data_8QZI
#
_model_server_result.job_id            KPMbzzU55O70us3hbPgAiA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 18:42:22' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8qzi 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":302}' 
#
_entry.id    8QZI 
#
_exptl.entry_id    8QZI 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              54.938 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  nat 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MANGANESE (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          92.829 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8QZI 
_cell.length_a            47.335 
_cell.length_b            280.843 
_cell.length_c            47.34 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8QZI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 2yb' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,G,H,I,U 1 1 
B,F,J,K,L,V,Z 2 1 
C,E,M,N,O,P,T,W,Y 3 1 
D,Q,R,S,X 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 H N N 
? 4 I N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
? 4 R N N 
? 4 S N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 E C LEU 86 E LEU 2106 1_555 E N MSE 87 E MSE 2107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale2 E C MSE 87 E MSE 2107 1_555 E N GLY 88 E GLY 2108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale3 E C ARG 124 E ARG 2144 1_555 E N MSE 125 E MSE 2145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale4 E C MSE 125 E MSE 2145 1_555 E N ASP 126 E ASP 2146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale5 F C LEU 86 F LEU 2106 1_555 F N MSE 87 F MSE 2107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale6 F C MSE 87 F MSE 2107 1_555 F N GLY 88 F GLY 2108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale7 F C ARG 124 F ARG 2144 1_555 F N MSE 125 F MSE 2145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
metalc ? metalc1 A O HIS 113 A HIS 93 1_555 I MN MN . A MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc2 A ND1 HIS 113 A HIS 93 1_555 I MN MN . A MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 134 A ASP 114 1_555 H MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 134 A ASP 114 1_555 H MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 136 A GLU 116 1_555 H MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc6 G O2A COA . A COA 301 1_555 I MN MN . A MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? 
metalc ? metalc7 H MN MN . A MN 302 1_555 U O HOH . A HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc8 H MN MN . A MN 302 1_555 U O HOH . A HOH 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? 
metalc ? metalc9 I MN MN . A MN 303 1_555 U O HOH . A HOH 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 
metalc ? metalc10 I MN MN . A MN 303 1_555 U O HOH . A HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? 
metalc ? metalc11 I MN MN . A MN 303 1_555 U O HOH . A HOH 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc12 B O HIS 113 B HIS 93 1_555 L MN MN . B MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc13 B ND1 HIS 113 B HIS 93 1_555 L MN MN . B MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASP 134 B ASP 114 1_555 K MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 134 B ASP 114 1_555 K MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 136 B GLU 116 1_555 K MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.937 ? 
metalc ? metalc17 B OE2 GLU 177 B GLU 157 1_555 K MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? 
metalc ? metalc18 J O1A COA . B COA 301 1_555 L MN MN . B MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc19 K MN MN . B MN 302 1_555 V O HOH . B HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc20 K MN MN . B MN 302 1_555 V O HOH . B HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc21 L MN MN . B MN 303 1_555 V O HOH . B HOH 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? 
metalc ? metalc22 L MN MN . B MN 303 1_555 V O HOH . B HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.931 ? 
metalc ? metalc23 L MN MN . B MN 303 1_555 V O HOH . B HOH 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc24 C O HIS 113 C HIS 93 1_555 O MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? 
metalc ? metalc25 C ND1 HIS 113 C HIS 93 1_555 O MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc26 C OD1 ASP 134 C ASP 114 1_555 N MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc27 C OD2 ASP 134 C ASP 114 1_555 N MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc28 C OE1 GLU 136 C GLU 116 1_555 N MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.827 ? 
metalc ? metalc29 C OE2 GLU 177 C GLU 157 1_555 N MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc30 M O2A COA . C COA 301 1_555 O MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc31 N MN MN . C MN 302 1_555 W O HOH . C HOH 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc32 N MN MN . C MN 302 1_555 W O HOH . C HOH 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc33 O MN MN . C MN 303 1_555 W O HOH . C HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc34 O MN MN . C MN 303 1_555 W O HOH . C HOH 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc35 O MN MN . C MN 303 1_555 W O HOH . C HOH 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? 
metalc ? metalc36 D O HIS 113 D HIS 93 1_555 S MN MN . D MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc37 D ND1 HIS 113 D HIS 93 1_555 S MN MN . D MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc38 D OD1 ASP 134 D ASP 114 1_555 R MN MN . D MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
metalc ? metalc39 D OD2 ASP 134 D ASP 114 1_555 R MN MN . D MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? 
metalc ? metalc40 D OE2 GLU 136 D GLU 116 1_555 R MN MN . D MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? 
metalc ? metalc41 D OE2 GLU 177 D GLU 157 1_555 R MN MN . D MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc42 Q O1A COA . D COA 301 1_555 S MN MN . D MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc43 R MN MN . D MN 302 1_555 X O HOH . D HOH 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc44 R MN MN . D MN 302 1_555 X O HOH . D HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc45 S MN MN . D MN 303 1_555 X O HOH . D HOH 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? 
metalc ? metalc46 S MN MN . D MN 303 1_555 X O HOH . D HOH 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.737 ? 
metalc ? metalc47 S MN MN . D MN 303 1_555 X O HOH . D HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mn 2' 
_chem_comp.formula_weight    54.938 
_chem_comp.id                MN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MANGANESE (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8QZI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.021126 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001044 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.003561 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.02115 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 3 COA A 1 301 301 COA COA . 
H 4 MN A 1 302 302 MN MN . 
I 4 MN A 1 303 303 MN MN . 
J 3 COA B 1 301 301 COA COA . 
K 4 MN B 1 302 302 MN MN . 
L 4 MN B 1 303 303 MN MN . 
M 3 COA C 1 301 301 COA COA . 
N 4 MN C 1 302 302 MN MN . 
O 4 MN C 1 303 303 MN MN . 
P 5 IPA C 1 304 1 IPA IPA . 
Q 3 COA D 1 301 301 COA COA . 
R 4 MN D 1 302 302 MN MN . 
S 4 MN D 1 303 303 MN MN . 
T 5 IPA E 1 2201 2 IPA IPA . 
U 6 HOH A 1 401 28 HOH HOH . 
U 6 HOH A 2 402 49 HOH HOH . 
U 6 HOH A 3 403 26 HOH HOH . 
U 6 HOH A 4 404 15 HOH HOH . 
U 6 HOH A 5 405 23 HOH HOH . 
U 6 HOH A 6 406 10 HOH HOH . 
U 6 HOH A 7 407 41 HOH HOH . 
U 6 HOH A 8 408 43 HOH HOH . 
U 6 HOH A 9 409 50 HOH HOH . 
V 6 HOH B 1 401 18 HOH HOH . 
V 6 HOH B 2 402 47 HOH HOH . 
V 6 HOH B 3 403 1 HOH HOH . 
V 6 HOH B 4 404 16 HOH HOH . 
V 6 HOH B 5 405 44 HOH HOH . 
V 6 HOH B 6 406 39 HOH HOH . 
V 6 HOH B 7 407 17 HOH HOH . 
V 6 HOH B 8 408 46 HOH HOH . 
W 6 HOH C 1 401 6 HOH HOH . 
W 6 HOH C 2 402 37 HOH HOH . 
W 6 HOH C 3 403 14 HOH HOH . 
W 6 HOH C 4 404 11 HOH HOH . 
W 6 HOH C 5 405 13 HOH HOH . 
W 6 HOH C 6 406 22 HOH HOH . 
W 6 HOH C 7 407 19 HOH HOH . 
W 6 HOH C 8 408 21 HOH HOH . 
W 6 HOH C 9 409 20 HOH HOH . 
W 6 HOH C 10 410 7 HOH HOH . 
W 6 HOH C 11 411 32 HOH HOH . 
W 6 HOH C 12 412 4 HOH HOH . 
W 6 HOH C 13 413 24 HOH HOH . 
W 6 HOH C 14 414 2 HOH HOH . 
W 6 HOH C 15 415 9 HOH HOH . 
X 6 HOH D 1 401 25 HOH HOH . 
X 6 HOH D 2 402 27 HOH HOH . 
X 6 HOH D 3 403 35 HOH HOH . 
X 6 HOH D 4 404 3 HOH HOH . 
X 6 HOH D 5 405 40 HOH HOH . 
X 6 HOH D 6 406 29 HOH HOH . 
X 6 HOH D 7 407 34 HOH HOH . 
X 6 HOH D 8 408 38 HOH HOH . 
X 6 HOH D 9 409 12 HOH HOH . 
X 6 HOH D 10 410 5 HOH HOH . 
X 6 HOH D 11 411 45 HOH HOH . 
X 6 HOH D 12 412 8 HOH HOH . 
Y 6 HOH E 1 2301 36 HOH HOH . 
Y 6 HOH E 2 2302 33 HOH HOH . 
Y 6 HOH E 3 2303 30 HOH HOH . 
Y 6 HOH E 4 2304 31 HOH HOH . 
Z 6 HOH F 1 2201 48 HOH HOH . 
Z 6 HOH F 2 2202 42 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MN 
_atom_site.label_atom_id         MN 
_atom_site.label_comp_id         MN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         R 
_atom_site.label_entity_id       4 
_atom_site.Cartn_x               3.486 
_atom_site.Cartn_y               -39.334 
_atom_site.Cartn_z               -11.697 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        62.63 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MN 
_atom_site.auth_comp_id          MN 
_atom_site.auth_seq_id           302 
_atom_site.auth_asym_id          D 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              35 
_model_server_stats.parse_time_ms           21 
_model_server_stats.create_model_time_ms    11 
_model_server_stats.query_time_ms           275 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           1 
#