data_8Q3O # _model_server_result.job_id Ohfei31Lam9urDY3mifRfw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-11 01:26:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8q3o # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":501}' # _entry.id 8Q3O # _exptl.entry_id 8Q3O _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 683.14 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate)" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8Q3O _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8Q3O _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 E OD1 ASP 265 E ASP 265 1_555 K MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.933 ? metalc ? metalc2 J O1G 0O2 . E 0O2 501 1_555 K MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? # _chem_comp.formula 'C10 H18 N5 O20 P5' _chem_comp.formula_weight 683.14 _chem_comp.id 0O2 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate)" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O1G PG 0O2 doub 1 n n O2A PA 0O2 doub 2 n n PG O3B 0O2 sing 3 n n PG O2G 0O2 sing 4 n n PG O3G 0O2 sing 5 n n O3B PB 0O2 sing 6 n n O3A PA 0O2 sing 7 n n O3A PB 0O2 sing 8 n n O2B PB 0O2 doub 9 n n O1A PA 0O2 sing 10 n n PA O5' 0O2 sing 11 n n PB O1B 0O2 sing 12 n n O5' C5' 0O2 sing 13 n n C5' C4' 0O2 sing 14 n n C4' O4' 0O2 sing 15 n n C4' C3' 0O2 sing 16 n n O4' C1' 0O2 sing 17 n n O2C PC 0O2 doub 18 n n C8 N7 0O2 doub 19 n y C8 N9 0O2 sing 20 n y C3' C2' 0O2 sing 21 n n C3' O3' 0O2 sing 22 n n N7 C5 0O2 sing 23 n y C1' N9 0O2 sing 24 n n C1' C2' 0O2 sing 25 n n N9 C4 0O2 sing 26 n y C2' O2' 0O2 sing 27 n n O2D PD 0O2 doub 28 n n C5 C4 0O2 doub 29 n y C5 C6 0O2 sing 30 n n PC O3' 0O2 sing 31 n n PC O3C 0O2 sing 32 n n PC O1C 0O2 sing 33 n n C4 N3 0O2 sing 34 n n O6 C6 0O2 doub 35 n n C6 N1 0O2 sing 36 n n O1D PD 0O2 sing 37 n n O3C PD 0O2 sing 38 n n N3 C2 0O2 doub 39 n n PD O3D 0O2 sing 40 n n N1 C2 0O2 sing 41 n n C2 N2 0O2 sing 42 n n O1D H1 0O2 sing 43 n n O3D H2 0O2 sing 44 n n O2G H3 0O2 sing 45 n n O3G H4 0O2 sing 46 n n O1B H5 0O2 sing 47 n n O1A H6 0O2 sing 48 n n C5' H7 0O2 sing 49 n n C5' H8 0O2 sing 50 n n C4' H9 0O2 sing 51 n n C3' H10 0O2 sing 52 n n C2' H11 0O2 sing 53 n n O2' H12 0O2 sing 54 n n C1' H13 0O2 sing 55 n n C8 H14 0O2 sing 56 n n N2 H15 0O2 sing 57 n n N2 H16 0O2 sing 58 n n O1C H18 0O2 sing 59 n n N1 H19 0O2 sing 60 n n # _atom_sites.entry_id 8Q3O _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 0O2 B 1 501 501 0O2 0O2 . H 2 0O2 C 1 501 501 0O2 0O2 . I 2 0O2 D 1 501 502 0O2 0O2 . J 2 0O2 E 1 501 501 0O2 0O2 . K 3 MG E 1 502 1 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PD 0O2 . . . I 2 140.148 179.678 169.638 1 100.63 ? PD 0O2 501 D 1 HETATM 2 O O1D 0O2 . . . I 2 139.55 180.28 168.39 1 100.63 ? O1D 0O2 501 D 1 HETATM 3 O O2D 0O2 . . . I 2 140.915 178.43 169.277 1 100.63 ? O2D 0O2 501 D 1 HETATM 4 O O3D 0O2 . . . I 2 139.046 179.327 170.607 1 100.63 ? O3D 0O2 501 D 1 HETATM 5 P PG 0O2 . . . I 2 147.14 176.175 172.134 1 