data_8PPV # _model_server_result.job_id g6N3i1dQJGYa5_rpsbJuJQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-20 07:37:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8ppv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":1301}' # _entry.id 8PPV # _exptl.entry_id 8PPV _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8PPV _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8PPV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 J N N ? 7 K N N ? 7 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 412 A CYS 369 1_555 A SG CYS 662 A CYS 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? covale ? covale1 F O3' DT 16 P DT 16 1_555 F P GS 17 P GS 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale ? covale2 F O3' GS 17 P GS 17 1_555 F P C7R 18 P C7R 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale ? covale3 F O3' C7R 18 P C7R 18 1_555 F P PST 19 P PST 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale ? covale4 F O3' PST 19 P PST 19 1_555 F P PST 20 P PST 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? covale ? covale5 F O3' PST 20 P PST 20 1_555 F P PST 21 P PST 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 403 A ASP 360 1_555 H MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.87 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 447 A ASP 404 1_555 H MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 447 A ASP 404 1_555 I MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.937 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASN 493 A ASN 450 1_555 I MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.764 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 706 B CYS 706 1_555 J ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 709 B CYS 709 1_555 J ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 718 B CYS 718 1_555 J ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 721 B CYS 721 1_555 J ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 731 B CYS 731 1_555 K ZN ZN . B ZN 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 734 B CYS 734 1_555 K ZN ZN . B ZN 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 750 B CYS 750 1_555 K ZN ZN . B ZN 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 753 B CYS 753 1_555 K ZN ZN . B ZN 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASP 956 B ASP 956 1_555 M MG MG . B MG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 958 B ASP 958 1_555 M MG MG . B MG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 958 B ASP 958 1_555 M MG MG . B MG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? metalc ? metalc16 B SG CYS 1123 B CYS 1123 1_555 L ZN ZN . B ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc17 B SG CYS 1139 B CYS 1139 1_555 L ZN ZN . B ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc18 B SG CYS 1142 B CYS 1142 1_555 L ZN ZN . B ZN 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 F N3 DC 3 P DC 3 1_555 G N1 DG 23 T DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 F N4 DC 3 P DC 3 1_555 G O6 DG 23 T DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 F O2 DC 3 P DC 3 1_555 G N2 DG 23 T DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog4 F N4 DC 4 P DC 4 1_555 G O6 DG 22 T DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 F N1 DG 5 P DG 5 1_555 G N3 DC 21 T DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 F N2 DG 5 P DG 5 1_555 G O2 DC 21 T DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 F O6 DG 5 P DG 5 1_555 G N4 DC 21 T DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 F N1 DG 6 P DG 6 1_555 G N3 DC 20 T DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 F N2 DG 6 P DG 6 1_555 G O2 DC 20 T DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 F O6 DG 6 P DG 6 1_555 G N4 DC 20 T DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 F N1 DG 7 P DG 7 1_555 G N3 DC 19 T DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 F N2 DG 7 P DG 7 1_555 G O2 DC 19 T DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 F O6 DG 7 P DG 7 1_555 G N4 DC 19 T DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog14 F O2 DC 8 P DC 8 1_555 G N2 DG 18 T DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 F N3 DC 9 P DC 9 1_555 G N1 DG 17 T DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 F N4 DC 9 P DC 9 1_555 G O6 DG 17 T DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 F O2 DC 9 P DC 9 1_555 G N2 DG 17 T DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 F N1 DG 10 P DG 10 1_555 G N3 DC 16 T DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 F N2 DG 10 P DG 10 1_555 G O2 DC 16 T DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 F O6 DG 10 P DG 10 1_555 G N4 DC 16 T DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 F N1 DA 11 P DA 11 1_555 G N3 DT 15 T DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 F N6 DA 11 P DA 11 1_555 G O4 DT 15 T DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 F N1 DG 12 P DG 12 1_555 G N3 DC 14 T DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 F N2 DG 12 P DG 12 1_555 G O2 DC 14 T DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 F O6 DG 12 P DG 12 1_555 G N4 DC 14 T DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog26 F O2 DC 13 P DC 13 1_555 G N2 DG 13 T DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog27 F O2 DC 14 P DC 14 1_555 G N2 DG 12 T DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 F N1 DG 15 P DG 15 1_555 G N3 DC 11 T DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 F N2 DG 15 P DG 15 1_555 G O2 DC 11 T DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 F O6 DG 15 P DG 15 1_555 G N4 DC 11 T DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 F N3 DT 16 P DT 16 1_555 G N1 DA 10 T DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 F O4 DT 16 P DT 16 1_555 G N6 DA 10 T DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 F N1 GS 17 P GS 17 1_555 G N3 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 F N2 GS 17 P GS 17 1_555 G O2 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 F O6 GS 17 P GS 17 1_555 G N4 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 F N3 C7R 18 P C7R 18 1_555 G N1 DG 8 T DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 F N4 C7R 18 P C7R 18 1_555 G O6 DG 8 T DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 F O2 C7R 18 P C7R 18 1_555 G N2 DG 8 T DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8PPV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 6 MG A 1 701 2 MG MG . I 6 MG A 1 702 3 MG MG . J 7 ZN B 1 1301 1301 ZN ZN . K 7 ZN B 1 1302 1302 ZN ZN . L 7 ZN B 1 1303 1303 ZN ZN . M 6 MG B 1 1304 1 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id J _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 210.726 _atom_site.Cartn_y 201.173 _atom_site.Cartn_z 182.273 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 112.91 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 1301 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 32 _model_server_stats.query_time_ms 268 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #