data_8K9Z
#
_model_server_result.job_id            XFFdkx9Z2cdHzBZ4ZcYfsg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-16 19:05:07' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8k9z 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":1003}' 
#
_entry.id    8K9Z 
#
_exptl.entry_id    8K9Z 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          119.35 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8K9Z 
_cell.length_a            243.374 
_cell.length_b            49.778 
_cell.length_c            135.746 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8K9Z 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,M,N 1 1 
C,D,I,J,K,L,O,P 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B OD1 ASP 23 B ASP 21 1_555 E CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? 
metalc ? metalc2 B OD1 ASP 25 B ASP 23 1_555 E CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? 
metalc ? metalc3 B OD2 ASP 25 B ASP 23 1_555 E CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? 
metalc ? metalc4 B OD1 ASP 27 B ASP 25 1_555 E CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? 
metalc ? metalc5 B OD2 ASP 27 B ASP 25 1_555 E CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc6 B O THR 29 B THR 27 1_555 E CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc7 B OG1 THR 29 B THR 27 1_555 E CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? 
metalc ? metalc8 B OD2 ASP 61 B ASP 59 1_555 G CA CA . B CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? 
metalc ? metalc9 B OD1 ASN 63 B ASN 61 1_555 G CA CA . B CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
metalc ? metalc10 B O THR 65 B THR 63 1_555 G CA CA . B CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? 
metalc ? metalc11 B OG1 THR 65 B THR 63 1_555 G CA CA . B CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc12 B OD1 ASP 96 B ASP 94 1_555 F CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? 
metalc ? metalc13 B OD1 ASP 98 B ASP 96 1_555 F CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? 
metalc ? metalc14 B OD2 ASP 98 B ASP 96 1_555 F CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc15 B O GLY 99 B GLY 97 1_555 F CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASN 100 B ASN 98 1_555 F CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? 
metalc ? metalc17 B O TYR 102 B TYR 100 1_555 F CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc18 B OD2 ASP 132 B ASP 130 1_555 H CA CA . B CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc19 B OD1 ASP 134 B ASP 132 1_555 H CA CA . B CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc20 B OD2 ASP 134 B ASP 132 1_555 H CA CA . B CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASP 136 B ASP 134 1_555 H CA CA . B CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
metalc ? metalc22 B OD2 ASP 136 B ASP 134 1_555 H CA CA . B CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc23 B O GLN 138 B GLN 136 1_555 H CA CA . B CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc24 D OD1 ASP 23 D ASP 21 1_555 I CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc25 D OD1 ASP 25 D ASP 23 1_555 I CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc26 D OD2 ASP 27 D ASP 25 1_555 I CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? 
metalc ? metalc27 D O THR 29 D THR 27 1_555 I CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc28 D O THR 65 D THR 63 1_555 K CA CA . D CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc29 D OG1 THR 65 D THR 63 1_555 K CA CA . D CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? 
metalc ? metalc30 D OE1 GLU 70 D GLU 68 1_555 K CA CA . D CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc31 D OD1 ASP 96 D ASP 94 1_555 J CA CA . D CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? 
metalc ? metalc32 D OD2 ASP 96 D ASP 94 1_555 J CA CA . D CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc33 D OD1 ASN 100 D ASN 98 1_555 J CA CA . D CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? 
metalc ? metalc34 D O TYR 102 D TYR 100 1_555 J CA CA . D CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? 
metalc ? metalc35 D OD1 ASP 132 D ASP 130 1_555 L CA CA . D CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? 
metalc ? metalc36 D OD1 ASP 134 D ASP 132 1_555 L CA CA . D CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
metalc ? metalc37 D OD2 ASP 134 D ASP 132 1_555 L CA CA . D CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc38 D OD1 ASP 136 D ASP 134 1_555 L CA CA . D CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? 
metalc ? metalc39 D O GLN 138 D GLN 136 1_555 L CA CA . D CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8K9Z 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.004109 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.002311 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.020089 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008452 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 CA B 1 1001 1001 CA CA . 
F 3 CA B 1 1002 1002 CA CA . 
G 3 CA B 1 1003 1003 CA CA . 
H 3 CA B 1 1004 1004 CA CA . 
I 3 CA D 1 1001 1001 CA CA . 
J 3 CA D 1 1002 1002 CA CA . 
K 3 CA D 1 1003 1003 CA CA . 
L 3 CA D 1 1004 1004 CA CA . 
M 4 HOH A 1 2401 2401 HOH HOH . 
M 4 HOH A 2 2402 2402 HOH HOH . 
M 4 HOH A 3 2403 2403 HOH HOH . 
M 4 HOH A 4 2404 2404 HOH HOH . 
M 4 HOH A 5 2405 2405 HOH HOH . 
N 4 HOH B 1 1101 1101 HOH HOH . 
O 4 HOH C 1 2401 2401 HOH HOH . 
O 4 HOH C 2 2402 2402 HOH HOH . 
O 4 HOH C 3 2403 2403 HOH HOH . 
O 4 HOH C 4 2404 2404 HOH HOH . 
O 4 HOH C 5 2405 2405 HOH HOH . 
O 4 HOH C 6 2406 2406 HOH HOH . 
O 4 HOH C 7 2407 2407 HOH HOH . 
P 4 HOH D 1 1101 1101 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         G 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               27.584 
_atom_site.Cartn_y               -40.69 
_atom_site.Cartn_z               -44.961 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        45.18 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           1003 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              89 
_model_server_stats.parse_time_ms           18 
_model_server_stats.create_model_time_ms    47 
_model_server_stats.query_time_ms           289 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#