data_8PKA
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_model_server_result.job_id            GaesXZQQSllvR6aHokIVZQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-15 13:23:17' 
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_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8pka 
#
_model_server_params.name     atom_site 
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#
_entry.id    8PKA 
#
_exptl.entry_id    8PKA 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
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_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              540.651 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.entry_id            8PKA 
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_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8PKA 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      6 
_struct_asym.id                             F 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A NZ LYS 205 A LYS 258 1_555 E C4A PLP . A PLP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? 
covale ? covale2 C OG SER 37 C SER 37 1_555 F P24 8Q1 . C 8Q1 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 328 A CYS 381 1_555 G FE FE2 . D FE2 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc2 D OD1 ASP 39 D ASP 71 1_555 G FE FE2 . D FE2 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc3 D OD2 ASP 39 D ASP 71 1_555 G FE FE2 . D FE2 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc4 D SG CYS 63 D CYS 95 1_555 G FE FE2 . D FE2 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc5 G FE FE2 . D FE2 201 1_555 J O HOH . D HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
#
_chem_comp.formula           'C23 H45 N2 O8 P S' 
_chem_comp.formula_weight    540.651 
_chem_comp.id                8Q1 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     "S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine" 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O3 P24 8Q1 doub 1 n n 
O2 P24 8Q1 sing 2 n n 
P24 O27 8Q1 sing 3 n n 
O27 C28 8Q1 sing 4 n n 
C28 C29 8Q1 sing 5 n n 
O33 C32 8Q1 sing 6 n n 
C30 C29 8Q1 sing 7 n n 
C29 C32 8Q1 sing 8 n n 
C29 C31 8Q1 sing 9 n n 
C32 C34 8Q1 sing 10 n n 
O35 C34 8Q1 doub 11 n n 
C34 N36 8Q1 sing 12 n n 
N36 C37 8Q1 sing 13 n n 
C16 C15 8Q1 sing 14 n n 
C14 C15 8Q1 sing 15 n n 
C14 C13 8Q1 sing 16 n n 
C42 N41 8Q1 sing 17 n n 
C42 C43 8Q1 sing 18 n n 
C37 C38 8Q1 sing 19 n n 
S44 C43 8Q1 sing 20 n n 
S44 C1 8Q1 sing 21 n n 
O40 C39 8Q1 doub 22 n n 
C12 C13 8Q1 sing 23 n n 
C12 C11 8Q1 sing 24 n n 
N41 C39 8Q1 sing 25 n n 
C39 C38 8Q1 sing 26 n n 
C10 C11 8Q1 sing 27 n n 
C10 C9 8Q1 sing 28 n n 
C8 C7 8Q1 sing 29 n n 
C8 C9 8Q1 sing 30 n n 
C1 C6 8Q1 sing 31 n n 
C1 O4 8Q1 doub 32 n n 
C7 C6 8Q1 sing 33 n n 
P24 O1 8Q1 sing 34 n n 
C16 H1 8Q1 sing 35 n n 
C16 H2 8Q1 sing 36 n n 
C16 H3 8Q1 sing 37 n n 
C15 H4 8Q1 sing 38 n n 
C15 H5 8Q1 sing 39 n n 
C14 H6 8Q1 sing 40 n n 
C14 H7 8Q1 sing 41 n n 
C13 H8 8Q1 sing 42 n n 
C13 H9 8Q1 sing 43 n n 
O2 H10 8Q1 sing 44 n n 
C12 H11 8Q1 sing 45 n n 
C12 H12 8Q1 sing 46 n n 
C11 H13 8Q1 sing 47 n n 
C11 H14 8Q1 sing 48 n n 
C10 H15 8Q1 sing 49 n n 
C10 H16 8Q1 sing 50 n n 
C9 H17 8Q1 sing 51 n n 
C9 H18 8Q1 sing 52 n n 
C8 H19 8Q1 sing 53 n n 
C8 H20 8Q1 sing 54 n n 
C7 H21 8Q1 sing 55 n n 
C7 H22 8Q1 sing 56 n n 
C6 H23 8Q1 sing 57 n n 
C6 H24 8Q1 sing 58 n n 
C28 H25 8Q1 sing 59 n n 
C28 H26 8Q1 sing 60 n n 
C30 H27 8Q1 sing 61 n n 
C30 H28 8Q1 sing 62 n n 
C30 H29 8Q1 sing 63 n n 
C31 H30 8Q1 sing 64 n n 
C31 H31 8Q1 sing 65 n n 
C31 H32 8Q1 sing 66 n n 
C32 H33 8Q1 sing 67 n n 
C37 H34 8Q1 sing 68 n n 
C37 H35 8Q1 sing 69 n n 
C38 H36 8Q1 sing 70 n n 
C38 H37 8Q1 sing 71 n n 
C42 H38 8Q1 sing 72 n n 
C42 H39 8Q1 sing 73 n n 
C43 H40 8Q1 sing 74 n n 
C43 H41 8Q1 sing 75 n n 
N36 H42 8Q1 sing 76 n n 
N41 H43 8Q1 sing 77 n n 
O33 H44 8Q1 sing 78 n n 
O1 H45 8Q1 sing 79 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8PKA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 5 PLP A 1 501 501 PLP PLP . 
F 6 8Q1 C 1 101 101 8Q1 8Q1 . 
G 7 FE2 D 1 201 201 FE2 FE2 . 
H 8 HOH A 1 601 73 HOH HOH . 
H 8 HOH A 2 602 141 HOH HOH . 
H 8 HOH A 3 603 61 HOH HOH . 
H 8 HOH A 4 604 194 HOH HOH . 
H 8 HOH A 5 605 193 HOH HOH . 
H 8 HOH A 6 606 165 HOH HOH . 
H 8 HOH A 7 607 42 HOH HOH . 
H 8 HOH A 8 608 134 HOH HOH . 
H 8 HOH A 9 609 94 HOH HOH . 
H 8 HOH A 10 610 192 HOH HOH . 
H 8 HOH A 11 611 95 HOH HOH . 
H 8 HOH A 12 612 72 HOH HOH . 
H 8 HOH A 13 613 156 HOH HOH . 
H 8 HOH A 14 614 153 HOH HOH . 
H 8 HOH A 15 615 41 HOH HOH . 
H 8 HOH A 16 616 121 HOH HOH . 
H 8 HOH A 17 617 145 HOH HOH . 
H 8 HOH A 18 618 99 HOH HOH . 
H 8 HOH A 19 619 50 HOH HOH . 
H 8 HOH A 20 620 109 HOH HOH . 
H 8 HOH A 21 621 195 HOH HOH . 
H 8 HOH A 22 622 78 HOH HOH . 
H 8 HOH A 23 623 189 HOH HOH . 
H 8 HOH A 24 624 39 HOH HOH . 
H 8 HOH A 25 625 63 HOH HOH . 
H 8 HOH A 26 626 64 HOH HOH . 
H 8 HOH A 27 627 53 HOH HOH . 
H 8 HOH A 28 628 129 HOH HOH . 
H 8 HOH A 29 629 110 HOH HOH . 
H 8 HOH A 30 630 75 HOH HOH . 
H 8 HOH A 31 631 22 HOH HOH . 
H 8 HOH A 32 632 51 HOH HOH . 
H 8 HOH A 33 633 101 HOH HOH . 
H 8 HOH A 34 634 154 HOH HOH . 
H 8 HOH A 35 635 146 HOH HOH . 
H 8 HOH A 36 636 135 HOH HOH . 
H 8 HOH A 37 637 80 HOH HOH . 
H 8 HOH A 38 638 155 HOH HOH . 
H 8 HOH A 39 639 190 HOH HOH . 
H 8 HOH A 40 640 68 HOH HOH . 
H 8 HOH A 41 641 123 HOH HOH . 
H 8 HOH A 42 642 143 HOH HOH . 
H 8 HOH A 43 643 102 HOH HOH . 
H 8 HOH A 44 644 93 HOH HOH . 
H 8 HOH A 45 645 74 HOH HOH . 
H 8 HOH A 46 646 90 HOH HOH . 
H 8 HOH A 47 647 142 HOH HOH . 
H 8 HOH A 48 648 127 HOH HOH . 
H 8 HOH A 49 649 65 HOH HOH . 
H 8 HOH A 50 650 56 HOH HOH . 
H 8 HOH A 51 651 96 HOH HOH . 
H 8 HOH A 52 652 197 HOH HOH . 
H 8 HOH A 53 653 149 HOH HOH . 
H 8 HOH A 54 654 148 HOH HOH . 
H 8 HOH A 55 655 16 HOH HOH . 
H 8 HOH A 56 656 57 HOH HOH . 
H 8 HOH A 57 657 118 HOH HOH . 
I 8 HOH B 1 101 111 HOH HOH . 
I 8 HOH B 2 102 172 HOH HOH . 
I 8 HOH B 3 103 174 HOH HOH . 
I 8 HOH B 4 104 18 HOH HOH . 
J 8 HOH D 1 301 1 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O4 8Q1 . . . F 6 107.385 134.627 83.73 1 29.26 ? O4 8Q1 101 C 1 
HETATM 2 C C16 8Q1 . . . F 6 104.044 122.137 88.593 1 29.26 ? C16 8Q1 101 C 1 
HETATM 3 O O3 8Q1 . . . F 6 103.709 140.53 72.686 1 29.26 ? O3 8Q1 101 C 1 
HETATM 4 C C15 8Q1 . . . F 6 104.172 123.385 87.755 1 29.26 ? C15 8Q1 101 C 1 
HETATM 5 C C14 8Q1 . . . F 6 103.373 124.541 88.291 1 29.26 ? C14 8Q1 101 C 1 
HETATM 6 C C13 8Q1 . . . F 6 103.378 125.777 87.429 1 29.26 ? C13 8Q1 101 C 1 
HETATM 7 O O2 8Q1 . . . F 6 102.527 141.261 74.793 1 29.26 ? O2 8Q1 101 C 1 
HETATM 8 C C12 8Q1 . . . F 6 104.722 126.449 87.285 1 29.26 ? C12 8Q1 101 C 1 
HETATM 9 C C11 8Q1 . . . F 6 104.676 127.705 86.451 1 29.26 ? C11 8Q1 101 C 1 
HETATM 10 C C10 8Q1 . . . F 6 105.987 128.439 86.316 1 29.26 ? C10 8Q1 101 C 1 
HETATM 11 C C9 8Q1 . . . F 6 105.889 129.679 85.463 1 29.26 ? C9 8Q1 101 C 1 
HETATM 12 C C8 8Q1 . . . F 6 107.165 130.472 85.331 1 29.26 ? C8 8Q1 101 C 1 
HETATM 13 C C7 8Q1 . . . F 6 107.012 131.729 84.491 1 29.26 ? C7 8Q1 101 C 1 
HETATM 14 C C6 8Q1 . . . F 6 108.284 132.492 84.31 1 29.26 ? C6 8Q1 101 C 1 
HETATM 15 C C1 8Q1 . . . F 6 108.131 133.719 83.458 1 29.26 ? C1 8Q1 101 C 1 
HETATM 16 C C28 8Q1 . . . F 6 104.393 139.315 76.281 1 29.26 ? C28 8Q1 101 C 1 
HETATM 17 C C29 8Q1 . . . F 6 105.787 139.152 76.88 1 29.26 ? C29 8Q1 101 C 1 
HETATM 18 C C30 8Q1 . . . F 6 106.601 138.205 75.994 1 29.26 ? C30 8Q1 101 C 1 
HETATM 19 C C31 8Q1 . . . F 6 105.67 138.539 78.278 1 29.26 ? C31 8Q1 101 C 1 
HETATM 20 C C32 8Q1 . . . F 6 106.48 140.517 76.974 1 29.26 ? C32 8Q1 101 C 1 
HETATM 21 C C34 8Q1 . . . F 6 107.897 140.469 77.524 1 29.26 ? C34 8Q1 101 C 1 
HETATM 22 C C37 8Q1 . . . F 6 109.373 140.84 79.435 1 29.26 ? C37 8Q1 101 C 1 
HETATM 23 C C38 8Q1 . . . F 6 109.381 140.006 80.696 1 29.26 ? C38 8Q1 101 C 1 
HETATM 24 C C39 8Q1 . . . F 6 109.03 138.554 80.45 1 29.26 ? C39 8Q1 101 C 1 
HETATM 25 C C42 8Q1 . . . F 6 108.554 136.362 81.461 1 29.26 ? C42 8Q1 101 C 1 
HETATM 26 C C43 8Q1 . . . F 6 109.655 135.426 81.898 1 29.26 ? C43 8Q1 101 C 1 
HETATM 27 N N36 8Q1 . . . F 6 108.07 140.849 78.782 1 29.26 ? N36 8Q1 101 C 1 
HETATM 28 N N41 8Q1 . . . F 6 108.967 137.756 81.52 1 29.26 ? N41 8Q1 101 C 1 
HETATM 29 O O27 8Q1 . . . F 6 104.542 139.797 74.918 1 29.26 ? O27 8Q1 101 C 1 
HETATM 30 O O33 8Q1 . . . F 6 105.677 141.344 77.8 1 29.26 ? O33 8Q1 101 C 1 
HETATM 31 O O35 8Q1 . . . F 6 108.826 140.101 76.809 1 29.26 ? O35 8Q1 101 C 1 
HETATM 32 O O40 8Q1 . . . F 6 108.804 138.139 79.317 1 29.26 ? O40 8Q1 101 C 1 
HETATM 33 P P24 8Q1 . . . F 6 103.218 140.128 74.062 1 29.26 ? P24 8Q1 101 C 1 
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