data_8P5U
#
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_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 08:37:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          8p5u 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":1301}' 
#
_entry.id    8P5U 
#
_exptl.entry_id    8P5U 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8P5U 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8P5U 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 K N N 
? 2 O N N 
? 2 S N N 
? 2 W N N 
? 2 AA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 647 A ASP 645 1_555 G MG MG . A MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASN 680 A ASN 678 1_555 G MG MG . A MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc3 A O ILE 682 A ILE 680 1_555 G MG MG . A MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc4 G MG MG . A MG 1301 1_555 J O2B TPP . A TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 1301 1_555 J O1A TPP . A TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc6 B OD1 ASP 647 B ASP 645 1_555 K MG MG . B MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASN 680 B ASN 678 1_555 K MG MG . B MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc8 B O ILE 682 B ILE 680 1_555 K MG MG . B MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc9 K MG MG . B MG 1301 1_555 N O2A TPP . B TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc10 K MG MG . B MG 1301 1_555 N O2B TPP . B TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASP 647 C ASP 645 1_555 O MG MG . C MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc12 C OD1 ASN 680 C ASN 678 1_555 O MG MG . C MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc13 C O ILE 682 C ILE 680 1_555 O MG MG . C MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc14 O MG MG . C MG 1301 1_555 R O2B TPP . C TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
metalc ? metalc15 O MG MG . C MG 1301 1_555 R O1A TPP . C TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc16 D OD1 ASP 647 D ASP 645 1_555 S MG MG . D MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc17 D OD1 ASN 680 D ASN 678 1_555 S MG MG . D MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc18 D O ILE 682 D ILE 680 1_555 S MG MG . D MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc19 S MG MG . D MG 1301 1_555 V O2A TPP . D TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc20 S MG MG . D MG 1301 1_555 V O2B TPP . D TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc21 E OD1 ASP 647 E ASP 645 1_555 W MG MG . E MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc22 E OD1 ASN 680 E ASN 678 1_555 W MG MG . E MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc23 E O ILE 682 E ILE 680 1_555 W MG MG . E MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc24 W MG MG . E MG 1301 1_555 Z O2B TPP . E TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
metalc ? metalc25 W MG MG . E MG 1301 1_555 Z O1A TPP . E TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc26 F OD1 ASP 647 F ASP 645 1_555 AA MG MG . F MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc27 F OD1 ASN 680 F ASN 678 1_555 AA MG MG . F MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc28 F O ILE 682 F ILE 680 1_555 AA MG MG . F MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc29 AA MG MG . F MG 1301 1_555 DA O2B TPP . F TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc30 AA MG MG . F MG 1301 1_555 DA O2A TPP . F TPP 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8P5U 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 MG A 1 1301 3 MG MG . 
H 3 COA A 1 1302 1304 COA COA . 
I 4 ACO A 1 1303 1401 ACO ACO . 
J 5 TPP A 1 1304 1501 TPP TPP . 
K 2 MG B 1 1301 6 MG MG . 
L 3 COA B 1 1302 1304 COA COA . 
M 4 ACO B 1 1303 1401 ACO ACO . 
N 5 TPP B 1 1304 1501 TPP TPP . 
O 2 MG C 1 1301 2 MG MG . 
P 3 COA C 1 1302 1304 COA COA . 
Q 4 ACO C 1 1303 1401 ACO ACO . 
R 5 TPP C 1 1304 1501 TPP TPP . 
S 2 MG D 1 1301 4 MG MG . 
T 3 COA D 1 1302 1304 COA COA . 
U 4 ACO D 1 1303 1401 ACO ACO . 
V 5 TPP D 1 1304 1501 TPP TPP . 
W 2 MG E 1 1301 1 MG MG . 
X 3 COA E 1 1302 1304 COA COA . 
Y 4 ACO E 1 1303 1401 ACO ACO . 
Z 5 TPP E 1 1304 1501 TPP TPP . 
AA 2 MG F 1 1301 5 MG MG . 
BA 3 COA F 1 1302 1304 COA COA . 
CA 4 ACO F 1 1303 1401 ACO ACO . 
DA 5 TPP F 1 1304 1501 TPP TPP . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         O 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               108.969 
_atom_site.Cartn_y               188.716 
_atom_site.Cartn_z               147.05 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        19.41 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           1301 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              28 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    80 
_model_server_stats.query_time_ms           303 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#