data_8OUD # _model_server_result.job_id Bn-IAECfljLiLsbc2pWBUg _model_server_result.datetime_utc '2025-01-02 19:13:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8oud # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":601}' # _entry.id 8OUD # _exptl.entry_id 8OUD _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8OUD _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8OUD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 D SG CYS 22 D CYS 22 1_555 D SG CYS 95 D CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf2 E SG CYS 22 E CYS 22 1_555 E SG CYS 95 E CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf3 F SG CYS 22 F CYS 22 1_555 F SG CYS 95 F CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc1 A O PHE 135 A PHE 135 1_555 I NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc2 A OG1 THR 138 A THR 138 1_555 I NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 139 A THR 139 1_555 I NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc4 A O GLY 382 A GLY 382 1_555 G NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc5 A O THR 384 A THR 384 1_555 H NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? metalc ? metalc6 A O ASN 386 A ASN 386 1_555 G NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 386 A ASN 386 1_555 I NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 388 A ASP 388 1_555 I NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.941 ? metalc ? metalc9 A O SER 425 A SER 425 1_555 H NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc10 A O VAL 426 A VAL 426 1_555 H NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc11 A O ALA 428 A ALA 428 1_555 H NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc12 A O ASN 471 A ASN 471 1_555 G NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 475 A ASP 475 1_555 G NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.005 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 475 A ASP 475 1_555 G NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc15 G NA NA . A NA 601 1_555 V O HOH . A HOH 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc16 B O PHE 135 B PHE 135 1_555 N NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc17 B OG1 THR 138 B THR 138 1_555 N NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.865 ? metalc ? metalc18 B OG1 THR 139 B THR 139 1_555 N NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc ? metalc19 B O GLY 382 B GLY 382 1_555 L NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc20 B O THR 384 B THR 384 1_555 M NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc21 B O ASN 386 B ASN 386 1_555 L NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 388 B ASP 388 1_555 N NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? metalc ? metalc23 B O SER 425 B SER 425 1_555 M NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? metalc ? metalc24 B O VAL 426 B VAL 426 1_555 M NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.009 ? metalc ? metalc25 B O ALA 428 B ALA 428 1_555 M NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc26 B O ASN 471 B ASN 471 1_555 L NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASP 475 B ASP 475 1_555 L NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 475 B ASP 475 1_555 L NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc29 L NA NA . B NA 601 1_555 W O HOH . B HOH 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc30 C O PHE 135 C PHE 135 1_555 S NA NA . C NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? metalc ? metalc31 C OG1 THR 138 C THR 138 1_555 S NA NA . C NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? metalc ? metalc32 C OG1 THR 139 C THR 139 1_555 S NA NA . C NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? metalc ? metalc33 C O GLY 382 C GLY 382 1_555 Q NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? metalc ? metalc34 C O THR 384 C THR 384 1_555 R NA NA . C NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? metalc ? metalc35 C O ASN 386 C ASN 386 1_555 Q NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc36 C OD1 ASN 386 C ASN 386 1_555 S NA NA . C NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? metalc ? metalc37 C OD1 ASP 388 C ASP 388 1_555 S NA NA . C NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? metalc ? metalc38 C O SER 425 C SER 425 1_555 R NA NA . C NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc39 C O VAL 426 C VAL 426 1_555 R NA NA . C NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc40 C O ALA 428 C ALA 428 1_555 R NA NA . C NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc41 C O ASN 471 C ASN 471 1_555 Q NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? metalc ? metalc42 C OD1 ASP 475 C ASP 475 1_555 Q NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.872 ? metalc ? metalc43 C OD2 ASP 475 C ASP 475 1_555 Q NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc44 Q NA NA . C NA 601 1_555 X O HOH . C HOH 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8OUD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 NA A 1 601 551 NA NA . H 3 NA A 1 602 552 NA NA . I 3 NA A 1 603 553 NA NA . J 4 ALA A 1 604 554 ALA ALA . K 5 Y01 A 1 605 555 Y01 Y01 . L 3 NA B 1 601 551 NA NA . M 3 NA B 1 602 552 NA NA . N 3 NA B 1 603 553 NA NA . O 4 ALA B 1 604 554 ALA ALA . P 5 Y01 B 1 605 555 Y01 Y01 . Q 3 NA C 1 601 551 NA NA . R 3 NA C 1 602 552 NA NA . S 3 NA C 1 603 553 NA NA . T 4 ALA C 1 604 554 ALA ALA . U 5 Y01 C 1 605 555 Y01 Y01 . V 6 HOH A 1 701 605 HOH HOH . V 6 HOH A 2 702 607 HOH HOH . V 6 HOH A 3 703 612 HOH HOH . V 6 HOH A 4 704 616 HOH HOH . V 6 HOH A 5 705 621 HOH HOH . V 6 HOH A 6 706 603 HOH HOH . V 6 HOH A 7 707 601 HOH HOH . V 6 HOH A 8 708 610 HOH HOH . V 6 HOH A 9 709 615 HOH HOH . V 6 HOH A 10 710 606 HOH HOH . V 6 HOH A 11 711 609 HOH HOH . V 6 HOH A 12 712 619 HOH HOH . V 6 HOH A 13 713 613 HOH HOH . V 6 HOH A 14 714 614 HOH HOH . V 6 HOH A 15 715 611 HOH HOH . V 6 HOH A 16 716 618 HOH HOH . V 6 HOH A 17 717 604 HOH HOH . V 6 HOH A 18 718 602 HOH HOH . V 6 HOH A 19 719 620 HOH HOH . V 6 HOH A 20 720 617 HOH HOH . V 6 HOH A 21 721 608 HOH HOH . W 6 HOH B 1 701 621 HOH HOH . W 6 HOH B 2 702 605 HOH HOH . W 6 HOH B 3 703 612 HOH HOH . W 6 HOH B 4 704 609 HOH HOH . W 6 HOH B 5 705 610 HOH HOH . W 6 HOH B 6 706 607 HOH HOH . W 6 HOH B 7 707 606 HOH HOH . W 6 HOH B 8 708 615 HOH HOH . W 6 HOH B 9 709 603 HOH HOH . W 6 HOH B 10 710 620 HOH HOH . W 6 HOH B 11 711 616 HOH HOH . W 6 HOH B 12 712 614 HOH HOH . W 6 HOH B 13 713 607 HOH HOH . W 6 HOH B 14 714 602 HOH HOH . W 6 HOH B 15 715 601 HOH HOH . W 6 HOH B 16 716 619 HOH HOH . W 6 HOH B 17 717 613 HOH HOH . W 6 HOH B 18 718 604 HOH HOH . W 6 HOH B 19 719 611 HOH HOH . W 6 HOH B 20 720 618 HOH HOH . W 6 HOH B 21 721 617 HOH HOH . W 6 HOH B 22 722 608 HOH HOH . X 6 HOH C 1 701 605 HOH HOH . X 6 HOH C 2 702 619 HOH HOH . X 6 HOH C 3 703 612 HOH HOH . X 6 HOH C 4 704 609 HOH HOH . X 6 HOH C 5 705 616 HOH HOH . X 6 HOH C 6 706 603 HOH HOH . X 6 HOH C 7 707 607 HOH HOH . X 6 HOH C 8 708 606 HOH HOH . X 6 HOH C 9 709 601 HOH HOH . X 6 HOH C 10 710 602 HOH HOH . X 6 HOH C 11 711 621 HOH HOH . X 6 HOH C 12 712 614 HOH HOH . X 6 HOH C 13 713 613 HOH HOH . X 6 HOH C 14 714 610 HOH HOH . X 6 HOH C 15 715 604 HOH HOH . X 6 HOH C 16 716 618 HOH HOH . X 6 HOH C 17 717 620 HOH HOH . X 6 HOH C 18 718 611 HOH HOH . X 6 HOH C 19 719 617 HOH HOH . X 6 HOH C 20 720 608 HOH HOH . Y 6 HOH D 1 201 605 HOH HOH . Y 6 HOH D 2 202 604 HOH HOH . Y 6 HOH D 3 203 601 HOH HOH . Y 6 HOH D 4 204 606 HOH HOH . Y 6 HOH D 5 205 602 HOH HOH . Y 6 HOH D 6 206 607 HOH HOH . Y 6 HOH D 7 207 609 HOH HOH . Y 6 HOH D 8 208 603 HOH HOH . Y 6 HOH D 9 209 608 HOH HOH . Y 6 HOH D 10 210 610 HOH HOH . Z 6 HOH E 1 201 608 HOH HOH . Z 6 HOH E 2 202 601 HOH HOH . Z 6 HOH E 3 203 602 HOH HOH . Z 6 HOH E 4 204 604 HOH HOH . Z 6 HOH E 5 205 605 HOH HOH . Z 6 HOH E 6 206 606 HOH HOH . Z 6 HOH E 7 207 603 HOH HOH . Z 6 HOH E 8 208 609 HOH HOH . Z 6 HOH E 9 209 610 HOH HOH . AA 6 HOH F 1 601 601 HOH HOH . AA 6 HOH F 2 602 604 HOH HOH . AA 6 HOH F 3 603 602 HOH HOH . AA 6 HOH F 4 604 605 HOH HOH . AA 6 HOH F 5 605 606 HOH HOH . AA 6 HOH F 6 606 609 HOH HOH . AA 6 HOH F 7 607 615 HOH HOH . AA 6 HOH F 8 608 607 HOH HOH . AA 6 HOH F 9 609 603 HOH HOH . AA 6 HOH F 10 610 608 HOH HOH . AA 6 HOH F 11 611 610 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 108.636 _atom_site.Cartn_y 155.304 _atom_site.Cartn_z 135.729 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 23.31 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 601 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 20 _model_server_stats.parse_time_ms 18 _model_server_stats.create_model_time_ms 17 _model_server_stats.query_time_ms 307 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #