data_8PTZ # _model_server_result.job_id 65HP2hG1PoqgdBnUfouVKw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-23 05:38:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8ptz # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":601}' # _entry.id 8PTZ # _exptl.entry_id 8PTZ _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8PTZ _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8PTZ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id E _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 C SG CYS 99 C CYS 99 1_555 E FE1 SF4 . C SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc2 C SG CYS 109 C CYS 109 1_555 E FE3 SF4 . C SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc3 C SG CYS 112 C CYS 112 1_555 E FE4 SF4 . C SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc4 E FE2 SF4 . C SF4 601 1_555 H OXT MET . C MET 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? metalc ? metalc5 D OP2 G 12 X G 12 1_555 J MG MG . X MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc6 D O2' G 36 X G 36 1_555 I MG MG . X MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? metalc ? metalc7 D OP1 A 37 X A 37 1_555 I MG MG . X MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog1 D N2 G 1 X G 1 1_555 D O2 C 71 X C 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 D N1 G 2 X G 2 1_555 D N3 C 70 X C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 D N2 G 2 X G 2 1_555 D O2 C 70 X C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 D O6 G 2 X G 2 1_555 D N4 C 70 X C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog5 D N3 C 3 X C 3 1_555 D N6 A 69 X A 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 D N3 C 4 X C 4 1_555 D N1 G 68 X G 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 D N4 C 4 X C 4 1_555 D O6 G 68 X G 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 D O2 C 4 X C 4 1_555 D N2 G 68 X G 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 D N3 C 5 X C 5 1_555 D N1 G 67 X G 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 D N4 C 5 X C 5 1_555 D O6 G 67 X G 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 D O2 C 5 X C 5 1_555 D N2 G 67 X G 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 D N3 C 6 X C 6 1_555 D N1 G 66 X G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 D N4 C 6 X C 6 1_555 D O6 G 66 X G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 D O2 C 6 X C 6 1_555 D N2 G 66 X G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 D N1 A 7 X A 7 1_555 D N3 U 65 X U 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 D N6 A 7 X A 7 1_555 D O4 U 65 X U 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog17 D N3 U 8 X U 8 1_555 D N7 A 14 X A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog18 D O2 U 8 X U 8 1_555 D N6 A 14 X A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog19 D N7 G 9 X G 9 1_555 D N4 C 23 X C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog20 D N7 G 9 X G 9 1_555 D N6 A 24 X A 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 D N1 G 10 X G 10 1_555 D N3 C 25 X C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 D N2 G 10 X G 10 1_555 D O2 C 25 X C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 D O6 G 10 X G 10 1_555 D N4 C 25 X C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-G MISPAIR' hydrog24 D O6 G 10 X G 10 1_555 D N2 G 45 X G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 D N3 U 11 X U 11 1_555 D N1 A 24 X A 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 D O4 U 11 X U 11 1_555 D N6 A 24 X A 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 D N1 G 12 X G 12 1_555 D N3 C 23 X C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 D N2 G 12 X G 12 1_555 D O2 C 23 X C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 D O6 G 12 X G 12 1_555 D N4 C 23 X C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog30 D O2 U 13 X U 13 1_555 D N1 G 22 X G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog31 D N6 A 14 X A 14 1_555 D N3 A 21 X A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog32 D N1 A 15 X A 15 1_555 D N3 U 47 X U 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog33 D N6 A 15 X A 15 1_555 D O2 U 47 X U 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog34 D N1 G 17 X G 17 1_555 D O2 U 54 X U 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 D N1 G 18 X G 18 1_555 D N3 C 55 X C 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 D N2 G 18 X G 18 1_555 D O2 C 55 X C 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 D O6 G 18 X G 18 1_555 D N4 C 55 X C 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog38 D N7 G 22 X G 22 1_555 D N6 A 46 X A 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 D N3 C 27 X C 27 1_555 D N1 G 43 X G 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 D N4 C 27 X C 27 1_555 D O6 G 43 X G 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 D O2 C 27 X C 27 1_555 D N2 G 43 X G 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 D N3 U 28 X U 28 1_555 D N1 A 42 X A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 D O4 U 28 X U 28 1_555 D N6 A 42 X A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 D N1 G 29 X G 29 1_555 D N3 C 41 X C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 D N2 G 29 X G 29 1_555 D O2 C 41 X C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 D O6 G 29 X G 29 1_555 D N4 C 41 X C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 D N1 G 30 X G 30 1_555 D N3 C 40 X C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 D N2 G 30 X G 30 1_555 D O2 C 40 X C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 D O6 G 30 X G 30 1_555 D N4 C 40 X C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 D N1 A 31 X A 31 1_555 D N3 U 39 X U 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 D N6 A 31 X A 31 1_555 D O4 U 39 X U 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog52 D N4 C 32 X C 32 1_555 D N1 A 38 X A 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog53 D N3 C 49 X C 49 1_555 D N2 G 64 X G 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog54 D O2 C 49 X C 49 1_555 D N1 G 64 X G 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 D N1 G 50 X G 50 1_555 D N3 C 62 X C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 D N2 G 50 X G 50 1_555 D O2 C 62 X C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 D O6 G 50 X G 50 1_555 D N4 C 62 X C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 D N1 A 51 X A 51 1_555 D N3 U 61 X U 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 D N6 A 51 X A 51 1_555 D O4 U 61 X U 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_26_PAIR hydrog60 D N1 A 51 X A 51 1_555 D N4 C 62 X C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_26_PAIR hydrog61 D N6 A 51 X A 51 1_555 D N3 C 62 X C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 D N1 G 52 X G 52 1_555 D N3 C 60 X C 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 D N2 G 52 X G 52 1_555 D O2 C 60 X C 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 D O6 G 52 X G 52 1_555 D N4 C 60 X C 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-A PAIR' hydrog65 D N3 U 53 X U 53 1_555 D N7 A 57 X A 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 528 n n FE1 S3 SF4 sing 529 n n FE1 S4 SF4 sing 530 n n FE2 S1 SF4 sing 531 n n FE2 S3 SF4 sing 532 n n FE2 S4 SF4 sing 533 n n FE3 S1 SF4 sing 534 n n FE3 S2 SF4 sing 535 n n FE3 S4 SF4 sing 536 n n FE4 S1 SF4 sing 537 n n FE4 S2 SF4 sing 538 n n FE4 S3 SF4 sing 539 n n # _atom_sites.entry_id 8PTZ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 SF4 C 1 601 601 SF4 SF4 . F 6 5AD C 1 602 602 5AD 5AD . G 7 A2U C 1 603 603 A2U LIG . H 8 MET C 1 604 604 MET MET . I 9 MG X 1 101 90 MG MG . J 9 MG X 1 102 91 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . E 5 178.874 213.525 196.722 1 182.91 ? FE1 SF4 601 C 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . E 5 180.083 211.49 195.35 1 176.34 ? FE2 SF4 601 C 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . E 5 177.953 212.805 194.248 1 183.15 ? FE3 SF4 601 C 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . E 5 177.577 211.142 196.387 1 177.79 ? FE4 SF4 601 C 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . E 5 178.288 210.551 194.304 1 183.53 ? S1 SF4 601 C 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . E 5 176.701 213.226 196.104 1 175.6 ? S2 SF4 601 C 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . E 5 179.503 211.498 197.553 1 179.45 ? S3 SF4 601 C 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . E 5 179.997 213.687 194.744 1 170.35 ? S4 SF4 601 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 27 _model_server_stats.query_time_ms 287 _model_server_stats.encode_time_ms 15 _model_server_stats.element_count 8 #