data_8PMI
#
_model_server_result.job_id            HSPSqhI45MeetQn1SHFeoA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-01 03:07:43' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8pmi 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":1002}' 
#
_entry.id    8PMI 
#
_exptl.entry_id    8PMI 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8PMI 
_cell.length_a            174.276 
_cell.length_b            189.186 
_cell.length_c            89.922 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8PMI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 2 2ab' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 S N N 
? 3 W N N 
? 3 AA N N 
? 3 DA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ILE 86 A ILE 121 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 131 A ASP 166 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc3 G O2G ATP . A ATP 1001 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc4 G O2B ATP . A ATP 1001 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? 
metalc ? metalc5 G O2A ATP . A ATP 1001 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc6 B O ILE 86 B ILE 121 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASP 131 B ASP 166 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc8 K O2G ATP . B ATP 1001 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc9 K O2B ATP . B ATP 1001 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? 
metalc ? metalc10 K O2A ATP . B ATP 1001 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? 
metalc ? metalc11 C O ILE 86 C ILE 121 1_555 S MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc12 C OD1 ASP 131 C ASP 166 1_555 S MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
metalc ? metalc13 R O2G ATP . C ATP 1001 1_555 S MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? 
metalc ? metalc14 R O2B ATP . C ATP 1001 1_555 S MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.857 ? 
metalc ? metalc15 R O2A ATP . C ATP 1001 1_555 S MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? 
metalc ? metalc16 D O ILE 86 D ILE 121 1_555 W MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc17 D OD2 ASP 131 D ASP 166 1_555 W MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? 
metalc ? metalc18 V O2G ATP . D ATP 1001 1_555 W MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc19 V O2A ATP . D ATP 1001 1_555 W MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc20 E O ILE 86 E ILE 121 1_555 AA MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc21 E OD1 ASP 131 E ASP 166 1_555 AA MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc22 E OD2 ASP 131 E ASP 166 1_555 AA MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? 
metalc ? metalc23 Z O2B ATP . E ATP 1001 1_555 AA MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.863 ? 
metalc ? metalc24 Z O2A ATP . E ATP 1001 1_555 AA MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? 
metalc ? metalc25 F O ILE 86 F ILE 121 1_555 DA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc26 F OD1 ASP 131 F ASP 166 1_555 DA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc27 CA O2G ATP . F ATP 1001 1_555 DA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.859 ? 
metalc ? metalc28 CA O2B ATP . F ATP 1001 1_555 DA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? 
metalc ? metalc29 CA O2A ATP . F ATP 1001 1_555 DA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8PMI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005738 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011121 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 ATP A 1 1001 1001 ATP ATP . 
H 3 MG A 1 1002 1002 MG MG . 
I 4 SO4 A 1 1003 6 SO4 SO4 . 
J 4 SO4 A 1 1004 7 SO4 SO4 . 
K 2 ATP B 1 1001 1001 ATP ATP . 
L 3 MG B 1 1002 1002 MG MG . 
M 3 MG B 1 1003 1 MG MG . 
N 4 SO4 B 1 1004 2 SO4 SO4 . 
O 4 SO4 B 1 1005 8 SO4 SO4 . 
P 4 SO4 B 1 1006 10 SO4 SO4 . 
Q 4 SO4 B 1 1007 12 SO4 SO4 . 
R 2 ATP C 1 1001 1001 ATP ATP . 
S 3 MG C 1 1002 1002 MG MG . 
T 4 SO4 C 1 1003 1 SO4 SO4 . 
U 4 SO4 C 1 1004 3 SO4 SO4 . 
V 2 ATP D 1 1001 1001 ATP ATP . 
W 3 MG D 1 1002 1002 MG MG . 
X 4 SO4 D 1 1003 4 SO4 SO4 . 
Y 4 SO4 D 1 1004 5 SO4 SO4 . 
Z 2 ATP E 1 1001 1001 ATP ATP . 
AA 3 MG E 1 1002 1002 MG MG . 
BA 5 NH4 E 1 1003 1003 NH4 NH4 . 
CA 2 ATP F 1 1001 1001 ATP ATP . 
DA 3 MG F 1 1002 1002 MG MG . 
EA 4 SO4 F 1 1003 9 SO4 SO4 . 
FA 4 SO4 F 1 1004 11 SO4 SO4 . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         DA 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               78.737 
_atom_site.Cartn_y               50.926 
_atom_site.Cartn_z               32.495 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        53.13 
_atom_site.pdbx_formal_charge    2 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           1002 
_atom_site.auth_asym_id          F 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              142 
_model_server_stats.parse_time_ms           72 
_model_server_stats.create_model_time_ms    45 
_model_server_stats.query_time_ms           846 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#