data_8IKV
#
_model_server_result.job_id            IFl420eQlF_nfvxQiAW0Zw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 10:37:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8ikv 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":507}' 
#
_entry.id    8IKV 
#
_exptl.entry_id    8IKV 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              65.409 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ZINC ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    16 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          100.485 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8IKV 
_cell.length_a            45.45 
_cell.length_b            76.426 
_cell.length_c            114.329 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8IKV 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,X,AA 1 1 
B,C,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,Y,Z 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
? 3 U N N 
? 3 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 C C GLU 64 B GLU 64 1_555 C N SEP 65 B SEP 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale2 C C SEP 65 B SEP 65 1_555 C N THR 66 B THR 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale3 D C GLU 64 D GLU 64 1_555 D N SEP 65 D SEP 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale4 D C SEP 65 D SEP 65 1_555 D N THR 66 D THR 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 12 C CYS 150 1_555 L ZN ZN . C ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 16 C CYS 154 1_555 L ZN ZN . C ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 28 C CYS 166 1_555 E ZN ZN . C ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 31 C CYS 169 1_555 E ZN ZN . C ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 58 C CYS 196 1_555 E ZN ZN . C ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 63 C CYS 201 1_555 E ZN ZN . C ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 74 C CYS 212 1_555 L ZN ZN . C ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? 
metalc ? metalc8 A NE2 HIS 77 C HIS 215 1_555 L ZN ZN . C ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc9 A SG CYS 100 C CYS 238 1_555 I ZN ZN . C ZN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc10 A SG CYS 103 C CYS 241 1_555 I ZN ZN . C ZN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? 
metalc ? metalc11 A SG CYS 115 C CYS 253 1_555 G ZN ZN . C ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc12 A ND1 HIS 119 C HIS 257 1_555 G ZN ZN . C ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc13 A SG CYS 122 C CYS 260 1_555 I ZN ZN . C ZN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc14 A SG CYS 125 C CYS 263 1_555 I ZN ZN . C ZN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
metalc ? metalc15 A SG CYS 151 C CYS 289 1_555 G ZN ZN . C ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc16 A SG CYS 155 C CYS 293 1_555 G ZN ZN . C ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc17 A SG CYS 194 C CYS 332 1_555 J ZN ZN . C ZN 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc18 A SG CYS 199 C CYS 337 1_555 J ZN ZN . C ZN 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc19 A SG CYS 214 C CYS 352 1_555 J ZN ZN . C ZN 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc20 A SG CYS 222 C CYS 360 1_555 J ZN ZN . C ZN 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc21 A SG CYS 227 C CYS 365 1_555 F ZN ZN . C ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc22 A SG CYS 230 C CYS 368 1_555 F ZN ZN . C ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc23 A NE2 HIS 235 C HIS 373 1_555 F ZN ZN . C ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.98 ? 
metalc ? metalc24 A SG CYS 239 C CYS 377 1_555 F ZN ZN . C ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc25 A SG CYS 280 C CYS 418 1_555 K ZN ZN . C ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc26 A SG CYS 283 C CYS 421 1_555 K ZN ZN . C ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc27 A SG CYS 298 C CYS 436 1_555 K ZN ZN . C ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc28 A SG CYS 303 C CYS 441 1_555 K ZN ZN . C ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc29 A SG CYS 308 C CYS 446 1_555 H ZN ZN . C ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? 
metalc ? metalc30 A SG CYS 311 C CYS 449 1_555 H ZN ZN . C ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc31 A SG CYS 319 C CYS 457 1_555 H ZN ZN . C ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc32 A NE2 HIS 323 C HIS 461 1_555 H ZN ZN . C ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc33 B SG CYS 12 A CYS 150 1_555 V ZN ZN . A ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc34 B SG CYS 16 A CYS 154 1_555 V ZN ZN . A ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc35 B SG CYS 28 A CYS 166 1_555 R ZN ZN . A ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc36 B SG CYS 31 A CYS 169 1_555 R ZN ZN . A ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc37 B SG CYS 58 A CYS 196 1_555 R ZN ZN . A ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc38 B SG CYS 63 A CYS 201 1_555 R ZN ZN . A ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc39 B SG CYS 74 A CYS 212 1_555 V ZN ZN . A ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc40 B NE2 HIS 77 A HIS 215 1_555 V ZN ZN . A ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.988 ? 
metalc ? metalc41 B SG CYS 100 A CYS 238 1_555 T ZN ZN . A ZN 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc42 B SG CYS 103 A CYS 241 1_555 T ZN ZN . A ZN 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc43 B SG CYS 115 A CYS 253 1_555 O ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc44 B ND1 HIS 119 A HIS 257 1_555 O ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
metalc ? metalc45 B SG CYS 122 A CYS 260 1_555 T ZN ZN . A ZN 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc46 B SG CYS 125 A CYS 263 1_555 T ZN ZN . A ZN 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc47 B SG CYS 151 A CYS 289 1_555 O ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc48 B SG CYS 155 A CYS 293 1_555 O ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc49 B SG CYS 194 A CYS 332 1_555 U ZN ZN . A ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc50 B SG CYS 199 A CYS 337 1_555 U ZN ZN . A ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc51 B SG CYS 214 A CYS 352 1_555 U ZN ZN . A ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc52 B SG CYS 222 A CYS 360 1_555 U ZN ZN . A ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc53 B SG CYS 227 A CYS 365 1_555 P ZN ZN . A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? 
metalc ? metalc54 B SG CYS 230 A CYS 368 1_555 P ZN ZN . A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc55 B NE2 HIS 235 A HIS 373 1_555 P ZN ZN . A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.795 ? 
metalc ? metalc56 B SG CYS 239 A CYS 377 1_555 P ZN ZN . A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc57 B SG CYS 280 A CYS 418 1_555 S ZN ZN . A ZN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc58 B SG CYS 283 A CYS 421 1_555 S ZN ZN . A ZN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc59 B SG CYS 298 A CYS 436 1_555 S ZN ZN . A ZN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc60 B SG CYS 303 A CYS 441 1_555 S ZN ZN . A ZN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc61 B SG CYS 308 A CYS 446 1_555 Q ZN ZN . A ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc62 B SG CYS 311 A CYS 449 1_555 Q ZN ZN . A ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc63 B SG CYS 319 A CYS 457 1_555 Q ZN ZN . A ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc64 B NE2 HIS 323 A HIS 461 1_555 Q ZN ZN . A ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? 
#
_chem_comp.formula           'Zn 2' 
_chem_comp.formula_weight    65.409 
_chem_comp.id                ZN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'ZINC ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8IKV 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.022002 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.004072 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013085 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008895 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 ZN C 1 501 1 ZN ZN . 
F 3 ZN C 1 502 2 ZN ZN . 
G 3 ZN C 1 503 3 ZN ZN . 
H 3 ZN C 1 504 4 ZN ZN . 
I 3 ZN C 1 505 5 ZN ZN . 
J 3 ZN C 1 506 6 ZN ZN . 
K 3 ZN C 1 507 7 ZN ZN . 
L 3 ZN C 1 508 8 ZN ZN . 
M 4 PEG C 1 509 501 PEG PEG . 
N 4 PEG C 1 510 601 PEG PEG . 
O 3 ZN A 1 501 1 ZN ZN . 
P 3 ZN A 1 502 2 ZN ZN . 
Q 3 ZN A 1 503 3 ZN ZN . 
R 3 ZN A 1 504 4 ZN ZN . 
S 3 ZN A 1 505 5 ZN ZN . 
T 3 ZN A 1 506 6 ZN ZN . 
U 3 ZN A 1 507 7 ZN ZN . 
V 3 ZN A 1 508 8 ZN ZN . 
W 4 PEG A 1 509 501 PEG PEG . 
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