data_8ORU # _model_server_result.job_id M8d7eq2EusdmLriWrB3Ipg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-17 07:33:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8oru # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":504}' # _entry.id 8ORU # _exptl.entry_id 8ORU _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 62.068 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-ETHANEDIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 11 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 97.015 _cell.angle_beta 103.424 _cell.angle_gamma 99.045 _cell.entry_id 8ORU _cell.length_a 71.234 _cell.length_b 71.478 _cell.length_c 103.543 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8ORU _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,IA,JA 1 1 C,D,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,KA,LA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 I N N ? 3 L N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 V N N ? 3 X N N ? 3 Y N N ? 3 CA N N ? 3 FA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O ASP 27 AAA ASP 28 1_555 K MG MG . AAA MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc2 A O LEU 29 AAA LEU 30 1_555 K MG MG . AAA MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? metalc ? metalc3 A O ILE 32 AAA ILE 33 1_555 K MG MG . AAA MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 149 AAA THR 150 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 207 AAA ASP 208 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? metalc ? metalc6 E O3B ADP . AAA ADP 501 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.893 ? metalc ? metalc7 H O11 DG2 . AAA DG2 504 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? metalc ? metalc8 J MG MG . AAA MG 506 1_555 IA O HOH . AAA HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc9 J MG MG . AAA MG 506 1_555 IA O HOH . AAA HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc10 K MG MG . AAA MG 507 1_555 IA O HOH . AAA HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? metalc ? metalc11 K MG MG . AAA MG 507 1_555 IA O HOH . AAA HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc12 K MG MG . AAA MG 507 1_555 IA O HOH . AAA HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc13 B O ASP 27 BBB ASP 28 1_555 S MG MG . BBB MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? metalc ? metalc14 B O LEU 29 BBB LEU 30 1_555 S MG MG . BBB MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc15 B O ILE 32 BBB ILE 33 1_555 S MG MG . BBB MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? metalc ? metalc16 B OG1 THR 149 BBB THR 150 1_555 R MG MG . BBB MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 207 BBB ASP 208 1_555 R MG MG . BBB MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? metalc ? metalc18 N O2B ADP . BBB ADP 603 1_555 R MG MG . BBB MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc19 R MG MG . BBB MG 607 1_555 T O4 PO4 . BBB PO4 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.902 ? metalc ? metalc20 R MG MG . BBB MG 607 1_555 JA O HOH . BBB HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc21 R MG MG . BBB MG 607 1_555 JA O HOH . BBB HOH 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc22 S MG MG . BBB MG 608 1_555 JA O HOH . BBB HOH 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc ? metalc23 C O ASP 27 CCC ASP 28 1_555 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? metalc ? metalc24 C O LEU 29 CCC LEU 30 1_555 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc25 C O ILE 32 CCC ILE 33 1_555 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc26 C OG1 THR 149 CCC THR 150 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 207 CCC ASP 208 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? metalc ? metalc28 U O3B ADP . CCC ADP 501 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? metalc ? metalc29 W O10 DG2 . CCC DG2 503 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc30 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 KA O HOH . CCC HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc31 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 KA O HOH . CCC HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc32 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 KA O HOH . CCC HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc ? metalc33 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 KA O HOH . CCC HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc34 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 KA O HOH . CCC HOH 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc35 D O ASP 27 DDD ASP 28 1_555 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? metalc ? metalc36 D O LEU 29 DDD LEU 30 1_555 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc37 D O ILE 32 DDD ILE 33 1_555 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.793 ? metalc ? metalc38 D OG1 THR 149 DDD THR 150 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc39 D OD2 ASP 207 DDD ASP 208 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc40 BA O3B ADP . DDD ADP 501 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? metalc ? metalc41 DA O11 DG2 . DDD DG2 503 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? metalc ? metalc42 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 LA O HOH . DDD HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? metalc ? metalc43 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 LA O HOH . DDD HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc44 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 LA O HOH . DDD HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? # _chem_comp.formula 'C2 H6 O2' _chem_comp.formula_weight 62.068 _chem_comp.id EDO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-ETHANEDIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'ETHYLENE GLYCOL' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 EDO sing 149 n n C1 C2 EDO sing 150 n n C1 H11 EDO sing 151 n n C1 H12 EDO sing 152 n n O1 HO1 EDO sing 153 n n C2 O2 EDO sing 154 n n C2 H21 EDO sing 155 n n C2 H22 EDO sing 156 n n O2 HO2 EDO sing 157 n n # _atom_sites.entry_id 8ORU _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014038 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.002235 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003771 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014166 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.002372 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010067 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 ADP AAA 1 501 501 ADP ADP . F 3 EDO AAA 1 502 502 EDO EDO . G 4 DG2 AAA 1 503 503 DG2 DG2 . H 4 DG2 AAA 1 504 504 DG2 DG2 . I 3 EDO AAA 1 505 505 EDO EDO . J 5 MG AAA 1 506 506 MG MG . K 5 MG AAA 1 507 507 MG MG . L 3 EDO BBB 1 601 601 EDO EDO . M 4 DG2 BBB 1 602 602 DG2 DG2 . N 2 ADP BBB 1 603 603 ADP ADP . O 3 EDO BBB 1 604 604 EDO EDO . P 3 EDO BBB 1 605 605 EDO EDO . Q 3 EDO BBB 1 606 606 EDO EDO . R 5 MG BBB 1 607 607 MG MG . S 5 MG BBB 1 608 608 MG MG . T 6 PO4 BBB 1 609 609 PO4 PO4 . U 2 ADP CCC 1 501 501 ADP ADP . V 3 EDO CCC 1 502 502 EDO EDO . W 4 DG2 CCC 1 503 503 DG2 DG2 . X 3 EDO CCC 1 504 504 EDO EDO . Y 3 EDO CCC 1 505 505 EDO EDO . Z 5 MG CCC 1 506 506 MG MG . AA 5 MG CCC 1 507 507 MG MG . BA 2 ADP DDD 1 501 501 ADP ADP . CA 3 EDO DDD 1 502 502 EDO EDO . DA 4 DG2 DDD 1 503 503 DG2 DG2 . EA 4 DG2 DDD 1 504 504 DG2 DG2 . FA 3 EDO DDD 1 505 505 EDO EDO . GA 5 MG DDD 1 506 506 MG MG . HA 5 MG DDD 1 507 507 MG MG . IA 7 HOH AAA 1 601 601 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 2 602 602 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 3 603 603 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 4 604 604 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 5 605 605 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 6 606 606 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 7 607 607 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 8 608 608 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 9 609 609 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 10 610 610 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 11 611 611 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 12 612 612 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 13 613 613 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 14 614 614 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 15 615 615 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 16 616 616 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 17 617 617 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 18 618 618 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 19 619 619 HOH HOH . IA 7 HOH AAA 20 620 620 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 1 701 701 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 2 702 702 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 3 703 703 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 4 704 704 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 5 705 705 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 6 706 706 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 7 707 707 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 8 708 708 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 9 709 709 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 10 710 710 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 11 711 711 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 12 712 712 HOH HOH . JA 7 HOH BBB 13 713 713 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 1 601 601 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 2 602 602 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 3 603 603 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 4 604 604 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 5 605 605 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 6 606 606 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 7 607 607 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 8 608 608 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 9 609 609 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 10 610 610 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 11 611 611 HOH HOH . KA 7 HOH CCC 12 612 612 HOH HOH . LA 7 HOH DDD 1 601 601 HOH HOH . LA 7 HOH DDD 2 602 602 HOH HOH . LA 7 HOH DDD 3 603 603 HOH HOH . LA 7 HOH DDD 4 604 604 HOH HOH . LA 7 HOH DDD 5 605 605 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 EDO . . . X 3 25.837 16.679 -44.49 1 80.07 0 C1 EDO 504 CCC 1 HETATM 2 O O1 EDO . . . X 3 26.186 17.749 -43.64 1 98.74 0 O1 EDO 504 CCC 1 HETATM 3 C C2 EDO . . . X 3 26.85 15.588 -44.538 1 68.68 0 C2 EDO 504 CCC 1 HETATM 4 O O2 EDO . . . X 3 27.295 15.197 -43.257 1 66.13 0 O2 EDO 504 CCC 1 HETATM 5 H H11 EDO . . . X 3 25.704 17.026 -45.396 1 80.96 0 H11 EDO 504 CCC 1 HETATM 6 H H12 EDO . . . X 3 24.985 16.302 -44.184 1 80.96 0 H12 EDO 504 CCC 1 HETATM 7 H HO1 EDO . . . X 3 25.779 18.396 -43.603 0 93.41 0 HO1 EDO 504 CCC 1 HETATM 8 H H21 EDO . . . X 3 27.618 15.889 -45.066 1 70.32 0 H21 EDO 504 CCC 1 HETATM 9 H H22 EDO . . . X 3 26.456 14.811 -44.986 1 70.32 0 H22 EDO 504 CCC 1 HETATM 10 H HO2 EDO . . . X 3 26.896 15.653 -42.665 1 67.13 0 HO2 EDO 504 CCC 1 # _model_server_stats.io_time_ms 63 _model_server_stats.parse_time_ms 29 _model_server_stats.create_model_time_ms 71 _model_server_stats.query_time_ms 661 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 10 #