data_8Q0Q # _model_server_result.job_id aOQHgG-dki2EUJixFhh5Gg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 04:09:17' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8q0q # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"PB","auth_seq_id":403}' # _entry.id 8Q0Q # _exptl.entry_id 8Q0Q _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 53 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8Q0Q _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8Q0Q _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 53 _struct_asym.id PB _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 X SG CYS 46 X CYS 45 1_555 X SG CYS 56 X CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf2 X SG CYS 78 X CYS 77 1_555 X SG CYS 110 X CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf3 X SG CYS 88 X CYS 87 1_555 X SG CYS 100 X CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf4 EA SG CYS 33 e CYS 32 1_555 EA SG CYS 66 e CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 EA SG CYS 43 e CYS 42 1_555 EA SG CYS 56 e CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf6 OA SG CYS 69 o CYS 68 1_555 OA SG CYS 80 o CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf7 PA SG CYS 113 p CYS 112 1_555 PA SG CYS 125 p CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? covale ? covale1 A C FME 1 A FME 1 1_555 A N ASN 2 A ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale2 D C HIS 117 D HIS 84 1_555 D N 2MR 118 D 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale3 D C 2MR 118 D 2MR 85 1_555 D N GLY 119 D GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale4 H C FME 1 H FME 1 1_555 H N PHE 2 H PHE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale5 J C FME 1 J FME 1 1_555 J N MET 2 J MET 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale6 K C FME 1 K FME 1 1_555 K N SER 2 K SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale7 L C FME 1 L FME 1 1_555 L N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale8 M C FME 1 M FME 1 1_555 M N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale9 N C FME 1 N FME 1 1_555 N N ASN 2 N ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale10 T OG SER 112 T SER 44 1_555 SB P1 EHZ . T EHZ 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? covale ? covale11 U OG SER 112 U SER 44 1_555 TB P1 EHZ . U EHZ 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.655 ? covale ? covale12 BA C AYA 2 b AYA 1 1_555 BA N GLU 3 b GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale13 DA C AME 1 d AME 1 1_555 DA N MET 2 d MET 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale14 IA C SAC 2 i SAC 1 1_555 IA N GLY 3 i GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale15 MA C SAC 2 m SAC 1 1_555 MA N PHE 3 m PHE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale16 OA N GLY 2 o GLY 1 1_555 BC C1 MYR . o MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.363 ? covale ? covale17 QA C AME 1 q AME 1 1_555 QA N GLU 2 q GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale18 RA C AYA 2 r AYA 1 1_555 RA N SER 3 r SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 91 B CYS 54 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 92 B CYS 55 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 156 B CYS 119 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 186 B CYS 149 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 135 E CYS 103 1_555 XA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc6 E SG CYS 140 E CYS 108 1_555 XA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc7 E SG CYS 176 E CYS 144 1_555 XA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc8 E SG CYS 180 E CYS 148 1_555 XA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc9 F SG CYS 379 F CYS 359 1_555 ZA FE1 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc10 F SG CYS 382 F CYS 362 1_555 ZA FE4 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc11 F SG CYS 385 F CYS 365 1_555 ZA FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc12 F SG CYS 425 F CYS 405 1_555 ZA FE3 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 64 G CYS 41 1_555 CB FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 75 G CYS 52 1_555 CB FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 78 G CYS 55 1_555 CB FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 92 G CYS 69 1_555 CB FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc17 G NE2 HIS 124 G HIS 101 1_555 