data_8Q3O
#
_model_server_result.job_id            A08zHJm7xSm4LpvZ4g2yBA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-11 01:26:05' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8q3o 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    8Q3O 
#
_exptl.entry_id    8Q3O 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              683.14 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate)" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8Q3O 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8Q3O 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 E OD1 ASP 265 E ASP 265 1_555 K MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.933 ? 
metalc ? metalc2 J O1G 0O2 . E 0O2 501 1_555 K MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H18 N5 O20 P5' 
_chem_comp.formula_weight    683.14 
_chem_comp.id                0O2 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate)" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O1G PG 0O2 doub 1 n n 
O2A PA 0O2 doub 2 n n 
PG O3B 0O2 sing 3 n n 
PG O2G 0O2 sing 4 n n 
PG O3G 0O2 sing 5 n n 
O3B PB 0O2 sing 6 n n 
O3A PA 0O2 sing 7 n n 
O3A PB 0O2 sing 8 n n 
O2B PB 0O2 doub 9 n n 
O1A PA 0O2 sing 10 n n 
PA O5' 0O2 sing 11 n n 
PB O1B 0O2 sing 12 n n 
O5' C5' 0O2 sing 13 n n 
C5' C4' 0O2 sing 14 n n 
C4' O4' 0O2 sing 15 n n 
C4' C3' 0O2 sing 16 n n 
O4' C1' 0O2 sing 17 n n 
O2C PC 0O2 doub 18 n n 
C8 N7 0O2 doub 19 n y 
C8 N9 0O2 sing 20 n y 
C3' C2' 0O2 sing 21 n n 
C3' O3' 0O2 sing 22 n n 
N7 C5 0O2 sing 23 n y 
C1' N9 0O2 sing 24 n n 
C1' C2' 0O2 sing 25 n n 
N9 C4 0O2 sing 26 n y 
C2' O2' 0O2 sing 27 n n 
O2D PD 0O2 doub 28 n n 
C5 C4 0O2 doub 29 n y 
C5 C6 0O2 sing 30 n n 
PC O3' 0O2 sing 31 n n 
PC O3C 0O2 sing 32 n n 
PC O1C 0O2 sing 33 n n 
C4 N3 0O2 sing 34 n n 
O6 C6 0O2 doub 35 n n 
C6 N1 0O2 sing 36 n n 
O1D PD 0O2 sing 37 n n 
O3C PD 0O2 sing 38 n n 
N3 C2 0O2 doub 39 n n 
PD O3D 0O2 sing 40 n n 
N1 C2 0O2 sing 41 n n 
C2 N2 0O2 sing 42 n n 
O1D H1 0O2 sing 43 n n 
O3D H2 0O2 sing 44 n n 
O2G H3 0O2 sing 45 n n 
O3G H4 0O2 sing 46 n n 
O1B H5 0O2 sing 47 n n 
O1A H6 0O2 sing 48 n n 
C5' H7 0O2 sing 49 n n 
C5' H8 0O2 sing 50 n n 
C4' H9 0O2 sing 51 n n 
C3' H10 0O2 sing 52 n n 
C2' H11 0O2 sing 53 n n 
O2' H12 0O2 sing 54 n n 
C1' H13 0O2 sing 55 n n 
C8 H14 0O2 sing 56 n n 
N2 H15 0O2 sing 57 n n 
N2 H16 0O2 sing 58 n n 
O1C H18 0O2 sing 59 n n 
N1 H19 0O2 sing 60 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8Q3O 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 0O2 B 1 501 501 0O2 0O2 . 
H 2 0O2 C 1 501 501 0O2 0O2 . 
I 2 0O2 D 1 501 502 0O2 0O2 . 
J 2 0O2 E 1 501 501 0O2 0O2 . 
K 3 MG E 1 502 1 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PD 0O2 . . . H 2 137.666 169.124 136.029 1 82.97 ? PD 0O2 501 C 1 
HETATM 2 O O1D 0O2 . . . H 2 137.179 168.944 137.446 1 82.97 ? O1D 0O2 501 C 1 
HETATM 3 O O2D 0O2 . . . H 2 136.649 169.917 135.244 1 82.97 ? O2D 0O2 501 C 1 
HETATM 4 O O3D 0O2 . . . H 2 137.853 167.77 135.388 1 82.97 ? O3D 0O2 501 C 1 
HETATM 5 P PG 0O2 . . . H 2 145.247 169.353 142.838 1 82.97 ? PG 0O2 501 C 1 
HETATM 6 O O1G 0O2 . . . H 2 145.134 167.963 142.262 1 82.97 ? O1G 0O2 501 C 1 
HETATM 7 O O2G 0O2 . . . H 2 146.699 169.686 143.071 1 82.97 ? O2G 0O2 501 C 1 
HETATM 8 O O3G 0O2 . . . H 2 144.492 169.422 144.142 1 82.97 ? O3G 0O2 501 C 1 
HETATM 9 P PB 0O2 . . . H 2 144.535 172.053 142.088 1 82.97 ? PB 0O2 501 C 1 
HETATM 10 O O1B 0O2 . . . H 2 144.197 172.27 143.541 1 82.97 ? O1B 0O2 501 C 1 
HETATM 11 O O2B 0O2 . . . H 2 145.878 172.675 141.788 1 82.97 ? O2B 0O2 501 C 1 
HETATM 12 O O3B 0O2 . . . H 2 144.603 170.438 141.784 1 82.97 ? O3B 0O2 501 C 1 
HETATM 13 O O3A 0O2 . . . H 2 143.379 172.735 141.133 1 82.97 ? O3A 0O2 501 C 1 
HETATM 14 P PA 0O2 . . . H 2 141.787 172.805 141.545 1 82.97 ? PA 0O2 501 C 1 
HETATM 15 O O1A 0O2 . . . H 2 141.388 174.242 141.758 1 82.97 ? O1A 0O2 501 C 1 
HETATM 16 O O2A 0O2 . . . H 2 141.574 172.015 142.81 1 82.97 ? O2A 0O2 501 C 1 
HETATM 17 O O5' 0O2 . . . H 2 140.854 172.158 140.353 1 82.97 ? O5' 0O2 501 C 1 
HETATM 18 C C5' 0O2 . . . H 2 139.868 171.236 140.719 1 82.97 ? C5' 0O2 501 C 1 
HETATM 19 C C4' 0O2 . . . H 2 138.526 171.65 140.149 1 82.97 ? C4' 0O2 501 C 1 
HETATM 20 O O4' 0O2 . . . H 2 137.704 172.526 141.232 1 82.97 ? O4' 0O2 501 C 1 
HETATM 21 C C3' 0O2 . . . H 2 138.697 172.401 139.092 1 82.97 ? C3' 0O2 501 C 1 
HETATM 22 O O3' 0O2 . . . H 2 138.228 171.677 137.873 1 82.97 ? O3' 0O2 501 C 1 
HETATM 23 C C2' 0O2 . . . H 2 137.824 173.655 139.298 1 82.97 ? C2' 0O2 501 C 1 
HETATM 24 O O2' 0O2 . . . H 2 137.03 173.852 138.217 1 82.97 ? O2' 0O2 501 C 1 
HETATM 25 C C1' 0O2 . . . H 2 136.964 173.338 140.533 1 82.97 ? C1' 0O2 501 C 1 
HETATM 26 N N9 0O2 . . . H 2 136.696 174.572 141.297 1 82.97 ? N9 0O2 501 C 1 
HETATM 27 C C8 0O2 . . . H 2 137.265 174.869 142.476 1 82.97 ? C8 0O2 501 C 1 
HETATM 28 N N7 0O2 . . . H 2 136.77 176.069 142.847 1 82.97 ? N7 0O2 501 C 1 
HETATM 29 C C5 0O2 . . . H 2 135.92 176.484 141.908 1 82.97 ? C5 0O2 501 C 1 
HETATM 30 C C6 0O2 . . . H 2 135.071 177.754 141.79 1 82.97 ? C6 0O2 501 C 1 
HETATM 31 O O6 0O2 . . . H 2 135.112 178.575 142.643 1 82.97 ? O6 0O2 501 C 1 
HETATM 32 N N1 0O2 . . . H 2 134.23 177.944 140.649 1 82.97 ? N1 0O2 501 C 1 
HETATM 33 C C2 0O2 . . . H 2 134.186 176.94 139.617 1 82.97 ? C2 0O2 501 C 1 
HETATM 34 N N2 0O2 . . . H 2 133.333 177.131 138.457 1 82.97 ? N2 0O2 501 C 1 
HETATM 35 N N3 0O2 . . . H 2 134.999 175.731 139.735 1 82.97 ? N3 0O2 501 C 1 
HETATM 36 C C4 0O2 . . . H 2 135.873 175.541 140.927 1 82.97 ? C4 0O2 501 C 1 
HETATM 37 P PC 0O2 . . . H 2 139.285 171.455 136.63 1 82.97 ? PC 0O2 501 C 1 
HETATM 38 O O1C 0O2 . . . H 2 140.698 171.646 137.123 1 82.97 ? O1C 0O2 501 C 1 
HETATM 39 O O2C 0O2 . . . H 2 138.986 172.452 135.537 1 82.97 ? O2C 0O2 501 C 1 
HETATM 40 O O3C 0O2 . . . H 2 139.104 169.929 136.039 1 82.97 ? O3C 0O2 501 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              20 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    16 
_model_server_stats.query_time_ms           269 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           40 
#