data_8JC8 # _model_server_result.job_id GPD4irJHmm5BUHvzxLQaSQ _model_server_result.datetime_utc '2025-02-27 01:29:21' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8jc8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"XB","auth_seq_id":102}' # _entry.id 8JC8 # _exptl.entry_id 8JC8 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 15 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8JC8 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8JC8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 30-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 30 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 HA N N ? 5 NA N N ? 5 SA N N ? 5 YA N N ? 5 CB N N ? 5 HB N N ? 5 MB N N ? 5 SB N N ? 5 XB N N ? 5 BC N N ? 5 GC N N ? 5 LC N N ? 5 QC N N ? 5 TC N N ? 5 XC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O TRP 46 2 TRP 45 1_555 HA CA CA . 3 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc2 B O TRP 46 3 TRP 46 1_555 HA CA CA . 3 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc3 B OD1 ASP 49 3 ASP 49 1_555 HA CA CA . 3 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc4 B O ILE 51 3 ILE 51 1_555 HA CA CA . 3 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc5 C O TRP 46 4 TRP 45 1_555 NA CA CA . 5 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc6 D O TRP 46 5 TRP 46 1_555 NA CA CA . 5 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc7 D OD1 ASP 49 5 ASP 49 1_555 NA CA CA . 5 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc8 D O ILE 51 5 ILE 51 1_555 NA CA CA . 5 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc9 E O TRP 46 6 TRP 45 1_555 SA CA CA . 7 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc10 F O TRP 46 7 TRP 46 1_555 SA CA CA . 7 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc11 F OD1 ASP 49 7 ASP 49 1_555 SA CA CA . 7 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc12 F OD2 ASP 49 7 ASP 49 1_555 SA CA CA . 7 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.116 ? metalc ? metalc13 F O ILE 51 7 ILE 51 1_555 SA CA CA . 7 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc14 G O TRP 46 8 TRP 45 1_555 YA CA CA . A CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc15 H O TRP 46 A TRP 46 1_555 YA CA CA . A CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc16 H OD1 ASP 49 A ASP 49 1_555 YA CA CA . A CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? metalc ? metalc17 H O ILE 51 A ILE 51 1_555 YA CA CA . A CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc18 I O TRP 46 B TRP 45 1_555 CB CA CA . D CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc19 J O TRP 46 D TRP 46 1_555 CB CA CA . D CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc20 J OD1 ASP 49 D ASP 49 1_555 CB CA CA . D CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc21 J O ILE 51 D ILE 51 1_555 CB CA CA . D CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc22 K O TRP 46 E TRP 45 1_555 HB CA CA . F CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc23 L O TRP 46 F TRP 46 1_555 HB CA CA . F CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc24 L OD1 ASP 49 F ASP 49 1_555 HB CA CA . F CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? metalc ? metalc25 L O ILE 51 F ILE 51 1_555 HB CA CA . F CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc26 M O TRP 46 G TRP 45 1_555 MB CA CA . I CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc27 N O TRP 46 I TRP 46 1_555 MB CA CA . I CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc28 N OD1 ASP 49 I ASP 49 1_555 MB CA CA . I CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc29 N O ILE 51 I ILE 51 1_555 MB CA CA . I CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc30 O O TRP 46 J TRP 45 1_555 SB CA CA . K CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? metalc ? metalc31 P O TRP 46 K TRP 46 1_555 SB CA CA . K CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc32 P OD1 ASP 49 K ASP 49 1_555 SB CA CA . K CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? metalc ? metalc33 P O ILE 51 K ILE 51 1_555 SB CA CA . K CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc34 Q O TRP 46 N TRP 45 1_555 XB CA CA . O CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc35 R O TRP 46 O TRP 46 1_555 XB CA CA . O CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc36 R OD1 ASP 49 O ASP 49 1_555 XB CA CA . O CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc37 R O ILE 51 O ILE 51 1_555 XB CA CA . O CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc38 S O TRP 46 P TRP 45 1_555 BC CA CA . Q CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc39 T O TRP 46 Q TRP 46 1_555 BC CA CA . Q CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc40 T OD1 ASP 49 Q ASP 49 1_555 BC CA CA . Q CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc41 T O ILE 51 Q ILE 51 1_555 BC CA CA . Q CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc42 U O TRP 46 R TRP 45 1_555 GC CA CA . S CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc43 V O TRP 46 S TRP 46 1_555 GC CA CA . S CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc44 V OD1 ASP 49 S ASP 49 1_555 GC CA CA . S CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc45 V O ILE 51 S ILE 51 1_555 GC CA CA . S CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc46 W O TRP 46 T TRP 45 1_555 LC CA CA . U CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc47 X O TRP 46 U TRP 46 1_555 LC CA CA . U CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc48 X OD1 ASP 49 U ASP 49 1_555 LC CA CA . U CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? metalc ? metalc49 X O ILE 51 U ILE 51 1_555 LC CA CA . U CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc50 Y O TRP 46 V TRP 45 1_555 QC CA CA . W CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc51 Z O TRP 46 W TRP 46 1_555 QC CA CA . W CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc52 Z OD1 ASP 49 W ASP 49 1_555 QC CA CA . W CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc53 Z OD2 ASP 49 W ASP 49 1_555 QC CA CA . W CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? metalc ? metalc54 Z O ILE 51 W ILE 51 1_555 QC CA CA . W CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc55 AA O TRP 46 Z TRP 45 1_555 TC CA CA . 1 CA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc56 BA O TRP 46 1 TRP 46 1_555 TC CA CA . 1 CA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc57 BA OD1 ASP 49 1 ASP 49 1_555 TC CA CA . 1 CA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc58 BA O ILE 51 1 ILE 51 1_555 TC CA CA . 1 CA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc59 CA O TRP 46 Y TRP 46 1_555 XC CA CA . Y CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.981 ? metalc ? metalc60 CA OD1 ASP 49 Y ASP 49 1_555 XC CA CA . Y CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? metalc ? metalc61 CA O ILE 51 Y ILE 51 1_555 XC CA CA . Y CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc62 XC CA CA . Y CA 102 1_555 DA O TRP 46 X TRP 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8JC8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code EA 3 BCL 2 1 101 101 BCL BCL . FA 4 8K6 2 1 102 104 8K6 UNL . GA 3 BCL 3 1 101 101 BCL BCL . HA 5 CA 3 1 102 103 CA CA . IA 6 CRT 3 1 103 102 CRT CRT . JA 3 BCL 4 1 101 101 BCL BCL . KA 4 8K6 4 1 102 105 8K6 UNL . LA 6 CRT 5 1 101 102 CRT CRT . MA 3 BCL 5 1 102 101 BCL BCL . NA 5 CA 5 1 103 103 CA CA . OA 4 8K6 6 1 101 104 8K6 UNL . PA 3 BCL 6 1 102 101 BCL BCL . QA 6 CRT 7 1 101 102 CRT CRT . RA 3 BCL 7 1 102 101 BCL BCL . SA 5 CA 7 1 103 103 CA CA . TA 3 BCL 8 1 101 101 BCL BCL . UA 4 8K6 8 1 102 104 8K6 UNL . VA 4 8K6 8 1 103 106 8K6 UNL . WA 6 CRT A 1 101 102 CRT CRT . XA 3 BCL A 1 102 101 BCL BCL . YA 5 CA A 1 103 103 CA CA . ZA 3 BCL B 1 101 101 BCL BCL . AB 6 CRT D 1 101 102 CRT CRT . BB 3 BCL D 1 102 101 BCL BCL . CB 5 CA D 1 103 103 CA CA . DB 6 CRT E 1 101 102 CRT CRT . EB 4 8K6 E 1 102 104 8K6 UNL . FB 3 BCL E 1 103 101 BCL BCL . GB 3 BCL F 1 101 101 BCL BCL . HB 5 CA F 1 102 103 CA CA . IB 4 8K6 G 1 101 104 8K6 UNL . JB 3 BCL G 1 102 101 BCL BCL . KB 6 CRT I 1 101 102 CRT CRT . LB 3 BCL I 1 102 101 BCL BCL . MB 5 CA I 1 103 103 CA CA . NB 6 CRT J 1 101 102 CRT CRT . OB 4 8K6 J 1 102 104 8K6 UNL . PB 3 BCL J 1 103 101 BCL BCL . QB 4 8K6 J 1 104 104 8K6 UNL . RB 3 BCL K 1 101 101 BCL BCL . SB 5 CA K 1 102 103 CA CA . TB 6 CRT K 1 103 102 CRT CRT . UB 6 CRT N 1 101 102 CRT CRT . VB 3 BCL N 1 102 101 BCL BCL . WB 3 BCL O 1 101 101 BCL BCL . XB 5 CA O 1 102 103 CA CA . YB 3 BCL P 1 101 101 BCL BCL . ZB 4 8K6 P 1 102 105 8K6 UNL . AC 3 BCL Q 1 101 101 BCL BCL . BC 5 CA Q 1 102 103 CA CA . CC 3 BCL R 1 101 101 BCL BCL . DC 4 8K6 R 1 102 104 8K6 UNL . EC 6 CRT S 1 101 102 CRT CRT . FC 3 BCL S 1 102 101 BCL BCL . GC 5 CA S 1 103 103 CA CA . HC 3 BCL T 1 101 101 BCL BCL . IC 4 8K6 T 1 102 104 8K6 UNL . JC 6 CRT U 1 101 102 CRT CRT . KC 3 BCL U 1 102 101 BCL BCL . LC 5 CA U 1 103 103 CA CA . MC 3 BCL U 1 104 101 BCL BCL . NC 6 CRT V 1 101 102 CRT CRT . OC 4 8K6 V 1 102 104 8K6 UNL . PC 3 BCL W 1 101 101 BCL BCL . QC 5 CA W 1 102 103 CA CA . RC 3 BCL Z 1 101 101 BCL BCL . SC 4 8K6 Z 1 102 105 8K6 UNL . TC 5 CA 1 1 101 103 CA CA . UC 6 CRT 1 1 102 102 CRT CRT . VC 3 BCL 1 1 103 101 BCL BCL . WC 6 CRT Y 1 101 102 CRT CRT . XC 5 CA Y 1 102 103 CA CA . YC 3 BCL Y 1 103 101 BCL BCL . ZC 4 8K6 X 1 101 104 8K6 UNL . AD 3 BCL X 1 102 101 BCL BCL . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id XB _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 123.09 _atom_site.Cartn_y 182.544 _atom_site.Cartn_z 171.943 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 10.04 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 102 _atom_site.auth_asym_id O _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 38 _model_server_stats.query_time_ms 323 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #