data_8ORU
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_model_server_result.job_id            fCrjPR_T9GzwCfMMybX5oA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-17 07:47:21' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          8oru 
#
_model_server_params.name     atom_site 
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_entry.id    8ORU 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
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_entity.pdbx_description            '(2R)-2,3-diphosphoglyceric acid' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.angle_alpha         97.015 
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_cell.entry_id            8ORU 
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_cell.length_c            103.543 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8ORU 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,IA,JA 1 1 
C,D,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,KA,LA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 H N N 
? 4 M N N 
? 4 W N N 
? 4 DA N N 
? 4 EA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ASP 27 AAA ASP 28 1_555 K MG MG . AAA MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc2 A O LEU 29 AAA LEU 30 1_555 K MG MG . AAA MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc3 A O ILE 32 AAA ILE 33 1_555 K MG MG . AAA MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 149 AAA THR 150 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 207 AAA ASP 208 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc6 E O3B ADP . AAA ADP 501 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.893 ? 
metalc ? metalc7 H O11 DG2 . AAA DG2 504 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? 
metalc ? metalc8 J MG MG . AAA MG 506 1_555 IA O HOH . AAA HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc9 J MG MG . AAA MG 506 1_555 IA O HOH . AAA HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc10 K MG MG . AAA MG 507 1_555 IA O HOH . AAA HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc11 K MG MG . AAA MG 507 1_555 IA O HOH . AAA HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? 
metalc ? metalc12 K MG MG . AAA MG 507 1_555 IA O HOH . AAA HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? 
metalc ? metalc13 B O ASP 27 BBB ASP 28 1_555 S MG MG . BBB MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? 
metalc ? metalc14 B O LEU 29 BBB LEU 30 1_555 S MG MG . BBB MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc15 B O ILE 32 BBB ILE 33 1_555 S MG MG . BBB MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc16 B OG1 THR 149 BBB THR 150 1_555 R MG MG . BBB MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc17 B OD2 ASP 207 BBB ASP 208 1_555 R MG MG . BBB MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc18 N O2B ADP . BBB ADP 603 1_555 R MG MG . BBB MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc19 R MG MG . BBB MG 607 1_555 T O4 PO4 . BBB PO4 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.902 ? 
metalc ? metalc20 R MG MG . BBB MG 607 1_555 JA O HOH . BBB HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? 
metalc ? metalc21 R MG MG . BBB MG 607 1_555 JA O HOH . BBB HOH 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
metalc ? metalc22 S MG MG . BBB MG 608 1_555 JA O HOH . BBB HOH 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? 
metalc ? metalc23 C O ASP 27 CCC ASP 28 1_555 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? 
metalc ? metalc24 C O LEU 29 CCC LEU 30 1_555 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc25 C O ILE 32 CCC ILE 33 1_555 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 
metalc ? metalc26 C OG1 THR 149 CCC THR 150 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc27 C OD2 ASP 207 CCC ASP 208 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? 
metalc ? metalc28 U O3B ADP . CCC ADP 501 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? 
metalc ? metalc29 W O10 DG2 . CCC DG2 503 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? 
metalc ? metalc30 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 KA O HOH . CCC HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc31 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 KA O HOH . CCC HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc32 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 KA O HOH . CCC HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc33 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 KA O HOH . CCC HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc34 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 KA O HOH . CCC HOH 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc35 D O ASP 27 DDD ASP 28 1_555 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
metalc ? metalc36 D O LEU 29 DDD LEU 30 1_555 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc37 D O ILE 32 DDD ILE 33 1_555 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.793 ? 
metalc ? metalc38 D OG1 THR 149 DDD THR 150 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc39 D OD2 ASP 207 DDD ASP 208 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? 
metalc ? metalc40 BA O3B ADP . DDD ADP 501 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? 
metalc ? metalc41 DA O11 DG2 . DDD DG2 503 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc42 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 LA O HOH . DDD HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc43 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 LA O HOH . DDD HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc44 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 LA O HOH . DDD HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    266.037 
_chem_comp.id                DG2 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '(2R)-2,3-diphosphoglyceric acid' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     '2,3-Bisphosphoglyceric acid;2,3-bisphosphoglycerate;2,3-BPG;2,3-diphosphoglyceric acid;2,3-diphosphoglycerate;2,3-DPG;(2~{R})-2,3-diphosphonooxypropanoic acid' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O15 P6 DG2 doub 127 n n 
O13 P6 DG2 sing 128 n n 
P6 O14 DG2 sing 129 n n 
P6 O5 DG2 sing 130 n n 
O5 C4 DG2 sing 131 n n 
C4 C3 DG2 sing 132 n n 
O7 C7 DG2 doub 133 n n 
C3 C7 DG2 sing 134 n n 
C3 O2 DG2 sing 135 n n 
C7 O8 DG2 sing 136 n n 
O2 P1 DG2 sing 137 n n 
O11 P1 DG2 doub 138 n n 
P1 O9 DG2 sing 139 n n 
P1 O10 DG2 sing 140 n n 
C3 H1 DG2 sing 141 n n 
C4 H2 DG2 sing 142 n n 
C4 H3 DG2 sing 143 n n 
O8 H4 DG2 sing 144 n n 
O9 H5 DG2 sing 145 n n 
O10 H6 DG2 sing 146 n n 
O14 H7 DG2 sing 147 n n 
O13 H8 DG2 sing 148 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8ORU 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014038 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.002235 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003771 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.014166 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.002372 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010067 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 ADP AAA 1 501 501 ADP ADP . 
F 3 EDO AAA 1 502 502 EDO EDO . 
G 4 DG2 AAA 1 503 503 DG2 DG2 . 
H 4 DG2 AAA 1 504 504 DG2 DG2 . 
I 3 EDO AAA 1 505 505 EDO EDO . 
J 5 MG AAA 1 506 506 MG MG . 
K 5 MG AAA 1 507 507 MG MG . 
L 3 EDO BBB 1 601 601 EDO EDO . 
M 4 DG2 BBB 1 602 602 DG2 DG2 . 
N 2 ADP BBB 1 603 603 ADP ADP . 
O 3 EDO BBB 1 604 604 EDO EDO . 
P 3 EDO BBB 1 605 605 EDO EDO . 
Q 3 EDO BBB 1 606 606 EDO EDO . 
R 5 MG BBB 1 607 607 MG MG . 
S 5 MG BBB 1 608 608 MG MG . 
T 6 PO4 BBB 1 609 609 PO4 PO4 . 
U 2 ADP CCC 1 501 501 ADP ADP . 
V 3 EDO CCC 1 502 502 EDO EDO . 
W 4 DG2 CCC 1 503 503 DG2 DG2 . 
X 3 EDO CCC 1 504 504 EDO EDO . 
Y 3 EDO CCC 1 505 505 EDO EDO . 
Z 5 MG CCC 1 506 506 MG MG . 
AA 5 MG CCC 1 507 507 MG MG . 
BA 2 ADP DDD 1 501 501 ADP ADP . 
CA 3 EDO DDD 1 502 502 EDO EDO . 
DA 4 DG2 DDD 1 503 503 DG2 DG2 . 
EA 4 DG2 DDD 1 504 504 DG2 DG2 . 
FA 3 EDO DDD 1 505 505 EDO EDO . 
GA 5 MG DDD 1 506 506 MG MG . 
HA 5 MG DDD 1 507 507 MG MG . 
IA 7 HOH AAA 1 601 601 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 2 602 602 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 3 603 603 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 4 604 604 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 5 605 605 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 6 606 606 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 7 607 607 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 8 608 608 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 9 609 609 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 10 610 610 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 11 611 611 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 12 612 612 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 13 613 613 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 14 614 614 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 15 615 615 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 16 616 616 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 17 617 617 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 18 618 618 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 19 619 619 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 20 620 620 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 1 701 701 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 2 702 702 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 3 703 703 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 4 704 704 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 5 705 705 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 6 706 706 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 7 707 707 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 8 708 708 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 9 709 709 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 10 710 710 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 11 711 711 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 12 712 712 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 13 713 713 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 1 601 601 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 2 602 602 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 3 603 603 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 4 604 604 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 5 605 605 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 6 606 606 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 7 607 607 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 8 608 608 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 9 609 609 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 10 610 610 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 11 611 611 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 12 612 612 HOH HOH . 
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