data_8J83 # _model_server_result.job_id YQpR9rHQo3DoAc8z3HQdOg _model_server_result.datetime_utc '2025-03-04 08:46:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8j83 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":1010}' # _entry.id 8J83 # _exptl.entry_id 8J83 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 106.12 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description DI(HYDROXYETHYL)ETHER _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 106.72 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8J83 _cell.length_a 232.86 _cell.length_b 73.95 _cell.length_c 95.74 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8J83 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 8 _struct_asym.id L _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 102 A CYS 102 1_555 F FE1 FES . A FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 115 A CYS 115 1_555 F FE1 FES . A FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 118 A CYS 118 1_555 F FE2 FES . A FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 132 A CYS 132 1_555 F FE2 FES . A FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 213 A CYS 213 1_555 G FE2 SF4 . A SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 216 A CYS 216 1_555 G FE1 SF4 . A SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 219 A CYS 219 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 223 A CYS 223 1_555 H FE4 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc9 A SG CYS 256 A CYS 256 1_555 H FE2 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc10 A SG CYS 259 A CYS 259 1_555 H FE3 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc11 A SG CYS 262 A CYS 262 1_555 H FE1 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? metalc ? metalc12 A SG CYS 266 A CYS 266 1_555 G FE3 SF4 . A SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc13 A SG CYS 295 A CYS 295 1_555 I FE1 SF4 . A SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc14 A SG CYS 298 A CYS 298 1_555 I FE3 SF4 . A SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc15 A SG CYS 302 A CYS 302 1_555 I FE4 SF4 . A SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc16 A SG CYS 329 A CYS 329 1_555 I FE2 SF4 . A SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc17 A SG CYS 436 A CYS 436 1_555 E W W . A W 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc18 C S12 MGD . A MGD 1001 1_555 E W W . A W 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc19 C S13 MGD . A MGD 1001 1_555 E W W . A W 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc20 D S12 MGD . A MGD 1002 1_555 E W W . A W 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc21 D S13 MGD . A MGD 1002 1_555 E W W . A W 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc22 E W W . A W 1003 1_555 S O HOH . A HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc23 B SG CYS 113 B CYS 113 1_555 P FE1 FES . B FES 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc24 B SG CYS 118 B CYS 118 1_555 P FE1 FES . B FES 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc25 B SG CYS 146 B CYS 146 1_555 P FE2 FES . B FES 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc26 B SG CYS 150 B CYS 150 1_555 P FE2 FES . B FES 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc27 B SG CYS 502 B CYS 502 1_555 O FE2 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc28 B SG CYS 505 B CYS 505 1_555 O FE3 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc29 B SG CYS 508 B CYS 508 1_555 O FE1 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc30 B SG CYS 542 B CYS 542 1_555 O FE4 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? # _chem_comp.formula 'C4 H10 O3' _chem_comp.formula_weight 106.12 _chem_comp.id PEG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name DI(HYDROXYETHYL)ETHER _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 PEG sing 386 n n C1 C2 PEG sing 387 n n C1 H11 PEG sing 388 n n C1 H12 PEG sing 389 n n O1 HO1 PEG sing 390 n n C2 O2 PEG sing 391 n n C2 H21 PEG sing 392 n n C2 H22 PEG sing 393 n n O2 C3 PEG sing 394 n n C3 C4 PEG sing 395 n n C3 H31 PEG sing 396 n n C3 H32 PEG sing 397 n n C4 O4 PEG sing 398 n n C4 H41 PEG sing 399 n n C4 H42 PEG sing 400 n n O4 HO4 PEG sing 401 n n # _atom_sites.entry_id 8J83 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004294 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00129 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013523 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010906 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 MGD A 1 1001 1001 MGD MGD . D 3 MGD A 1 1002 1002 MGD MGD . E 4 W A 1 1003 1003 W W . F 5 FES A 1 1004 1011 FES FES . G 6 SF4 A 1 1005 1012 SF4 SF4 . H 6 SF4 A 1 1006 1013 SF4 SF4 . I 6 SF4 A 1 1007 1014 SF4 SF4 . J 7 GOL A 1 1008 1015 GOL GOL . K 7 GOL A 1 1009 1021 GOL GOL . L 8 PEG A 1 1010 1022 PEG PEG . M 7 GOL A 1 1011 607 GOL GOL . N 9 FMN B 1 601 601 FMN FMN . O 6 SF4 B 1 602 602 SF4 SF4 . P 5 FES B 1 603 603 FES FES . Q 7 GOL B 1 604 608 GOL GOL . R 7 GOL B 1 605 609 GOL GOL . S 10 HOH A 1 1101 1020 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 PEG . . . L 8 -56.507 37.934 80.755 1 61.84 ? C1 PEG 1010 A 1 HETATM 2 O O1 PEG . . . L 8 -55.849 36.738 81.139 1 63.34 ? O1 PEG 1010 A 1 HETATM 3 C C2 PEG . . . L 8 -57.434 37.697 79.606 1 58.3 ? C2 PEG 1010 A 1 HETATM 4 O O2 PEG . . . L 8 -58.5 38.638 79.652 1 58.73 ? O2 PEG 1010 A 1 HETATM 5 C C3 PEG . . . L 8 -58.177 39.911 79.094 1 56.36 ? C3 PEG 1010 A 1 HETATM 6 C C4 PEG . . . L 8 -59.421 40.755 79.055 1 56.17 ? C4 PEG 1010 A 1 HETATM 7 O O4 PEG . . . L 8 -59.148 42.095 78.655 1 53.99 ? O4 PEG 1010 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 329 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 7 #