data_8R8V # _model_server_result.job_id MIIecu6AJyUAFRin5XZd4w _model_server_result.datetime_utc '2024-12-27 11:40:16' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8r8v # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":903}' # _entry.id 8R8V # _exptl.entry_id 8R8V _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8R8V _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8R8V _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B C LEU 12 C LEU 12 1_555 B N NH2 13 C NH2 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale2 C C LEU 12 D LEU 12 1_555 C N NH2 13 D NH2 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASN 160 A ASN 153 1_555 F CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 162 A ASP 155 1_555 F CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 162 A ASP 155 1_555 F CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.032 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 162 A ASP 155 1_555 G CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 164 A ASP 157 1_555 F CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 164 A ASP 157 1_555 G CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 164 A ASP 157 1_555 G CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? metalc ? metalc8 A O ASP 172 A ASP 165 1_555 I CA CA . A CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 172 A ASP 165 1_555 I CA CA . A CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 175 A ASP 168 1_555 I CA CA . A CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.193 ? metalc ? metalc11 A O GLU 177 A GLU 170 1_555 I CA CA . A CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 183 A ASP 176 1_555 F CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 186 A ASP 179 1_555 F CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 186 A ASP 179 1_555 G CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? metalc ? metalc15 A OD2 ASP 186 A ASP 179 1_555 G CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc16 A OE2 GLU 358 A GLU 351 1_555 H CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc17 A OE1 GLU 360 A GLU 353 1_555 E CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 376 A ASP 369 1_555 H CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 376 A ASP 369 1_555 H CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc20 A O SER 377 A SER 370 1_555 H CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.152 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASP 395 A ASP 388 1_555 G CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc22 A O PHE 414 A PHE 407 1_555 E CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.165 ? metalc ? metalc23 A O LEU 417 A LEU 410 1_555 E CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? metalc ? metalc24 D OD1 ASN 160 B ASN 153 1_555 K CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc25 D OD1 ASP 162 B ASP 155 1_555 K CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc26 D OD2 ASP 162 B ASP 155 1_555 K CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.032 ? metalc ? metalc27 D OD2 ASP 162 B ASP 155 1_555 L CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc28 D OD2 ASP 164 B ASP 157 1_555 K CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc29 D OD1 ASP 164 B ASP 157 1_555 L CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc30 D OD2 ASP 164 B ASP 157 1_555 L CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? metalc ? metalc31 D O ASP 172 B ASP 165 1_555 N CA CA . B CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc32 D OD2 ASP 172 B ASP 165 1_555 N CA CA . B CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc33 D OD1 ASP 175 B ASP 168 1_555 N CA CA . B CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.193 ? metalc ? metalc34 D O GLU 177 B GLU 170 1_555 N CA CA . B CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc35 D OD1 ASP 183 B ASP 176 1_555 K CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc36 D OD2 ASP 186 B ASP 179 1_555 K CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 186 B ASP 179 1_555 L CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 186 B ASP 179 1_555 L CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc39 D OE2 GLU 358 B GLU 351 1_555 M CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc40 D OE1 GLU 360 B GLU 353 1_555 J CA CA . B CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc41 D OD1 ASP 376 B ASP 369 1_555 M CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc42 D OD2 ASP 376 B ASP 369 1_555 M CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc43 D O SER 377 B SER 370 1_555 M CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.152 ? metalc ? metalc44 D OD1 ASP 395 B ASP 388 1_555 L CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc45 D O PHE 414 B PHE 407 1_555 J CA CA . B CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.165 ? metalc ? metalc46 D O LEU 417 B LEU 410 1_555 J CA CA . B CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8R8V _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 CA A 1 900 900 CA CA . F 3 CA A 1 901 901 CA CA . G 3 CA A 1 902 902 CA CA . H 3 CA A 1 903 903 CA CA . I 3 CA A 1 904 904 CA CA . J 3 CA B 1 900 900 CA CA . K 3 CA B 1 901 901 CA CA . L 3 CA B 1 902 902 CA CA . M 3 CA B 1 903 903 CA CA . N 3 CA B 1 904 904 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 124.992 _atom_site.Cartn_y 128.496 _atom_site.Cartn_z 151.823 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 46.76 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 903 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 34 _model_server_stats.query_time_ms 334 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 1 #