AB FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 128 G CYS 105 1_555 AB FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc19 G SG CYS 131 G CYS 108 1_555 AB FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc20 G SG CYS 137 G CYS 114 1_555 AB FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 176 G CYS 153 1_555 BB FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 179 G CYS 156 1_555 BB FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 182 G CYS 159 1_555 BB FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc24 G O ILE 223 G ILE 200 1_555 DB K K . G K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 226 G CYS 203 1_555 BB FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc26 G O CYS 226 G CYS 203 1_555 DB K K . G K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? metalc ? metalc27 G O VAL 228 G VAL 205 1_555 DB K K . G K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.125 ? metalc ? metalc28 G O LEU 231 G LEU 208 1_555 DB K K . G K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.927 ? metalc ? metalc29 I NE2 HIS 101 I HIS 65 1_555 GB FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc30 I SG CYS 113 I CYS 77 1_555 HB FE2 SF4 . I SF4 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc31 I SG CYS 116 I CYS 80 1_555 HB FE4 SF4 . I SF4 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc32 I SG CYS 119 I CYS 83 1_555 HB FE3 SF4 . I SF4 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc33 I SG CYS 123 I CYS 87 1_555 GB FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc34 I SG CYS 152 I CYS 116 1_555 GB FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc35 I SG CYS 155 I CYS 119 1_555 GB FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc36 I SG CYS 158 I CYS 122 1_555 GB FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc37 I SG CYS 162 I CYS 126 1_555 HB FE1 SF4 . I SF4 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc38 OB O1G DGT . O DGT 402 1_555 PB MG MG . O MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc39 OB O1B DGT . O DGT 402 1_555 PB MG MG . O MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc40 OB O1A DGT . O DGT 402 1_555 PB MG MG . O MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc41 R SG CYS 87 R CYS 59 1_555 RB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc42 R NE2 HIS 96 R HIS 68 1_555 RB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? metalc ? metalc43 R SG CYS 112 R CYS 84 1_555 RB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc44 R SG CYS 115 R CYS 87 1_555 RB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8Q0Q _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 3PE A 1 201 202 3PE 3PE . UA 46 PC1 A 1 202 301 PC1 PC1 . VA 46 PC1 B 1 201 303 PC1 PC1 . WA 47 SF4 B 1 202 201 SF4 SF4 . XA 48 FES E 1 301 301 FES FES . YA 49 FMN F 1 501 501 FMN FMN . ZA 47 SF4 F 1 502 502 SF4 SF4 . AB 47 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . BB 47 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . CB 48 FES G 1 803 803 FES FES . DB 50 K G 1 804 804 K K . EB 46 PC1 H 1 401 201 PC1 PC1 . FB 45 3PE I 1 201 201 3PE 3PE . GB 47 SF4 I 1 202 202 SF4 SF4 . HB 47 SF4 I 1 203 203 SF4 SF4 . IB 45 3PE I 1 204 204 3PE 3PE . JB 45 3PE J 1 201 203 3PE 3PE . KB 45 3PE M 1 501 702 3PE 3PE . LB 45 3PE M 1 502 601 3PE 3PE . MB 51 CDL N 1 401 403 CDL CDL . NB 45 3PE O 1 401 401 3PE 3PE . OB 52 DGT O 1 402 401 DGT DGT . PB 53 MG O 1 403 402 MG MG . QB 54 NDP P 1 501 501 NDP NDP . RB 55 ZN R 1 201 201 ZN ZN . SB 56 EHZ T 1 101 101 EHZ EHZ . TB 56 EHZ U 1 101 101 EHZ EHZ . UB 51 CDL X 1 201 201 CDL CDL . VB 45 3PE Z 1 201 202 3PE 3PE . WB 45 3PE d 1 201 402 3PE 3PE . XB 46 PC1 d 1 202 201 PC1 PC1 . YB 51 CDL d 1 203 202 CDL CDL . ZB 45 3PE h 1 201 202 3PE 3PE . AC 57 CHD i 1 201 704 CHD CHD . BC 58 MYR o 1 201 201 MYR MYR . CC 46 PC1 q 1 701 701 PC1 PC1 . DC 51 CDL q 1 702 201 CDL CDL . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id PB _atom_site.label_entity_id 53 _atom_site.Cartn_x 211.249 _atom_site.Cartn_y 265.812 _atom_site.Cartn_z 246.209 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 89.69 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 403 _atom_site.auth_asym_id O _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 39 _model_server_stats.parse_time_ms 22 _model_server_stats.create_model_time_ms 93 _model_server_stats.query_time_ms 265 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #