FES . 
VB 60 FMN F 1 501 521 FMN FMN . 
WB 56 SF4 F 1 502 522 SF4 SF4 . 
XB 56 SF4 G 1 801 824 SF4 SF4 . 
YB 56 SF4 G 1 802 825 SF4 SF4 . 
ZB 59 FES G 1 803 826 FES FES . 
AC 61 UQ9 H 1 400 400 UQ9 UQ9 . 
BC 55 3PE H 1 401 401 3PE 3PE . 
CC 55 3PE I 1 301 403 3PE 3PE . 
DC 56 SF4 I 1 302 235 SF4 SF4 . 
EC 56 SF4 I 1 303 236 SF4 SF4 . 
FC 55 3PE K 1 101 202 3PE 3PE . 
GC 55 3PE L 1 701 700 3PE 3PE . 
HC 55 3PE L 1 702 701 3PE 3PE . 
IC 55 3PE L 1 703 702 3PE 3PE . 
JC 62 CDL L 1 704 704 CDL CDL . 
KC 55 3PE L 1 705 501 3PE 3PE . 
LC 55 3PE M 1 501 502 3PE 3PE . 
MC 55 3PE M 1 502 503 3PE 3PE . 
NC 55 3PE N 1 401 504 3PE 3PE . 
OC 63 ADP O 1 401 401 ADP ADP . 
PC 64 NDP P 1 401 536 NDP NDP . 
QC 65 ZN R 1 201 221 ZN ZN . 
RC 66 EHZ W 1 201 201 EHZ EHZ . 
SC 62 CDL X 1 201 507 CDL CDL . 
TC 55 3PE Y 1 201 706 3PE 3PE . 
UC 62 CDL a 1 101 405 CDL CDL . 
VC 55 3PE d 1 201 505 3PE 3PE . 
WC 62 CDL h 1 201 705 CDL CDL . 
XC 55 3PE i 1 201 699 3PE 3PE . 
YC 55 3PE m 1 201 703 3PE 3PE . 
ZC 55 3PE m 1 202 506 3PE 3PE . 
AD 55 3PE m 1 203 201 3PE 3PE . 
BD 66 EHZ n 1 201 201 EHZ EHZ . 
CD 67 HEM AC 1 401 401 HEM HEM . 
DD 67 HEM AC 1 402 402 HEM HEM . 
ED 68 UQ6 AC 1 403 506 UQ6 UQ6 . 
FD 69 HEC AD 1 401 395 HEC HEC . 
GD 55 3PE Aa 1 501 535 3PE 3PE . 
HD 67 HEM Ac 1 401 401 HEM HEM . 
ID 67 HEM Ac 1 402 402 HEM HEM . 
JD 55 3PE Ac 1 403 403 3PE 3PE . 
KD 70 U10 Ac 1 404 505 U10 U10 . 
LD 68 UQ6 Ac 1 405 506 UQ6 UQ6 . 
MD 69 HEC Ad 1 401 395 HEC HEC . 
ND 71 3PH Ad 1 402 400 3PH 3PH . 
OD 62 CDL Ag 1 101 102 CDL CDL . 
PD 62 CDL Ag 1 102 103 CDL CDL . 
QD 55 3PE Ag 1 103 104 3PE 3PE . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
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