data_8JC9
#
_model_server_result.job_id            uAvEa3FG8Chn7aVPjuBKfw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-27 01:24:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8jc9 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"NC","auth_seq_id":101}' 
#
_entry.id    8JC9 
#
_exptl.entry_id    8JC9 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              170.335 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            DODECANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    14 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
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_cell.entry_id            8JC9 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8JC9 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    28-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      28 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 IA N N 
? 6 MA N N 
? 6 QA N N 
? 6 WA N N 
? 6 AB N N 
? 6 EB N N 
? 6 JB N N 
? 6 PB N N 
? 6 UB N N 
? 6 AC N N 
? 6 EC N N 
? 6 KC N N 
? 6 NC N N 
? 6 TC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O TRP 46 1 TRP 46 1_555 DA CA CA . 1 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 49 1 ASP 49 1_555 DA CA CA . 1 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? 
metalc ? metalc3 A O ILE 51 1 ILE 51 1_555 DA CA CA . 1 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc4 DA CA CA . 1 CA 102 1_555 BA O TRP 46 Z TRP 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc5 B O TRP 46 2 TRP 45 1_555 KA CA CA . 3 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc6 C O TRP 46 3 TRP 46 1_555 KA CA CA . 3 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc7 C OD1 ASP 49 3 ASP 49 1_555 KA CA CA . 3 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? 
metalc ? metalc8 C O ILE 51 3 ILE 51 1_555 KA CA CA . 3 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc9 D O TRP 46 4 TRP 45 1_555 OA CA CA . 5 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? 
metalc ? metalc10 E O TRP 46 5 TRP 46 1_555 OA CA CA . 5 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? 
metalc ? metalc11 E OD1 ASP 49 5 ASP 49 1_555 OA CA CA . 5 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc12 E O ILE 51 5 ILE 51 1_555 OA CA CA . 5 CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc13 F O TRP 46 6 TRP 45 1_555 TA CA CA . 7 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? 
metalc ? metalc14 G O TRP 46 7 TRP 46 1_555 TA CA CA . 7 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc15 G OD1 ASP 49 7 ASP 49 1_555 TA CA CA . 7 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? 
metalc ? metalc16 G O ILE 51 7 ILE 51 1_555 TA CA CA . 7 CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? 
metalc ? metalc17 H O TRP 46 8 TRP 45 1_555 ZA CA CA . A CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc18 I O TRP 46 A TRP 46 1_555 ZA CA CA . A CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? 
metalc ? metalc19 I OD1 ASP 49 A ASP 49 1_555 ZA CA CA . A CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? 
metalc ? metalc20 I O ILE 51 A ILE 51 1_555 ZA CA CA . A CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc21 J O TRP 46 B TRP 45 1_555 DB CA CA . D CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc22 K O TRP 46 D TRP 46 1_555 DB CA CA . D CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? 
metalc ? metalc23 K OD1 ASP 49 D ASP 49 1_555 DB CA CA . D CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? 
metalc ? metalc24 K O ILE 51 D ILE 51 1_555 DB CA CA . D CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc25 L O TRP 46 E TRP 45 1_555 IB CA CA . F CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? 
metalc ? metalc26 M O TRP 46 F TRP 46 1_555 IB CA CA . F CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc27 M OD1 ASP 49 F ASP 49 1_555 IB CA CA . F CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? 
metalc ? metalc28 M O ILE 51 F ILE 51 1_555 IB CA CA . F CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc29 N O TRP 46 G TRP 45 1_555 NB CA CA . I CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc30 O O TRP 46 I TRP 46 1_555 NB CA CA . I CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc31 O OD1 ASP 49 I ASP 49 1_555 NB CA CA . I CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? 
metalc ? metalc32 O O ILE 51 I ILE 51 1_555 NB CA CA . I CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc33 P O TRP 46 J TRP 45 1_555 SB CA CA . K CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc34 Q O TRP 46 K TRP 46 1_555 SB CA CA . K CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc35 Q OD1 ASP 49 K ASP 49 1_555 SB CA CA . K CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc36 Q O ILE 51 K ILE 51 1_555 SB CA CA . K CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc37 R O TRP 46 N TRP 45 1_555 YB CA CA . O CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc38 S O TRP 46 O TRP 46 1_555 YB CA CA . O CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc39 S OD1 ASP 49 O ASP 49 1_555 YB CA CA . O CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? 
metalc ? metalc40 S O ILE 51 O ILE 51 1_555 YB CA CA . O CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc41 T O TRP 46 P TRP 45 1_555 CC CA CA . Q CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
metalc ? metalc42 U O TRP 46 Q TRP 46 1_555 CC CA CA . Q CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc43 U OD1 ASP 49 Q ASP 49 1_555 CC CA CA . Q CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? 
metalc ? metalc44 U O ILE 51 Q ILE 51 1_555 CC CA CA . Q CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? 
metalc ? metalc45 V O TRP 46 R TRP 45 1_555 HC CA CA . S CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc46 W O TRP 46 S TRP 46 1_555 HC CA CA . S CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc47 W OD1 ASP 49 S ASP 49 1_555 HC CA CA . S CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? 
metalc ? metalc48 W O ILE 51 S ILE 51 1_555 HC CA CA . S CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc49 X O TRP 46 T TRP 45 1_555 MC CA CA . U CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? 
metalc ? metalc50 Y O TRP 46 U TRP 46 1_555 MC CA CA . U CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
metalc ? metalc51 Y OD1 ASP 49 U ASP 49 1_555 MC CA CA . U CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc52 Y O ILE 51 U ILE 51 1_555 MC CA CA . U CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? 
metalc ? metalc53 Z O TRP 46 V TRP 45 1_555 RC CA CA . Y CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc54 AA O TRP 46 Y TRP 46 1_555 RC CA CA . Y CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc55 AA OD1 ASP 49 Y ASP 49 1_555 RC CA CA . Y CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? 
metalc ? metalc56 AA O ILE 51 Y ILE 51 1_555 RC CA CA . Y CA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
#
_chem_comp.formula           'C12 H26' 
_chem_comp.formula_weight    170.335 
_chem_comp.id                D12 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              DODECANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 D12 sing 321 n n 
C1 H11 D12 sing 322 n n 
C1 H12 D12 sing 323 n n 
C1 H13 D12 sing 324 n n 
C2 C3 D12 sing 325 n n 
C2 H21 D12 sing 326 n n 
C2 H22 D12 sing 327 n n 
C3 C4 D12 sing 328 n n 
C3 H31 D12 sing 329 n n 
C3 H32 D12 sing 330 n n 
C4 C5 D12 sing 331 n n 
C4 H41 D12 sing 332 n n 
C4 H42 D12 sing 333 n n 
C5 C6 D12 sing 334 n n 
C5 H51 D12 sing 335 n n 
C5 H52 D12 sing 336 n n 
C6 C7 D12 sing 337 n n 
C6 H61 D12 sing 338 n n 
C6 H62 D12 sing 339 n n 
C7 C8 D12 sing 340 n n 
C7 H71 D12 sing 341 n n 
C7 H72 D12 sing 342 n n 
C8 C9 D12 sing 343 n n 
C8 H81 D12 sing 344 n n 
C8 H82 D12 sing 345 n n 
C9 C10 D12 sing 346 n n 
C9 H91 D12 sing 347 n n 
C9 H92 D12 sing 348 n n 
C10 C11 D12 sing 349 n n 
C10 H101 D12 sing 350 n n 
C10 H102 D12 sing 351 n n 
C11 C12 D12 sing 352 n n 
C11 H111 D12 sing 353 n n 
C11 H112 D12 sing 354 n n 
C12 H121 D12 sing 355 n n 
C12 H122 D12 sing 356 n n 
C12 H123 D12 sing 357 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8JC9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
CA 3 BCL 1 1 101 101 BCL BCL . 
DA 4 CA 1 1 102 103 CA CA . 
EA 5 CRT 1 1 103 102 CRT CRT . 
FA 5 CRT 1 1 104 102 CRT CRT . 
GA 3 BCL 2 1 101 101 BCL BCL . 
HA 5 CRT 2 1 102 102 CRT CRT . 
IA 6 D12 2 1 103 103 D12 UNL . 
JA 3 BCL 3 1 101 101 BCL BCL . 
KA 4 CA 3 1 102 103 CA CA . 
LA 3 BCL 4 1 101 101 BCL BCL . 
MA 6 D12 4 1 102 103 D12 UNL . 
NA 3 BCL 5 1 101 101 BCL BCL . 
OA 4 CA 5 1 102 103 CA CA . 
PA 3 BCL 6 1 101 101 BCL BCL . 
QA 6 D12 6 1 102 103 D12 UNL . 
RA 5 CRT 7 1 101 102 CRT CRT . 
SA 3 BCL 7 1 102 101 BCL BCL . 
TA 4 CA 7 1 103 103 CA CA . 
UA 5 CRT 7 1 104 102 CRT CRT . 
VA 3 BCL 8 1 101 101 BCL BCL . 
WA 6 D12 8 1 102 104 D12 UNL . 
XA 5 CRT A 1 101 103 CRT CRT . 
YA 3 BCL A 1 102 101 BCL BCL . 
ZA 4 CA A 1 103 103 CA CA . 
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BB 3 BCL B 1 102 101 BCL BCL . 
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