data_8RPH
#
_model_server_result.job_id            aQsCpM-i_oUFAPnHt2ubBg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-14 20:01:54' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8rph 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":702}' 
#
_entry.id    8RPH 
#
_exptl.entry_id    8RPH 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          97.06 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8RPH 
_cell.length_a            173.326 
_cell.length_b            118.189 
_cell.length_c            201.166 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8RPH 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    'C 2y' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,G,H,I,J,K,L,Z 1 1 
C,D,M,N,O,P,Q,R,S,AA 2 1 
E,F,T,U,V,W,X,Y 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 K N N 
? 3 N N N 
? 3 Q N N 
? 3 U N N 
? 3 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 460 A ASP 459 1_555 H MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.888 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASN 487 A ASN 486 1_555 H MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc3 A O GLY 489 A GLY 488 1_555 H MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc4 H MG MG . A MG 702 1_555 I O2A A1H2A . A A1H2A 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? 
metalc ? metalc5 H MG MG . A MG 702 1_555 I O3B A1H2A . A A1H2A 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? 
metalc ? metalc6 B OD1 ASP 460 B ASP 459 1_555 K MG MG . B MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASN 487 B ASN 486 1_555 K MG MG . B MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc8 B O GLY 489 B GLY 488 1_555 K MG MG . B MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? 
metalc ? metalc9 K MG MG . B MG 702 1_555 L O2A A1H2A . B A1H2A 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc10 C OD1 ASP 460 C ASP 459 1_555 N MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.931 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASN 487 C ASN 486 1_555 N MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc12 C O GLY 489 C GLY 488 1_555 N MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc13 N MG MG . C MG 702 1_555 O O1B A1H2A . C A1H2A 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? 
metalc ? metalc14 N MG MG . C MG 702 1_555 O O2A A1H2A . C A1H2A 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc15 N MG MG . C MG 702 1_555 AA O HOH . C HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc16 D OD1 ASP 460 D ASP 459 1_555 Q MG MG . D MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc17 D OD1 ASN 487 D ASN 486 1_555 Q MG MG . D MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
metalc ? metalc18 D O GLY 489 D GLY 488 1_555 Q MG MG . D MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? 
metalc ? metalc19 Q MG MG . D MG 702 1_555 S O3A A1H2A . D A1H2A 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc20 E OD1 ASP 460 E ASP 459 1_555 U MG MG . E MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
metalc ? metalc21 E OD1 ASN 487 E ASN 486 1_555 U MG MG . E MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc22 E O GLY 489 E GLY 488 1_555 U MG MG . E MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc23 U MG MG . E MG 702 1_555 V O2A A1H2A . E A1H2A 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? 
metalc ? metalc24 U MG MG . E MG 702 1_555 V O2B A1H2A . E A1H2A 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? 
metalc ? metalc25 U MG MG . E MG 702 1_555 V O3A A1H2A . E A1H2A 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? 
metalc ? metalc26 F OD1 ASP 460 F ASP 459 1_555 X MG MG . F MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? 
metalc ? metalc27 F OD1 ASN 487 F ASN 486 1_555 X MG MG . F MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc28 F O GLY 489 F GLY 488 1_555 X MG MG . F MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc29 X MG MG . F MG 702 1_555 Y O1B A1H2A . F A1H2A 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? 
metalc ? metalc30 X MG MG . F MG 702 1_555 Y O2A A1H2A . F A1H2A 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8RPH 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005769 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000715 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008461 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005009 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 FAD A 1 701 701 FAD FAD . 
H 3 MG A 1 702 702 MG MG . 
I 4 A1H2A A 1 703 701 A1H2A HBT . 
J 2 FAD B 1 701 701 FAD FAD . 
K 3 MG B 1 702 702 MG MG . 
L 4 A1H2A B 1 703 701 A1H2A HBT . 
M 2 FAD C 1 701 701 FAD FAD . 
N 3 MG C 1 702 702 MG MG . 
O 4 A1H2A C 1 703 701 A1H2A HBT . 
P 2 FAD D 1 701 701 FAD FAD . 
Q 3 MG D 1 702 702 MG MG . 
R 5 PGE D 1 703 801 PGE PEG . 
S 4 A1H2A D 1 704 701 A1H2A HBT . 
T 2 FAD E 1 701 701 FAD FAD . 
U 3 MG E 1 702 702 MG MG . 
V 4 A1H2A E 1 703 701 A1H2A HBT . 
W 2 FAD F 1 701 701 FAD FAD . 
X 3 MG F 1 702 702 MG MG . 
Y 4 A1H2A F 1 703 701 A1H2A HBT . 
Z 6 HOH B 1 801 1 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 1 801 2 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         U 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               36.649 
_atom_site.Cartn_y               -4.058 
_atom_site.Cartn_z               2.002 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        75.01 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           702 
_atom_site.auth_asym_id          E 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              78 
_model_server_stats.parse_time_ms           30 
_model_server_stats.create_model_time_ms    204 
_model_server_stats.query_time_ms           364 
_model_server_stats.encode_time_ms          7 
_model_server_stats.element_count           1 
#