data_8ORU
#
_model_server_result.job_id            rul08VIITuSjfo9qN396sQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-17 08:01:08' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8oru 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    8ORU 
#
_exptl.entry_id    8ORU 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    11 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         97.015 
_cell.angle_beta          103.424 
_cell.angle_gamma         99.045 
_cell.entry_id            8ORU 
_cell.length_a            71.234 
_cell.length_b            71.478 
_cell.length_c            103.543 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8ORU 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,IA,JA 1 1 
C,D,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,KA,LA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 I N N 
? 3 L N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
? 3 Q N N 
? 3 V N N 
? 3 X N N 
? 3 Y N N 
? 3 CA N N 
? 3 FA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ASP 27 AAA ASP 28 1_555 K MG MG . AAA MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc2 A O LEU 29 AAA LEU 30 1_555 K MG MG . AAA MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc3 A O ILE 32 AAA ILE 33 1_555 K MG MG . AAA MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 149 AAA THR 150 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 207 AAA ASP 208 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc6 E O3B ADP . AAA ADP 501 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.893 ? 
metalc ? metalc7 H O11 DG2 . AAA DG2 504 1_555 J MG MG . AAA MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? 
metalc ? metalc8 J MG MG . AAA MG 506 1_555 IA O HOH . AAA HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc9 J MG MG . AAA MG 506 1_555 IA O HOH . AAA HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc10 K MG MG . AAA MG 507 1_555 IA O HOH . AAA HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc11 K MG MG . AAA MG 507 1_555 IA O HOH . AAA HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? 
metalc ? metalc12 K MG MG . AAA MG 507 1_555 IA O HOH . AAA HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? 
metalc ? metalc13 B O ASP 27 BBB ASP 28 1_555 S MG MG . BBB MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? 
metalc ? metalc14 B O LEU 29 BBB LEU 30 1_555 S MG MG . BBB MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc15 B O ILE 32 BBB ILE 33 1_555 S MG MG . BBB MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc16 B OG1 THR 149 BBB THR 150 1_555 R MG MG . BBB MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc17 B OD2 ASP 207 BBB ASP 208 1_555 R MG MG . BBB MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc18 N O2B ADP . BBB ADP 603 1_555 R MG MG . BBB MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc19 R MG MG . BBB MG 607 1_555 T O4 PO4 . BBB PO4 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.902 ? 
metalc ? metalc20 R MG MG . BBB MG 607 1_555 JA O HOH . BBB HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? 
metalc ? metalc21 R MG MG . BBB MG 607 1_555 JA O HOH . BBB HOH 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
metalc ? metalc22 S MG MG . BBB MG 608 1_555 JA O HOH . BBB HOH 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? 
metalc ? metalc23 C O ASP 27 CCC ASP 28 1_555 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? 
metalc ? metalc24 C O LEU 29 CCC LEU 30 1_555 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc25 C O ILE 32 CCC ILE 33 1_555 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 
metalc ? metalc26 C OG1 THR 149 CCC THR 150 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc27 C OD2 ASP 207 CCC ASP 208 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? 
metalc ? metalc28 U O3B ADP . CCC ADP 501 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? 
metalc ? metalc29 W O10 DG2 . CCC DG2 503 1_555 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? 
metalc ? metalc30 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 KA O HOH . CCC HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc31 Z MG MG . CCC MG 506 1_555 KA O HOH . CCC HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc32 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 KA O HOH . CCC HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc33 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 KA O HOH . CCC HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc34 AA MG MG . CCC MG 507 1_555 KA O HOH . CCC HOH 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc35 D O ASP 27 DDD ASP 28 1_555 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
metalc ? metalc36 D O LEU 29 DDD LEU 30 1_555 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc37 D O ILE 32 DDD ILE 33 1_555 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.793 ? 
metalc ? metalc38 D OG1 THR 149 DDD THR 150 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc39 D OD2 ASP 207 DDD ASP 208 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? 
metalc ? metalc40 BA O3B ADP . DDD ADP 501 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? 
metalc ? metalc41 DA O11 DG2 . DDD DG2 503 1_555 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc42 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 LA O HOH . DDD HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc43 GA MG MG . DDD MG 506 1_555 LA O HOH . DDD HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc44 HA MG MG . DDD MG 507 1_555 LA O HOH . DDD HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 149 n n 
C1 C2 EDO sing 150 n n 
C1 H11 EDO sing 151 n n 
C1 H12 EDO sing 152 n n 
O1 HO1 EDO sing 153 n n 
C2 O2 EDO sing 154 n n 
C2 H21 EDO sing 155 n n 
C2 H22 EDO sing 156 n n 
O2 HO2 EDO sing 157 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8ORU 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014038 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.002235 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003771 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.014166 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.002372 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010067 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 ADP AAA 1 501 501 ADP ADP . 
F 3 EDO AAA 1 502 502 EDO EDO . 
G 4 DG2 AAA 1 503 503 DG2 DG2 . 
H 4 DG2 AAA 1 504 504 DG2 DG2 . 
I 3 EDO AAA 1 505 505 EDO EDO . 
J 5 MG AAA 1 506 506 MG MG . 
K 5 MG AAA 1 507 507 MG MG . 
L 3 EDO BBB 1 601 601 EDO EDO . 
M 4 DG2 BBB 1 602 602 DG2 DG2 . 
N 2 ADP BBB 1 603 603 ADP ADP . 
O 3 EDO BBB 1 604 604 EDO EDO . 
P 3 EDO BBB 1 605 605 EDO EDO . 
Q 3 EDO BBB 1 606 606 EDO EDO . 
R 5 MG BBB 1 607 607 MG MG . 
S 5 MG BBB 1 608 608 MG MG . 
T 6 PO4 BBB 1 609 609 PO4 PO4 . 
U 2 ADP CCC 1 501 501 ADP ADP . 
V 3 EDO CCC 1 502 502 EDO EDO . 
W 4 DG2 CCC 1 503 503 DG2 DG2 . 
X 3 EDO CCC 1 504 504 EDO EDO . 
Y 3 EDO CCC 1 505 505 EDO EDO . 
Z 5 MG CCC 1 506 506 MG MG . 
AA 5 MG CCC 1 507 507 MG MG . 
BA 2 ADP DDD 1 501 501 ADP ADP . 
CA 3 EDO DDD 1 502 502 EDO EDO . 
DA 4 DG2 DDD 1 503 503 DG2 DG2 . 
EA 4 DG2 DDD 1 504 504 DG2 DG2 . 
FA 3 EDO DDD 1 505 505 EDO EDO . 
GA 5 MG DDD 1 506 506 MG MG . 
HA 5 MG DDD 1 507 507 MG MG . 
IA 7 HOH AAA 1 601 601 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 2 602 602 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 3 603 603 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 4 604 604 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 5 605 605 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 6 606 606 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 7 607 607 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 8 608 608 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 9 609 609 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 10 610 610 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 11 611 611 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 12 612 612 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 13 613 613 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 14 614 614 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 15 615 615 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 16 616 616 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 17 617 617 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 18 618 618 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 19 619 619 HOH HOH . 
IA 7 HOH AAA 20 620 620 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 1 701 701 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 2 702 702 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 3 703 703 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 4 704 704 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 5 705 705 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 6 706 706 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 7 707 707 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 8 708 708 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 9 709 709 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 10 710 710 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 11 711 711 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 12 712 712 HOH HOH . 
JA 7 HOH BBB 13 713 713 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 1 601 601 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 2 602 602 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 3 603 603 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 4 604 604 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 5 605 605 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 6 606 606 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 7 607 607 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 8 608 608 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 9 609 609 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 10 610 610 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 11 611 611 HOH HOH . 
KA 7 HOH CCC 12 612 612 HOH HOH . 
LA 7 HOH DDD 1 601 601 HOH HOH . 
LA 7 HOH DDD 2 602 602 HOH HOH . 
LA 7 HOH DDD 3 603 603 HOH HOH . 
LA 7 HOH DDD 4 604 604 HOH HOH . 
LA 7 HOH DDD 5 605 605 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 EDO . . . L 3 23.054 -5.509 13.314 1 78.45 0 C1 EDO 601 BBB 1 
HETATM 2 O O1 EDO . . . L 3 23.96 -4.453 13.012 1 56.29 0 O1 EDO 601 BBB 1 
HETATM 3 C C2 EDO . . . L 3 22.111 -5.944 12.224 1 70.95 0 C2 EDO 601 BBB 1 
HETATM 4 O O2 EDO . . . L 3 20.969 -5.121 11.998 1 68.36 0 O2 EDO 601 BBB 1 
HETATM 5 H H11 EDO . . . L 3 22.518 -5.242 14.092 1 71.17 0 H11 EDO 601 BBB 1 
HETATM 6 H H12 EDO . . . L 3 23.586 -6.289 13.582 1 71.65 0 H12 EDO 601 BBB 1 
HETATM 7 H HO1 EDO . . . L 3 24.313 -4.065 13.547 0 53.94 0 HO1 EDO 601 BBB 1 
HETATM 8 H H21 EDO . . . L 3 21.794 -6.846 12.443 1 71.87 0 H21 EDO 601 BBB 1 
HETATM 9 H H22 EDO . . . L 3 22.617 -6.007 11.387 1 71.87 0 H22 EDO 601 BBB 1 
HETATM 10 H HO2 EDO . . . L 3 21.029 -4.417 12.463 1 69.38 0 HO2 EDO 601 BBB 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              32 
_model_server_stats.parse_time_ms           26 
_model_server_stats.create_model_time_ms    43 
_model_server_stats.query_time_ms           295 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           10 
#