data_8RMY
#
_model_server_result.job_id            Fj_xAE4GqWBaLJovza1Egw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-23 09:04:26' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8rmy 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    8RMY 
#
_exptl.entry_id    8RMY 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              189.1 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CITRATE ANION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          95.1 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8RMY 
_cell.length_a            94.184 
_cell.length_b            260.191 
_cell.length_c            139.024 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8RMY 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? tetrameric 4 author_defined_assembly 1 
? tetrameric 4 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,D,E,H,O,P,Q,R,T,V,W 1 1 
B,C,F,G,I,J,K,L,M,N,S,U,X 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 I N N 
? 5 O N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 23 F CYS 23 1_555 A SG CYS 94 F CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 139 F CYS 139 1_555 A SG CYS 199 F CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 23 C CYS 23 1_555 B SG CYS 94 C CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 139 C CYS 139 1_555 B SG CYS 199 C CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf5 E SG CYS 22 E CYS 22 1_555 E SG CYS 97 E CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? 
disulf ? disulf6 E SG CYS 145 E CYS 145 1_555 E SG CYS 201 E CYS 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
disulf ? disulf7 F SG CYS 22 B CYS 22 1_555 F SG CYS 97 B CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
disulf ? disulf8 F SG CYS 145 B CYS 145 1_555 F SG CYS 201 B CYS 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
covale ? covale1 C SG CYS 273 A CYS 273 1_555 G CE ONL 2 J ONL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.853 ? 
covale ? covale2 D SG CYS 273 D CYS 273 1_555 H CE ONL 2 K ONL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.8 ? 
covale ? covale3 G C19 P6S 1 J P6S 1 1_555 G N ONL 2 J ONL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale4 G C ONL 2 J ONL 2 1_555 G N VAL 3 J VAL 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale5 G C PRO 4 J PRO 4 1_555 G N MLL 5 J MLL 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale6 H C19 P6S 1 K P6S 1 1_555 H N ONL 2 K ONL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale7 H C ONL 2 K ONL 2 1_555 H N VAL 3 K VAL 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale8 H C PRO 4 K PRO 4 1_555 H N MLL 5 K MLL 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
metalc ? metalc1 C O ALA 222 A ALA 222 1_555 K CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc2 C O ASN 225 A ASN 225 1_555 K CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc3 C OD1 ASN 225 A ASN 225 1_555 K CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc4 C O ASN 227 A ASN 227 1_555 K CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc5 C OD1 ASP 229 A ASP 229 1_555 K CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc6 C OD2 ASP 229 A ASP 229 1_555 K CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? 
metalc ? metalc7 C OD1 ASP 302 A ASP 302 1_555 M CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc8 C OD1 ASP 304 A ASP 304 1_555 M CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? 
metalc ? metalc9 C OD1 ASN 306 A ASN 306 1_555 M CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc10 C O SER 308 A SER 308 1_555 M CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc11 C OD2 ASP 310 A ASP 310 1_555 M CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc12 C OD2 ASP 325 A ASP 325 1_555 M CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASN 394 A ASN 394 1_555 L CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc14 C O SER 416 A SER 416 1_555 L CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc15 C OE1 GLU 444 A GLU 444 1_555 L CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.817 ? 
metalc ? metalc16 C OE2 GLU 444 A GLU 444 1_555 L CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? 
metalc ? metalc17 C OE2 GLU 449 A GLU 449 1_555 L CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? 
metalc ? metalc18 K CA CA . A CA 503 1_555 U O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc19 L CA CA . A CA 504 1_555 U O HOH . A HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc20 D O ALA 222 D ALA 222 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc21 D O ASN 225 D ASN 225 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc22 D OD1 ASN 225 D ASN 225 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc23 D O ASN 227 D ASN 227 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc24 D OD1 ASP 229 D ASP 229 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? 
metalc ? metalc25 D OD2 ASP 229 D ASP 229 1_555 P CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? 
metalc ? metalc26 D OD1 ASP 302 D ASP 302 1_555 R CA CA . D CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc27 D OD1 ASP 304 D ASP 304 1_555 R CA CA . D CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc28 D OD1 ASN 306 D ASN 306 1_555 R CA CA . D CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? 
metalc ? metalc29 D O SER 308 D SER 308 1_555 R CA CA . D CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc30 D OD2 ASP 310 D ASP 310 1_555 R CA CA . D CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? 
metalc ? metalc31 D OD1 ASP 325 D ASP 325 1_555 R CA CA . D CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? 
metalc ? metalc32 D OD2 ASP 325 D ASP 325 1_555 R CA CA . D CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc33 D OD1 ASN 394 D ASN 394 1_555 Q CA CA . D CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc34 D O SER 416 D SER 416 1_555 Q CA CA . D CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
metalc ? metalc35 D OE1 GLU 444 D GLU 444 1_555 Q CA CA . D CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? 
metalc ? metalc36 D OE2 GLU 444 D GLU 444 1_555 Q CA CA . D CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? 
metalc ? metalc37 D OE2 GLU 449 D GLU 449 1_555 Q CA CA . D CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? 
metalc ? metalc38 Q CA CA . D CA 503 1_555 V O HOH . D HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
#
_chem_comp.formula           'C6 H5 O7 -3' 
_chem_comp.formula_weight    189.1 
_chem_comp.id                FLC 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CITRATE ANION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
CAC CA FLC sing 92 n n 
CAC OA1 FLC doub 93 n n 
CAC OA2 FLC sing 94 n n 
CA CB FLC sing 95 n n 
CA HA1 FLC sing 96 n n 
CA HA2 FLC sing 97 n n 
CB CBC FLC sing 98 n n 
CB CG FLC sing 99 n n 
CB OHB FLC sing 100 n n 
CBC OB1 FLC doub 101 n n 
CBC OB2 FLC sing 102 n n 
CG CGC FLC sing 103 n n 
CG HG1 FLC sing 104 n n 
CG HG2 FLC sing 105 n n 
CGC OG1 FLC doub 106 n n 
CGC OG2 FLC sing 107 n n 
OHB HOB FLC sing 108 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8RMY 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010618 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000948 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.003843 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007222 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 5 FLC A 1 501 507 FLC FLC . 
J 6 EDO A 1 502 301 EDO EDO . 
K 7 CA A 1 503 1 CA CA . 
L 7 CA A 1 504 2 CA CA . 
M 7 CA A 1 505 3 CA CA . 
N 8 PO4 A 1 506 12 PO4 PO4 . 
O 5 FLC D 1 501 507 FLC FLC . 
P 7 CA D 1 502 4 CA CA . 
Q 7 CA D 1 503 5 CA CA . 
R 7 CA D 1 504 6 CA CA . 
S 6 EDO B 1 301 301 EDO EDO . 
T 9 HOH F 1 301 49 HOH HOH . 
T 9 HOH F 2 302 44 HOH HOH . 
T 9 HOH F 3 303 32 HOH HOH . 
T 9 HOH F 4 304 1 HOH HOH . 
T 9 HOH F 5 305 5 HOH HOH . 
T 9 HOH F 6 306 26 HOH HOH . 
T 9 HOH F 7 307 38 HOH HOH . 
T 9 HOH F 8 308 45 HOH HOH . 
T 9 HOH F 9 309 6 HOH HOH . 
T 9 HOH F 10 310 25 HOH HOH . 
T 9 HOH F 11 311 24 HOH HOH . 
U 9 HOH A 1 601 47 HOH HOH . 
U 9 HOH A 2 602 3 HOH HOH . 
U 9 HOH A 3 603 37 HOH HOH . 
U 9 HOH A 4 604 2 HOH HOH . 
U 9 HOH A 5 605 28 HOH HOH . 
U 9 HOH A 6 606 12 HOH HOH . 
U 9 HOH A 7 607 52 HOH HOH . 
U 9 HOH A 8 608 36 HOH HOH . 
V 9 HOH D 1 601 42 HOH HOH . 
V 9 HOH D 2 602 39 HOH HOH . 
V 9 HOH D 3 603 23 HOH HOH . 
V 9 HOH D 4 604 19 HOH HOH . 
V 9 HOH D 5 605 15 HOH HOH . 
V 9 HOH D 6 606 51 HOH HOH . 
V 9 HOH D 7 607 20 HOH HOH . 
V 9 HOH D 8 608 33 HOH HOH . 
V 9 HOH D 9 609 13 HOH HOH . 
V 9 HOH D 10 610 40 HOH HOH . 
V 9 HOH D 11 611 55 HOH HOH . 
V 9 HOH D 12 612 22 HOH HOH . 
V 9 HOH D 13 613 7 HOH HOH . 
V 9 HOH D 14 614 27 HOH HOH . 
V 9 HOH D 15 615 17 HOH HOH . 
V 9 HOH D 16 616 29 HOH HOH . 
V 9 HOH D 17 617 34 HOH HOH . 
V 9 HOH D 18 618 46 HOH HOH . 
V 9 HOH D 19 619 54 HOH HOH . 
V 9 HOH D 20 620 50 HOH HOH . 
W 9 HOH E 1 301 14 HOH HOH . 
W 9 HOH E 2 302 18 HOH HOH . 
W 9 HOH E 3 303 8 HOH HOH . 
W 9 HOH E 4 304 30 HOH HOH . 
W 9 HOH E 5 305 10 HOH HOH . 
W 9 HOH E 6 306 53 HOH HOH . 
X 9 HOH B 1 401 21 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C CAC FLC . . . O 5 12.943 3.795 67.174 1 165.71 ? CAC FLC 501 D 1 
HETATM 2 C CA FLC . . . O 5 13.51 2.376 67.088 1 155.2 ? CA FLC 501 D 1 
HETATM 3 C CB FLC . . . O 5 13.688 1.805 65.667 1 165.41 ? CB FLC 501 D 1 
HETATM 4 C CBC FLC . . . O 5 14.234 2.909 64.72 1 166.53 ? CBC FLC 501 D 1 
HETATM 5 C CG FLC . . . O 5 14.692 0.636 65.703 1 164.27 ? CG FLC 501 D 1 
HETATM 6 C CGC FLC . . . O 5 14.165 -0.689 66.24 1 155.39 ? CGC FLC 501 D 1 
HETATM 7 O OA1 FLC . . . O 5 13.57 4.639 67.843 1 149.41 ? OA1 FLC 501 D 1 
HETATM 8 O OA2 FLC . . . O 5 11.86 4.039 66.603 1 165.48 ? OA2 FLC 501 D 1 
HETATM 9 O OB1 FLC . . . O 5 13.638 3.084 63.634 1 152.19 ? OB1 FLC 501 D 1 
HETATM 10 O OB2 FLC . . . O 5 15.261 3.512 65.083 1 153.45 ? OB2 FLC 501 D 1 
HETATM 11 O OG1 FLC . . . O 5 13.311 -1.294 65.567 1 147.95 ? OG1 FLC 501 D 1 
HETATM 12 O OG2 FLC . . . O 5 14.678 -1.152 67.288 1 148.52 ? OG2 FLC 501 D 1 
HETATM 13 O OHB FLC . . . O 5 12.44 1.336 65.189 1 177.73 ? OHB FLC 501 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              58 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    27 
_model_server_stats.query_time_ms           312 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           13 
#