data_8PBC
#
_model_server_result.job_id            6TZpbvlT8D9668XmN5B-BQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-10 23:35:00' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8pbc 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"IA","auth_seq_id":402}' 
#
_entry.id    8PBC 
#
_exptl.entry_id    8PBC 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    22 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    22-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      22 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 X N N 
? 5 Y N N 
? 5 Z N N 
? 5 BA N N 
? 5 CA N N 
? 5 EA N N 
? 5 FA N N 
? 5 HA N N 
? 5 IA N N 
? 5 KA N N 
? 5 LA N N 
? 5 NA N N 
? 5 OA N N 
? 5 QA N N 
? 5 RA N N 
? 5 TA N N 
? 5 UA N N 
? 5 WA N N 
? 5 XA N N 
? 5 ZA N N 
? 5 AB N N 
? 5 CB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 134 A THR 134 1_555 X CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc2 A O ALA 293 A ALA 293 1_555 Z CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc3 A O HIS 294 A HIS 294 1_555 Z CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.17 ? 
metalc ? metalc4 A O SER 296 A SER 296 1_555 Z CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 316 A ASP 316 1_555 Z CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.137 ? 
metalc ? metalc6 W O2G ATP . A ATP 401 1_555 X CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc7 W O2B ATP . A ATP 401 1_555 X CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc8 W O3G ATP . A ATP 401 1_555 Y CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? 
metalc ? metalc9 Z CA CA . A CA 404 1_555 AA O3G ATP . B ATP 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc10 B OG1 THR 134 B THR 134 1_555 BA CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc11 B O ALA 293 B ALA 293 1_555 CA CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc12 B O SER 296 B SER 296 1_555 CA CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? 
metalc ? metalc13 B OD1 ASP 316 B ASP 316 1_555 CA CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.027 ? 
metalc ? metalc14 AA O2G ATP . B ATP 400 1_555 BA CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
metalc ? metalc15 AA O2B ATP . B ATP 400 1_555 BA CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc16 CA CA CA . B CA 402 1_555 DA O3G ATP . C ATP 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc17 C OG1 THR 134 C THR 134 1_555 EA CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc18 C O ALA 293 C ALA 293 1_555 FA CA CA . C CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc19 C O SER 296 C SER 296 1_555 FA CA CA . C CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc20 C OD1 ASP 316 C ASP 316 1_555 FA CA CA . C CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? 
metalc ? metalc21 DA O2G ATP . C ATP 400 1_555 EA CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
metalc ? metalc22 DA O2B ATP . C ATP 400 1_555 EA CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc23 FA CA CA . C CA 402 1_555 GA O3G ATP . D ATP 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc24 D OG1 THR 134 D THR 134 1_555 HA CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc25 D O ALA 293 D ALA 293 1_555 IA CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc26 D O SER 296 D SER 296 1_555 IA CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc27 D OD1 ASP 316 D ASP 316 1_555 IA CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.009 ? 
metalc ? metalc28 GA O2G ATP . D ATP 400 1_555 HA CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc29 GA O2B ATP . D ATP 400 1_555 HA CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc30 IA CA CA . D CA 402 1_555 JA O3G ATP . E ATP 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc31 E OG1 THR 134 E THR 134 1_555 KA CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc32 E O ALA 293 E ALA 293 1_555 LA CA CA . E CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc33 E O SER 296 E SER 296 1_555 LA CA CA . E CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
metalc ? metalc34 E OD1 ASP 316 E ASP 316 1_555 LA CA CA . E CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.12 ? 
metalc ? metalc35 JA O2G ATP . E ATP 400 1_555 KA CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc36 JA O2B ATP . E ATP 400 1_555 KA CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc37 LA CA CA . E CA 402 1_555 MA O3G ATP . F ATP 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? 
metalc ? metalc38 F OG1 THR 134 F THR 134 1_555 NA CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc39 F O ALA 293 F ALA 293 1_555 OA CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? 
metalc ? metalc40 F O SER 296 F SER 296 1_555 OA CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc41 F OD1 ASP 316 F ASP 316 1_555 OA CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.933 ? 
metalc ? metalc42 MA O2G ATP . F ATP 400 1_555 NA CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc43 MA O2B ATP . F ATP 400 1_555 NA CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc44 OA CA CA . F CA 402 1_555 PA O3G ATP . G ATP 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc45 G OG1 THR 134 G THR 134 1_555 QA CA CA . G CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc46 G O ALA 293 G ALA 293 1_555 RA CA CA . G CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc47 G O SER 296 G SER 296 1_555 RA CA CA . G CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc48 G OD1 ASP 316 G ASP 316 1_555 RA CA CA . G CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? 
