data_8J7A
#
_model_server_result.job_id            uSS5HW5Ayhj4EEGmZCpS7Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-18 19:27:46' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8j7a 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"RD","auth_seq_id":855}' 
#
_entry.id    8J7A 
#
_exptl.entry_id    8J7A 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              450.696 
_entity.id                          26 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            PHYLLOQUINONE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8J7A 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8J7A 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      16 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF,YF,ZF,AG,BG,CG,DG,EG,FG,GG,HG,IG,JG,KG,LG,MG,NG,OG,PG,QG,RG,SG,TG,UG,VG,WG,XG,YG,ZG,AH,BH,CH,DH,EH,FH 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 26 RD N N 
? 26 ZF N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O TRP 48 1 TRP 48 1_555 Q MG CHL . 1 CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 87 1 GLU 87 1_555 R MG CLA . 1 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.66 ? 
metalc ? metalc3 Z MG CLA . 1 CLA 610 1_555 EA O4 LHG . 1 LHG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? 
metalc ? metalc4 Z MG CLA . 1 CLA 610 1_555 EA O6 LHG . 1 LHG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? 
metalc ? metalc5 B O TRP 55 2 TRP 55 1_555 RA MG CHL . 2 CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? 
metalc ? metalc6 B OE1 GLU 152 2 GLU 152 1_555 XA MG CLA . 2 CLA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.865 ? 
metalc ? metalc7 B OD2 ASP 168 2 ASP 168 1_555 KA MG CHL . 2 CHL 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? 
metalc ? metalc8 UA MG CLA . 2 CLA 610 1_555 QA O5 LHG . 2 LHG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? 
metalc ? metalc9 C OE2 GLU 100 3 GLU 100 1_555 JB MG CLA . 3 CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.945 ? 
metalc ? metalc10 D O TRP 57 4 TRP 57 1_555 AC MG CLA . 4 CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? 
metalc ? metalc11 D OE2 GLU 96 4 GLU 96 1_555 SB MG CLA . 4 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? 
metalc ? metalc12 D OE1 GLU 154 4 GLU 154 1_555 NB MG CLA . 4 CLA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? 
metalc ? metalc13 D OD2 ASP 170 4 ASP 170 1_555 UB MG CHL . 4 CHL 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? 
metalc ? metalc14 E OE1 GLN 113 A GLN 113 1_555 BD MG CLA . A CLA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? 
metalc ? metalc15 E OE1 GLN 121 A GLN 121 1_555 VD MG CLA . A CLA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc16 E O THR 495 A THR 495 1_555 DD MG CLA . A CLA 837 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.944 ? 
metalc ? metalc17 F OD2 ASP 93 B ASP 93 1_555 WF MG CLA . B CLA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? 
metalc ? metalc18 QF MG CLA . B CLA 841 1_555 SF O4 LHG . B LHG 851 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? 
metalc ? metalc19 J O ASN 141 F ASN 141 1_555 LG MG CLA . F CLA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.975 ? 
metalc ? metalc20 K OD1 ASP 123 G ASP 123 1_555 QG MG CLA . G CLA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? 
metalc ? metalc21 O OD1 ASP 97 K ASP 97 1_555 ZG MG CLA . K CLA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? 
metalc ? metalc22 P OE2 GLU 106 L GLU 106 1_555 CH MG CLA . L CLA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? 
#
_chem_comp.formula           'C31 H46 O2' 
_chem_comp.formula_weight    450.696 
_chem_comp.id                PQN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              PHYLLOQUINONE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'VITAMIN K1;2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 PQN doub 1315 n n 
C1 C2 PQN sing 1316 n n 
C1 C10 PQN sing 1317 n n 
C2 C2M PQN sing 1318 n n 
C2 C3 PQN doub 1319 n n 
C2M H2M1 PQN sing 1320 n n 
C2M H2M2 PQN sing 1321 n n 
C2M H2M3 PQN sing 1322 n n 
C3 C4 PQN sing 1323 n n 
C3 C11 PQN sing 1324 n n 
C4 O4 PQN doub 1325 n n 
C4 C5 PQN sing 1326 n n 
C5 C6 PQN doub 1327 n y 
C5 C10 PQN sing 1328 n y 
C6 C7 PQN sing 1329 n y 
C6 H6 PQN sing 1330 n n 
C7 C8 PQN doub 1331 n y 
C7 H7 PQN sing 1332 n n 
C8 C9 PQN sing 1333 n y 
C8 H8 PQN sing 1334 n n 
C9 C10 PQN doub 1335 n y 
C9 H9 PQN sing 1336 n n 
C11 C12 PQN sing 1337 n n 
C11 H111 PQN sing 1338 n n 
C11 H112 PQN sing 1339 n n 
C12 C13 PQN doub 1340 e n 
C12 H12 PQN sing 1341 n n 
C13 C14 PQN sing 1342 n n 
C13 C15 PQN sing 1343 n n 
C14 H141 PQN sing 1344 n n 
C14 H142 PQN sing 1345 n n 
C14 H143 PQN sing 1346 n n 
C15 C16 PQN sing 1347 n n 
C15 H151 PQN sing 1348 n n 
C15 H152 PQN sing 1349 n n 
C16 C17 PQN sing 1350 n n 
C16 H161 PQN sing 1351 n n 
C16 H162 PQN sing 1352 n n 
C17 C18 PQN sing 1353 n n 
C17 H171 PQN sing 1354 n n 
C17 H172 PQN sing 1355 n n 
C18 C19 PQN sing 1356 n n 
C18 C20 PQN sing 1357 n n 
C18 H18 PQN sing 1358 n n 
C19 H191 PQN sing 1359 n n 
C19 H192 PQN sing 1360 n n 
C19 H193 PQN sing 1361 n n 
C20 C21 PQN sing 1362 n n 
C20 H201 PQN sing 1363 n n 
C20 H202 PQN sing 1364 n n 
C21 C22 PQN sing 1365 n n 
C21 H211 PQN sing 1366 n n 
C21 H212 PQN sing 1367 n n 
C22 C23 PQN sing 1368 n n 
C22 H221 PQN sing 1369 n n 
C22 H222 PQN sing 1370 n n 
C23 C24 PQN sing 1371 n n 
C23 C25 PQN sing 1372 n n 
C23 H23 PQN sing 1373 n n 
C24 H241 PQN sing 1374 n n 
C24 H242 PQN sing 1375 n n 
C24 H243 PQN sing 1376 n n 
C25 C26 PQN sing 1377 n n 
C25 H251 PQN sing 1378 n n 
C25 H252 PQN sing 1379 n n 
C26 C27 PQN sing 1380 n n 
C26 H261 PQN sing 1381 n n 
C26 H262 PQN sing 1382 n n 
C27 C28 PQN sing 1383 n n 
C27 H271 PQN sing 1384 n n 
C27 H272 PQN sing 1385 n n 
C28 C29 PQN sing 1386 n n 
C28 C30 PQN sing 1387 n n 
C28 H28 PQN sing 1388 n n 
C29 H291 PQN sing 1389 n n 
C29 H292 PQN sing 1390 n n 
C29 H293 PQN sing 1391 n n 
C30 H301 PQN sing 1392 n n 
C30 H302 PQN sing 1393 n n 
C30 H303 PQN sing 1394 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8J7A 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
Q 17 CHL 1 1 601 601 CHL CHL . 
R 18 CLA 1 1 602 602 CLA CLA . 
S 18 CLA 1 1 603 603 CLA CLA . 
T 18 CLA 1 1 604 604 CLA CLA . 
U 18 CLA 1 1 605 605 CLA CLA . 
V 17 CHL 1 1 606 606 CHL CHL . 
W 18 CLA 1 1 607 607 CLA CLA . 
X 18 CLA 1 1 608 608 CLA CLA . 
Y 18 CLA 1 1 609 609 CLA CLA . 
Z 18 CLA 1 1 610 610 CLA CLA . 
AA 18 CLA 1 1 611 611 CLA CLA . 
BA 18 CLA 1 1 612 612 CLA CLA . 
CA 18 CLA 1 1 613 613 CLA CLA . 
DA 19 XAT 1 1 614 614 XAT XAT . 
EA 20 LHG 1 1 615 615 LHG LHG . 
FA 21 LUT 1 1 616 616 LUT LUT . 
GA 17 CHL 2 1 607 607 CHL CHL . 
HA 18 CLA 2 1 604 604 CLA CLA . 
IA 18 CLA 2 1 602 602 CLA CLA . 
JA 21 LUT 2 1 616 616 LUT LUT . 
KA 17 CHL 2 1 615 615 CHL CHL . 
LA 17 CHL 2 1 606 606 CHL CHL . 
MA 18 CLA 2 1 612 612 CLA CLA . 
NA 18 CLA 2 1 613 613 CLA CLA . 
OA 19 XAT 2 1 617 617 XAT XAT . 
PA 21 LUT 2 1 619 619 LUT LUT . 
QA 20 LHG 2 1 618 618 LHG LHG . 
RA 17 CHL 2 1 601 601 CHL CHL . 
SA 18 CLA 2 1 603 603 CLA CLA . 
TA 17 CHL 2 1 605 605 CHL CHL . 
UA 18 CLA 2 1 610 610 CLA CLA . 
VA 18 CLA 2 1 611 611 CLA CLA . 
WA 18 CLA 2 1 609 609 CLA CLA . 
XA 18 CLA 2 1 608 608 CLA CLA . 
YA 18 CLA 3 1 612 612 CLA CLA . 
ZA 18 CLA 3 1 610 610 CLA CLA . 
AB 18 CLA 3 1 609 609 CLA CLA . 
BB 18 CLA 3 1 602 602 CLA CLA . 
CB 18 CLA 3 1 604 604 CLA CLA . 
DB 18 CLA 3 1 607 607 CLA CLA . 
EB 22 BCR 3 1 614 614 BCR BCR . 
FB 18 CLA 3 1 603 603 CLA CLA . 
GB 21 LUT 3 1 613 613 LUT LUT . 
HB 18 CLA 3 1 611 611 CLA CLA . 
IB 17 CHL 3 1 606 606 CHL CHL . 
JB 18 CLA 3 1 601 601 CLA CLA . 
KB 18 CLA 3 1 608 608 CLA CLA . 
LB 18 CLA 3 1 605 605 CLA CLA . 
MB 18 CLA 4 1 604 604 CLA CLA . 
NB 18 CLA 4 1 608 608 CLA CLA . 
OB 22 BCR 4 1 618 618 BCR BCR . 
PB 18 CLA 4 1 603 603 CLA CLA . 
QB 17 CHL 4 1 606 606 CHL CHL . 
RB 18 CLA 4 1 609 609 CLA CLA . 
SB 18 CLA 4 1 602 602 CLA CLA . 
TB 23 LMG 4 1 620 620 LMG LMG . 
UB 17 CHL 4 1 615 615 CHL CHL . 
VB 18 CLA 4 1 610 610 CLA CLA . 
WB 17 CHL 4 1 605 605 CHL CHL . 
XB 18 CLA 4 1 611 611 CLA CLA . 
YB 18 CLA 4 1 614 614 CLA CLA . 
ZB 19 XAT 4 1 617 617 XAT XAT . 
AC 18 CLA 4 1 601 601 CLA CLA . 
BC 18 CLA 4 1 613 613 CLA CLA . 
CC 23 LMG 4 1 619 619 LMG LMG . 
DC 21 LUT 4 1 616 616 LUT LUT . 
EC 17 CHL 4 1 607 607 CHL CHL . 
FC 18 CLA 4 1 612 612 CLA CLA . 
GC 18 CLA A 1 804 804 CLA CLA . 
HC 24 CL0 A 1 801 801 CL0 CL0 . 
IC 22 BCR A 1 848 848 BCR BCR . 
JC 18 CLA A 1 817 817 CLA CLA . 
KC 18 CLA A 1 821 821 CLA CLA . 
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