data_8Q5V # _model_server_result.job_id tOIv5rH-Bur5SSesm5e56Q _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 23:49:10' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8q5v # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":401}' # _entry.id 8Q5V # _exptl.entry_id 8Q5V _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 93.98 _cell.angle_beta 98.58 _cell.angle_gamma 109.65 _cell.entry_id 8Q5V _cell.length_a 61.478 _cell.length_b 87.594 _cell.length_c 182.048 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8Q5V _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 ? dimeric 2 author_defined_assembly 2 ? dimeric 2 author_defined_assembly 3 ? dimeric 2 author_defined_assembly 4 ? dimeric 2 author_defined_assembly 5 ? dimeric 2 author_defined_assembly 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,M,N,O,P,Q,R,NB,OB 1 1 C,D,S,T,U,V,W,X,Y 2 1 E,F,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,PB,QB 3 1 G,H,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RB 4 1 I,J,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,SB,TB 5 1 K,L,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,UB 6 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 O N N ? 4 U N N ? 4 BA N N ? 4 NA N N ? 4 TA N N ? 4 HB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG SER 24 A SER 24 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 105 A CYS 105 1_555 O FE2 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 140 A CYS 140 1_555 O FE4 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc4 M O3B ADP . A ADP 301 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc5 B OG SER 24 B SER 24 1_555 Q MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? metalc ? metalc6 B OD2 ASP 48 B ASP 48 1_555 Q MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 105 B CYS 105 1_555 O FE3 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 140 B CYS 140 1_555 O FE1 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc9 P O1B ADP . B ADP 402 1_555 Q MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc10 Q MG MG . B MG 403 1_555 OB O HOH . B HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc11 C OG SER 24 C SER 24 1_555 T MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 105 C CYS 105 1_555 U FE2 SF4 . C SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 140 C CYS 140 1_555 U FE4 SF4 . C SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc14 S O1B ADP . C ADP 301 1_555 T MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? metalc ? metalc15 U FE3 SF4 . C SF4 303 1_555 D SG CYS 105 D CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc16 U FE1 SF4 . C SF4 303 1_555 D SG CYS 140 D CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? metalc ? metalc17 D OG SER 24 D SER 24 1_555 X MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? metalc ? metalc18 W O3B ADP . D ADP 301 1_555 X MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc19 E OG SER 24 E SER 24 1_555 AA MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc20 E OD2 ASP 48 E ASP 48 1_555 AA MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc21 E SG CYS 105 E CYS 105 1_555 BA FE2 SF4 . E SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc22 E SG CYS 140 E CYS 140 1_555 BA FE4 SF4 . E SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc23 Z O3B ADP . E ADP 301 1_555 AA MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc24 AA MG MG . E MG 302 1_555 PB O HOH . E HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc25 BA FE3 SF4 . E SF4 303 1_555 F SG CYS 105 F CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc26 BA FE1 SF4 . E SF4 303 1_555 F SG CYS 140 F CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc27 F OG SER 24 F SER 24 1_555 JA MG MG . F MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc28 IA O3B ADP . F ADP 302 1_555 JA MG MG . F MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc29 G OG SER 24 G SER 24 1_555 MA MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc30 G SG CYS 105 G CYS 105 1_555 NA FE2 SF4 . G SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc31 G SG CYS 140 G CYS 140 1_555 NA FE4 SF4 . G SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc32 LA O3B ADP . G ADP 301 1_555 MA MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc33 NA FE3 SF4 . G SF4 303 1_555 H SG CYS 105 H CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc34 NA FE1 SF4 . G SF4 303 1_555 H SG CYS 140 H CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc35 H OG SER 24 H SER 24 1_555 QA MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc36 PA O1B ADP . H ADP 301 1_555 QA MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? metalc ? metalc37 I OG SER 24 J SER 24 1_555 SA MG MG . J MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.893 ? metalc ? metalc38 I O LEU 58 J LEU 58 1_555 BB MG MG . J MG 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? metalc ? metalc39 I SG CYS 105 J CYS 105 1_555 TA FE2 SF4 . J SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc40 I SG CYS 140 J CYS 140 1_555 TA FE4 SF4 . J SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc41 I O TYR 218 J TYR 218 1_555 AB MG MG . J MG 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? metalc ? metalc42 RA O1B ADP . J ADP 301 1_555 SA MG MG . J MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc43 TA FE3 SF4 . J SF4 303 1_555 J SG CYS 105 K CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc44 TA FE1 SF4 . J SF4 303 1_555 J SG CYS 140 K CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc45 J OG SER 24 K SER 24 1_555 DB MG MG . K MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc46 CB O3B ADP . K ADP 301 1_555 DB MG MG . K MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc47 K OG SER 24 L SER 24 1_555 GB MG MG . L MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc48 K SG CYS 105 L CYS 105 1_555 HB FE2 SF4 . M SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc49 K SG CYS 140 L CYS 140 1_555 HB FE4 SF4 . M SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc50 FB O1B ADP . L ADP 301 1_555 GB MG MG . L MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc51 L OG SER 24 M SER 24 1_555 JB MG MG . M MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc52 L OD1 ASP 52 M ASP 52 1_555 JB MG MG . M MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.922 ? metalc ? metalc53 L SG CYS 105 M CYS 105 1_555 HB FE3 SF4 . M SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc54 L SG CYS 140 M CYS 140 1_555 HB FE1 SF4 . M SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc55 IB O3B ADP . M ADP 402 1_555 JB MG MG . M MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 356 n n FE1 S3 SF4 sing 357 n n FE1 S4 SF4 sing 358 n n FE2 S1 SF4 sing 359 n n FE2 S3 SF4 sing 360 n n FE2 S4 SF4 sing 361 n n FE3 S1 SF4 sing 362 n n FE3 S2 SF4 sing 363 n n FE3 S4 SF4 sing 364 n n FE4 S1 SF4 sing 365 n n FE4 S2 SF4 sing 366 n n FE4 S3 SF4 sing 367 n n # _atom_sites.entry_id 8Q5V _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016266 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005808 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003227 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012122 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.00157 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005602 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 2 ADP A 1 301 301 ADP ADP . N 3 MG A 1 302 302 MG MG . O 4 SF4 B 1 401 401 SF4 SF4 . P 2 ADP B 1 402 301 ADP ADP . Q 3 MG B 1 403 302 MG MG . R 5 GOL B 1 404 303 GOL GOL . S 2 ADP C 1 301 301 ADP ADP . T 3 MG C 1 302 302 MG MG . U 4 SF4 C 1 303 401 SF4 SF4 . V 6 CL C 1 304 4 CL CL . W 2 ADP D 1 301 301 ADP ADP . X 3 MG D 1 302 302 MG MG . Y 5 GOL D 1 303 303 GOL GOL . Z 2 ADP E 1 301 301 ADP ADP . AA 3 MG E 1 302 302 MG MG . BA 4 SF4 E 1 303 401 SF4 SF4 . CA 5 GOL E 1 304 402 GOL GOL . DA 5 GOL E 1 305 404 GOL GOL . EA 7 EDO E 1 306 405 EDO EDO . FA 7 EDO E 1 307 406 EDO EDO . GA 6 CL E 1 308 2 CL CL . HA 5 GOL F 1 301 403 GOL GOL . IA 2 ADP F 1 302 301 ADP ADP . JA 3 MG F 1 303 302 MG MG . KA 6 CL F 1 304 3 CL CL . LA 2 ADP G 1 301 301 ADP ADP . MA 3 MG G 1 302 302 MG MG . NA 4 SF4 G 1 303 401 SF4 SF4 . OA 3 MG G 1 304 4 MG MG . PA 2 ADP H 1 301 301 ADP ADP . QA 3 MG H 1 302 302 MG MG . RA 2 ADP J 1 301 301 ADP ADP . SA 3 MG J 1 302 302 MG MG . TA 4 SF4 J 1 303 401 SF4 SF4 . UA 5 GOL J 1 304 402 GOL GOL . VA 5 GOL J 1 305 403 GOL GOL . WA 7 EDO J 1 306 404 EDO EDO . XA 7 EDO J 1 307 405 EDO EDO . YA 7 EDO J 1 308 406 EDO EDO . ZA 3 MG J 1 309 1 MG MG . AB 3 MG J 1 310 3 MG MG . BB 3 MG J 1 311 5 MG MG . CB 2 ADP K 1 301 301 ADP ADP . DB 3 MG K 1 302 302 MG MG . EB 3 MG K 1 303 6 MG MG . FB 2 ADP L 1 301 301 ADP ADP . GB 3 MG L 1 302 302 MG MG . HB 4 SF4 M 1 401 401 SF4 SF4 . IB 2 ADP M 1 402 301 ADP ADP . JB 3 MG M 1 403 302 MG MG . KB 5 GOL M 1 404 303 GOL GOL . LB 3 MG M 1 405 2 MG MG . MB 6 CL M 1 406 1 CL CL . NB 8 HOH A 1 401 12 HOH HOH . OB 8 HOH B 1 501 1 HOH HOH . OB 8 HOH B 2 502 23 HOH HOH . OB 8 HOH B 3 503 5 HOH HOH . OB 8 HOH B 4 504 22 HOH HOH . OB 8 HOH B 5 505 4 HOH HOH . OB 8 HOH B 6 506 13 HOH HOH . OB 8 HOH B 7 507 14 HOH HOH . OB 8 HOH B 8 508 24 HOH HOH . PB 8 HOH E 1 401 3 HOH HOH . PB 8 HOH E 2 402 15 HOH HOH . PB 8 HOH E 3 403 10 HOH HOH . PB 8 HOH E 4 404 16 HOH HOH . QB 8 HOH F 1 401 11 HOH HOH . RB 8 HOH G 1 401 19 HOH HOH . SB 8 HOH J 1 401 9 HOH HOH . SB 8 HOH J 2 402 20 HOH HOH . SB 8 HOH J 3 403 8 HOH HOH . SB 8 HOH J 4 404 18 HOH HOH . TB 8 HOH K 1 401 17 HOH HOH . TB 8 HOH K 2 402 7 HOH HOH . TB 8 HOH K 3 403 21 HOH HOH . UB 8 HOH M 1 501 6 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . O 4 4.995 -11.853 -2.425 1 44.87 ? FE1 SF4 401 B 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . O 4 6.411 -13.463 -0.83 1 39.77 ? FE2 SF4 401 B 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . O 4 4.061 -14.265 -1.846 1 37.83 ? FE3 SF4 401 B 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . O 4 4.098 -12.369 0.033 1 35.4 ? FE4 SF4 401 B 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . O 4 4.76 -14.555 0.346 1 33.35 ? S1 SF4 401 B 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . O 4 2.802 -12.319 -1.874 1 34.39 ? S2 SF4 401 B 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . O 4 6.006 -11.168 -0.456 1 39.86 ? S3 SF4 401 B 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . O 4 5.961 -13.881 -3.061 1 33.18 ? S4 SF4 401 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 65 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 76 _model_server_stats.query_time_ms 263 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 8 #