data_8QXK
#
_model_server_result.job_id            Z32p4p4TtvMmw-u5Ju91Zw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-16 23:34:01' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8qxk 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":707}' 
#
_entry.id    8QXK 
#
_exptl.entry_id    8QXK 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              491.182 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8QXK 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8QXK 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 K N N 
? 6 R N N 
? 6 S N N 
? 6 Z N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A NE2 HIS 167 A HIS 167 1_555 F FE FE . A FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc2 A NE2 HIS 206 A HIS 206 1_555 F FE FE . A FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 207 A ASP 207 1_555 F FE FE . A FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 207 A ASP 207 1_555 G MG MG . A MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 311 A ASP 311 1_555 F FE FE . A FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? 
metalc ? metalc6 E O3G GTP . A GTP 701 1_555 I MG MG . A MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? 
metalc ? metalc7 E O1B GTP . A GTP 701 1_555 I MG MG . A MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? 
metalc ? metalc8 G MG MG . A MG 703 1_555 J O2A DCP . A DCP 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.836 ? 
metalc ? metalc9 I MG MG . A MG 705 1_555 Z O1G DTP . D DTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc10 I MG MG . A MG 705 1_555 Z O1B DTP . D DTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc11 K O1G DTP . A DTP 707 1_555 EA MG MG . D MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc12 K O1B DTP . A DTP 707 1_555 EA MG MG . D MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc13 B NE2 HIS 167 C HIS 167 1_555 M FE FE . C FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc14 B NE2 HIS 206 C HIS 206 1_555 M FE FE . C FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 207 C ASP 207 1_555 M FE FE . C FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASP 207 C ASP 207 1_555 N MG MG . C MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
metalc ? metalc17 B OD2 ASP 311 C ASP 311 1_555 M FE FE . C FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? 
metalc ? metalc18 L O3G GTP . C GTP 701 1_555 P MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? 
metalc ? metalc19 L O1B GTP . C GTP 701 1_555 P MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? 
metalc ? metalc20 N MG MG . C MG 703 1_555 Q O1A DCP . C DCP 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? 
metalc ? metalc21 P MG MG . C MG 705 1_555 S O1G DTP . B DTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc22 P MG MG . C MG 705 1_555 S O1B DTP . B DTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc23 R O1G DTP . C DTP 707 1_555 X MG MG . B MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc24 R O1B DTP . C DTP 707 1_555 X MG MG . B MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc25 C NE2 HIS 167 B HIS 167 1_555 U FE FE . B FE 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc26 C NE2 HIS 206 B HIS 206 1_555 U FE FE . B FE 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc27 C OD1 ASP 207 B ASP 207 1_555 V MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 311 B ASP 311 1_555 U FE FE . B FE 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? 
metalc ? metalc29 T O3G GTP . B GTP 702 1_555 X MG MG . B MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? 
metalc ? metalc30 T O1B GTP . B GTP 702 1_555 X MG MG . B MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? 
metalc ? metalc31 V MG MG . B MG 704 1_555 Y O1A DCP . B DCP 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? 
metalc ? metalc32 D NE2 HIS 167 D HIS 167 1_555 BA FE FE . D FE 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc33 D NE2 HIS 206 D HIS 206 1_555 BA FE FE . D FE 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc34 D OD2 ASP 207 D ASP 207 1_555 BA FE FE . D FE 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc35 D OD1 ASP 207 D ASP 207 1_555 CA MG MG . D MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? 
metalc ? metalc36 D OD2 ASP 311 D ASP 311 1_555 BA FE FE . D FE 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? 
metalc ? metalc37 AA O3G GTP . D GTP 702 1_555 EA MG MG . D MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? 
metalc ? metalc38 AA O1B GTP . D GTP 702 1_555 EA MG MG . D MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    491.182 
_chem_comp.id                DTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DTP doub 128 n n 
PG O2G DTP sing 129 n n 
PG O3G DTP sing 130 n n 
PG O3B DTP sing 131 n n 
O2G HOG2 DTP sing 132 n n 
O3G HOG3 DTP sing 133 n n 
PB O1B DTP doub 134 n n 
PB O2B DTP sing 135 n n 
PB O3B DTP sing 136 n n 
PB O3A DTP sing 137 n n 
O2B HOB2 DTP sing 138 n n 
PA O1A DTP doub 139 n n 
PA O2A DTP sing 140 n n 
PA O3A DTP sing 141 n n 
PA O5' DTP sing 142 n n 
O2A HOA2 DTP sing 143 n n 
O5' C5' DTP sing 144 n n 
C5' C4' DTP sing 145 n n 
C5' "H5'1" DTP sing 146 n n 
C5' "H5'2" DTP sing 147 n n 
C4' O4' DTP sing 148 n n 
C4' C3' DTP sing 149 n n 
C4' H4' DTP sing 150 n n 
O4' C1' DTP sing 151 n n 
C3' O3' DTP sing 152 n n 
C3' C2' DTP sing 153 n n 
C3' H3' DTP sing 154 n n 
O3' HO3' DTP sing 155 n n 
C2' C1' DTP sing 156 n n 
C2' "H2'1" DTP sing 157 n n 
C2' "H2'2" DTP sing 158 n n 
C1' N9 DTP sing 159 n n 
C1' H1' DTP sing 160 n n 
N9 C8 DTP sing 161 n y 
N9 C4 DTP sing 162 n y 
C8 N7 DTP doub 163 n y 
C8 H8 DTP sing 164 n n 
N7 C5 DTP sing 165 n y 
C5 C6 DTP sing 166 n y 
C5 C4 DTP doub 167 n y 
C6 N6 DTP sing 168 n n 
C6 N1 DTP doub 169 n y 
N6 HN61 DTP sing 170 n n 
N6 HN62 DTP sing 171 n n 
N1 C2 DTP sing 172 n y 
C2 N3 DTP doub 173 n y 
C2 H2 DTP sing 174 n n 
N3 C4 DTP sing 175 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     8QXK 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 GTP A 1 701 702 GTP GTP . 
F 3 FE A 1 702 801 FE FE . 
G 4 MG A 1 703 802 MG MG . 
H 4 MG A 1 704 803 MG MG . 
I 4 MG A 1 705 804 MG MG . 
J 5 DCP A 1 706 805 DCP DCP . 
K 6 DTP A 1 707 703 DTP DTP . 
L 2 GTP C 1 701 702 GTP GTP . 
M 3 FE C 1 702 801 FE FE . 
N 4 MG C 1 703 802 MG MG . 
O 4 MG C 1 704 803 MG MG . 
P 4 MG C 1 705 804 MG MG . 
Q 5 DCP C 1 706 805 DCP DCP . 
R 6 DTP C 1 707 703 DTP DTP . 
S 6 DTP B 1 701 703 DTP DTP . 
T 2 GTP B 1 702 702 GTP GTP . 
U 3 FE B 1 703 801 FE FE . 
V 4 MG B 1 704 802 MG MG . 
W 4 MG B 1 705 803 MG MG . 
X 4 MG B 1 706 804 MG MG . 
Y 5 DCP B 1 707 805 DCP DCP . 
Z 6 DTP D 1 701 703 DTP DTP . 
AA 2 GTP D 1 702 702 GTP GTP . 
BA 3 FE D 1 703 801 FE FE . 
CA 4 MG D 1 704 802 MG MG . 
DA 4 MG D 1 705 803 MG MG . 
EA 4 MG D 1 706 804 MG MG . 
FA 5 DCP D 1 707 805 DCP DCP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG DTP . . . R 6 146.869 178.628 143.641 1 4.09 ? PG DTP 707 C 1 
HETATM 2 O O1G DTP . . . R 6 145.674 178.059 142.963 1 4.09 ? O1G DTP 707 C 1 
HETATM 3 O O2G DTP . . . R 6 146.883 180.14 143.65 1 4.09 ? O2G DTP 707 C 1 
HETATM 4 O O3G DTP . . . R 6 148.19 178.121 143.089 1 4.09 ? O3G DTP 707 C 1 
HETATM 5 P PB DTP . . . R 6 146.328 177.099 146.138 1 4.09 ? PB DTP 707 C 1 
HETATM 6 O O1B DTP . . . R 6 145.315 176.283 145.455 1 4.09 ? O1B DTP 707 C 1 
HETATM 7 O O2B DTP . . . R 6 145.864 177.791 147.411 1 4.09 ? O2B DTP 707 C 1 
HETATM 8 O O3B DTP . . . R 6 146.894 178.217 145.18 1 4.09 ? O3B DTP 707 C 1 
HETATM 9 P PA DTP . . . R 6 148.575 176.039 147.76 1 4.09 ? PA DTP 707 C 1 
HETATM 10 O O1A DTP . . . R 6 150.001 176.139 147.397 1 4.09 ? O1A DTP 707 C 1 
HETATM 11 O O2A DTP . . . R 6 148.127 177.022 148.834 1 4.09 ? O2A DTP 707 C 1 
HETATM 12 O O3A DTP . . . R 6 147.636 176.263 146.489 1 4.09 ? O3A DTP 707 C 1 
HETATM 13 O O5' DTP . . . R 6 148.219 174.577 148.237 1 4.09 ? O5' DTP 707 C 1 
HETATM 14 C C5' DTP . . . R 6 149.04 173.449 147.87 1 4.09 ? C5' DTP 707 C 1 
HETATM 15 C C4' DTP . . . R 6 149.047 172.426 148.976 1 4.09 ? C4' DTP 707 C 1 
HETATM 16 O O4' DTP . . . R 6 150.141 172.772 149.855 1 4.09 ? O4' DTP 707 C 1 
HETATM 17 C C3' DTP . . . R 6 147.803 172.531 149.853 1 4.09 ? C3' DTP 707 C 1 
HETATM 18 O O3' DTP . . . R 6 147.742 171.315 150.584 1 4.09 ? O3' DTP 707 C 1 
HETATM 19 C C2' DTP . . . R 6 148.211 173.6 150.864 1 4.09 ? C2' DTP 707 C 1 
HETATM 20 C C1' DTP . . . R 6 149.672 173.235 151.105 1 4.09 ? C1' DTP 707 C 1 
HETATM 21 N N9 DTP . . . R 6 150.464 174.414 151.43 1 4.09 ? N9 DTP 707 C 1 
HETATM 22 C C8 DTP . . . R 6 150.125 175.723 151.21 1 4.09 ? C8 DTP 707 C 1 
HETATM 23 N N7 DTP . . . R 6 151.031 176.584 151.601 1 4.09 ? N7 DTP 707 C 1 
HETATM 24 C C5 DTP . . . R 6 152.038 175.786 152.121 1 4.09 ? C5 DTP 707 C 1 
HETATM 25 C C6 DTP . . . R 6 153.286 176.087 152.699 1 4.09 ? C6 DTP 707 C 1 
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