data_8J0S
#
_model_server_result.job_id            EEPCfxVd2GSG49FS7zzD5Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 22:13:15' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8j0s 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"GA","auth_seq_id":600}' 
#
_entry.id    8J0S 
#
_exptl.entry_id    8J0S 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              555.505 
_entity.id                          12 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            Bedaquiline 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    eicosameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      20 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 12 EA N N 
? 12 FA N N 
? 12 GA N N 
? 12 HA N N 
? 12 IA N N 
? 12 JA N N 
? 12 KA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B OG1 THR 179 A THR 179 1_555 V MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc2 U O1G ATP . A ATP 600 1_555 V MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc3 U O1B ATP . A ATP 600 1_555 V MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? 
metalc ? metalc4 C OG1 THR 179 B THR 179 1_555 X MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc5 W O3G ATP . B ATP 600 1_555 X MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? 
metalc ? metalc6 W O2B ATP . B ATP 600 1_555 X MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc7 D OG1 THR 179 C THR 179 1_555 Z MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
metalc ? metalc8 Y O1G ATP . C ATP 600 1_555 Z MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc9 Y O2B ATP . C ATP 600 1_555 Z MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.888 ? 
metalc ? metalc10 E OG1 THR 178 D THR 178 1_555 BA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
metalc ? metalc11 AA O1B ADP . D ADP 600 1_555 BA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.81 ? 
metalc ? metalc12 G OG1 THR 178 F THR 178 1_555 DA MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc13 CA O1B ADP . F ADP 600 1_555 DA MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? 
metalc ? metalc14 CA O1A ADP . F ADP 600 1_555 DA MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? 
#
_chem_comp.formula           'C32 H31 Br N2 O2' 
_chem_comp.formula_weight    555.505 
_chem_comp.id                BQ1 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              Bedaquiline 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
BR C35 BQ1 sing 163 n n 
O02 C06 BQ1 sing 164 n n 
O03 C17 BQ1 sing 165 n n 
O03 C37 BQ1 sing 166 n n 
N04 C11 BQ1 sing 167 n n 
N04 C25 BQ1 sing 168 n n 
N04 C26 BQ1 sing 169 n n 
N05 C17 BQ1 doub 170 n y 
N05 C24 BQ1 sing 171 n y 
C06 C07 BQ1 sing 172 n n 
C06 C08 BQ1 sing 173 n n 
C06 C09 BQ1 sing 174 n n 
C07 C10 BQ1 sing 175 n n 
C07 C12 BQ1 sing 176 n n 
C08 C11 BQ1 sing 177 n n 
C09 C13 BQ1 sing 178 n y 
C09 C14 BQ1 doub 179 n y 
C10 C15 BQ1 doub 180 n y 
C10 C17 BQ1 sing 181 n y 
C12 C18 BQ1 sing 182 n y 
C12 C19 BQ1 doub 183 n y 
C13 C16 BQ1 doub 184 n y 
C13 C21 BQ1 sing 185 n y 
C14 C20 BQ1 sing 186 n y 
C15 C22 BQ1 sing 187 n y 
C16 C23 BQ1 sing 188 n y 
C16 C27 BQ1 sing 189 n y 
C18 C28 BQ1 doub 190 n y 
C19 C29 BQ1 sing 191 n y 
C20 C23 BQ1 doub 192 n y 
C21 C30 BQ1 doub 193 n y 
C22 C24 BQ1 sing 194 n y 
C22 C33 BQ1 doub 195 n y 
C24 C34 BQ1 doub 196 n y 
C27 C32 BQ1 doub 197 n y 
C28 C31 BQ1 sing 198 n y 
C29 C31 BQ1 doub 199 n y 
C30 C32 BQ1 sing 200 n y 
C33 C35 BQ1 sing 201 n y 
C34 C36 BQ1 sing 202 n y 
C35 C36 BQ1 doub 203 n y 
O02 H02 BQ1 sing 204 n n 
C37 H371 BQ1 sing 205 n n 
C37 H372 BQ1 sing 206 n n 
C37 H373 BQ1 sing 207 n n 
C11 H111 BQ1 sing 208 n n 
C11 H112 BQ1 sing 209 n n 
C25 H251 BQ1 sing 210 n n 
C25 H252 BQ1 sing 211 n n 
C25 H253 BQ1 sing 212 n n 
C26 H261 BQ1 sing 213 n n 
C26 H262 BQ1 sing 214 n n 
C26 H263 BQ1 sing 215 n n 
C07 H07 BQ1 sing 216 n n 
C08 H081 BQ1 sing 217 n n 
C08 H082 BQ1 sing 218 n n 
C14 H14 BQ1 sing 219 n n 
C15 H15 BQ1 sing 220 n n 
C18 H18 BQ1 sing 221 n n 
C19 H19 BQ1 sing 222 n n 
C21 H21 BQ1 sing 223 n n 
C20 H20 BQ1 sing 224 n n 
C23 H23 BQ1 sing 225 n n 
C27 H27 BQ1 sing 226 n n 
C28 H28 BQ1 sing 227 n n 
C29 H29 BQ1 sing 228 n n 
C30 H30 BQ1 sing 229 n n 
C33 H33 BQ1 sing 230 n n 
C34 H34 BQ1 sing 231 n n 
C32 H32 BQ1 sing 232 n n 
C31 H31 BQ1 sing 233 n n 
C36 H36 BQ1 sing 234 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8J0S 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
U 9 ATP A 1 600 600 ATP ATP . 
V 10 MG A 1 601 601 MG MG . 
W 9 ATP B 1 600 600 ATP ATP . 
X 10 MG B 1 601 601 MG MG . 
Y 9 ATP C 1 600 600 ATP ATP . 
Z 10 MG C 1 601 601 MG MG . 
AA 11 ADP D 1 600 600 ADP ADP . 
BA 10 MG D 1 601 601 MG MG . 
CA 11 ADP F 1 600 600 ADP ADP . 
DA 10 MG F 1 601 601 MG MG . 
EA 12 BQ1 1 1 600 600 BQ1 BQ1 . 
FA 12 BQ1 4 1 600 600 BQ1 BQ1 . 
GA 12 BQ1 5 1 600 600 BQ1 BQ1 . 
HA 12 BQ1 6 1 600 600 BQ1 BQ1 . 
IA 12 BQ1 7 1 600 600 BQ1 BQ1 . 
JA 12 BQ1 8 1 600 600 BQ1 BQ1 . 
KA 12 BQ1 9 1 600 600 BQ1 BQ1 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 BR BR BQ1 . . . GA 12 207.328 182.104 277.052 1 23.23 ? BR BQ1 600 5 1 
HETATM 2 O O02 BQ1 . . . GA 12 205.992 174.796 278.063 1 23.23 ? O02 BQ1 600 5 1 
HETATM 3 O O03 BQ1 . . . GA 12 207.453 174.567 273.844 1 23.23 ? O03 BQ1 600 5 1 
HETATM 4 N N04 BQ1 . . . GA 12 203.209 172.973 275.66 1 23.23 ? N04 BQ1 600 5 1 
HETATM 5 N N05 BQ1 . . . GA 12 207.294 176.909 273.959 1 23.23 ? N05 BQ1 600 5 1 
HETATM 6 C C06 BQ1 . . . GA 12 206.547 173.796 277.261 1 23.23 ? C06 BQ1 600 5 1 
HETATM 7 C C07 BQ1 . . . GA 12 207.85 174.313 276.616 1 23.23 ? C07 BQ1 600 5 1 
HETATM 8 C C08 BQ1 . . . GA 12 205.533 173.489 276.156 1 23.23 ? C08 BQ1 600 5 1 
HETATM 9 C C09 BQ1 . . . GA 12 206.774 172.565 278.161 1 23.23 ? C09 BQ1 600 5 1 
HETATM 10 C C10 BQ1 . . . GA 12 207.655 175.686 275.945 1 23.23 ? C10 BQ1 600 5 1 
HETATM 11 C C11 BQ1 . . . GA 12 204.139 173.274 276.732 1 23.23 ? C11 BQ1 600 5 1 
HETATM 12 C C12 BQ1 . . . GA 12 209.034 174.315 277.595 1 23.23 ? C12 BQ1 600 5 1 
HETATM 13 C C13 BQ1 . . . GA 12 207.253 171.304 277.742 1 23.23 ? C13 BQ1 600 5 1 
HETATM 14 C C14 BQ1 . . . GA 12 206.469 172.746 279.492 1 23.23 ? C14 BQ1 600 5 1 
HETATM 15 C C15 BQ1 . . . GA 12 207.669 176.853 276.655 1 23.23 ? C15 BQ1 600 5 1 
HETATM 16 C C16 BQ1 . . . GA 12 207.402 170.275 278.712 1 23.23 ? C16 BQ1 600 5 1 
HETATM 17 C C17 BQ1 . . . GA 12 207.468 175.751 274.587 1 23.23 ? C17 BQ1 600 5 1 
HETATM 18 C C18 BQ1 . . . GA 12 210.218 173.725 277.194 1 23.23 ? C18 BQ1 600 5 1 
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HETATM 21 C C21 BQ1 . . . GA 12 207.593 171 276.424 1 23.23 ? C21 BQ1 600 5 1 
HETATM 22 C C22 BQ1 . . . GA 12 207.492 178.056 276.024 1 23.23 ? C22 BQ1 600 5 1 
HETATM 23 C C23 BQ1 . . . GA 12 207.082 170.522 280.042 1 23.23 ? C23 BQ1 600 5 1 
HETATM 24 C C24 BQ1 . . . GA 12 207.299 178.069 274.63 1 23.23 ? C24 BQ1 600 5 1 
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HETATM 26 C C26 BQ1 . . . GA 12 203.731 171.902 274.835 1 23.23 ? C26 BQ1 600 5 1 
HETATM 27 C C27 BQ1 . . . GA 12 207.872 169.021 278.335 1 23.23 ? C27 BQ1 600 5 1 
HETATM 28 C C28 BQ1 . . . GA 12 211.309 173.705 278.041 1 23.23 ? C28 BQ1 600 5 1 
HETATM 29 C C29 BQ1 . . . GA 12 210.044 174.867 279.706 1 23.23 ? C29 BQ1 600 5 1 
HETATM 30 C C30 BQ1 . . . GA 12 208.052 169.751 276.081 1 23.23 ? C30 BQ1 600 5 1 
HETATM 31 C C31 BQ1 . . . GA 12 211.224 174.275 279.298 1 23.23 ? C31 BQ1 600 5 1 
HETATM 32 C C32 BQ1 . . . GA 12 208.191 168.772 277.023 1 23.23 ? C32 BQ1 600 5 1 
HETATM 33 C C33 BQ1 . . . GA 12 207.498 179.253 276.73 1 23.23 ? C33 BQ1 600 5 1 
HETATM 34 C C34 BQ1 . . . GA 12 207.117 179.283 273.977 1 23.23 ? C34 BQ1 600 5 1 
HETATM 35 C C35 BQ1 . . . GA 12 207.319 180.437 276.061 1 23.23 ? C35 BQ1 600 5 1 
HETATM 36 C C36 BQ1 . . . GA 12 207.131 180.452 274.705 1 23.23 ? C36 BQ1 600 5 1 
HETATM 37 C C37 BQ1 . . . GA 12 207.191 174.752 272.485 1 23.23 ? C37 BQ1 600 5 1 
#
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