data_8R7E # _model_server_result.job_id ZZUG-S_pzCsUZ4kxYz9e4g _model_server_result.datetime_utc '2024-12-02 00:16:41' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8r7e # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":1001}' # _entry.id 8R7E # _exptl.entry_id 8R7E _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 427.201 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 109.331 _cell.angle_beta 91.808 _cell.angle_gamma 109.505 _cell.entry_id 8R7E _cell.length_a 100.473 _cell.length_b 104.096 _cell.length_c 122.016 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8R7E _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,BA,CA 1 1 E,F,G,H,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,DA,EA,FA,GA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 I N N ? 5 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order hydrog 'DT-DG MISPAIR' hydrog1 C O4 DT 3 C DT 3 1_555 D N1 DG 24 D DG 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N3 DC 4 C DC 4 1_555 D N1 DG 23 D DG 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C N4 DC 4 C DC 4 1_555 D O6 DG 23 D DG 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C O2 DC 4 C DC 4 1_555 D N2 DG 23 D DG 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog5 C N3 DT 5 C DT 5 1_555 D N1 DA 22 D DA 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C N1 DA 6 C DA 6 1_555 D N3 DT 21 D DT 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N6 DA 6 C DA 6 1_555 D O4 DT 21 D DT 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C N3 DT 7 C DT 7 1_555 D N1 DA 20 D DA 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C O4 DT 7 C DT 7 1_555 D N6 DA 20 D DA 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N3 DC 8 C DC 8 1_555 D N1 DG 19 D DG 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C N4 DC 8 C DC 8 1_555 D O6 DG 19 D DG 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C O2 DC 8 C DC 8 1_555 D N2 DG 19 D DG 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N3 DT 9 C DT 9 1_555 D N1 DA 18 D DA 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C O4 DT 9 C DT 9 1_555 D N6 DA 18 D DA 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog15 C N2 DG 10 C DG 10 1_555 D O2 DC 17 D DC 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C N1 DA 11 C DA 11 1_555 D N3 DT 16 D DT 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N6 DA 11 C DA 11 1_555 D O4 DT 16 D DT 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N1 DA 12 C DA 12 1_555 D N3 DT 15 D DT 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C N6 DA 12 C DA 12 1_555 D O4 DT 15 D DT 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N1 DG 13 C DG 13 1_555 D N3 DC 14 D DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C N2 DG 13 C DG 13 1_555 D O2 DC 14 D DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C O6 DG 13 C DG 13 1_555 D N4 DC 14 D DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N3 DC 14 C DC 14 1_555 D N1 DG 13 D DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C N4 DC 14 C DC 14 1_555 D O6 DG 13 D DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C O2 DC 14 C DC 14 1_555 D N2 DG 13 D DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C N3 DC 15 C DC 15 1_555 D N1 DG 10 D DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N4 DC 15 C DC 15 1_555 D O6 DG 10 D DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C O2 DC 15 C DC 15 1_555 D N2 DG 10 D DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C N1 DG 16 C DG 16 1_555 D N3 DC 9 D DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N2 DG 16 C DG 16 1_555 D O2 DC 9 D DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C O6 DG 16 C DG 16 1_555 D N4 DC 9 D DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C N1 DA 17 C DA 17 1_555 D N3 DT 8 D DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N6 DA 17 C DA 17 1_555 D O4 DT 8 D DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C N3 DT 18 C DT 18 1_555 D N1 DA 7 D DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C O4 DT 18 C DT 18 1_555 D N6 DA 7 D DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C N3 DC 19 C DC 19 1_555 D N1 DG 6 D DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C N4 DC 19 C DC 19 1_555 D O6 DG 6 D DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C O2 DC 19 C DC 19 1_555 D N2 DG 6 D DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N1 DG 20 C DG 20 1_555 D N3 DC 5 D DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 C N2 DG 20 C DG 20 1_555 D O2 DC 5 D DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 C O6 DG 20 C DG 20 1_555 D N4 DC 5 D DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 C N1 DA 21 C DA 21 1_555 D N3 DT 4 D DT 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 C N6 DA 21 C DA 21 1_555 D O4 DT 4 D DT 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 C N3 DT 22 C DT 22 1_555 D N1 DA 3 D DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 C O4 DT 22 C DT 22 1_555 D N6 DA 3 D DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 C N1 DG 23 C DG 23 1_555 D N3 DC 2 D DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 C N2 DG 23 C DG 23 1_555 D O2 DC 2 D DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 C O6 DG 23 C DG 23 1_555 D N4 DC 2 D DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 G N3 DC 4 G DC 4 1_555 H N1 DG 23 H DG 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 G N4 DC 4 G DC 4 1_555 H O6 DG 23 H DG 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 G O2 DC 4 G DC 4 1_555 H N2 DG 23 H DG 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 G N3 DT 5 G DT 5 1_555 H N1 DA 22 H DA 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 G O4 DT 5 G DT 5 1_555 H N6 DA 22 H DA 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 G N1 DA 6 G DA 6 1_555 H N3 DT 21 H DT 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 G N6 DA 6 G DA 6 1_555 H O4 DT 21 H DT 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 G N3 DT 7 G DT 7 1_555 H N1 DA 20 H DA 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 G O4 DT 7 G DT 7 1_555 H N6 DA 20 H DA 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 G N3 DC 8 G DC 8 1_555 H N1 DG 19 H DG 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 G N4 DC 8 G DC 8 1_555 H O6 DG 19 H DG 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 G O2 DC 8 G DC 8 1_555 H N2 DG 19 H DG 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 G N3 DT 9 G DT 9 1_555 H N1 DA 18 H DA 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 G O4 DT 9 G DT 9 1_555 H N6 DA 18 H DA 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 G N1 DG 10 G DG 10 1_555 H N3 DC 17 H DC 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 G N2 DG 10 G DG 10 1_555 H O2 DC 17 H DC 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 G O6 DG 10 G DG 10 1_555 H N4 DC 17 H DC 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 G N1 DA 11 G DA 11 1_555 H N3 DT 16 H DT 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog67 G N6 DA 11 G DA 11 1_555 H O4 DT 16 H DT 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog68 G N1 DA 12 G DA 12 1_555 H N3 DT 15 H DT 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog69 G N6 DA 12 G DA 12 1_555 H O4 DT 15 H DT 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog70 G N1 DG 13 G DG 13 1_555 H N3 DC 14 H DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog71 G N2 DG 13 G DG 13 1_555 H O2 DC 14 H DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog72 G O6 DG 13 G DG 13 1_555 H N4 DC 14 H DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog73 G N3 DC 14 G DC 14 1_555 H N1 DG 13 H DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog74 G N4 DC 14 G DC 14 1_555 H O6 DG 13 H DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog75 G O2 DC 14 G DC 14 1_555 H N2 DG 13 H DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog76 G N3 DC 15 G DC 15 1_555 H N1 DG 10 H DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog77 G N4 DC 15 G DC 15 1_555 H O6 DG 10 H DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog78 G O2 DC 15 G DC 15 1_555 H N2 DG 10 H DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog79 G N1 DG 16 G DG 16 1_555 H N3 DC 9 H DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog80 G N2 DG 16 G DG 16 1_555 H O2 DC 9 H DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog81 G O6 DG 16 G DG 16 1_555 H N4 DC 9 H DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog82 G N1 DA 17 G DA 17 1_555 H N3 DT 8 H DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog83 G N6 DA 17 G DA 17 1_555 H O4 DT 8 H DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog84 G N3 DT 18 G DT 18 1_555 H N1 DA 7 H DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog85 G O4 DT 18 G DT 18 1_555 H N6 DA 7 H DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog86 G N3 DC 19 G DC 19 1_555 H N1 DG 6 H DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog87 G N4 DC 19 G DC 19 1_555 H O6 DG 6 H DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog88 G O2 DC 19 G DC 19 1_555 H N2 DG 6 H DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog89 G N1 DG 20 G DG 20 1_555 H N3 DC 5 H DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog90 G N2 DG 20 G DG 20 1_555 H O2 DC 5 H DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog91 G O6 DG 20 G DG 20 1_555 H N4 DC 5 H DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog92 G N1 DA 21 G DA 21 1_555 H N3 DT 4 H DT 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog93 G N6 DA 21 G DA 21 1_555 H O4 DT 4 H DT 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog94 G N3 DT 22 G DT 22 1_555 H N1 DA 3 H DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog95 G O4 DT 22 G DT 22 1_555 H N6 DA 3 H DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog96 G O6 DG 23 G DG 23 1_555 H N4 DC 2 H DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O10 P2' _chem_comp.formula_weight 427.201 _chem_comp.id ADP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B ADP doub 1 n n PB O2B ADP sing 2 n n PB O3B ADP sing 3 n n PB O3A ADP sing 4 n n O2B HOB2 ADP sing 5 n n O3B HOB3 ADP sing 6 n n PA O1A ADP doub 7 n n PA O2A ADP sing 8 n n PA O3A ADP sing 9 n n PA O5' ADP sing 10 n n O2A HOA2 ADP sing 11 n n O5' C5' ADP sing 12 n n C5' C4' ADP sing 13 n n C5' "H5'1" ADP sing 14 n n C5' "H5'2" ADP sing 15 n n C4' O4' ADP sing 16 n n C4' C3' ADP sing 17 n n C4' H4' ADP sing 18 n n O4' C1' ADP sing 19 n n C3' O3' ADP sing 20 n n C3' C2' ADP sing 21 n n C3' H3' ADP sing 22 n n O3' HO3' ADP sing 23 n n C2' O2' ADP sing 24 n n C2' C1' ADP sing 25 n n C2' H2' ADP sing 26 n n O2' HO2' ADP sing 27 n n C1' N9 ADP sing 28 n n C1' H1' ADP sing 29 n n N9 C8 ADP sing 30 n y N9 C4 ADP sing 31 n y C8 N7 ADP doub 32 n y C8 H8 ADP sing 33 n n N7 C5 ADP sing 34 n y C5 C6 ADP sing 35 n y C5 C4 ADP doub 36 n y C6 N6 ADP sing 37 n n C6 N1 ADP doub 38 n y N6 HN61 ADP sing 39 n n N6 HN62 ADP sing 40 n n N1 C2 ADP sing 41 n y C2 N3 ADP doub 42 n y C2 H2 ADP sing 43 n n N3 C4 ADP sing 44 n y # _atom_sites.entry_id 8R7E _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009953 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003525 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001709 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010191 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.003964 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008798 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 ADP A 1 1001 1001 ADP ADP . J 6 EDO A 1 1002 10 EDO EDO . K 7 CL A 1 1003 15 CL CL . L 8 YKQ B 1 1201 1 YKQ INX . M 9 SO4 B 1 1202 1 SO4 SO4 . N 9 SO4 B 1 1203 3 SO4 SO4 . O 6 EDO B 1 1204 11 EDO EDO . P 9 SO4 B 1 1205 12 SO4 SO4 . Q 7 CL B 1 1206 13 CL CL . R 6 EDO B 1 1207 14 EDO EDO . S 5 ADP E 1 1001 1001 ADP ADP . T 7 CL E 1 1002 5 CL CL . U 7 CL E 1 1003 6 CL CL . V 6 EDO E 1 1004 7 EDO EDO . W 7 CL E 1 1005 8 CL CL . X 8 YKQ F 1 1201 2 YKQ INX . Y 9 SO4 F 1 1202 2 SO4 SO4 . Z 9 SO4 F 1 1203 4 SO4 SO4 . AA 6 EDO F 1 1204 9 EDO EDO . BA 10 HOH A 1 1101 115 HOH HOH . BA 10 HOH A 2 1102 109 HOH HOH . BA 10 HOH A 3 1103 9 HOH HOH . BA 10 HOH A 4 1104 112 HOH HOH . BA 10 HOH A 5 1105 101 HOH HOH . BA 10 HOH A 6 1106 48 HOH HOH . BA 10 HOH A 7 1107 111 HOH HOH . BA 10 HOH A 8 1108 104 HOH HOH . BA 10 HOH A 9 1109 110 HOH HOH . BA 10 HOH A 10 1110 20 HOH HOH . BA 10 HOH A 11 1111 38 HOH HOH . BA 10 HOH A 12 1112 39 HOH HOH . BA 10 HOH A 13 1113 114 HOH HOH . BA 10 HOH A 14 1114 103 HOH HOH . BA 10 HOH A 15 1115 107 HOH HOH . BA 10 HOH A 16 1116 29 HOH HOH . BA 10 HOH A 17 1117 113 HOH HOH . BA 10 HOH A 18 1118 108 HOH HOH . BA 10 HOH A 19 1119 116 HOH HOH . BA 10 HOH A 20 1120 5 HOH HOH . BA 10 HOH A 21 1121 102 HOH HOH . BA 10 HOH A 22 1122 117 HOH HOH . CA 10 HOH B 1 1301 22 HOH HOH . CA 10 HOH B 2 1302 25 HOH HOH . CA 10 HOH B 3 1303 58 HOH HOH . CA 10 HOH B 4 1304 56 HOH HOH . CA 10 HOH B 5 1305 37 HOH HOH . CA 10 HOH B 6 1306 122 HOH HOH . CA 10 HOH B 7 1307 121 HOH HOH . CA 10 HOH B 8 1308 105 HOH HOH . CA 10 HOH B 9 1309 12 HOH HOH . CA 10 HOH B 10 1310 50 HOH HOH . CA 10 HOH B 11 1311 30 HOH HOH . CA 10 HOH B 12 1312 21 HOH HOH . CA 10 HOH B 13 1313 55 HOH HOH . CA 10 HOH B 14 1314 3 HOH HOH . CA 10 HOH B 15 1315 51 HOH HOH . CA 10 HOH B 16 1316 52 HOH HOH . CA 10 HOH B 17 1317 53 HOH HOH . CA 10 HOH B 18 1318 10 HOH HOH . CA 10 HOH B 19 1319 2 HOH HOH . CA 10 HOH B 20 1320 7 HOH HOH . CA 10 HOH B 21 1321 118 HOH HOH . CA 10 HOH B 22 1322 1 HOH HOH . CA 10 HOH B 23 1323 119 HOH HOH . CA 10 HOH B 24 1324 13 HOH HOH . CA 10 HOH B 25 1325 106 HOH HOH . CA 10 HOH B 26 1326 120 HOH HOH . CA 10 HOH B 27 1327 123 HOH HOH . DA 10 HOH E 1 1101 68 HOH HOH . DA 10 HOH E 2 1102 82 HOH HOH . DA 10 HOH E 3 1103 80 HOH HOH . DA 10 HOH E 4 1104 83 HOH HOH . DA 10 HOH E 5 1105 40 HOH HOH . DA 10 HOH E 6 1106 47 HOH HOH . DA 10 HOH E 7 1107 15 HOH HOH . DA 10 HOH E 8 1108 46 HOH HOH . DA 10 HOH E 9 1109 8 HOH HOH . DA 10 HOH E 10 1110 31 HOH HOH . DA 10 HOH E 11 1111 73 HOH HOH . DA 10 HOH E 12 1112 72 HOH HOH . DA 10 HOH E 13 1113 19 HOH HOH . DA 10 HOH E 14 1114 45 HOH HOH . DA 10 HOH E 15 1115 78 HOH HOH . DA 10 HOH E 16 1116 85 HOH HOH . DA 10 HOH E 17 1117 61 HOH HOH . DA 10 HOH E 18 1118 77 HOH HOH . DA 10 HOH E 19 1119 79 HOH HOH . DA 10 HOH E 20 1120 74 HOH HOH . DA 10 HOH E 21 1121 43 HOH HOH . DA 10 HOH E 22 1122 75 HOH HOH . DA 10 HOH E 23 1123 69 HOH HOH . DA 10 HOH E 24 1124 84 HOH HOH . DA 10 HOH E 25 1125 81 HOH HOH . DA 10 HOH E 26 1126 41 HOH HOH . DA 10 HOH E 27 1127 76 HOH HOH . DA 10 HOH E 28 1128 70 HOH HOH . DA 10 HOH E 29 1129 71 HOH HOH . EA 10 HOH F 1 1301 59 HOH HOH . EA 10 HOH F 2 1302 42 HOH HOH . EA 10 HOH F 3 1303 100 HOH HOH . EA 10 HOH F 4 1304 36 HOH HOH . EA 10 HOH F 5 1305 24 HOH HOH . EA 10 HOH F 6 1306 16 HOH HOH . EA 10 HOH F 7 1307 57 HOH HOH . EA 10 HOH F 8 1308 99 HOH HOH . EA 10 HOH F 9 1309 97 HOH HOH . EA 10 HOH F 10 1310 60 HOH HOH . EA 10 HOH F 11 1311 49 HOH HOH . EA 10 HOH F 12 1312 28 HOH HOH . EA 10 HOH F 13 1313 14 HOH HOH . EA 10 HOH F 14 1314 62 HOH HOH . EA 10 HOH F 15 1315 93 HOH HOH . EA 10 HOH F 16 1316 98 HOH HOH . EA 10 HOH F 17 1317 27 HOH HOH . EA 10 HOH F 18 1318 86 HOH HOH . EA 10 HOH F 19 1319 63 HOH HOH . EA 10 HOH F 20 1320 91 HOH HOH . EA 10 HOH F 21 1321 26 HOH HOH . EA 10 HOH F 22 1322 23 HOH HOH . EA 10 HOH F 23 1323 67 HOH HOH . EA 10 HOH F 24 1324 65 HOH HOH . EA 10 HOH F 25 1325 92 HOH HOH . EA 10 HOH F 26 1326 66 HOH HOH . EA 10 HOH F 27 1327 90 HOH HOH . EA 10 HOH F 28 1328 94 HOH HOH . EA 10 HOH F 29 1329 95 HOH HOH . EA 10 HOH F 30 1330 6 HOH HOH . EA 10 HOH F 31 1331 88 HOH HOH . EA 10 HOH F 32 1332 87 HOH HOH . EA 10 HOH F 33 1333 96 HOH HOH . EA 10 HOH F 34 1334 89 HOH HOH . FA 10 HOH G 1 101 32 HOH HOH . FA 10 HOH G 2 102 34 HOH HOH . GA 10 HOH H 1 101 64 HOH HOH . GA 10 HOH H 2 102 33 HOH HOH . GA 10 HOH H 3 103 35 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB ADP . . . S 5 4.661 26.644 -10.499 1 59.35 0 PB ADP 1001 E 1 HETATM 2 O O1B ADP . . . S 5 6.053 26.785 -11.039 1 58.18 0 O1B ADP 1001 E 1 HETATM 3 O O2B ADP . . . S 5 4.618 25.989 -9.141 1 59.93 0 O2B ADP 1001 E 1 HETATM 4 O O3B ADP . . . S 5 3.877 27.932 -10.554 1 59.02 0 O3B ADP 1001 E 1 HETATM 5 P PA ADP . . . S 5 4.362 24.106 -11.825 1 61.38 0 PA ADP 1001 E 1 HETATM 6 O O1A ADP . . . S 5 5.286 24.121 -12.997 1 61.83 0 O1A ADP 1001 E 1 HETATM 7 O O2A ADP . . . S 5 4.828 23.456 -10.564 1 62.31 0 O2A ADP 1001 E 1 HETATM 8 O O3A ADP . . . S 5 3.945 25.615 -11.498 1 60.19 0 O3A ADP 1001 E 1 HETATM 9 O O5' ADP . . . S 5 2.954 23.471 -12.243 1 57.76 0 O5' ADP 1001 E 1 HETATM 10 C C5' ADP . . . S 5 2.272 23.999 -13.399 1 56.93 0 C5' ADP 1001 E 1 HETATM 11 C C4' ADP . . . S 5 1.173 23.052 -13.818 1 58.41 0 C4' ADP 1001 E 1 HETATM 12 O O4' ADP . . . S 5 0.854 23.299 -15.209 1 58.32 0 O4' ADP 1001 E 1 HETATM 13 C C3' ADP . . . S 5 1.473 21.549 -13.747 1 58.59 0 C3' ADP 1001 E 1 HETATM 14 O O3' ADP . . . S 5 0.28 20.809 -13.52 1 60.52 0 O3' ADP 1001 E 1 HETATM 15 C C2' ADP . . . S 5 2.083 21.264 -15.124 1 57.95 0 C2' ADP 1001 E 1 HETATM 16 O O2' ADP . . . S 5 1.814 19.944 -15.55 1 57.49 0 O2' ADP 1001 E 1 HETATM 17 C C1' ADP . . . S 5 1.406 22.297 -16.029 1 56.35 0 C1' ADP 1001 E 1 HETATM 18 N N9 ADP . . . S 5 2.315 22.944 -16.968 1 54.25 0 N9 ADP 1001 E 1 HETATM 19 C C8 ADP . . . S 5 3.521 23.539 -16.685 1 53.91 0 C8 ADP 1001 E 1 HETATM 20 N N7 ADP . . . S 5 4.13 24.024 -17.736 1 52.77 0 N7 ADP 1001 E 1 HETATM 21 C C5 ADP . . . S 5 3.274 23.733 -18.784 1 53.25 0 C5 ADP 1001 E 1 HETATM 22 C C6 ADP . . . S 5 3.359 23.988 -20.165 1 53.64 0 C6 ADP 1001 E 1 HETATM 23 N N6 ADP . . . S 5 4.391 24.605 -20.736 1 53.97 0 N6 ADP 1001 E 1 HETATM 24 N N1 ADP . . . S 5 2.33 23.565 -20.94 1 54.46 0 N1 ADP 1001 E 1 HETATM 25 C C2 ADP . . . S 5 1.297 22.94 -20.352 1 55.38 0 C2 ADP 1001 E 1 HETATM 26 N N3 ADP . . . S 5 1.113 22.642 -19.067 1 53.92 0 N3 ADP 1001 E 1 HETATM 27 C C4 ADP . . . S 5 2.149 23.07 -18.324 1 53.47 0 C4 ADP 1001 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 20 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 37 _model_server_stats.query_time_ms 315 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 27 #