data_8RGT # _model_server_result.job_id BBbxK7w9LXxrp16Vh3Sv6w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 22:13:20' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8rgt # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"ZA","auth_seq_id":801}' # _entry.id 8RGT # _exptl.entry_id 8RGT _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 45 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8RGT _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8RGT _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 45 TA N N ? 45 YA N N ? 45 ZA N N ? 45 AB N N ? 45 DB N N ? 45 EB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 AA SG CYS 46 X CYS 45 1_555 AA SG CYS 56 X CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf2 BA SG CYS 18 Y CYS 17 1_555 BA SG CYS 75 Y CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf3 BA SG CYS 95 Y CYS 94 1_555 BA SG CYS 115 Y CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 HA SG CYS 33 e CYS 32 1_555 HA SG CYS 66 e CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf5 HA SG CYS 43 e CYS 42 1_555 HA SG CYS 56 e CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf6 RA SG CYS 59 o CYS 58 1_555 RA SG CYS 90 o CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf7 RA SG CYS 69 o CYS 68 1_555 RA SG CYS 80 o CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf8 SA SG CYS 113 p CYS 112 1_555 SA SG CYS 125 p CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? covale ? covale1 C C HIS 117 D HIS 84 1_555 C N 2MR 118 D 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale2 C C 2MR 118 D 2MR 85 1_555 C N GLY 119 D GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale3 P C AYA 2 r AYA 1 1_555 P N SER 3 r SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale4 R C FME 1 A FME 1 1_555 R N ASN 2 A ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale5 S C FME 1 H FME 1 1_555 S N PHE 2 H PHE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale6 T C FME 1 J FME 1 1_555 T N ASN 2 J ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale7 U C FME 1 K FME 1 1_555 U N PRO 2 K PRO 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.357 ? covale ? covale8 V C FME 1 L FME 1 1_555 V N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale9 W C FME 1 M FME 1 1_555 W N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale10 X C FME 1 N FME 1 1_555 X N ASN 2 N ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale11 LA C SAC 2 i SAC 1 1_555 LA N GLY 3 i GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 99 6 CYS 64 1_555 TA FE3 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 100 6 CYS 65 1_555 TA FE2 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 164 6 CYS 129 1_555 TA FE1 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 194 6 CYS 159 1_555 TA FE4 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc5 D SG CYS 134 2 CYS 103 1_555 WA FE1 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc6 D SG CYS 139 2 CYS 108 1_555 WA FE1 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc7 D SG CYS 175 2 CYS 144 1_555 WA FE2 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc8 D SG CYS 179 2 CYS 148 1_555 WA FE2 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc9 E SG CYS 379 1 CYS 359 1_555 YA FE4 SF4 . 1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc10 E SG CYS 382 1 CYS 362 1_555 YA FE3 SF4 . 1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc11 E SG CYS 385 1 CYS 365 1_555 YA FE1 SF4 . 1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc12 E SG CYS 425 1 CYS 405 1_555 YA FE2 SF4 . 1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc13 F SG CYS 64 3 CYS 41 1_555 BB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc14 F SG CYS 75 3 CYS 52 1_555 BB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc15 F SG CYS 78 3 CYS 55 1_555 BB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc16 F SG CYS 92 3 CYS 69 1_555 BB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc17 F NE2 HIS 124 3 HIS 101 1_555 ZA FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.791 ? metalc ? metalc18 F SG CYS 128 3 CYS 105 1_555 ZA FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc19 F SG CYS 131 3 CYS 108 1_555 ZA FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc20 F SG CYS 137 3 CYS 114 1_555 ZA FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc21 F SG CYS 176 3 CYS 153 1_555 AB FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc22 F SG CYS 179 3 CYS 156 1_555 AB FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc23 F SG CYS 182 3 CYS 159 1_555 AB FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc24 F O ILE 223 3 ILE 200 1_555 CB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.024 ? metalc ? metalc25 F SG CYS 226 3 CYS 203 1_555 AB FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc26 F O CYS 226 3 CYS 203 1_555 CB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.938 ? metalc ? metalc27 F O VAL 228 3 VAL 205 1_555 CB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? metalc ? metalc28 F O LEU 231 3 LEU 208 1_555 CB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? metalc ? metalc29 G SG CYS 113 9 CYS 79 1_555 EB FE3 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc30 G SG CYS 116 9 CYS 82 1_555 EB FE4 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc31 G SG CYS 119 9 CYS 85 1_555 EB FE2 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc32 G SG CYS 123 9 CYS 89 1_555 DB FE4 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc33 G SG CYS 152 9 CYS 118 1_555 DB FE2 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc34 G SG CYS 155 9 CYS 121 1_555 DB FE1 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc35 G SG CYS 158 9 CYS 124 1_555 DB FE3 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc36 G SG CYS 162 9 CYS 128 1_555 EB FE1 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc37 J SG CYS 79 7 CYS 59 1_555 IB ZN ZN . 7 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc38 J NE2 HIS 88 7 HIS 68 1_555 IB ZN ZN . 7 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc39 J SG CYS 104 7 CYS 84 1_555 IB ZN ZN . 7 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc40 J SG CYS 107 7 CYS 87 1_555 IB ZN ZN . 7 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc41 YB O1G DGT . O DGT 401 1_555 ZB MG MG . O MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc42 YB O2B DGT . O DGT 401 1_555 ZB MG MG . O MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc43 YB O1A DGT . O DGT 401 1_555 ZB MG MG . O MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 1092 n n FE1 S3 SF4 sing 1093 n n FE1 S4 SF4 sing 1094 n n FE2 S1 SF4 sing 1095 n n FE2 S3 SF4 sing 1096 n n FE2 S4 SF4 sing 1097 n n FE3 S1 SF4 sing 1098 n n FE3 S2 SF4 sing 1099 n n FE3 S4 SF4 sing 1100 n n FE4 S1 SF4 sing 1101 n n FE4 S2 SF4 sing 1102 n n FE4 S3 SF4 sing 1103 n n # _atom_sites.entry_id 8RGT _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 6 1 201 201 SF4 SF4 . UA 46 3PE 6 1 202 301 3PE 3PE . VA 47 PC1 6 1 203 401 PC1 PC1 . WA 48 FES 2 1 301 301 FES FES . XA 49 FMN 1 1 501 501 FMN FMN . YA 45 SF4 1 1 502 502 SF4 SF4 . ZA 45 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . AB 45 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . BB 48 FES 3 1 803 803 FES FES . CB 50 K 3 1 804 804 K K . DB 45 SF4 9 1 201 201 SF4 SF4 . EB 45 SF4 9 1 202 202 SF4 SF4 . FB 47 PC1 9 1 203 403 PC1 PC1 . GB 47 PC1 9 1 204 404 PC1 PC1 . HB 51 NDP P 1 501 501 NDP NDP . IB 52 ZN 7 1 201 201 ZN ZN . JB 53 ZMP T 1 201 201 ZMP ZMP . KB 46 3PE r 1 201 201 3PE 3PE . LB 54 CDL r 1 202 405 CDL CDL . MB 46 3PE A 1 201 101 3PE 3PE . NB 46 3PE H 1 401 401 3PE 3PE . OB 46 3PE K 1 201 201 3PE 3PE . PB 46 3PE L 1 701 701 3PE 3PE . QB 54 CDL L 1 702 702 CDL CDL . RB 46 3PE L 1 703 501 3PE 3PE . SB 46 3PE L 1 704 301 3PE 3PE . TB 47 PC1 M 1 501 502 PC1 PC1 . UB 46 3PE M 1 502 503 3PE 3PE . VB 46 3PE M 1 503 601 3PE 3PE . WB 54 CDL N 1 401 505 CDL CDL . XB 46 3PE N 1 402 501 3PE 3PE . YB 55 DGT O 1 401 401 DGT DGT . ZB 56 MG O 1 402 501 MG MG . AC 53 ZMP U 1 201 201 ZMP ZMP . BC 46 3PE Y 1 201 201 3PE 3PE . CC 54 CDL d 1 201 506 CDL CDL . DC 46 3PE d 1 202 201 3PE 3PE . EC 46 3PE d 1 203 301 3PE 3PE . FC 54 CDL h 1 201 703 CDL CDL . GC 46 3PE h 1 202 504 3PE 3PE . HC 46 3PE i 1 201 704 3PE 3PE . IC 54 CDL m 1 201 201 CDL CDL . JC 46 3PE m 1 202 301 3PE 3PE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . ZA 45 51.076 151.66 133.003 1 66.43 ? FE1 SF4 801 3 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . ZA 45 48.966 150.673 131.609 1 109.39 ? FE2 SF4 801 3 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . ZA 45 48.584 152.647 133.392 1 129.26 ? FE3 SF4 801 3 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . ZA 45 49.912 153.158 131.082 1 72.72 ? FE4 SF4 801 3 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . ZA 45 47.698 152.561 131.273 1 72.08 ? S1 SF4 801 3 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . ZA 45 50.509 153.878 133.171 1 77.17 ? S2 SF4 801 3 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . ZA 45 51.038 151.178 130.758 1 77.27 ? S3 SF4 801 3 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . ZA 45 49.289 150.511 133.879 1 100.56 ? S4 SF4 801 3 1 # _model_server_stats.io_time_ms 36 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 92 _model_server_stats.query_time_ms 282 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 8 #