data_8Q5W
#
_model_server_result.job_id            HgKW5TGCTV7sh3R70Z62gg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-11 03:19:16' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8q5w 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"TA","auth_seq_id":302}' 
#
_entry.id    8Q5W 
#
_exptl.entry_id    8Q5W 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8Q5W 
_cell.length_a            147.948 
_cell.length_b            156.729 
_cell.length_c            206.454 
_cell.Z_PDB               48 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8Q5W 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
? dimeric 2 author_defined_assembly 3 
? dimeric 2 author_defined_assembly 4 
? dimeric 2 author_defined_assembly 5 
? dimeric 2 author_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,MB,NB 1 1 
C,D,V,W,X,Y,Z,OB,PB 2 1 
E,F,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,QB,RB 3 1 
G,H,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SB,TB 4 1 
I,J,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,UB,VB 5 1 
K,L,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,WB,XB 6 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 M N N 
? 2 T N N 
? 2 W N N 
? 2 Y N N 
? 2 CA N N 
? 2 EA N N 
? 2 IA N N 
? 2 OA N N 
? 2 TA N N 
? 2 AB N N 
? 2 EB N N 
? 2 IB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG SER 24 A SER 24 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 105 A CYS 105 1_555 S FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 140 A CYS 140 1_555 S FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc4 M O3B ADP . A ADP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc5 N MG MG . A MG 502 1_555 MB O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.932 ? 
metalc ? metalc6 B OG SER 24 B SER 24 1_555 U MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 105 B CYS 105 1_555 S FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 140 B CYS 140 1_555 S FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc9 T O3B ADP . B ADP 302 1_555 U MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.8 ? 
metalc ? metalc10 C OG SER 24 C SER 24 1_555 X MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 105 C CYS 105 1_555 V FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 140 C CYS 140 1_555 V FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? 
metalc ? metalc13 V FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 D SG CYS 105 D CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc14 V FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 D SG CYS 140 D CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc15 W O3B ADP . C ADP 302 1_555 X MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc16 D OG SER 24 D SER 24 1_555 Z MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc17 Y O3B ADP . D ADP 401 1_555 Z MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.788 ? 
metalc ? metalc18 E OG SER 24 E SER 24 1_555 DA MG MG . E MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc19 E OD1 ASP 52 E ASP 52 1_555 DA MG MG . E MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? 
metalc ? metalc20 E SG CYS 105 E CYS 105 1_555 BA FE2 SF4 . E SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc21 E SG CYS 140 E CYS 140 1_555 BA FE4 SF4 . E SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc22 BA FE3 SF4 . E SF4 302 1_555 F SG CYS 105 F CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc23 BA FE1 SF4 . E SF4 302 1_555 F SG CYS 140 F CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc24 F OG SER 24 F SER 24 1_555 FA MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc25 EA O3B ADP . F ADP 401 1_555 FA MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? 
metalc ? metalc26 G OG SER 24 G SER 24 1_555 JA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? 
metalc ? metalc27 G SG CYS 105 G CYS 105 1_555 NA FE2 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc28 G SG CYS 140 G CYS 140 1_555 NA FE4 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc29 IA O3B ADP . G ADP 501 1_555 JA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc30 H OG SER 24 H SER 24 1_555 PA MG MG . H MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc31 H SG CYS 105 H CYS 105 1_555 NA FE3 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc32 H SG CYS 140 H CYS 140 1_555 NA FE1 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc33 OA O3B ADP . H ADP 302 1_555 PA MG MG . H MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? 
metalc ? metalc34 I OG SER 24 I SER 24 1_555 UA MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc35 I SG CYS 105 I CYS 105 1_555 SA FE2 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc36 I SG CYS 140 I CYS 140 1_555 SA FE4 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc37 SA FE3 SF4 . I SF4 301 1_555 J SG CYS 105 J CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc38 SA FE1 SF4 . I SF4 301 1_555 J SG CYS 140 J CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc39 TA O3B ADP . I ADP 302 1_555 UA MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc40 J OG SER 24 J SER 24 1_555 BB MG MG . J MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc41 AB O3B ADP . J ADP 401 1_555 BB MG MG . J MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? 
metalc ? metalc42 K OG SER 24 K SER 24 1_555 FB MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc43 K SG CYS 105 K CYS 105 1_555 DB FE2 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc44 K SG CYS 140 K CYS 140 1_555 DB FE4 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc45 DB FE3 SF4 . K SF4 301 1_555 L SG CYS 105 L CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc46 DB FE1 SF4 . K SF4 301 1_555 L SG CYS 140 L CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc47 EB O3B ADP . K ADP 302 1_555 FB MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc48 L OG SER 24 L SER 24 1_555 JB MG MG . L MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc49 IB O3B ADP . L ADP 401 1_555 JB MG MG . L MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     8Q5W 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006759 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00638 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004844 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 2 ADP A 1 501 501 ADP ADP . 
N 3 MG A 1 502 502 MG MG . 
O 4 NO3 A 1 503 503 NO3 NO3 . 
P 4 NO3 A 1 504 504 NO3 NO3 . 
Q 5 EDO A 1 505 505 EDO EDO . 
R 4 NO3 A 1 506 506 NO3 NO3 . 
S 6 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . 
T 2 ADP B 1 302 401 ADP ADP . 
U 3 MG B 1 303 402 MG MG . 
V 6 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . 
W 2 ADP C 1 302 501 ADP ADP . 
X 3 MG C 1 303 502 MG MG . 
Y 2 ADP D 1 401 401 ADP ADP . 
Z 3 MG D 1 402 402 MG MG . 
AA 7 CL E 1 301 5 CL CL . 
BA 6 SF4 E 1 302 301 SF4 SF4 . 
CA 2 ADP E 1 303 501 ADP ADP . 
DA 3 MG E 1 304 502 MG MG . 
EA 2 ADP F 1 401 401 ADP ADP . 
FA 3 MG F 1 402 402 MG MG . 
GA 4 NO3 F 1 403 403 NO3 NO3 . 
HA 4 NO3 F 1 404 404 NO3 NO3 . 
IA 2 ADP G 1 501 501 ADP ADP . 
JA 3 MG G 1 502 502 MG MG . 
KA 5 EDO G 1 503 503 EDO EDO . 
LA 5 EDO G 1 504 504 EDO EDO . 
MA 7 CL G 1 505 3 CL CL . 
NA 6 SF4 H 1 301 301 SF4 SF4 . 
OA 2 ADP H 1 302 401 ADP ADP . 
PA 3 MG H 1 303 402 MG MG . 
QA 5 EDO H 1 304 403 EDO EDO . 
RA 4 NO3 H 1 305 404 NO3 NO3 . 
SA 6 SF4 I 1 301 301 SF4 SF4 . 
TA 2 ADP I 1 302 501 ADP ADP . 
UA 3 MG I 1 303 502 MG MG . 
VA 5 EDO I 1 304 504 EDO EDO . 
WA 4 NO3 I 1 305 505 NO3 NO3 . 
XA 8 GOL I 1 306 506 GOL GOL . 
YA 4 NO3 I 1 307 507 NO3 NO3 . 
ZA 5 EDO I 1 308 508 EDO EDO . 
AB 2 ADP J 1 401 401 ADP ADP . 
BB 3 MG J 1 402 402 MG MG . 
CB 7 CL J 1 403 1 CL CL . 
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IB 2 ADP L 1 401 401 ADP ADP . 
JB 3 MG L 1 402 402 MG MG . 
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