data_8R1A
#
_model_server_result.job_id            1OVWd-alPeYiOcrwhJLfCw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-16 11:57:11' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8r1a 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":602}' 
#
_entry.id    8R1A 
#
_exptl.entry_id    8R1A 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              443.201 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 I N N 
? 4 L N N 
? 4 O N N 
? 4 R N N 
? 4 U N N 
? 4 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG SER 63 A SER 52 1_555 H MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 86 A THR 75 1_555 H MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc3 H MG MG . A MG 601 1_555 I O1A GDP . A GDP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? 
metalc ? metalc4 H MG MG . A MG 601 1_555 I O2B GDP . A GDP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc5 B OG1 THR 86 B THR 75 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc6 K MG MG . B MG 601 1_555 L O2B GDP . B GDP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc7 C OG SER 63 C SER 52 1_555 N MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.909 ? 
metalc ? metalc8 C OG1 THR 86 C THR 75 1_555 N MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc9 N MG MG . C MG 601 1_555 O O2B GDP . C GDP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc10 N MG MG . C MG 601 1_555 O O1A GDP . C GDP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? 
metalc ? metalc11 D OG1 THR 86 D THR 75 1_555 Q MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc12 Q MG MG . D MG 601 1_555 R O2B GDP . D GDP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc13 E OG SER 63 E SER 52 1_555 T MG MG . E MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.909 ? 
metalc ? metalc14 E OG1 THR 86 E THR 75 1_555 T MG MG . E MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc15 T MG MG . E MG 601 1_555 U O1A GDP . E GDP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? 
metalc ? metalc16 T MG MG . E MG 601 1_555 U O2B GDP . E GDP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc17 F OG1 THR 86 F THR 75 1_555 W MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc18 W MG MG . F MG 601 1_555 X O2B GDP . F GDP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O11 P2' 
_chem_comp.formula_weight    443.201 
_chem_comp.id                GDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              'rna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B GDP doub 86 n n 
PB O2B GDP sing 87 n n 
PB O3B GDP sing 88 n n 
PB O3A GDP sing 89 n n 
O2B HOB2 GDP sing 90 n n 
O3B HOB3 GDP sing 91 n n 
O3A PA GDP sing 92 n n 
PA O1A GDP doub 93 n n 
PA O2A GDP sing 94 n n 
PA O5' GDP sing 95 n n 
O2A HOA2 GDP sing 96 n n 
O5' C5' GDP sing 97 n n 
C5' C4' GDP sing 98 n n 
C5' H5' GDP sing 99 n n 
C5' "H5''" GDP sing 100 n n 
C4' O4' GDP sing 101 n n 
C4' C3' GDP sing 102 n n 
C4' H4' GDP sing 103 n n 
O4' C1' GDP sing 104 n n 
C3' O3' GDP sing 105 n n 
C3' C2' GDP sing 106 n n 
C3' H3' GDP sing 107 n n 
O3' HO3' GDP sing 108 n n 
C2' O2' GDP sing 109 n n 
C2' C1' GDP sing 110 n n 
C2' H2' GDP sing 111 n n 
O2' HO2' GDP sing 112 n n 
C1' N9 GDP sing 113 n n 
C1' H1' GDP sing 114 n n 
N9 C8 GDP sing 115 n y 
N9 C4 GDP sing 116 n y 
C8 N7 GDP doub 117 n y 
C8 H8 GDP sing 118 n n 
N7 C5 GDP sing 119 n y 
C5 C6 GDP sing 120 n n 
C5 C4 GDP doub 121 n y 
C6 O6 GDP doub 122 n n 
C6 N1 GDP sing 123 n n 
N1 C2 GDP sing 124 n n 
N1 HN1 GDP sing 125 n n 
C2 N2 GDP sing 126 n n 
C2 N3 GDP doub 127 n n 
N2 HN21 GDP sing 128 n n 
N2 HN22 GDP sing 129 n n 
N3 C4 GDP sing 130 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8R1A 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
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_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
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loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 AF3 A 1 600 600 AF3 AF3 . 
H 3 MG A 1 601 601 MG MG . 
I 4 GDP A 1 602 602 GDP GDP . 
J 2 AF3 B 1 600 600 AF3 AF3 . 
K 3 MG B 1 601 601 MG MG . 
L 4 GDP B 1 602 602 GDP GDP . 
M 2 AF3 C 1 600 600 AF3 AF3 . 
N 3 MG C 1 601 601 MG MG . 
O 4 GDP C 1 602 602 GDP GDP . 
P 2 AF3 D 1 600 600 AF3 AF3 . 
Q 3 MG D 1 601 601 MG MG . 
R 4 GDP D 1 602 602 GDP GDP . 
S 2 AF3 E 1 600 600 AF3 AF3 . 
T 3 MG E 1 601 601 MG MG . 
U 4 GDP E 1 602 602 GDP GDP . 
V 2 AF3 F 1 600 600 AF3 AF3 . 
W 3 MG F 1 601 601 MG MG . 
X 4 GDP F 1 602 602 GDP GDP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PB GDP . . . L 4 214.921 243.317 451.218 1 100 ? PB GDP 602 B 1 
HETATM 2 O O1B GDP . . . L 4 213.936 243.078 450.099 1 100 ? O1B GDP 602 B 1 
HETATM 3 O O2B GDP . . . L 4 215.794 242.097 451.408 1 100 ? O2B GDP 602 B 1 
HETATM 4 O O3B GDP . . . L 4 215.789 244.509 450.903 1 100 ? O3B GDP 602 B 1 
HETATM 5 O O3A GDP . . . L 4 214.109 243.661 452.56 1 100 ? O3A GDP 602 B 1 
HETATM 6 P PA GDP . . . L 4 214.674 243.296 454.02 1 100 ? PA GDP 602 B 1 
HETATM 7 O O1A GDP . . . L 4 214.624 241.803 454.231 1 100 ? O1A GDP 602 B 1 
HETATM 8 O O2A GDP . . . L 4 216.066 243.84 454.24 1 100 ? O2A GDP 602 B 1 
HETATM 9 O O5' GDP . . . L 4 213.585 244.053 454.934 1 100 ? O5' GDP 602 B 1 
HETATM 10 C C5' GDP . . . L 4 213.555 245.481 454.944 1 100 ? C5' GDP 602 B 1 
HETATM 11 C C4' GDP . . . L 4 212.77 245.98 456.148 1 100 ? C4' GDP 602 B 1 
HETATM 12 O O4' GDP . . . L 4 211.405 245.6 455.994 1 100 ? O4' GDP 602 B 1 
HETATM 13 C C3' GDP . . . L 4 213.262 245.342 457.431 1 100 ? C3' GDP 602 B 1 
HETATM 14 O O3' GDP . . . L 4 213.372 246.36 458.424 1 100 ? O3' GDP 602 B 1 
HETATM 15 C C2' GDP . . . L 4 212.185 244.354 457.827 1 100 ? C2' GDP 602 B 1 
HETATM 16 O O2' GDP . . . L 4 212.044 244.32 459.248 1 100 ? O2' GDP 602 B 1 
HETATM 17 C C1' GDP . . . L 4 210.944 244.918 457.161 1 100 ? C1' GDP 602 B 1 
HETATM 18 N N9 GDP . . . L 4 210.009 243.869 456.703 1 100 ? N9 GDP 602 B 1 
HETATM 19 C C8 GDP . . . L 4 210.23 242.545 456.591 1 100 ? C8 GDP 602 B 1 
HETATM 20 N N7 GDP . . . L 4 209.124 241.915 456.106 1 100 ? N7 GDP 602 B 1 
HETATM 21 C C5 GDP . . . L 4 208.181 242.855 455.885 1 100 ? C5 GDP 602 B 1 
HETATM 22 C C6 GDP . . . L 4 206.787 242.898 455.379 1 100 ? C6 GDP 602 B 1 
HETATM 23 O O6 GDP . . . L 4 206.193 241.854 455.022 1 100 ? O6 GDP 602 B 1 
HETATM 24 N N1 GDP . . . L 4 206.178 244.092 455.319 1 100 ? N1 GDP 602 B 1 
HETATM 25 C C2 GDP . . . L 4 206.787 245.237 455.693 1 100 ? C2 GDP 602 B 1 
HETATM 26 N N2 GDP . . . L 4 206.115 246.412 455.603 1 100 ? N2 GDP 602 B 1 
HETATM 27 N N3 GDP . . . L 4 208.056 245.269 456.164 1 100 ? N3 GDP 602 B 1 
HETATM 28 C C4 GDP . . . L 4 208.781 244.136 456.277 1 100 ? C4 GDP 602 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              14 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    54 
_model_server_stats.query_time_ms           295 
_model_server_stats.encode_time_ms          8 
_model_server_stats.element_count           28 
#