metalc ? metalc49 PA O2G ATP . G ATP 400 1_555 QA CA CA . G CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc50 PA O2B ATP . G ATP 400 1_555 QA CA CA . G CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc51 RA CA CA . G CA 402 1_555 SA O3G ATP . H ATP 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc52 H OG1 THR 134 H THR 134 1_555 TA CA CA . H CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc53 H O ALA 293 H ALA 293 1_555 UA CA CA . H CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc54 H O SER 296 H SER 296 1_555 UA CA CA . H CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc55 H OD1 ASP 316 H ASP 316 1_555 UA CA CA . H CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.967 ? 
metalc ? metalc56 SA O2G ATP . H ATP 400 1_555 TA CA CA . H CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc57 SA O2B ATP . H ATP 400 1_555 TA CA CA . H CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc58 UA CA CA . H CA 402 1_555 VA O3G ATP . I ATP 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc59 I OG1 THR 134 I THR 134 1_555 WA CA CA . I CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
metalc ? metalc60 I O ALA 293 I ALA 293 1_555 XA CA CA . I CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc61 I O SER 296 I SER 296 1_555 XA CA CA . I CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc62 I OD1 ASP 316 I ASP 316 1_555 XA CA CA . I CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.031 ? 
metalc ? metalc63 VA O2G ATP . I ATP 400 1_555 WA CA CA . I CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc64 VA O2B ATP . I ATP 400 1_555 WA CA CA . I CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc65 XA CA CA . I CA 402 1_555 YA O3G ATP . J ATP 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc66 J OG1 THR 134 J THR 134 1_555 ZA CA CA . J CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc67 J O ALA 293 J ALA 293 1_555 AB CA CA . J CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
metalc ? metalc68 J O SER 296 J SER 296 1_555 AB CA CA . J CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? 
metalc ? metalc69 J OD1 ASP 316 J ASP 316 1_555 AB CA CA . J CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.165 ? 
metalc ? metalc70 YA O2G ATP . J ATP 400 1_555 ZA CA CA . J CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
metalc ? metalc71 YA O2B ATP . J ATP 400 1_555 ZA CA CA . J CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc72 AB CA CA . J CA 402 1_555 BB O3G ATP . K ATP 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc73 K OG1 THR 134 K THR 134 1_555 CB CA CA . K CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc74 BB O2G ATP . K ATP 400 1_555 CB CA CA . K CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc75 BB O2B ATP . K ATP 400 1_555 CB CA CA . K CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8PBC 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
W 4 ATP A 1 401 400 ATP ATP . 
X 5 CA A 1 402 401 CA CA . 
Y 5 CA A 1 403 402 CA CA . 
Z 5 CA A 1 404 402 CA CA . 
AA 4 ATP B 1 400 400 ATP ATP . 
BA 5 CA B 1 401 401 CA CA . 
CA 5 CA B 1 402 402 CA CA . 
DA 4 ATP C 1 400 400 ATP ATP . 
EA 5 CA C 1 401 401 CA CA . 
FA 5 CA C 1 402 402 CA CA . 
GA 4 ATP D 1 400 400 ATP ATP . 
HA 5 CA D 1 401 401 CA CA . 
IA 5 CA D 1 402 402 CA CA . 
JA 4 ATP E 1 400 400 ATP ATP . 
KA 5 CA E 1 401 401 CA CA . 
LA 5 CA E 1 402 402 CA CA . 
MA 4 ATP F 1 400 400 ATP ATP . 
NA 5 CA F 1 401 401 CA CA . 
OA 5 CA F 1 402 402 CA CA . 
PA 4 ATP G 1 400 400 ATP ATP . 
QA 5 CA G 1 401 401 CA CA . 
RA 5 CA G 1 402 402 CA CA . 
SA 4 ATP H 1 400 400 ATP ATP . 
TA 5 CA H 1 401 401 CA CA . 
UA 5 CA H 1 402 402 CA CA . 
VA 4 ATP I 1 400 400 ATP ATP . 
WA 5 CA I 1 401 401 CA CA . 
XA 5 CA I 1 402 402 CA CA . 
YA 4 ATP J 1 400 400 ATP ATP . 
ZA 5 CA J 1 401 401 CA CA . 
AB 5 CA J 1 402 402 CA CA . 
BB 4 ATP K 1 400 400 ATP ATP . 
CB 5 CA K 1 401 401 CA CA . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         IA 
_atom_site.label_entity_id       5 
_atom_site.Cartn_x               133.993 
_atom_site.Cartn_y               109.913 
_atom_site.Cartn_z               162.897 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        14.82 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           402 
_atom_site.auth_asym_id          D 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              0 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    30 
_model_server_stats.query_time_ms           257 
_model_server_stats.encode_time_ms          17 
_model_server_stats.element_count           1 
#