data_8P5T # _model_server_result.job_id KBXVmTNS3E15FM2zHlCaig _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 07:40:29' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8p5t # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":1301}' # _entry.id 8P5T # _exptl.entry_id 8P5T _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8P5T _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8P5T _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 G N N ? 2 J N N ? 2 M N N ? 2 P N N ? 2 S N N ? 2 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 647 A ASP 645 1_555 G MG MG . A MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 680 A ASN 678 1_555 G MG MG . A MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc3 A O ILE 682 A ILE 680 1_555 G MG MG . A MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc4 G MG MG . A MG 1301 1_555 I O2B TPP . A TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 1301 1_555 I O1A TPP . A TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc6 B OD1 ASP 647 B ASP 645 1_555 J MG MG . B MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASN 680 B ASN 678 1_555 J MG MG . B MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc8 B O ILE 682 B ILE 680 1_555 J MG MG . B MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc9 J MG MG . B MG 1301 1_555 L O2A TPP . B TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc10 J MG MG . B MG 1301 1_555 L O2B TPP . B TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc11 C OD1 ASP 647 C ASP 645 1_555 M MG MG . C MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc12 C OD1 ASN 680 C ASN 678 1_555 M MG MG . C MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc13 C O ILE 682 C ILE 680 1_555 M MG MG . C MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc14 M MG MG . C MG 1301 1_555 O O2B TPP . C TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc15 M MG MG . C MG 1301 1_555 O O1A TPP . C TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc16 D OD1 ASP 647 D ASP 645 1_555 P MG MG . D MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc17 D OD1 ASN 680 D ASN 678 1_555 P MG MG . D MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc18 D O ILE 682 D ILE 680 1_555 P MG MG . D MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc19 P MG MG . D MG 1301 1_555 R O2A TPP . D TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc20 P MG MG . D MG 1301 1_555 R O2B TPP . D TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? metalc ? metalc21 E OD1 ASP 647 E ASP 645 1_555 S MG MG . E MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc22 E OD1 ASN 680 E ASN 678 1_555 S MG MG . E MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc23 E O ILE 682 E ILE 680 1_555 S MG MG . E MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc24 S MG MG . E MG 1301 1_555 U O2B TPP . E TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc25 S MG MG . E MG 1301 1_555 U O1A TPP . E TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc26 F OD1 ASP 647 F ASP 645 1_555 V MG MG . F MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc27 F OD1 ASN 680 F ASN 678 1_555 V MG MG . F MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc28 F O ILE 682 F ILE 680 1_555 V MG MG . F MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc29 V MG MG . F MG 1301 1_555 X O2B TPP . F TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc30 V MG MG . F MG 1301 1_555 X O2A TPP . F TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8P5T _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 MG A 1 1301 3 MG MG . H 3 ACO A 1 1302 1401 ACO ACO . I 4 TPP A 1 1303 1501 TPP TPP . J 2 MG B 1 1301 6 MG MG . K 3 ACO B 1 1302 1401 ACO ACO . L 4 TPP B 1 1303 1501 TPP TPP . M 2 MG C 1 1301 2 MG MG . N 3 ACO C 1 1302 1401 ACO ACO . O 4 TPP C 1 1303 1501 TPP TPP . P 2 MG D 1 1301 4 MG MG . Q 3 ACO D 1 1302 1401 ACO ACO . R 4 TPP D 1 1303 1501 TPP TPP . S 2 MG E 1 1301 1 MG MG . T 3 ACO E 1 1302 1401 ACO ACO . U 4 TPP E 1 1303 1501 TPP TPP . V 2 MG F 1 1301 5 MG MG . W 3 ACO F 1 1302 1401 ACO ACO . X 4 TPP F 1 1303 1501 TPP TPP . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 172.874 _atom_site.Cartn_y 104.733 _atom_site.Cartn_z 147.943 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 19.76 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 1301 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 92 _model_server_stats.query_time_ms 347 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #