data_8P4O # _model_server_result.job_id gedxBvftPFFMi1TFyEcREA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-17 14:36:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8p4o # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"KA","auth_seq_id":1601}' # _entry.id 8P4O # _exptl.entry_id 8P4O _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 7 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8P4O _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8P4O _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 15 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 Q N N ? 5 U N N ? 5 Y N N ? 5 CA N N ? 5 GA N N ? 5 KA N N ? 5 OA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O THR 29 A THR 30 1_555 S K K . A K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? metalc ? metalc2 A O LYS 50 A LYS 51 1_555 S K K . A K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.845 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 86 A ASP 87 1_555 Q MG MG . A MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc4 P O2B ADP . A ADP 1600 1_555 Q MG MG . A MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc5 P O2A ADP . A ADP 1600 1_555 Q MG MG . A MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? metalc ? metalc6 P O3B ADP . A ADP 1600 1_555 R BE BEF . A BEF 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.4 ? metalc ? metalc7 P O1A ADP . A ADP 1600 1_555 S K K . A K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc8 P O3A ADP . A ADP 1600 1_555 S K K . A K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc9 Q MG MG . A MG 1601 1_555 RA O HOH . A HOH 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc10 Q MG MG . A MG 1601 1_555 RA O HOH . A HOH 1703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc11 B O THR 29 B THR 30 1_555 W K K . B K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? metalc ? metalc12 B OG1 THR 29 B THR 30 1_555 W K K . B K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.481 ? metalc ? metalc13 B O LYS 50 B LYS 51 1_555 W K K . B K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.903 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 86 B ASP 87 1_555 U MG MG . B MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc15 B OG1 THR 89 B THR 90 1_555 W K K . B K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.363 ? metalc ? metalc16 T O2B ADP . B ADP 1600 1_555 U MG MG . B MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc17 T O2A ADP . B ADP 1600 1_555 U MG MG . B MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc18 T O3B ADP . B ADP 1600 1_555 V BE BEF . B BEF 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? metalc ? metalc19 T O1A ADP . B ADP 1600 1_555 W K K . B K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.079 ? metalc ? metalc20 T O3A ADP . B ADP 1600 1_555 W K K . B K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.022 ? metalc ? metalc21 U MG MG . B MG 1601 1_555 SA O HOH . B HOH 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc22 U MG MG . B MG 1601 1_555 SA O HOH . B HOH 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? metalc ? metalc23 C O THR 29 C THR 30 1_555 AA K K . C K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? metalc ? metalc24 C OG1 THR 29 C THR 30 1_555 AA K K . C K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.133 ? metalc ? metalc25 C O LYS 50 C LYS 51 1_555 AA K K . C K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? metalc ? metalc26 C OD1 ASP 86 C ASP 87 1_555 Y MG MG . C MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc27 C OG1 THR 89 C THR 90 1_555 AA K K . C K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.928 ? metalc ? metalc28 X O2B ADP . C ADP 1600 1_555 Y MG MG . C MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? metalc ? metalc29 X O3B ADP . C ADP 1600 1_555 Z BE BEF . C BEF 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.4 ? metalc ? metalc30 X O1A ADP . C ADP 1600 1_555 AA K K . C K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.425 ? metalc ? metalc31 X O3A ADP . C ADP 1600 1_555 AA K K . C K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.328 ? metalc ? metalc32 Y MG MG . C MG 1601 1_555 TA O HOH . C HOH 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc33 Y MG MG . C MG 1601 1_555 TA O HOH . C HOH 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc34 D O THR 29 D THR 30 1_555 EA K K . D K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.82 ? metalc ? metalc35 D O LYS 50 D LYS 51 1_555 EA K K . D K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.82 ? metalc ? metalc36 D OD1 ASP 86 D ASP 87 1_555 CA MG MG . D MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.981 ? metalc ? metalc37 D OD2 ASP 86 D ASP 87 1_555 CA MG MG . D MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? metalc ? metalc38 D OG1 THR 89 D THR 90 1_555 EA K K . D K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.389 ? metalc ? metalc39 BA O2B ADP . D ADP 1600 1_555 CA MG MG . D MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc40 BA O2A ADP . D ADP 1600 1_555 CA MG MG . D MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.954 ? metalc ? metalc41 BA O1A ADP . D ADP 1600 1_555 EA K K . D K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.333 ? metalc ? metalc42 BA O3A ADP . D ADP 1600 1_555 EA K K . D K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.275 ? metalc ? metalc43 CA MG MG . D MG 1601 1_555 UA O HOH . D HOH 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? metalc ? metalc44 CA MG MG . D MG 1601 1_555 UA O HOH . D HOH 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? metalc ? metalc45 E O THR 29 E THR 30 1_555 IA K K . E K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc46 E O LYS 50 E LYS 51 1_555 IA K K . E K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc47 E OG1 THR 89 E THR 90 1_555 IA K K . E K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.232 ? metalc ? metalc48 FA O2B ADP . E ADP 1600 1_555 GA MG MG . E MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? metalc ? metalc49 FA O2A ADP . E ADP 1600 1_555 GA MG MG . E MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc50 FA O3B ADP . E ADP 1600 1_555 HA BE BEF . E BEF 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? metalc ? metalc51 FA O1A ADP . E ADP 1600 1_555 IA K K . E K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.085 ? metalc ? metalc52 FA O3A ADP . E ADP 1600 1_555 IA K K . E K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.128 ? metalc ? metalc53 GA MG MG . E MG 1601 1_555 VA O HOH . E HOH 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc54 GA MG MG . E MG 1601 1_555 VA O HOH . E HOH 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? metalc ? metalc55 F O THR 29 F THR 30 1_555 MA K K . F K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? metalc ? metalc56 F O LYS 50 F LYS 51 1_555 MA K K . F K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.875 ? metalc ? metalc57 F OG1 THR 89 F THR 90 1_555 MA K K . F K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.295 ? metalc ? metalc58 JA O2B ADP . F ADP 1600 1_555 KA MG MG . F MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc59 JA O2A ADP . F ADP 1600 1_555 KA MG MG . F MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? metalc ? metalc60 JA O1A ADP . F ADP 1600 1_555 MA K K . F K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? metalc ? metalc61 JA O3A ADP . F ADP 1600 1_555 MA K K . F K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? metalc ? metalc62 KA MG MG . F MG 1601 1_555 WA O HOH . F HOH 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? metalc ? metalc63 KA MG MG . F MG 1601 1_555 WA O HOH . F HOH 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc64 G O THR 29 G THR 30 1_555 QA K K . G K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? metalc ? metalc65 G O LYS 50 G LYS 51 1_555 QA K K . G K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.873 ? metalc ? metalc66 G OD1 ASP 86 G ASP 87 1_555 OA MG MG . G MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc67 G OG1 THR 89 G THR 90 1_555 QA K K . G K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.391 ? metalc ? metalc68 NA O2B ADP . G ADP 1600 1_555 OA MG MG . G MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc69 NA O2A ADP . G ADP 1600 1_555 OA MG MG . G MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc70 NA O3B ADP . G ADP 1600 1_555 PA BE BEF . G BEF 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.4 ? metalc ? metalc71 NA O1A ADP . G ADP 1600 1_555 QA K K . G K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? metalc ? metalc72 NA O3A ADP . G ADP 1600 1_555 QA K K . G K 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.048 ? metalc ? metalc73 OA MG MG . G MG 1601 1_555 XA O HOH . G HOH 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc74 OA MG MG . G MG 1601 1_555 XA O HOH . G HOH 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8P4O _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code P 4 ADP A 1 1600 1600 ADP ADP . Q 5 MG A 1 1601 1601 MG MG . R 6 BEF A 1 1602 1602 BEF BEF . S 7 K A 1 1603 1603 K K . T 4 ADP B 1 1600 1600 ADP ADP . U 5 MG B 1 1601 1601 MG MG . V 6 BEF B 1 1602 1602 BEF BEF . W 7 K B 1 1603 1603 K K . X 4 ADP C 1 1600 1600 ADP ADP . Y 5 MG C 1 1601 1601 MG MG . Z 6 BEF C 1 1602 1602 BEF BEF . AA 7 K C 1 1603 1603 K K . BA 4 ADP D 1 1600 1600 ADP ADP . CA 5 MG D 1 1601 1601 MG MG . DA 6 BEF D 1 1602 1602 BEF BEF . EA 7 K D 1 1603 1603 K K . FA 4 ADP E 1 1600 1600 ADP ADP . GA 5 MG E 1 1601 1601 MG MG . HA 6 BEF E 1 1602 1602 BEF BEF . IA 7 K E 1 1603 1603 K K . JA 4 ADP F 1 1600 1600 ADP ADP . KA 5 MG F 1 1601 1601 MG MG . LA 6 BEF F 1 1602 1602 BEF BEF . MA 7 K F 1 1603 1603 K K . NA 4 ADP G 1 1600 1600 ADP ADP . OA 5 MG G 1 1601 1601 MG MG . PA 6 BEF G 1 1602 1602 BEF BEF . QA 7 K G 1 1603 1603 K K . RA 8 HOH A 1 1701 1003 HOH HOH . RA 8 HOH A 2 1702 1059 HOH HOH . RA 8 HOH A 3 1703 1001 HOH HOH . SA 8 HOH B 1 1701 1003 HOH HOH . SA 8 HOH B 2 1702 1001 HOH HOH . SA 8 HOH B 3 1703 1059 HOH HOH . TA 8 HOH C 1 1701 1001 HOH HOH . TA 8 HOH C 2 1702 1003 HOH HOH . TA 8 HOH C 3 1703 1059 HOH HOH . UA 8 HOH D 1 1701 1001 HOH HOH . UA 8 HOH D 2 1702 1003 HOH HOH . UA 8 HOH D 3 1703 1059 HOH HOH . VA 8 HOH E 1 1701 1003 HOH HOH . VA 8 HOH E 2 1702 1001 HOH HOH . VA 8 HOH E 3 1703 1059 HOH HOH . WA 8 HOH F 1 1701 1001 HOH HOH . WA 8 HOH F 2 1702 1003 HOH HOH . WA 8 HOH F 3 1703 1059 HOH HOH . XA 8 HOH G 1 1701 1003 HOH HOH . XA 8 HOH G 2 1702 1001 HOH HOH . XA 8 HOH G 3 1703 1059 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id KA _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 94.925 _atom_site.Cartn_y 117.713 _atom_site.Cartn_z 110.075 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 42.81 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 1601 _atom_site.auth_asym_id F _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 27 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 48 _model_server_stats.query_time_ms 291 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #