data_8KG8
#
_model_server_result.job_id            jLwTjsnLVyArEUQOaPaGOQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-08-31 04:01:43' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          8kg8 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Z","auth_seq_id":802}' 
#
_entry.id    8KG8 
#
_exptl.entry_id    8KG8 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.247 
_entity.id                          20 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8KG8 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8KG8 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      18 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 20 Z N N 
? 20 DA N N 
? 20 GA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 341 2 CYS 341 1_555 S ZN ZN . 2 ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 344 2 CYS 344 1_555 S ZN ZN . 2 ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 364 2 CYS 364 1_555 S ZN ZN . 2 ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc4 A OG SER 550 2 SER 550 1_555 U MG MG . 2 MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? 
metalc ? metalc5 T O2B ADP . 2 ADP 902 1_555 U MG MG . 2 MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc6 T O3B ADP . 2 ADP 902 1_555 U MG MG . 2 MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc7 T O1A ADP . 2 ADP 902 1_555 U MG MG . 2 MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? 
metalc ? metalc8 T O2A ADP . 2 ADP 902 1_555 U MG MG . 2 MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc9 T O3A ADP . 2 ADP 902 1_555 U MG MG . 2 MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? 
metalc ? metalc10 V O2B ADP . 3 ADP 1001 1_555 W MG MG . 3 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc11 V O1A ADP . 3 ADP 1001 1_555 W MG MG . 3 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc12 V O2A ADP . 3 ADP 1001 1_555 W MG MG . 3 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? 
metalc ? metalc13 V O3A ADP . 3 ADP 1001 1_555 W MG MG . 3 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.983 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 349 4 CYS 349 1_555 X ZN ZN . 4 ZN 1400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 352 4 CYS 352 1_555 X ZN ZN . 4 ZN 1400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 371 4 CYS 371 1_555 X ZN ZN . 4 ZN 1400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 376 4 CYS 376 1_555 X ZN ZN . 4 ZN 1400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc18 D SG CYS 183 5 CYS 183 1_555 Y ZN ZN . 5 ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc19 D SG CYS 186 5 CYS 186 1_555 Y ZN ZN . 5 ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc20 D SG CYS 211 5 CYS 211 1_555 Y ZN ZN . 5 ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc21 D SG CYS 236 5 CYS 236 1_555 Y ZN ZN . 5 ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc22 D OG SER 423 5 SER 423 1_555 AA MG MG . 5 MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc23 Z O3G AGS . 5 AGS 802 1_555 AA MG MG . 5 MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc24 Z O1B AGS . 5 AGS 802 1_555 AA MG MG . 5 MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? 
metalc ? metalc25 Z O2A AGS . 5 AGS 802 1_555 AA MG MG . 5 MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc26 Z O3A AGS . 5 AGS 802 1_555 AA MG MG . 5 MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc27 E SG CYS 311 6 CYS 311 1_555 BA ZN ZN . 6 ZN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc28 E SG CYS 314 6 CYS 314 1_555 BA ZN ZN . 6 ZN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 333 6 CYS 333 1_555 BA ZN ZN . 6 ZN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 338 6 CYS 338 1_555 BA ZN ZN . 6 ZN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc31 E OG SER 582 6 SER 582 1_555 CA MG MG . 6 MG 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc32 CA MG MG . 6 MG 1102 1_555 DA O2G AGS . 6 AGS 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc33 CA MG MG . 6 MG 1102 1_555 DA O1B AGS . 6 AGS 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc34 F SG CYS 262 7 CYS 262 1_555 EA ZN ZN . 7 ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc35 F SG CYS 284 7 CYS 284 1_555 EA ZN ZN . 7 ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc36 F SG CYS 289 7 CYS 289 1_555 EA ZN ZN . 7 ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc37 F OG SER 467 7 SER 467 1_555 FA MG MG . 7 MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? 
metalc ? metalc38 FA MG MG . 7 MG 902 1_555 GA O2A AGS . 7 AGS 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc39 FA MG MG . 7 MG 902 1_555 GA O3G AGS . 7 AGS 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc40 FA MG MG . 7 MG 902 1_555 GA O2B AGS . 7 AGS 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
metalc ? metalc41 FA MG MG . 7 MG 902 1_555 GA O1A AGS . 7 AGS 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc42 Q SG CYS 2108 M CYS 2108 1_555 HA ZN ZN . M ZN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc43 Q SG CYS 2111 M CYS 2111 1_555 HA ZN ZN . M ZN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc44 Q SG CYS 2130 M CYS 2130 1_555 HA ZN ZN . M ZN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc45 Q SG CYS 2133 M CYS 2133 1_555 HA ZN ZN . M ZN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc46 Q SG CYS 2164 M CYS 2164 1_555 IA ZN ZN . M ZN 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc47 Q SG CYS 2167 M CYS 2167 1_555 IA ZN ZN . M ZN 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc48 Q SG CYS 2179 M CYS 2179 1_555 IA ZN ZN . M ZN 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc49 Q SG CYS 2181 M CYS 2181 1_555 IA ZN ZN . M ZN 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog1 O N2 DG 43 I DG 43 1_555 P O2 DC 19 J DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 O N3 DT 44 I DT 44 1_555 P N1 DA 18 J DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 O O4 DT 44 I DT 44 1_555 P N6 DA 18 J DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 O N1 DG 45 I DG 45 1_555 P N3 DC 17 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 O N2 DG 45 I DG 45 1_555 P O2 DC 17 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 O O6 DG 45 I DG 45 1_555 P N4 DC 17 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 O N3 DT 46 I DT 46 1_555 P N1 DA 16 J DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 O O4 DT 46 I DT 46 1_555 P N6 DA 16 J DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O12 P3 S' 
_chem_comp.formula_weight    523.247 
_chem_comp.id                AGS 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     "ATP-GAMMA-S;ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE);ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE);ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE" 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG S1G AGS doub 45 n n 
PG O2G AGS sing 46 n n 
PG O3G AGS sing 47 n n 
PG O3B AGS sing 48 n n 
PB O1B AGS doub 49 n n 
PB O2B AGS sing 50 n n 
PB O3B AGS sing 51 n n 
PB O3A AGS sing 52 n n 
PA O1A AGS doub 53 n n 
PA O2A AGS sing 54 n n 
PA O3A AGS sing 55 n n 
PA O5' AGS sing 56 n n 
O5' C5' AGS sing 57 n n 
C5' C4' AGS sing 58 n n 
C4' O4' AGS sing 59 n n 
C4' C3' AGS sing 60 n n 
O4' C1' AGS sing 61 n n 
C3' O3' AGS sing 62 n n 
C3' C2' AGS sing 63 n n 
C2' O2' AGS sing 64 n n 
C2' C1' AGS sing 65 n n 
C1' N9 AGS sing 66 n n 
N9 C8 AGS sing 67 n y 
N9 C4 AGS sing 68 n y 
C8 N7 AGS doub 69 n y 
N7 C5 AGS sing 70 n y 
C5 C6 AGS sing 71 n y 
C5 C4 AGS doub 72 n y 
C6 N6 AGS sing 73 n n 
C6 N1 AGS doub 74 n y 
N1 C2 AGS sing 75 n y 
C2 N3 AGS doub 76 n y 
N3 C4 AGS sing 77 n y 
O2G HOG2 AGS sing 78 n n 
O3G H21 AGS sing 79 n n 
O2B HOB2 AGS sing 80 n n 
O2A HOA2 AGS sing 81 n n 
C5' "H5'1" AGS sing 82 n n 
C5' "H5'2" AGS sing 83 n n 
C4' H4' AGS sing 84 n n 
C3' H3' AGS sing 85 n n 
O3' HO3' AGS sing 86 n n 
C2' H2' AGS sing 87 n n 
O2' HO2' AGS sing 88 n n 
C1' H1' AGS sing 89 n n 
C8 H8 AGS sing 90 n n 
N6 HN61 AGS sing 91 n n 
N6 HN62 AGS sing 92 n n 
C2 H2 AGS sing 93 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8KG8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
S 17 ZN 2 1 901 901 ZN ZN . 
T 18 ADP 2 1 902 902 ADP ADP . 
U 19 MG 2 1 903 903 MG MG . 
V 18 ADP 3 1 1001 1001 ADP ADP . 
W 19 MG 3 1 1002 1002 MG MG . 
X 17 ZN 4 1 1400 1400 ZN ZN . 
Y 17 ZN 5 1 801 801 ZN ZN . 
Z 20 AGS 5 1 802 802 AGS AGS . 
AA 19 MG 5 1 803 803 MG MG . 
BA 17 ZN 6 1 1101 1101 ZN ZN . 
CA 19 MG 6 1 1102 1102 MG MG . 
DA 20 AGS 6 1 1103 1103 AGS AGS . 
EA 17 ZN 7 1 901 901 ZN ZN . 
FA 19 MG 7 1 902 902 MG MG . 
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