data_8J7B
#
_model_server_result.job_id            Xd_p8b8eWOLz_JPoAIc2hw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-18 19:30:47' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8j7b 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"IG","auth_seq_id":850}' 
#
_entry.id    8J7B 
#
_exptl.entry_id    8J7B 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              949.299 
_entity.id                          27 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8J7B 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8J7B 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      16 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF,YF,ZF,AG,BG,CG,DG,EG,FG,GG,HG,IG,JG,KG,LG,MG,NG,OG,PG,QG,RG,SG,TG,UG,VG,WG,XG,YG,ZG,AH,BH,CH,DH,EH,FH,GH,HH,IH 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      27 
_struct_asym.id                             IG 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O TRP 48 1 TRP 48 1_555 Q MG CHL . 1 CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 87 1 GLU 87 1_555 R MG CLA . 1 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 153 1 GLU 153 1_555 X MG CLA . 1 CLA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? 
metalc ? metalc4 Z MG CLA . 1 CLA 610 1_555 EA O3 LHG . 1 LHG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? 
metalc ? metalc5 Z MG CLA . 1 CLA 610 1_555 EA O4 LHG . 1 LHG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? 
metalc ? metalc6 B O TRP 55 2 TRP 55 1_555 JA MG CHL . 2 CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc7 B OE2 GLU 94 2 GLU 94 1_555 PA MG CLA . 2 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? 
metalc ? metalc8 B OD2 ASP 168 2 ASP 168 1_555 HA MG CHL . 2 CHL 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? 
metalc ? metalc9 B OE1 GLN 226 2 GLN 226 1_555 LA MG CLA . 2 CLA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? 
metalc ? metalc10 VA MG CLA . 2 CLA 610 1_555 UA O5 LHG . 2 LHG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? 
metalc ? metalc11 D O TRP 57 4 TRP 57 1_555 PB MG CLA . 4 CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? 
metalc ? metalc12 D OE2 GLU 96 4 GLU 96 1_555 OB MG CLA . 4 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? 
metalc ? metalc13 D OE1 GLU 154 4 GLU 154 1_555 SB MG CLA . 4 CLA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc14 D OD2 ASP 170 4 ASP 170 1_555 RB MG CHL . 4 CHL 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? 
metalc ? metalc15 E OE1 GLN 121 A GLN 121 1_555 VC MG CLA . A CLA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? 
metalc ? metalc16 E O THR 495 A THR 495 1_555 IE MG CLA . A CLA 837 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? 
metalc ? metalc17 ED MG CLA . A CLA 845 1_555 JD O4 LHG . A LHG 847 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? 
metalc ? metalc18 F OE1 GLN 53 B GLN 53 1_555 MF MG CLA . B CLA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? 
metalc ? metalc19 F OD2 ASP 93 B ASP 93 1_555 YE MG CLA . B CLA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? 
metalc ? metalc20 CF MG CLA . B CLA 841 1_555 LF O4 LHG . B LHG 851 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc21 J O ASN 141 F ASN 141 1_555 LG MG CLA . F CLA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.985 ? 
metalc ? metalc22 K OD2 ASP 123 G ASP 123 1_555 SG MG CLA . G CLA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? 
metalc ? metalc23 O O LEU 72 K LEU 72 1_555 XG MG CLA . K CLA 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? 
metalc ? metalc24 O OD2 ASP 97 K ASP 97 1_555 YG MG CLA . K CLA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? 
#
_chem_comp.formula           'C51 H96 O15' 
_chem_comp.formula_weight    949.299 
_chem_comp.id                DGD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)' 
_chem_comp.type              saccharide 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1A C2A DGD sing 614 n n 
C1A O1A DGD doub 615 n n 
C1A O1G DGD sing 616 n n 
C2A C3A DGD sing 617 n n 
C2A HA21 DGD sing 618 n n 
C2A HA22 DGD sing 619 n n 
C3A C4A DGD sing 620 n n 
C3A HA31 DGD sing 621 n n 
C3A HA32 DGD sing 622 n n 
C4A C5A DGD sing 623 n n 
C4A HA41 DGD sing 624 n n 
C4A HA42 DGD sing 625 n n 
C5A C6A DGD sing 626 n n 
C5A HA51 DGD sing 627 n n 
C5A HA52 DGD sing 628 n n 
C6A C7A DGD sing 629 n n 
C6A HA61 DGD sing 630 n n 
C6A HA62 DGD sing 631 n n 
C7A C8A DGD sing 632 n n 
C7A HA71 DGD sing 633 n n 
C7A HA72 DGD sing 634 n n 
C8A C9A DGD sing 635 n n 
C8A HA81 DGD sing 636 n n 
C8A HA82 DGD sing 637 n n 
C9A CAA DGD sing 638 n n 
C9A HA91 DGD sing 639 n n 
C9A HA92 DGD sing 640 n n 
CAA CBA DGD sing 641 n n 
CAA HAT1 DGD sing 642 n n 
CAA HAT2 DGD sing 643 n n 
CBA CCA DGD sing 644 n n 
CBA HAE1 DGD sing 645 n n 
CBA HAE2 DGD sing 646 n n 
CCA CDA DGD sing 647 n n 
CCA HAW1 DGD sing 648 n n 
CCA HAW2 DGD sing 649 n n 
CDA CEA DGD sing 650 n n 
CDA HAH1 DGD sing 651 n n 
CDA HAH2 DGD sing 652 n n 
CEA CFA DGD sing 653 n n 
CEA HAF1 DGD sing 654 n n 
CEA HAF2 DGD sing 655 n n 
CFA CGA DGD sing 656 n n 
CFA HAN1 DGD sing 657 n n 
CFA HAN2 DGD sing 658 n n 
CGA CHA DGD sing 659 n n 
CGA HAS1 DGD sing 660 n n 
CGA HAS2 DGD sing 661 n n 
CHA CIA DGD sing 662 n n 
CHA HAV1 DGD sing 663 n n 
CHA HAV2 DGD sing 664 n n 
CIA HAG1 DGD sing 665 n n 
CIA HAG2 DGD sing 666 n n 
CIA HAG3 DGD sing 667 n n 
C1B C2B DGD sing 668 n n 
C1B O1B DGD doub 669 n n 
C1B O2G DGD sing 670 n n 
C2B C3B DGD sing 671 n n 
C2B HB21 DGD sing 672 n n 
C2B HB22 DGD sing 673 n n 
C3B C4B DGD sing 674 n n 
C3B HB31 DGD sing 675 n n 
C3B HB32 DGD sing 676 n n 
C4B C5B DGD sing 677 n n 
C4B HB41 DGD sing 678 n n 
C4B HB42 DGD sing 679 n n 
C5B C6B DGD sing 680 n n 
C5B HB51 DGD sing 681 n n 
C5B HB52 DGD sing 682 n n 
C6B C7B DGD sing 683 n n 
C6B HB61 DGD sing 684 n n 
C6B HB62 DGD sing 685 n n 
C7B C8B DGD sing 686 n n 
C7B HB71 DGD sing 687 n n 
C7B HB72 DGD sing 688 n n 
C8B C9B DGD sing 689 n n 
C8B HB81 DGD sing 690 n n 
C8B HB82 DGD sing 691 n n 
C9B CAB DGD sing 692 n n 
C9B HB91 DGD sing 693 n n 
C9B HB92 DGD sing 694 n n 
CAB CBB DGD sing 695 n n 
CAB HBT1 DGD sing 696 n n 
CAB HBT2 DGD sing 697 n n 
CBB CCB DGD sing 698 n n 
CBB HBE1 DGD sing 699 n n 
CBB HBE2 DGD sing 700 n n 
CCB CDB DGD sing 701 n n 
CCB HBW1 DGD sing 702 n n 
CCB HBW2 DGD sing 703 n n 
CDB CEB DGD sing 704 n n 
CDB HBH1 DGD sing 705 n n 
CDB HBH2 DGD sing 706 n n 
CEB CFB DGD sing 707 n n 
CEB HBF1 DGD sing 708 n n 
CEB HBF2 DGD sing 709 n n 
CFB CGB DGD sing 710 n n 
CFB HBN1 DGD sing 711 n n 
CFB HBN2 DGD sing 712 n n 
CGB CHB DGD sing 713 n n 
CGB HBS1 DGD sing 714 n n 
CGB HBS2 DGD sing 715 n n 
CHB CIB DGD sing 716 n n 
CHB HBV1 DGD sing 717 n n 
CHB HBV2 DGD sing 718 n n 
CIB HBG1 DGD sing 719 n n 
CIB HBG2 DGD sing 720 n n 
CIB HBG3 DGD sing 721 n n 
O1G C1G DGD sing 722 n n 
C1G C2G DGD sing 723 n n 
C1G HG11 DGD sing 724 n n 
C1G HG12 DGD sing 725 n n 
C2G O2G DGD sing 726 n n 
C2G C3G DGD sing 727 n n 
C2G HG2 DGD sing 728 n n 
C3G O3G DGD sing 729 n n 
C3G HG31 DGD sing 730 n n 
C3G HG32 DGD sing 731 n n 
O3G C1D DGD sing 732 n n 
C1D C2D DGD sing 733 n n 
C1D O6D DGD sing 734 n n 
C1D HD1 DGD sing 735 n n 
C2D O2D DGD sing 736 n n 
C2D C3D DGD sing 737 n n 
C2D HD2 DGD sing 738 n n 
O2D HO2D DGD sing 739 n n 
C3D O3D DGD sing 740 n n 
C3D C4D DGD sing 741 n n 
C3D HD3 DGD sing 742 n n 
O3D HO3D DGD sing 743 n n 
C4D O4D DGD sing 744 n n 
C4D C5D DGD sing 745 n n 
C4D HD4 DGD sing 746 n n 
O4D HO4D DGD sing 747 n n 
C5D C6D DGD sing 748 n n 
C5D O6D DGD sing 749 n n 
C5D HD5 DGD sing 750 n n 
O5D C6D DGD sing 751 n n 
O5D C1E DGD sing 752 n n 
C6D HD61 DGD sing 753 n n 
C6D HD62 DGD sing 754 n n 
C1E C2E DGD sing 755 n n 
C1E O6E DGD sing 756 n n 
C1E HE1 DGD sing 757 n n 
C2E O2E DGD sing 758 n n 
C2E C3E DGD sing 759 n n 
C2E HE2 DGD sing 760 n n 
O2E HO2E DGD sing 761 n n 
C3E O3E DGD sing 762 n n 
C3E C4E DGD sing 763 n n 
C3E HE3 DGD sing 764 n n 
O3E HO3E DGD sing 765 n n 
C4E O4E DGD sing 766 n n 
C4E C5E DGD sing 767 n n 
C4E HE4 DGD sing 768 n n 
O4E HO4E DGD sing 769 n n 
C5E O6E DGD sing 770 n n 
C5E C6E DGD sing 771 n n 
C5E HE5 DGD sing 772 n n 
C6E O5E DGD sing 773 n n 
C6E HE61 DGD sing 774 n n 
C6E HE62 DGD sing 775 n n 
O5E HO5E DGD sing 776 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8J7B 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
Q 17 CHL 1 1 601 601 CHL CHL . 
R 18 CLA 1 1 602 602 CLA CLA . 
S 18 CLA 1 1 603 603 CLA CLA . 
T 18 CLA 1 1 604 604 CLA CLA . 
U 18 CLA 1 1 605 605 CLA CLA . 
V 17 CHL 1 1 606 606 CHL CHL . 
W 18 CLA 1 1 607 607 CLA CLA . 
X 18 CLA 1 1 608 608 CLA CLA . 
Y 18 CLA 1 1 609 609 CLA CLA . 
Z 18 CLA 1 1 610 610 CLA CLA . 
AA 18 CLA 1 1 611 611 CLA CLA . 
BA 18 CLA 1 1 612 612 CLA CLA . 
CA 18 CLA 1 1 613 613 CLA CLA . 
DA 19 XAT 1 1 614 614 XAT XAT . 
EA 20 LHG 1 1 615 615 LHG LHG . 
FA 21 LUT 1 1 616 616 LUT LUT . 
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HA 17 CHL 2 1 615 615 CHL CHL . 
IA 18 CLA 2 1 611 611 CLA CLA . 
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KA 21 LUT 2 1 616 616 LUT LUT . 
LA 18 CLA 2 1 612 612 CLA CLA . 
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PA 18 CLA 2 1 602 602 CLA CLA . 
QA 17 CHL 2 1 607 607 CHL CHL . 
RA 18 CLA 2 1 604 604 CLA CLA . 
SA 19 XAT 2 1 617 617 XAT XAT . 
TA 18 CLA 2 1 613 613 CLA CLA . 
UA 20 LHG 2 1 618 618 LHG LHG . 
VA 18 CLA 2 1 610 610 CLA CLA . 
WA 18 CLA 2 1 608 608 CLA CLA . 
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YA 18 CLA 3 1 605 605 CLA CLA . 
ZA 17 CHL 3 1 606 606 CHL CHL . 
AB 18 CLA 3 1 611 611 CLA CLA . 
BB 18 CLA 3 1 608 608 CLA CLA . 
CB 18 CLA 3 1 609 609 CLA CLA . 
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#
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HETATM 55 O O6D DGD . . . IG 27 163.852 209.183 171.222 1 27.67 ? O6D DGD 850 B 1 
HETATM 56 C C1E DGD . . . IG 27 160.172 211.927 172.145 1 24.8 ? C1E DGD 850 B 1 
HETATM 57 C C2E DGD . . . IG 27 158.664 212.121 172.045 1 23.33 ? C2E DGD 850 B 1 
HETATM 58 O O2E DGD . . . IG 27 157.991 211.073 172.751 1 28.5 ? O2E DGD 850 B 1 
HETATM 59 C C3E DGD . . . IG 27 158.225 212.129 170.586 1 23.57 ? C3E DGD 850 B 1 
HETATM 60 O O3E DGD . . . IG 27 156.837 212.469 170.506 1 27.96 ? O3E DGD 850 B 1 
HETATM 61 C C4E DGD . . . IG 27 159.043 213.14 169.793 1 28.34 ? C4E DGD 850 B 1 
HETATM 62 O O4E DGD . . . IG 27 158.71 214.466 170.216 1 28.2 ? O4E DGD 850 B 1 
HETATM 63 C C5E DGD . . . IG 27 160.533 212.898 170.007 1 28.21 ? C5E DGD 850 B 1 
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