data_8PMG
#
_model_server_result.job_id            pTpERkEZTUSB72JOeSneGg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-01 03:18:48' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8pmg 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":1002}' 
#
_entry.id    8PMG 
#
_exptl.entry_id    8PMG 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8PMG 
_cell.length_a            173.41 
_cell.length_b            191.031 
_cell.length_c            90.253 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8PMG 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 2 2ab' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 L N N 
? 3 O N N 
? 3 Q N N 
? 3 U N N 
? 3 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 D SG CYS 291 D CYS 326 1_555 D SG CYS 291 D CYS 326 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc1 A O ILE 86 A ILE 121 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
metalc ? metalc2 G O2G ATP . A ATP 1001 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc3 G O2B ATP . A ATP 1001 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc4 G O2A ATP . A ATP 1001 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
metalc ? metalc5 B O ILE 86 B ILE 121 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc6 K O2G ATP . B ATP 1001 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? 
metalc ? metalc7 K O2B ATP . B ATP 1001 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc8 K O2A ATP . B ATP 1001 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc9 C O ILE 86 C ILE 121 1_555 O MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc10 C OD1 ASP 131 C ASP 166 1_555 O MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? 
metalc ? metalc11 N O2G ATP . C ATP 1001 1_555 O MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc12 N O2B ATP . C ATP 1001 1_555 O MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
metalc ? metalc13 N O2A ATP . C ATP 1001 1_555 O MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? 
metalc ? metalc14 D O ILE 86 D ILE 121 1_555 Q MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc15 D OD1 ASP 131 D ASP 166 1_555 Q MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? 
metalc ? metalc16 D OD2 ASP 131 D ASP 166 1_555 Q MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? 
metalc ? metalc17 P O2G ATP . D ATP 1001 1_555 Q MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? 
metalc ? metalc18 P O2B ATP . D ATP 1001 1_555 Q MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc19 P O2A ATP . D ATP 1001 1_555 Q MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc20 E O ILE 86 E ILE 121 1_555 U MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc21 E OD2 ASP 131 E ASP 166 1_555 U MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc22 T O2G ATP . E ATP 1001 1_555 U MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? 
metalc ? metalc23 T O2B ATP . E ATP 1001 1_555 U MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc24 T O2A ATP . E ATP 1001 1_555 U MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc25 F O ILE 86 F ILE 121 1_555 X MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? 
metalc ? metalc26 W O2G ATP . F ATP 1001 1_555 X MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? 
metalc ? metalc27 W O2B ATP . F ATP 1001 1_555 X MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc28 W O2A ATP . F ATP 1001 1_555 X MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8PMG 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005767 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005235 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.01108 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 ATP A 1 1001 1001 ATP ATP . 
H 3 MG A 1 1002 1002 MG MG . 
I 4 PO4 A 1 1003 6 PO4 PO4 . 
J 5 NA A 1 1004 1 NA NA . 
K 2 ATP B 1 1001 1001 ATP ATP . 
L 3 MG B 1 1002 1002 MG MG . 
M 4 PO4 B 1 1003 4 PO4 PO4 . 
N 2 ATP C 1 1001 1001 ATP ATP . 
O 3 MG C 1 1002 1002 MG MG . 
P 2 ATP D 1 1001 1001 ATP ATP . 
Q 3 MG D 1 1002 1002 MG MG . 
R 4 PO4 D 1 1003 2 PO4 PO4 . 
S 4 PO4 D 1 1004 5 PO4 PO4 . 
T 2 ATP E 1 1001 1001 ATP ATP . 
U 3 MG E 1 1002 1002 MG MG . 
V 4 PO4 E 1 1003 1 PO4 PO4 . 
W 2 ATP F 1 1001 1001 ATP ATP . 
X 3 MG F 1 1002 1002 MG MG . 
Y 4 PO4 F 1 1003 3 PO4 PO4 . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         L 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               59.739 
_atom_site.Cartn_y               2.07 
_atom_site.Cartn_z               0.006 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        80.21 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           1002 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              57 
_model_server_stats.parse_time_ms           20 
_model_server_stats.create_model_time_ms    41 
_model_server_stats.query_time_ms           287 
_model_server_stats.encode_time_ms          7 
_model_server_stats.element_count           1 
#