100.63 ? PG 0O2 501 D 1 HETATM 6 O O1G 0O2 . . . I 2 147.059 177.096 170.943 1 100.63 ? O1G 0O2 501 D 1 HETATM 7 O O2G 0O2 . . . I 2 148.586 175.946 172.501 1 100.63 ? O2G 0O2 501 D 1 HETATM 8 O O3G 0O2 . . . I 2 146.486 174.859 171.79 1 100.63 ? O3G 0O2 501 D 1 HETATM 9 P PB 0O2 . . . I 2 144.729 176.721 173.62 1 100.63 ? PB 0O2 501 D 1 HETATM 10 O O1B 0O2 . . . I 2 144.387 175.303 174.002 1 100.63 ? O1B 0O2 501 D 1 HETATM 11 O O2B 0O2 . . . I 2 144.031 177.07 172.329 1 100.63 ? O2B 0O2 501 D 1 HETATM 12 O O3B 0O2 . . . I 2 146.354 176.855 173.408 1 100.63 ? O3B 0O2 501 D 1 HETATM 13 O O3A 0O2 . . . I 2 144.243 177.749 174.809 1 100.63 ? O3A 0O2 501 D 1 HETATM 14 P PA 0O2 . . . I 2 143.634 179.253 174.526 1 100.63 ? PA 0O2 501 D 1 HETATM 15 O O1A 0O2 . . . I 2 144.132 179.758 173.195 1 100.63 ? O1A 0O2 501 D 1 HETATM 16 O O2A 0O2 . . . I 2 144.097 180.191 175.613 1 100.63 ? O2A 0O2 501 D 1 HETATM 17 O O5' 0O2 . . . I 2 141.989 179.19 174.516 1 100.63 ? O5' 0O2 501 D 1 HETATM 18 C C5' 0O2 . . . I 2 141.328 179.313 173.291 1 100.63 ? C5' 0O2 501 D 1 HETATM 19 C C4' 0O2 . . . I 2 140.353 180.469 173.363 1 100.63 ? C4' 0O2 501 D 1 HETATM 20 O O4' 0O2 . . . I 2 139.26 180.184 174.521 1 100.63 ? O4' 0O2 501 D 1 HETATM 21 C C3' 0O2 . . . I 2 140.976 181.565 173.702 1 100.63 ? C3' 0O2 501 D 1 HETATM 22 O O3' 0O2 . . . I 2 141.429 182.34 172.502 1 100.63 ? O3' 0O2 501 D 1 HETATM 23 C C2' 0O2 . . . I 2 139.936 182.371 174.499 1 100.63 ? C2' 0O2 501 D 1 HETATM 24 O O2' 0O2 . . . I 2 139.185 183.136 173.667 1 100.63 ? O2' 0O2 501 D 1 HETATM 25 C C1' 0O2 . . . I 2 139.056 181.3 175.173 1 100.63 ? C1' 0O2 501 D 1 HETATM 26 N N9 0O2 . . . I 2 139.452 181.133 176.585 1 100.63 ? N9 0O2 501 D 1 HETATM 27 C C8 0O2 . . . I 2 140.404 180.285 177.008 1 100.63 ? C8 0O2 501 D 1 HETATM 28 N N7 0O2 . . . I 2 140.467 180.424 178.349 1 100.63 ? N7 0O2 501 D 1 HETATM 29 C C5 0O2 . . . I 2 139.573 181.338 178.725 1 100.63 ? C5 0O2 501 D 1 HETATM 30 C C6 0O2 . . . I 2 139.202 181.902 180.1 1 100.63 ? C6 0O2 501 D 1 HETATM 31 O O6 0O2 . . . I 2 139.76 181.512 181.07 1 100.63 ? O6 0O2 501 D 1 HETATM 32 N N1 0O2 . . . I 2 138.181 182.898 180.213 1 100.63 ? N1 0O2 501 D 1 HETATM 33 C C2 0O2 . . . I 2 137.506 183.366 179.03 1 100.63 ? C2 0O2 501 D 1 HETATM 34 N N2 0O2 . . . I 2 136.469 184.377 179.138 1 100.63 ? N2 0O2 501 D 1 HETATM 35 N N3 0O2 . . . I 2 137.865 182.825 177.719 1 100.63 ? N3 0O2 501 D 1 HETATM 36 C C4 0O2 . . . I 2 138.93 181.787 177.612 1 100.63 ? C4 0O2 501 D 1 HETATM 37 P PC 0O2 . . . I 2 140.667 182.163 171.048 1 100.63 ? PC 0O2 501 D 1 HETATM 38 O O1C 0O2 . . . I 2 141.019 183.326 170.155 1 100.63 ? O1C 0O2 501 D 1 HETATM 39 O O2C 0O2 . . . I 2 139.17 182.134 171.24 1 100.63 ? O2C 0O2 501 D 1 HETATM 40 O O3C 0O2 . . . I 2 141.168 180.766 170.338 1 100.63 ? O3C 0O2 501 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 23 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 294 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 40 #