data_8RGR # _model_server_result.job_id UXy2xUAV3pnvwnrH91bubA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 05:35:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8rgr # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"YA","auth_seq_id":301}' # _entry.id 8RGR # _exptl.entry_id 8RGR _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 175.82 _entity.id 49 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8RGR _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8RGR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 49 YA N N ? 49 DB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 AA SG CYS 46 X CYS 45 1_555 AA SG CYS 56 X CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 BA SG CYS 18 Y CYS 17 1_555 BA SG CYS 75 Y CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf3 BA SG CYS 95 Y CYS 94 1_555 BA SG CYS 115 Y CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf4 HA SG CYS 33 e CYS 32 1_555 HA SG CYS 66 e CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 HA SG CYS 43 e CYS 42 1_555 HA SG CYS 56 e CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf6 RA SG CYS 59 o CYS 58 1_555 RA SG CYS 90 o CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf7 RA SG CYS 69 o CYS 68 1_555 RA SG CYS 80 o CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf8 SA SG CYS 113 p CYS 112 1_555 SA SG CYS 125 p CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? covale ? covale1 C C HIS 117 D HIS 84 1_555 C N 2MR 118 D 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale2 C C 2MR 118 D 2MR 85 1_555 C N GLY 119 D GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale3 P C AYA 2 r AYA 1 1_555 P N SER 3 r SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale4 R C FME 1 A FME 1 1_555 R N ASN 2 A ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale5 S C FME 1 H FME 1 1_555 S N PHE 2 H PHE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale6 T C FME 1 J FME 1 1_555 T N ASN 2 J ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale7 U C FME 1 K FME 1 1_555 U N PRO 2 K PRO 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.358 ? covale ? covale8 V C FME 1 L FME 1 1_555 V N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale9 W C FME 1 M FME 1 1_555 W N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale10 X C FME 1 N FME 1 1_555 X N ASN 2 N ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale11 EA C AYA 2 b AYA 1 1_555 EA N GLY 3 b GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale12 LA C SAC 2 i SAC 1 1_555 LA N GLY 3 i GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 99 6 CYS 64 1_555 TA FE3 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 100 6 CYS 65 1_555 TA FE2 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 164 6 CYS 129 1_555 TA FE1 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 194 6 CYS 159 1_555 TA FE4 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc5 D SG CYS 134 2 CYS 103 1_555 YA FE1 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc6 D SG CYS 139 2 CYS 108 1_555 YA FE1 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc7 D SG CYS 175 2 CYS 144 1_555 YA FE2 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc8 D SG CYS 179 2 CYS 148 1_555 YA FE2 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc9 E SG CYS 379 1 CYS 359 1_555 AB FE4 SF4 . 1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc10 E SG CYS 382 1 CYS 362 1_555 AB FE3 SF4 . 1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc11 E SG CYS 385 1 CYS 365 1_555 AB FE1 SF4 . 1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc12 E SG CYS 425 1 CYS 405 1_555 AB FE2 SF4 . 1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc13 F SG CYS 64 3 CYS 41 1_555 DB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc14 F SG CYS 75 3 CYS 52 1_555 DB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc15 F SG CYS 78 3 CYS 55 1_555 DB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc16 F SG CYS 92 3 CYS 69 1_555 DB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc17 F NE2 HIS 124 3 HIS 101 1_555 BB FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.809 ? metalc ? metalc18 F SG CYS 128 3 CYS 105 1_555 BB FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc19 F SG CYS 131 3 CYS 108 1_555 BB FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc20 F OE1 GLN 133 3 GLN 110 1_555 EB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? metalc ? metalc21 F SG CYS 137 3 CYS 114 1_555 BB FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc22 F SG CYS 176 3 CYS 153 1_555 CB FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc23 F SG CYS 179 3 CYS 156 1_555 CB FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc24 F SG CYS 182 3 CYS 159 1_555 CB FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc25 F O ILE 223 3 ILE 200 1_555 EB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.006 ? metalc ? metalc26 F SG CYS 226 3 CYS 203 1_555 CB FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc27 F O CYS 226 3 CYS 203 1_555 EB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? metalc ? metalc28 F O VAL 228 3 VAL 205 1_555 EB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? metalc ? metalc29 F O LEU 231 3 LEU 208 1_555 EB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.895 ? metalc ? metalc30 G SG CYS 113 9 CYS 79 1_555 GB FE3 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc31 G SG CYS 116 9 CYS 82 1_555 GB FE4 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc32 G SG CYS 119 9 CYS 85 1_555 GB FE2 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc33 G SG CYS 123 9 CYS 89 1_555 FB FE4 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc34 G SG CYS 152 9 CYS 118 1_555 FB FE2 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc35 G SG CYS 155 9 CYS 121 1_555 FB FE1 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc36 G SG CYS 158 9 CYS 124 1_555 FB FE3 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc37 G SG CYS 162 9 CYS 128 1_555 GB FE1 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc38 J SG CYS 79 7 CYS 59 1_555 KB ZN ZN . 7 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc39 J NE2 HIS 88 7 HIS 68 1_555 KB ZN ZN . 7 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc40 J SG CYS 104 7 CYS 84 1_555 KB ZN ZN . 7 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc41 J SG CYS 107 7 CYS 87 1_555 KB ZN ZN . 7 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc42 BC O1G DGT . O DGT 401 1_555 CC MG MG . O MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc43 BC O2B DGT . O DGT 401 1_555 CC MG MG . O MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc44 BC O1A DGT . O DGT 401 1_555 CC MG MG . O MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? # _chem_comp.formula 'Fe2 S2' _chem_comp.formula_weight 175.82 _chem_comp.id FES _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S1 FES sing 567 n n FE1 S2 FES sing 568 n n FE2 S1 FES sing 569 n n FE2 S2 FES sing 570 n n # _atom_sites.entry_id 8RGR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 6 1 201 201 SF4 SF4 . UA 46 3PE 6 1 202 301 3PE 3PE . VA 47 PC1 6 1 203 401 PC1 PC1 . WA 48 UQ D 1 501 501 UQ UQ . XA 46 3PE D 1 502 501 3PE 3PE . YA 49 FES 2 1 301 301 FES FES . ZA 50 FMN 1 1 501 501 FMN FMN . AB 45 SF4 1 1 502 502 SF4 SF4 . BB 45 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . CB 45 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . DB 49 FES 3 1 803 803 FES FES . EB 51 K 3 1 804 804 K K . FB 45 SF4 9 1 201 201 SF4 SF4 . GB 45 SF4 9 1 202 202 SF4 SF4 . HB 47 PC1 9 1 203 403 PC1 PC1 . IB 47 PC1 9 1 204 404 PC1 PC1 . JB 52 NDP P 1 501 501 NDP NDP . KB 53 ZN 7 1 201 201 ZN ZN . LB 54 ZMP W 1 201 201 ZMP ZMP . MB 46 3PE r 1 201 201 3PE 3PE . NB 55 CDL r 1 202 405 CDL CDL . OB 47 PC1 A 1 601 601 PC1 PC1 . PB 46 3PE A 1 602 101 3PE 3PE . QB 55 CDL H 1 401 201 CDL CDL . RB 46 3PE K 1 201 201 3PE 3PE . SB 46 3PE L 1 701 701 3PE 3PE . TB 55 CDL L 1 702 702 CDL CDL . UB 55 CDL L 1 703 801 CDL CDL . VB 46 3PE M 1 501 503 3PE 3PE . WB 46 3PE M 1 502 504 3PE 3PE . XB 46 3PE M 1 503 601 3PE 3PE . YB 47 PC1 N 1 401 502 PC1 PC1 . ZB 55 CDL N 1 402 505 CDL CDL . AC 46 3PE N 1 403 501 3PE 3PE . BC 56 DGT O 1 401 401 DGT DGT . CC 57 MG O 1 402 501 MG MG . DC 55 CDL Y 1 401 401 CDL CDL . EC 46 3PE Y 1 402 201 3PE 3PE . FC 46 3PE Y 1 403 301 3PE 3PE . GC 55 CDL Y 1 404 401 CDL CDL . HC 46 3PE Z 1 401 401 3PE 3PE . IC 55 CDL d 1 201 506 CDL CDL . JC 46 3PE d 1 202 201 3PE 3PE . KC 46 3PE d 1 203 301 3PE 3PE . LC 55 CDL h 1 201 703 CDL CDL . MC 46 3PE i 1 201 704 3PE 3PE . NC 55 CDL m 1 201 201 CDL CDL . OC 46 3PE m 1 202 301 3PE 3PE . PC 54 ZMP n 1 201 201 ZMP ZMP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 FES . . . YA 49 23.605 169.88 160.322 1 56.95 ? FE1 FES 301 2 1 HETATM 2 FE FE2 FES . . . YA 49 25.8 169.693 161.856 1 61.89 ? FE2 FES 301 2 1 HETATM 3 S S1 FES . . . YA 49 24.54 171.463 161.52 1 63.85 ? S1 FES 301 2 1 HETATM 4 S S2 FES . . . YA 49 24.826 168.105 160.71 1 61.63 ? S2 FES 301 2 1 # _model_server_stats.io_time_ms 64 _model_server_stats.parse_time_ms 54 _model_server_stats.create_model_time_ms 77 _model_server_stats.query_time_ms 631 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 4 #