data_8Q5V
#
_model_server_result.job_id            MmskzZKkI3JNvxAE512vBQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-03 17:30:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8q5v 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"IB","auth_seq_id":402}' 
#
_entry.id    8Q5V 
#
_exptl.entry_id    8Q5V 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         93.98 
_cell.angle_beta          98.58 
_cell.angle_gamma         109.65 
_cell.entry_id            8Q5V 
_cell.length_a            61.478 
_cell.length_b            87.594 
_cell.length_c            182.048 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8Q5V 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
? dimeric 2 author_defined_assembly 3 
? dimeric 2 author_defined_assembly 4 
? dimeric 2 author_defined_assembly 5 
? dimeric 2 author_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,M,N,O,P,Q,R,NB,OB 1 1 
C,D,S,T,U,V,W,X,Y 2 1 
E,F,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,PB,QB 3 1 
G,H,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RB 4 1 
I,J,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,SB,TB 5 1 
K,L,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,UB 6 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 M N N 
? 2 P N N 
? 2 S N N 
? 2 W N N 
? 2 Z N N 
? 2 IA N N 
? 2 LA N N 
? 2 PA N N 
? 2 RA N N 
? 2 CB N N 
? 2 FB N N 
? 2 IB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG SER 24 A SER 24 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 105 A CYS 105 1_555 O FE2 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 140 A CYS 140 1_555 O FE4 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc4 M O3B ADP . A ADP 301 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? 
metalc ? metalc5 B OG SER 24 B SER 24 1_555 Q MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? 
metalc ? metalc6 B OD2 ASP 48 B ASP 48 1_555 Q MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 105 B CYS 105 1_555 O FE3 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 140 B CYS 140 1_555 O FE1 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc9 P O1B ADP . B ADP 402 1_555 Q MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? 
metalc ? metalc10 Q MG MG . B MG 403 1_555 OB O HOH . B HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc11 C OG SER 24 C SER 24 1_555 T MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 105 C CYS 105 1_555 U FE2 SF4 . C SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 140 C CYS 140 1_555 U FE4 SF4 . C SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc14 S O1B ADP . C ADP 301 1_555 T MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? 
metalc ? metalc15 U FE3 SF4 . C SF4 303 1_555 D SG CYS 105 D CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc16 U FE1 SF4 . C SF4 303 1_555 D SG CYS 140 D CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? 
metalc ? metalc17 D OG SER 24 D SER 24 1_555 X MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc18 W O3B ADP . D ADP 301 1_555 X MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc19 E OG SER 24 E SER 24 1_555 AA MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? 
metalc ? metalc20 E OD2 ASP 48 E ASP 48 1_555 AA MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc21 E SG CYS 105 E CYS 105 1_555 BA FE2 SF4 . E SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? 
metalc ? metalc22 E SG CYS 140 E CYS 140 1_555 BA FE4 SF4 . E SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc23 Z O3B ADP . E ADP 301 1_555 AA MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? 
metalc ? metalc24 AA MG MG . E MG 302 1_555 PB O HOH . E HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc25 BA FE3 SF4 . E SF4 303 1_555 F SG CYS 105 F CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc26 BA FE1 SF4 . E SF4 303 1_555 F SG CYS 140 F CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc27 F OG SER 24 F SER 24 1_555 JA MG MG . F MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc28 IA O3B ADP . F ADP 302 1_555 JA MG MG . F MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc29 G OG SER 24 G SER 24 1_555 MA MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? 
metalc ? metalc30 G SG CYS 105 G CYS 105 1_555 NA FE2 SF4 . G SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc31 G SG CYS 140 G CYS 140 1_555 NA FE4 SF4 . G SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc32 LA O3B ADP . G ADP 301 1_555 MA MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc33 NA FE3 SF4 . G SF4 303 1_555 H SG CYS 105 H CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? 
metalc ? metalc34 NA FE1 SF4 . G SF4 303 1_555 H SG CYS 140 H CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc35 H OG SER 24 H SER 24 1_555 QA MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc36 PA O1B ADP . H ADP 301 1_555 QA MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? 
metalc ? metalc37 I OG SER 24 J SER 24 1_555 SA MG MG . J MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.893 ? 
metalc ? metalc38 I O LEU 58 J LEU 58 1_555 BB MG MG . J MG 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? 
metalc ? metalc39 I SG CYS 105 J CYS 105 1_555 TA FE2 SF4 . J SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc40 I SG CYS 140 J CYS 140 1_555 TA FE4 SF4 . J SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc41 I O TYR 218 J TYR 218 1_555 AB MG MG . J MG 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? 
metalc ? metalc42 RA O1B ADP . J ADP 301 1_555 SA MG MG . J MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc43 TA FE3 SF4 . J SF4 303 1_555 J SG CYS 105 K CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc44 TA FE1 SF4 . J SF4 303 1_555 J SG CYS 140 K CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc45 J OG SER 24 K SER 24 1_555 DB MG MG . K MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? 
metalc ? metalc46 CB O3B ADP . K ADP 301 1_555 DB MG MG . K MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
metalc ? metalc47 K OG SER 24 L SER 24 1_555 GB MG MG . L MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc48 K SG CYS 105 L CYS 105 1_555 HB FE2 SF4 . M SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc49 K SG CYS 140 L CYS 140 1_555 HB FE4 SF4 . M SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? 
metalc ? metalc50 FB O1B ADP . L ADP 301 1_555 GB MG MG . L MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc51 L OG SER 24 M SER 24 1_555 JB MG MG . M MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc52 L OD1 ASP 52 M ASP 52 1_555 JB MG MG . M MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.922 ? 
metalc ? metalc53 L SG CYS 105 M CYS 105 1_555 HB FE3 SF4 . M SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? 
metalc ? metalc54 L SG CYS 140 M CYS 140 1_555 HB FE1 SF4 . M SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc55 IB O3B ADP . M ADP 402 1_555 JB MG MG . M MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     8Q5V 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.016266 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.005808 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003227 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012122 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.00157 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005602 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 2 ADP A 1 301 301 ADP ADP . 
N 3 MG A 1 302 302 MG MG . 
O 4 SF4 B 1 401 401 SF4 SF4 . 
P 2 ADP B 1 402 301 ADP ADP . 
Q 3 MG B 1 403 302 MG MG . 
R 5 GOL B 1 404 303 GOL GOL . 
S 2 ADP C 1 301 301 ADP ADP . 
T 3 MG C 1 302 302 MG MG . 
U 4 SF4 C 1 303 401 SF4 SF4 . 
V 6 CL C 1 304 4 CL CL . 
W 2 ADP D 1 301 301 ADP ADP . 
X 3 MG D 1 302 302 MG MG . 
Y 5 GOL D 1 303 303 GOL GOL . 
Z 2 ADP E 1 301 301 ADP ADP . 
AA 3 MG E 1 302 302 MG MG . 
BA 4 SF4 E 1 303 401 SF4 SF4 . 
CA 5 GOL E 1 304 402 GOL GOL . 
DA 5 GOL E 1 305 404 GOL GOL . 
EA 7 EDO E 1 306 405 EDO EDO . 
FA 7 EDO E 1 307 406 EDO EDO . 
GA 6 CL E 1 308 2 CL CL . 
HA 5 GOL F 1 301 403 GOL GOL . 
IA 2 ADP F 1 302 301 ADP ADP . 
JA 3 MG F 1 303 302 MG MG . 
KA 6 CL F 1 304 3 CL CL . 
LA 2 ADP G 1 301 301 ADP ADP . 
MA 3 MG G 1 302 302 MG MG . 
NA 4 SF4 G 1 303 401 SF4 SF4 . 
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PA 2 ADP H 1 301 301 ADP ADP . 
QA 3 MG H 1 302 302 MG MG . 
RA 2 ADP J 1 301 301 ADP ADP . 
SA 3 MG J 1 302 302 MG MG . 
TA 4 SF4 J 1 303 401 SF4 SF4 . 
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YA 7 EDO J 1 308 406 EDO EDO . 
ZA 3 MG J 1 309 1 MG MG . 
AB 3 MG J 1 310 3 MG MG . 
BB 3 MG J 1 311 5 MG MG . 
CB 2 ADP K 1 301 301 ADP ADP . 
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FB 2 ADP L 1 301 301 ADP ADP . 
GB 3 MG L 1 302 302 MG MG . 
HB 4 SF4 M 1 401 401 SF4 SF4 . 
IB 2 ADP M 1 402 301 ADP ADP . 
JB 3 MG M 1 403 302 MG MG . 
KB 5 GOL M 1 404 303 GOL GOL . 
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