data_8Q5W # _model_server_result.job_id qVEjV4Kbg3ff06Oa9sl13Q _model_server_result.datetime_utc '2024-10-11 03:13:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8q5w # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"JB","auth_seq_id":402}' # _entry.id 8Q5W # _exptl.entry_id 8Q5W _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8Q5W _cell.length_a 147.948 _cell.length_b 156.729 _cell.length_c 206.454 _cell.Z_PDB 48 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8Q5W _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 ? dimeric 2 author_defined_assembly 2 ? dimeric 2 author_defined_assembly 3 ? dimeric 2 author_defined_assembly 4 ? dimeric 2 author_defined_assembly 5 ? dimeric 2 author_defined_assembly 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,MB,NB 1 1 C,D,V,W,X,Y,Z,OB,PB 2 1 E,F,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,QB,RB 3 1 G,H,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SB,TB 4 1 I,J,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,UB,VB 5 1 K,L,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,WB,XB 6 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 N N N ? 3 U N N ? 3 X N N ? 3 Z N N ? 3 DA N N ? 3 FA N N ? 3 JA N N ? 3 PA N N ? 3 UA N N ? 3 BB N N ? 3 FB N N ? 3 JB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG SER 24 A SER 24 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 105 A CYS 105 1_555 S FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 140 A CYS 140 1_555 S FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc4 M O3B ADP . A ADP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc5 N MG MG . A MG 502 1_555 MB O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.932 ? metalc ? metalc6 B OG SER 24 B SER 24 1_555 U MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 105 B CYS 105 1_555 S FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 140 B CYS 140 1_555 S FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc9 T O3B ADP . B ADP 302 1_555 U MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.8 ? metalc ? metalc10 C OG SER 24 C SER 24 1_555 X MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 105 C CYS 105 1_555 V FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 140 C CYS 140 1_555 V FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc13 V FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 D SG CYS 105 D CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc14 V FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 D SG CYS 140 D CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc15 W O3B ADP . C ADP 302 1_555 X MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc16 D OG SER 24 D SER 24 1_555 Z MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc17 Y O3B ADP . D ADP 401 1_555 Z MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.788 ? metalc ? metalc18 E OG SER 24 E SER 24 1_555 DA MG MG . E MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? metalc ? metalc19 E OD1 ASP 52 E ASP 52 1_555 DA MG MG . E MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? metalc ? metalc20 E SG CYS 105 E CYS 105 1_555 BA FE2 SF4 . E SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc21 E SG CYS 140 E CYS 140 1_555 BA FE4 SF4 . E SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc22 BA FE3 SF4 . E SF4 302 1_555 F SG CYS 105 F CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc23 BA FE1 SF4 . E SF4 302 1_555 F SG CYS 140 F CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc24 F OG SER 24 F SER 24 1_555 FA MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc25 EA O3B ADP . F ADP 401 1_555 FA MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? metalc ? metalc26 G OG SER 24 G SER 24 1_555 JA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 105 G CYS 105 1_555 NA FE2 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 140 G CYS 140 1_555 NA FE4 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc29 IA O3B ADP . G ADP 501 1_555 JA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc30 H OG SER 24 H SER 24 1_555 PA MG MG . H MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc31 H SG CYS 105 H CYS 105 1_555 NA FE3 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc32 H SG CYS 140 H CYS 140 1_555 NA FE1 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc33 OA O3B ADP . H ADP 302 1_555 PA MG MG . H MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? metalc ? metalc34 I OG SER 24 I SER 24 1_555 UA MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc35 I SG CYS 105 I CYS 105 1_555 SA FE2 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc36 I SG CYS 140 I CYS 140 1_555 SA FE4 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc37 SA FE3 SF4 . I SF4 301 1_555 J SG CYS 105 J CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc38 SA FE1 SF4 . I SF4 301 1_555 J SG CYS 140 J CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc39 TA O3B ADP . I ADP 302 1_555 UA MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc40 J OG SER 24 J SER 24 1_555 BB MG MG . J MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc41 AB O3B ADP . J ADP 401 1_555 BB MG MG . J MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? metalc ? metalc42 K OG SER 24 K SER 24 1_555 FB MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc43 K SG CYS 105 K CYS 105 1_555 DB FE2 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc44 K SG CYS 140 K CYS 140 1_555 DB FE4 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc45 DB FE3 SF4 . K SF4 301 1_555 L SG CYS 105 L CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc46 DB FE1 SF4 . K SF4 301 1_555 L SG CYS 140 L CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc47 EB O3B ADP . K ADP 302 1_555 FB MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc48 L OG SER 24 L SER 24 1_555 JB MG MG . L MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc49 IB O3B ADP . L ADP 401 1_555 JB MG MG . L MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8Q5W _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006759 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00638 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004844 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 2 ADP A 1 501 501 ADP ADP . N 3 MG A 1 502 502 MG MG . O 4 NO3 A 1 503 503 NO3 NO3 . P 4 NO3 A 1 504 504 NO3 NO3 . Q 5 EDO A 1 505 505 EDO EDO . R 4 NO3 A 1 506 506 NO3 NO3 . S 6 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . T 2 ADP B 1 302 401 ADP ADP . U 3 MG B 1 303 402 MG MG . V 6 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . W 2 ADP C 1 302 501 ADP ADP . X 3 MG C 1 303 502 MG MG . Y 2 ADP D 1 401 401 ADP ADP . Z 3 MG D 1 402 402 MG MG . AA 7 CL E 1 301 5 CL CL . BA 6 SF4 E 1 302 301 SF4 SF4 . CA 2 ADP E 1 303 501 ADP ADP . DA 3 MG E 1 304 502 MG MG . EA 2 ADP F 1 401 401 ADP ADP . FA 3 MG F 1 402 402 MG MG . GA 4 NO3 F 1 403 403 NO3 NO3 . HA 4 NO3 F 1 404 404 NO3 NO3 . IA 2 ADP G 1 501 501 ADP ADP . JA 3 MG G 1 502 502 MG MG . KA 5 EDO G 1 503 503 EDO EDO . LA 5 EDO G 1 504 504 EDO EDO . MA 7 CL G 1 505 3 CL CL . NA 6 SF4 H 1 301 301 SF4 SF4 . OA 2 ADP H 1 302 401 ADP ADP . PA 3 MG H 1 303 402 MG MG . QA 5 EDO H 1 304 403 EDO EDO . RA 4 NO3 H 1 305 404 NO3 NO3 . SA 6 SF4 I 1 301 301 SF4 SF4 . TA 2 ADP I 1 302 501 ADP ADP . UA 3 MG I 1 303 502 MG MG . VA 5 EDO I 1 304 504 EDO EDO . WA 4 NO3 I 1 305 505 NO3 NO3 . XA 8 GOL I 1 306 506 GOL GOL . YA 4 NO3 I 1 307 507 NO3 NO3 . ZA 5 EDO I 1 308 508 EDO EDO . AB 2 ADP J 1 401 401 ADP ADP . BB 3 MG J 1 402 402 MG MG . CB 7 CL J 1 403 1 CL CL . DB 6 SF4 K 1 301 301 SF4 SF4 . EB 2 ADP K 1 302 501 ADP ADP . FB 3 MG K 1 303 502 MG MG . GB 4 NO3 K 1 304 503 NO3 NO3 . HB 8 GOL K 1 305 504 GOL GOL . IB 2 ADP L 1 401 401 ADP ADP . JB 3 MG L 1 402 402 MG MG . KB 4 NO3 L 1 403 403 NO3 NO3 . LB 7 CL L 1 404 4 CL CL . MB 9 HOH A 1 601 14 HOH HOH . MB 9 HOH A 2 602 8 HOH HOH . MB 9 HOH A 3 603 19 HOH HOH . MB 9 HOH A 4 604 26 HOH HOH . MB 9 HOH A 5 605 2 HOH HOH . MB 9 HOH A 6 606 25 HOH HOH . MB 9 HOH A 7 607 23 HOH HOH . MB 9 HOH A 8 608 44 HOH HOH . MB 9 HOH A 9 609 24 HOH HOH . MB 9 HOH A 10 610 43 HOH HOH . MB 9 HOH A 11 611 32 HOH HOH . NB 9 HOH B 1 401 18 HOH HOH . OB 9 HOH C 1 401 48 HOH HOH . OB 9 HOH C 2 402 47 HOH HOH . PB 9 HOH D 1 501 36 HOH HOH . PB 9 HOH D 2 502 5 HOH HOH . QB 9 HOH E 1 401 35 HOH HOH . RB 9 HOH F 1 501 34 HOH HOH . SB 9 HOH G 1 601 39 HOH HOH . SB 9 HOH G 2 602 6 HOH HOH . SB 9 HOH G 3 603 3 HOH HOH . SB 9 HOH G 4 604 17 HOH HOH . SB 9 HOH G 5 605 33 HOH HOH . TB 9 HOH H 1 401 12 HOH HOH . TB 9 HOH H 2 402 37 HOH HOH . UB 9 HOH I 1 401 28 HOH HOH . UB 9 HOH I 2 402 4 HOH HOH . UB 9 HOH I 3 403 20 HOH HOH . UB 9 HOH I 4 404 40 HOH HOH . UB 9 HOH I 5 405 46 HOH HOH . VB 9 HOH J 1 501 45 HOH HOH . WB 9 HOH K 1 401 29 HOH HOH . WB 9 HOH K 2 402 27 HOH HOH . XB 9 HOH L 1 501 30 HOH HOH . XB 9 HOH L 2 502 15 HOH HOH . XB 9 HOH L 3 503 1 HOH HOH . XB 9 HOH L 4 504 31 HOH HOH . XB 9 HOH L 5 505 38 HOH HOH . XB 9 HOH L 6 506 11 HOH HOH . XB 9 HOH L 7 507 21 HOH HOH . XB 9 HOH L 8 508 22 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id JB _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 1.005 _atom_site.Cartn_y 52.728 _atom_site.Cartn_z 20.72 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 50.74 _atom_site.pdbx_formal_charge 2 _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 402 _atom_site.auth_asym_id L _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 54 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 32 _model_server_stats.query_time_ms 339 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #