data_8RBQ
#
_model_server_result.job_id            ae9BfE3BvXLftq5Nr9SoZA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 01:41:06' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8rbq 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":202}' 
#
_entry.id    8RBQ 
#
_exptl.entry_id    8RBQ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          11 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8RBQ 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8RBQ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    heptameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      7 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 11 K N N 
? 11 L N N 
? 11 O N N 
? 11 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 D OG1 THR 202 G THR 202 1_555 N P FMN . G FMN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.628 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 25 A CYS 25 1_555 H FE1 FES . A FES 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 113 A CYS 113 1_555 H FE2 FES . A FES 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc3 H FE2 FES . A FES 200 1_555 C SG CYS 39 E CYS 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc4 H FE1 FES . A FES 200 1_555 C SG CYS 122 E CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 370 C CYS 370 1_555 K FE3 SF4 . C SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 373 C CYS 373 1_555 K FE4 SF4 . C SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 376 C CYS 376 1_555 K FE1 SF4 . C SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 380 C CYS 380 1_555 L FE4 SF4 . C SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc9 B SG CYS 409 C CYS 409 1_555 L FE1 SF4 . C SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc10 B SG CYS 412 C CYS 412 1_555 L FE2 SF4 . C SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 415 C CYS 415 1_555 L FE3 SF4 . C SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 419 C CYS 419 1_555 K FE2 SF4 . C SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc13 F SG CYS 109 B CYS 109 1_555 P FE1 SF4 . B SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc14 F SG CYS 112 B CYS 112 1_555 P FE2 SF4 . B SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc15 F SG CYS 115 B CYS 115 1_555 P FE3 SF4 . B SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc16 F SG CYS 119 B CYS 119 1_555 O FE1 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc17 F SG CYS 139 B CYS 139 1_555 O FE4 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? 
metalc ? metalc18 F SG CYS 142 B CYS 142 1_555 O FE3 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc19 F SG CYS 145 B CYS 145 1_555 O FE2 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc20 F SG CYS 149 B CYS 149 1_555 P FE4 SF4 . B SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 606 n n 
FE1 S3 SF4 sing 607 n n 
FE1 S4 SF4 sing 608 n n 
FE2 S1 SF4 sing 609 n n 
FE2 S3 SF4 sing 610 n n 
FE2 S4 SF4 sing 611 n n 
FE3 S1 SF4 sing 612 n n 
FE3 S2 SF4 sing 613 n n 
FE3 S4 SF4 sing 614 n n 
FE4 S1 SF4 sing 615 n n 
FE4 S2 SF4 sing 616 n n 
FE4 S3 SF4 sing 617 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8RBQ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
H 8 FES A 1 200 200 FES FES . 
I 9 LMT A 1 201 201 LMT LMT . 
J 10 FMN C 1 500 500 FMN FMN . 
K 11 SF4 C 1 501 501 SF4 SF4 . 
L 11 SF4 C 1 502 502 SF4 SF4 . 
M 9 LMT E 1 301 409 LMT LMT . 
N 10 FMN G 1 301 202 FMN T1F . 
O 11 SF4 B 1 201 201 SF4 SF4 . 
P 11 SF4 B 1 202 202 SF4 SF4 . 
Q 9 LMT D 1 401 202 LMT LMT . 
R 9 LMT D 1 402 204 LMT LMT . 
S 12 PTY D 1 403 301 PTY PTY . 
T 13 RBF D 1 404 402 RBF RBF . 
U 9 LMT D 1 405 406 LMT LMT . 
V 9 LMT D 1 406 407 LMT LMT . 
W 9 LMT D 1 407 412 LMT LMT . 
X 12 PTY D 1 408 413 PTY PTY . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . P 11 95.079 71.101 154.505 1 69.35 ? FE1 SF4 202 B 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . P 11 95.43 68.618 153.407 1 105.41 ? FE2 SF4 202 B 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . P 11 97.249 70.606 152.917 1 108.11 ? FE3 SF4 202 B 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . P 11 94.74 70.729 151.809 1 96.51 ? FE4 SF4 202 B 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . P 11 96.363 69.163 151.404 1 98.42 ? S1 SF4 202 B 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . P 11 95.875 72.425 152.826 1 99.3 ? S2 SF4 202 B 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . P 11 93.492 69.821 153.482 1 92.84 ? S3 SF4 202 B 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . P 11 96.78 69.645 154.928 1 102.79 ? S4 SF4 202 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    21 
_model_server_stats.query_time_ms           288 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           8 
#