data_8PME # _model_server_result.job_id mZ7bbq2jJ2_INxd1lomKJA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-01 03:24:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8pme # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 8PME # _exptl.entry_id 8PME _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8PME _cell.length_a 79.279 _cell.length_b 103.735 _cell.length_c 143.471 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8PME _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 2ac 2ab' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 I N N ? 3 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C LEU 10 A LEU 97 1_555 A N MSE 11 A MSE 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale2 A C MSE 11 A MSE 98 1_555 A N THR 12 A THR 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale3 A C GLN 96 A GLN 183 1_555 A N MSE 97 A MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale4 A C MSE 97 A MSE 184 1_555 A N PHE 98 A PHE 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale5 A C LYS 158 A LYS 245 1_555 A N MSE 159 A MSE 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale6 A C MSE 159 A MSE 246 1_555 A N PHE 160 A PHE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale7 A C VAL 263 A VAL 350 1_555 A N MSE 264 A MSE 351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale8 A C MSE 264 A MSE 351 1_555 A N ALA 265 A ALA 352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale9 A NH1 ARG 313 A ARG 400 1_555 G O3 SIN . A SIN 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.3 ? covale ? covale10 B C LEU 10 B LEU 97 1_555 B N MSE 11 B MSE 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale11 B C MSE 11 B MSE 98 1_555 B N THR 12 B THR 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale12 B C MSE 97 B MSE 184 1_555 B N PHE 98 B PHE 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale13 B C LYS 158 B LYS 245 1_555 B N MSE 159 B MSE 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale14 B C MSE 159 B MSE 246 1_555 B N PHE 160 B PHE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale15 B C VAL 263 B VAL 350 1_555 B N MSE 264 B MSE 351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale16 B C MSE 264 B MSE 351 1_555 B N ALA 265 B ALA 352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale17 C C LEU 10 C LEU 97 1_555 C N MSE 11 C MSE 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale18 C C MSE 11 C MSE 98 1_555 C N THR 12 C THR 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale19 C C MSE 97 C MSE 184 1_555 C N PHE 98 C PHE 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale20 C C LYS 158 C LYS 245 1_555 C N MSE 159 C MSE 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale21 C C MSE 159 C MSE 246 1_555 C N PHE 160 C PHE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale22 C C VAL 263 C VAL 350 1_555 C N MSE 264 C MSE 351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale23 C C MSE 264 C MSE 351 1_555 C N ALA 265 C ALA 352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? metalc ? metalc1 A O ILE 34 A ILE 121 1_555 E MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.784 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 79 A ASP 166 1_555 E MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 79 A ASP 166 1_555 E MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc4 D O2G ATP . A ATP 1001 1_555 E MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc5 D O2B ATP . A ATP 1001 1_555 E MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? metalc ? metalc6 D O2A ATP . A ATP 1001 1_555 E MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc7 E MG MG . A MG 1002 1_555 N O HOH . A HOH 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? metalc ? metalc8 B O ILE 34 B ILE 121 1_555 I MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? metalc ? metalc9 B OD1 ASP 79 B ASP 166 1_555 I MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc10 B OD2 ASP 79 B ASP 166 1_555 I MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc11 H O2G ATP . B ATP 1001 1_555 I MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc12 H O2B ATP . B ATP 1001 1_555 I MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.794 ? metalc ? metalc13 H O2A ATP . B ATP 1001 1_555 I MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc14 I MG MG . B MG 1002 1_555 O O HOH . B HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? metalc ? metalc15 C O ILE 34 C ILE 121 1_555 L MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.78 ? metalc ? metalc16 C OD1 ASP 79 C