data_8JXD # _model_server_result.job_id vPoyulLIrZVMePdf8_YKWQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-29 07:04:22' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8jxd # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":4705}' # _entry.id 8JXD # _exptl.entry_id 8JXD _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8JXD _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8JXD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 1 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 1 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'point symmetry operation' ? ? -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 366.86 366.86 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 F N N ? 5 G N N ? 5 I N N ? 5 J N N ? 5 K N N ? 5 L N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 2 oligosaccharide 3 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 2 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 3 3 2 BMA NAG C1 O1 . O3 HO3 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n C NAG 1 C 1 NAG C 1 NAG 2 n C NAG 2 C 2 NAG C 2 NAG 3 n D NAG 1 D 1 NAG D 1 NAG 3 n D NAG 2 D 2 NAG D 2 NAG 3 n D BMA 3 D 3 BMA D 3 BMA # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 3930 A CYS 3930 1_555 A SG CYS 3942 A CYS 3942 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 3937 A CYS 3937 1_555 A SG CYS 3955 A CYS 3955 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 3949 A CYS 3949 1_555 A SG CYS 3964 A CYS 3964 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 3972 A CYS 3972 1_555 A SG CYS 3981 A CYS 3981 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 3977 A CYS 3977 1_555 A SG CYS 3991 A CYS 3991 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 3993 A CYS 3993 1_555 A SG CYS 4007 A CYS 4007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 4013 A CYS 4013 1_555 A SG CYS 4023 A CYS 4023 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 4019 A CYS 4019 1_555 A SG CYS 4032 A CYS 4032 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 4034 A CYS 4034 1_555 A SG CYS 4049 A CYS 4049 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf10 A SG CYS 4336 A CYS 4336 1_555 A SG CYS 4344 A CYS 4344 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf11 A SG CYS 4340 A CYS 4340 1_555 A SG CYS 4353 A CYS 4353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf12 A SG CYS 4355 A CYS 4355 1_555 A SG CYS 4369 A CYS 4369 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf13 A SG CYS 4383 A CYS 4383 1_555 A SG CYS 4391 A CYS 4391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf14 A SG CYS 4385 A CYS 4385 1_555 A SG CYS 4401 A CYS 4401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf15 A SG CYS 4403 A CYS 4403 1_555 A SG CYS 4412 A CYS 4412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 28 B CYS 28 1_555 B SG CYS 40 B CYS 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf17 B SG CYS 35 B CYS 35 1_555 B SG CYS 53 B CYS 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf18 B SG CYS 47 B CYS 47 1_555 B SG CYS 62 B CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf19 B SG CYS 67 B CYS 67 1_555 B SG CYS 80 B CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf20 B SG CYS 74 B CYS 74 1_555 B SG CYS 93 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf21 B SG CYS 87 B CYS 87 1_555 B SG CYS 103 B CYS 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf22 B SG CYS 3761 B CYS 3761 1_555 B SG CYS 3773 B CYS 3773 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf23 B SG CYS 3768 B CYS 3768 1_555 B SG CYS 3786 B CYS 3786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf24 B SG CYS 3780 B CYS 3780 1_555 B SG CYS 3795 B CYS 3795 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf25 B SG CYS 3800 B CYS 3800 1_555 B SG CYS 3812 B CYS 3812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf26 B SG CYS 3807 B CYS 3807 1_555 B SG CYS 3825 B CYS 3825 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf27 B SG CYS 3819 B CYS 3819 1_555 B SG CYS 3834 B CYS 3834 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 3980 A ASN 3980 1_555 E C1 NAG . A NAG 4701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 4070 A ASN 4070 1_555 C C1 NAG . C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 4329 A ASN 4329 1_555 D C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale4 B OG1 THR 3799 B THR 3799 1_555 H C1 A2G . B A2G 4701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? covale ? covale5 C O4 NAG . C NAG 1 1_555 C C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale6 D O4 NAG . D NAG 1 1_555 D C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale7 D O3 NAG . D NAG 2 1_555 D C1 BMA . D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? metalc ? metalc1 A O TYR 3947 A TYR 3947 1_555 F CA CA . A CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 3950 A ASP 3950 1_555 F CA CA . A CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc3 A O VAL 3952 A VAL 3952 1_555 F CA CA . A CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 3960 A ASP 3960 1_555 F CA CA . A CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 3961 A GLU 3961 1_555 F CA CA . A CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.973 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 4009 A ASP 4009 1_555 G CA CA . A CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 4009 A ASP 4009 1_555 G CA CA . A CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.019 ? metalc ? metalc8 A O ILE 4010 A ILE 4010 1_555 G CA CA . A CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc9 A OE1 GLU 4012 A GLU 4012 1_555 G CA CA . A CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc10 A OE2 GLU 4012 A GLU 4012 1_555 G CA CA . A CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASN 4025 A ASN 4025 1_555 G CA CA . A CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc12 A O SER 4026 A SER 4026 1_555 G CA CA . A CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc13 A O SER 4029 A SER 4029 1_555 G CA CA . A CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.2 ? metalc ? metalc14 B O TRP 45 B TRP 45 1_555 I CA CA . B CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 48 B ASP 48 1_555 I CA CA . B CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc16 B O THR 50 B THR 50 1_555 I CA CA . B CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 52 B ASP 52 1_555 I CA CA . B CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 58 B ASP 58 1_555 I CA CA . B CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 59 B GLU 59 1_555 I CA CA . B CA 4702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc20 B O TRP 85 B TRP 85 1_555 J CA CA . B CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 88 B ASP 88 1_555 J CA CA . B CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 92 B ASP 92 1_555 J CA CA . B CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc23 B OD2 ASP 98 B ASP 98 1_555 J CA CA . B CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc24 B OE2 GLU 99 B GLU 99 1_555 J CA CA . B CA 4703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc25 B O TRP 3778 B TRP 3778 1_555 K CA CA . B CA 4704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 3781 B ASP 3781 1_555 K CA CA . B CA 4704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc27 B O GLU 3783 B GLU 3783 1_555 K CA CA . B CA 4704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 3785 B ASP 3785 1_555 K CA CA . B CA 4704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASP 3791 B ASP 3791 1_555 K CA CA . B CA 4704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc30 B OD2 ASP 3791 B ASP 3791 1_555 K CA CA . B CA 4704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc31 B O LEU 3817 B LEU 3817 1_555 L CA CA . B CA 4705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASP 3820 B ASP 3820 1_555 L CA CA . B CA 4705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc33 B OD2 ASP 3820 B ASP 3820 1_555 L CA CA . B CA 4705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? metalc ? metalc34 B O ARG 3822 B ARG 3822 1_555 L CA CA . B CA 4705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc35 B OD2 ASP 3824 B ASP 3824 1_555 L CA CA . B CA 4705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc36 B OD2 ASP 3830 B ASP 3830 1_555 L CA CA . B CA 4705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc37 B OE2 GLU 3831 B GLU 3831 1_555 L CA CA . B CA 4705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8JXD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 4 NAG A 1 4701 4481 NAG NAG . F 5 CA A 1 4702 42 CA CA . G 5 CA A 1 4703 43 CA CA . H 6 A2G B 1 4701 4499 A2G A2G . I 5 CA B 1 4702 44 CA CA . J 5 CA B 1 4703 45 CA CA . K 5 CA B 1 4704 89 CA CA . L 5 CA B 1 4705 90 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 223.847 _atom_site.Cartn_y 208.604 _atom_site.Cartn_z 111.652 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 347.73 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 4705 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 64 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 13 _model_server_stats.query_time_ms 307 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #