data_8IO9
#
_model_server_result.job_id            UiG9QLcnn5oGH3DgqPzSYw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 14:31:53' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8io9 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"FA","auth_seq_id":902}' 
#
_entry.id    8IO9 
#
_exptl.entry_id    8IO9 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              425.314 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'THIAMINE DIPHOSPHATE' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8IO9 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8IO9 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dodecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      12 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 N N N 
? 3 Q N N 
? 3 T N N 
? 3 W N N 
? 3 Z N N 
? 3 CA N N 
? 3 FA N N 
? 3 IA N N 
? 3 LA N N 
? 3 OA N N 
? 3 RA N N 
? 3 UA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 B CD1 TRP 703 B TRP 703 1_555 P O3' ANP . B ANP 901 1_555 ? C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.377 ? 
covale ? covale2 D CD1 TRP 703 D TRP 703 1_555 V O3' ANP . D ANP 901 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.377 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 178 A ASP 178 1_555 O MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASN 211 A ASN 211 1_555 O MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc3 A O TYR 213 A TYR 213 1_555 O MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc4 N O2A TPP . A TPP 902 1_555 O MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? 
metalc ? metalc5 N O2B TPP . A TPP 902 1_555 O MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? 
metalc ? metalc6 B OD1 ASP 178 B ASP 178 1_555 R MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASN 211 B ASN 211 1_555 R MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc8 B O TYR 213 B TYR 213 1_555 R MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
metalc ? metalc9 Q O1A TPP . B TPP 902 1_555 R MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 
metalc ? metalc10 Q O1B TPP . B TPP 902 1_555 R MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASP 178 C ASP 178 1_555 U MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? 
metalc ? metalc12 C OD1 ASN 211 C ASN 211 1_555 U MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
metalc ? metalc13 C O TYR 213 C TYR 213 1_555 U MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
metalc ? metalc14 T O2A TPP . C TPP 902 1_555 U MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
metalc ? metalc15 T O2B TPP . C TPP 902 1_555 U MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc16 D OD1 ASP 178 D ASP 178 1_555 X MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? 
metalc ? metalc17 D OD1 ASN 211 D ASN 211 1_555 X MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc18 D O TYR 213 D TYR 213 1_555 X MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc19 W O1A TPP . D TPP 902 1_555 X MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? 
metalc ? metalc20 W O1B TPP . D TPP 902 1_555 X MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc21 E OD1 ASP 178 E ASP 178 1_555 AA MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? 
metalc ? metalc22 E OD1 ASN 211 E ASN 211 1_555 AA MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc23 E O TYR 213 E TYR 213 1_555 AA MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc24 Z O2A TPP . E TPP 902 1_555 AA MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? 
metalc ? metalc25 Z O2B TPP . E TPP 902 1_555 AA MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc26 F OD1 ASP 178 F ASP 178 1_555 DA MG MG . F MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? 
metalc ? metalc27 F OD1 ASN 211 F ASN 211 1_555 DA MG MG . F MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
metalc ? metalc28 F O TYR 213 F TYR 213 1_555 DA MG MG . F MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
metalc ? metalc29 CA O1A TPP . F TPP 902 1_555 DA MG MG . F MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc30 CA O1B TPP . F TPP 902 1_555 DA MG MG . F MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc31 G OD1 ASP 178 G ASP 178 1_555 GA MG MG . G MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? 
metalc ? metalc32 G OD1 ASN 211 G ASN 211 1_555 GA MG MG . G MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc33 G O TYR 213 G TYR 213 1_555 GA MG MG . G MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
metalc ? metalc34 FA O2A TPP . G TPP 902 1_555 GA MG MG . G MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc35 FA O2B TPP . G TPP 902 1_555 GA MG MG . G MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc36 H OD1 ASP 178 H ASP 178 1_555 JA MG MG . H MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? 
metalc ? metalc37 H OD1 ASN 211 H ASN 211 1_555 JA MG MG . H MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
metalc ? metalc38 H O TYR 213 H TYR 213 1_555 JA MG MG . H MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc39 IA O1A TPP . H TPP 902 1_555 JA MG MG . H MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? 
metalc ? metalc40 IA O1B TPP . H TPP 902 1_555 JA MG MG . H MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc41 I OD1 ASP 178 I ASP 178 1_555 MA MG MG . I MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? 
metalc ? metalc42 I OD1 ASN 211 I ASN 211 1_555 MA MG MG . I MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
metalc ? metalc43 I O TYR 213 I TYR 213 1_555 MA MG MG . I MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc44 LA O2A TPP . I TPP 902 1_555 MA MG MG . I MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc45 LA O2B TPP . I TPP 902 1_555 MA MG MG . I MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc46 J OD1 ASP 178 J ASP 178 1_555 PA MG MG . J MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? 
metalc ? metalc47 J OD1 ASN 211 J ASN 211 1_555 PA MG MG . J MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc48 J O TYR 213 J TYR 213 1_555 PA MG MG . J MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
metalc ? metalc49 OA O1A TPP . J TPP 902 1_555 PA MG MG . J MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? 
metalc ? metalc50 OA O1B TPP . J TPP 902 1_555 PA MG MG . J MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc51 K OD1 ASP 178 K ASP 178 1_555 SA MG MG . K MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? 
metalc ? metalc52 K OD1 ASN 211 K ASN 211 1_555 SA MG MG . K MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc53 K O TYR 213 K TYR 213 1_555 SA MG MG . K MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc54 RA O2A TPP . K TPP 902 1_555 SA MG MG . K MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? 
metalc ? metalc55 RA O2B TPP . K TPP 902 1_555 SA MG MG . K MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc56 L OD1 ASP 178 L ASP 178 1_555 VA MG MG . L MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? 
metalc ? metalc57 L OD1 ASN 211 L ASN 211 1_555 VA MG MG . L MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc58 L O TYR 213 L TYR 213 1_555 VA MG MG . L MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
metalc ? metalc59 UA O1A TPP . L TPP 902 1_555 VA MG MG . L MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc60 UA O1B TPP . L TPP 902 1_555 VA MG MG . L MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
#
_chem_comp.formula           'C12 H19 N4 O7 P2 S 1' 
_chem_comp.formula_weight    425.314 
_chem_comp.id                TPP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'THIAMINE DIPHOSPHATE' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1' C2' TPP doub 354 n y 
N1' C6' TPP sing 355 n y 
C2' CM2 TPP sing 356 n n 
C2' N3' TPP sing 357 n y 
CM2 HM21 TPP sing 358 n n 
CM2 HM22 TPP sing 359 n n 
CM2 HM23 TPP sing 360 n n 
N3' C4' TPP doub 361 n y 
C4' N4' TPP sing 362 n n 
C4' C5' TPP sing 363 n y 
N4' HN41 TPP sing 364 n n 
N4' HN42 TPP sing 365 n n 
C5' C6' TPP doub 366 n y 
C5' C7' TPP sing 367 n n 
C6' H6' TPP sing 368 n n 
C7' N3 TPP sing 369 n n 
C7' "H7'1" TPP sing 370 n n 
C7' "H7'2" TPP sing 371 n n 
N3 C2 TPP doub 372 n y 
N3 C4 TPP sing 373 n y 
C2 S1 TPP sing 374 n y 
C2 H2 TPP sing 375 n n 
S1 C5 TPP sing 376 n y 
C5 C4 TPP doub 377 n y 
C5 C6 TPP sing 378 n n 
C4 CM4 TPP sing 379 n n 
CM4 HM41 TPP sing 380 n n 
CM4 HM42 TPP sing 381 n n 
CM4 HM43 TPP sing 382 n n 
C6 C7 TPP sing 383 n n 
C6 H61 TPP sing 384 n n 
C6 H62 TPP sing 385 n n 
C7 O7 TPP sing 386 n n 
C7 H71 TPP sing 387 n n 
C7 H72 TPP sing 388 n n 
O7 PA TPP sing 389 n n 
PA O1A TPP doub 390 n n 
PA O2A TPP sing 391 n n 
PA O3A TPP sing 392 n n 
O2A HOA2 TPP sing 393 n n 
O3A PB TPP sing 394 n n 
PB O1B TPP doub 395 n n 
PB O2B TPP sing 396 n n 
PB O3B TPP sing 397 n n 
O2B HOB2 TPP sing 398 n n 
O3B HOB3 TPP sing 399 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8IO9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 2 ANP A 1 901 901 ANP ANP . 
N 3 TPP A 1 902 902 TPP TPP . 
O 4 MG A 1 903 903 MG MG . 
P 2 ANP B 1 901 901 ANP ANP . 
Q 3 TPP B 1 902 902 TPP TPP . 
R 4 MG B 1 903 903 MG MG . 
S 2 ANP C 1 901 901 ANP ANP . 
T 3 TPP C 1 902 902 TPP TPP . 
U 4 MG C 1 903 903 MG MG . 
V 2 ANP D 1 901 901 ANP ANP . 
W 3 TPP D 1 902 902 TPP TPP . 
X 4 MG D 1 903 903 MG MG . 
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