ASP 166 1_555 L MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? metalc ? metalc17 C OD2 ASP 79 C ASP 166 1_555 L MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc18 K O2G ATP . C ATP 1001 1_555 L MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc19 K O2B ATP . C ATP 1001 1_555 L MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc20 K O2A ATP . C ATP 1001 1_555 L MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc21 L MG MG . C MG 1002 1_555 P O HOH . C HOH 1113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8PME _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012614 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00964 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00697 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 ATP A 1 1001 1001 ATP ATP . E 3 MG A 1 1002 1002 MG MG . F 4 SIN A 1 1003 1201 SIN SIN . G 4 SIN A 1 1004 1203 SIN SIN . H 2 ATP B 1 1001 1001 ATP ATP . I 3 MG B 1 1002 1002 MG MG . J 4 SIN B 1 1003 1204 SIN SIN . K 2 ATP C 1 1001 1001 ATP ATP . L 3 MG C 1 1002 1002 MG MG . M 4 SIN C 1 1003 1202 SIN SIN . N 5 HOH A 1 1101 27 HOH HOH . N 5 HOH A 2 1102 52 HOH HOH . N 5 HOH A 3 1103 39 HOH HOH . N 5 HOH A 4 1104 23 HOH HOH . N 5 HOH A 5 1105 47 HOH HOH . N 5 HOH A 6 1106 50 HOH HOH . N 5 HOH A 7 1107 9 HOH HOH . N 5 HOH A 8 1108 53 HOH HOH . N 5 HOH A 9 1109 5 HOH HOH . N 5 HOH A 10 1110 83 HOH HOH . N 5 HOH A 11 1111 31 HOH HOH . N 5 HOH A 12 1112 15 HOH HOH . N 5 HOH A 13 1113 12 HOH HOH . N 5 HOH A 14 1114 98 HOH HOH . N 5 HOH A 15 1115 34 HOH HOH . N 5 HOH A 16 1116 4 HOH HOH . N 5 HOH A 17 1117 22 HOH HOH . N 5 HOH A 18 1118 88 HOH HOH . N 5 HOH A 19 1119 51 HOH HOH . N 5 HOH A 20 1120 19 HOH HOH . N 5 HOH A 21 1121 33 HOH HOH . N 5 HOH A 22 1122 87 HOH HOH . N 5 HOH A 23 1123 93 HOH HOH . N 5 HOH A 24 1124 70 HOH HOH . N 5 HOH A 25 1125 40 HOH HOH . N 5 HOH A 26 1126 77 HOH HOH . N 5 HOH A 27 1127 57 HOH HOH . N 5 HOH A 28 1128 76 HOH HOH . N 5 HOH A 29 1129 38 HOH HOH . N 5 HOH A 30 1130 43 HOH HOH . O 5 HOH B 1 1101 54 HOH HOH . O 5 HOH B 2 1102 46 HOH HOH . O 5 HOH B 3 1103 2 HOH HOH . O 5 HOH B 4 1104 73 HOH HOH . O 5 HOH B 5 1105 37 HOH HOH . O 5 HOH B 6 1106 89 HOH HOH . O 5 HOH B 7 1107 3 HOH HOH . O 5 HOH B 8 1108 82 HOH HOH . O 5 HOH B 9 1109 96 HOH HOH . O 5 HOH B 10 1110 20 HOH HOH . O 5 HOH B 11 1111 91 HOH HOH . O 5 HOH B 12 1112 66 HOH HOH . O 5 HOH B 13 1113 26 HOH HOH . O 5 HOH B 14 1114 68 HOH HOH . O 5 HOH B 15 1115 14 HOH HOH . O 5 HOH B 16 1116 8 HOH HOH . O 5 HOH B 17 1117 13 HOH HOH . O 5 HOH B 18 1118 65 HOH HOH . O 5 HOH B 19 1119 16 HOH HOH . O 5 HOH B 20 1120 59 HOH HOH . O 5 HOH B 21 1121 78 HOH HOH . O 5 HOH B 22 1122 80 HOH HOH . O 5 HOH B 23 1123 97 HOH HOH . O 5 HOH B 24 1124 86 HOH HOH . O 5 HOH B 25 1125 100 HOH HOH . O 5 HOH B 26 1126 58 HOH HOH . O 5 HOH B 27 1127 71 HOH HOH . O 5 HOH B 28 1128 74 HOH HOH . P 5 HOH C 1 1101 36 HOH HOH . P 5 HOH C 2 1102 11 HOH HOH . P 5 HOH C 3 1103 29 HOH HOH . P 5 HOH C 4 1104 92 HOH HOH . P 5 HOH C 5 1105 10 HOH HOH . P 5 HOH C 6 1106 55 HOH HOH . P 5 HOH C 7 1107 1 HOH HOH . P 5 HOH C 8 1108 24 HOH HOH . P 5 HOH C 9 1109 94 HOH HOH . P 5 HOH C 10 1110 84 HOH HOH . P 5 HOH C 11 1111 44 HOH HOH . P 5 HOH C 12 1112 41 HOH HOH . P 5 HOH C 13 1113 49 HOH HOH . P 5 HOH C 14 1114 79 HOH HOH . P 5 HOH C 15 1115 63 HOH HOH . P 5 HOH C 16 1116 21 HOH HOH . P 5 HOH C 17 1117 90 HOH HOH . P 5 HOH C 18 1118 6 HOH HOH . P 5 HOH C 19 1119 72 HOH HOH . P 5 HOH C 20 1120 30 HOH HOH . P 5 HOH C 21 1121 18 HOH HOH . P 5 HOH C 22 1122 32 HOH HOH . P 5 HOH C 23 1123 17 HOH HOH . P 5 HOH C 24 1124 48 HOH HOH . P 5 HOH C 25 1125 25 HOH HOH . P 5 HOH C 26 1126 45 HOH HOH . P 5 HOH C 27 1127 95 HOH HOH . P 5 HOH C 28 1128 28 HOH HOH . P 5 HOH C 29 1129 56 HOH HOH . P 5 HOH C 30 1130 69 HOH HOH . P 5 HOH C 31 1131 7 HOH HOH . P 5 HOH C 32 1132 99 HOH HOH . P 5 HOH C 33 1133 62 HOH HOH . P 5 HOH C 34 1134 35 HOH HOH . P 5 HOH C 35 1135 42 HOH HOH . P 5 HOH C 36 1136 85 HOH HOH . P 5 HOH C 37 1137 64 HOH HOH . P 5 HOH C 38 1138 60 HOH HOH . P 5 HOH C 39 1139 67 HOH HOH . P 5 HOH C 40 1140 75 HOH HOH . P 5 HOH C 41 1141 61 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -25.577 _atom_site.Cartn_y 29.809 _atom_site.Cartn_z 75.281 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 43.85 _atom_site.pdbx_formal_charge 2 _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 1002 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 31 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 287 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #